<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 150 bps

Full alignment

CT027651.10	1	TTATATCCCTGGCATTGTCTGACACTGGCGCACACACATTAAAAAAGCCG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83064	TTATATCCCTGGCATTGTCTGACACTGGCGCACACACATTAAAAAAGCCG	83113

CT027651.10	51	TGCCAGGTACGAAAGCTTGACAGGCCTAGCAACAGTAACTAAGGAGGGCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83114	TGCCAGGTACGAAAGCTTGACAGGCCTAGCAACAGTAACTAAGGAGGGCA	83163

CT027651.10	101	GGGCTTTTGGAATAATATGAAAGGGCCCATTGGCATAATATGACACTACA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83164	GGGCTTTTGGAATAATATGAAAGGGCCCATTGGCATAATATGACACTACA	83213

CT027651.10	151	AGAATACGTTTGTGTGCACAAAAAAAACGACTTTATTCACAGCAACTTCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83214	AGAATACGTTTGTGTGCACAAAAAAAACGACTTTATTCACAGCAACTTCT	83263

CT027651.10	201	CCTCAGTGTCAGTATAATGTGCATGTGATGCATGAAGAGTGATGTGCTCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83264	CCTCAGTGTCAGTATAATGTGCATGTGATGCATGAAGAGTGATGTGCTCC	83313

CT027651.10	251	TTAGTCGTGTTGTGCTTGCTTGGTCGTGTCTCTGACACATACTTTAGATG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83314	TTAGTCGTGTTGTGCTTGCTTGGTCGTGTCTCTGACACATACTTTAGATG	83363

CT027651.10	301	TACCTGTGCTATTTTCACACAGAGGAAGTCGAGCACGGTGATCCGGGGTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83364	TACCTGTGCTATTTTCACACAGAGGAAGTCGAGCACGGTGATCCGGGGTA	83413

CT027651.10	351	TAGAACAGTGCACAGTGCTTATGAAAGTGCACCCTATACTGAAACTGTGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83414	TAGAACAGTGCACAGTGCTTATGAAAGTGCACCCTATACTGAAACTGTGA	83463

CT027651.10	401	AAAAATAATCAGATTGAACCACTTAAGACATTTGATCTGTTTTTAAAATG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83464	AAAAATAATCAGATTGAACCACTTAAGACATTTGATCTGTTTTTAAAATG	83513

CT027651.10	451	TTTTGGGGTATCTTTCTTTGAAAGAGTCAGGATTATTGCTTTCTATAGAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83514	TTTTGGGGTATCTTTCTTTGAAAGAGTCAGGATTATTGCTTTCTATAGAA	83563

CT027651.10	501	GATCAGAGAGCTCTCAGATTTCATCCAAAAAATCTTCATTTGTTTTCTGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83564	GATCAGAGAGCTCTCAGATTTCATCCAAAAAATCTTCATTTGTTTTCTGA	83613

CT027651.10	551	AGATAAACGAAGATCTCTGTGATTTGGAACGACACGAGGATGTTTACTGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83614	AGATAAACGAAGATCTCTGTGATTTGGAACGACACGAGGATGTTTACTGA	83663

CT027651.10	601	CAGACTTTTTTTTCGGGTAAACATTTCAAGCTCTAATTTCTACAAAAAAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83664	CAGACTTTTTTTTCGGGTAAACATTTCAAGCTCTAATTTCTACAAAAAAT	83713

CT027651.10	651	TTAAATAAAGCTCCTCGCTTCTCGCAACCCCGTCCCAACCCCCCATCAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83714	TTAAATAAAGCTCCTCGCTTCTCGCAACCCCGTCCCAACCCCCCATCAGT	83763

CT027651.10	701	GTTTTTTGTTATCTCATGTTCATTAGTCATGTTTATTGCATTATTTTAGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83764	GTTTTTTGTTATCTCATGTTCATTAGTCATGTTTATTGCATTATTTTAGT	83813

CT027651.10	751	TTTATTTGTGTTACAATGATGGTGTTAAGAAGTTGTGTGAATGACACTGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83814	TTTATTTGTGTTACAATGATGGTGTTAAGAAGTTGTGTGAATGACACTGA	83863

CT027651.10	801	GCAGCTTCTGTATACTAACATAATATTAGTATGCAAAATTTTACAGTTAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83864	GCAGCTTCTGTATACTAACATAATATTAGTATGCAAAATTTTACAGTTAT	83913

CT027651.10	851	TTTTATAGTATATATATATTTATATATATTATAGTATATAAGTATAGTAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83914	TTTTATAGTATATATATATTTATATATATTATAGTATATAAGTATAGTAT	83963

CT027651.10	901	ATATTATAAATATATATATATATAGTATATATATATTTATAATATAATTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	83964	ATATTATAAATATATATATATATAGTATATATATATTTATAATATAATTT	84013

CT027651.10	951	TATATTATTTTTTATACATCAAAGCTTTATTTTTTATTTTTCCCCAGAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84014	TATATTATTTTTTATACATCAAAGCTTTATTTTTTATTTTTCCCCAGAAT	84063

CT027651.10	1001	AAAGCCCTTCAGACTTACACACCATCTGATAAGCCTGTCAGGCTTTATTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84064	AAAGCCCTTCAGACTTACACACCATCTGATAAGCCTGTCAGGCTTTATTT	84113

CT027651.10	1051	TGCATTTAATCTTTATTGAATGCAAGATTTTGTGACTGAAAACCAAAGCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84114	TGCATTTAATCTTTATTGAATGCAAGATTTTGTGACTGAAAACCAAAGCA	84163

CT027651.10	1101	TTCACATCTCATCAGCAATGTCCTGGCCATTCATCAACTCCGACAGTTTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84164	TTCACATCTCATCAGCAATGTCCTGGCCATTCATCAACTCCGACAGTTTG	84213

CT027651.10	1151	TGCTTGATTTAGGTAAGAGATCTTCTGGGCCACTCGCCCTCTGTGCAGAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84214	TGCTTGATTTAGGTAAGAGATCTTCTGGGCCACTCGCCCTCTGTGCAGAT	84263

CT027651.10	1201	GTTGCACGGTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA	1250
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
BX927199.5	84264	GTTGCACGGTCACACACACACACACACACACACACACAC-----------	84302

CT027651.10	1251	CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA	1300
			                                                  
BX927199.5	84303	--------------------------------------------------	84302

CT027651.10	1301	CACACACACACACACACACACTATAAGTCTGCTTGCATTAATCAGAGGCT	1350
			                     |||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84303	---------------------TATAAGTCTGCTTGCATTAATCAGAGGCT	84331

CT027651.10	1351	TCCTGATTGATCGGGGGAGGATGAGCTGTTTGATCACATCCCGCCCTTCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84332	TCCTGATTGATCGGGGGAGGATGAGCTGTTTGATCACATCCCGCCCTTCA	84381

CT027651.10	1401	CTTCACCCGCTCTCCTTCCTCTTCCAGCGCTTCTGGCAGCTGTTCAGATC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84382	CTTCACCCGCTCTCCTTCCTCTTCCAGCGCTTCTGGCAGCTGTTCAGATC	84431

CT027651.10	1451	TGACACAGTAGCACTTTAGGGAGGACCAGGTGATGTTTTATGAATCTTCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84432	TGACACAGTAGCACTTTAGGGAGGACCAGGTGATGTTTTATGAATCTTCA	84481

CT027651.10	1501	GAAGAGTACAGGGGGAAAGAGGCATAAAGTTCACTCGGATCAGGCCCTGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84482	GAAGAGTACAGGGGGAAAGAGGCATAAAGTTCACTCGGATCAGGCCCTGA	84531

CT027651.10	1551	CTATCCTAATCTTTTGTTTCAAAGCTAATATTGTCGTTTTATACAACAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84532	CTATCCTAATCTTTTGTTTCAAAGCTAATATTGTCGTTTTATACAACAAT	84581

CT027651.10	1601	CAATTTAGATTTTCTTTCAATTTAGATTCTAAGTAATCTGATCATATAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84582	CAATTTAGATTTTCTTTCAATTTAGATTCTAAGTAATCTGATCATATAAA	84631

CT027651.10	1651	TAAAATAAAAAACTGACGAAATAAAATCAAAAGGTTACAAATAGTTCATG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84632	TAAAATAAAAAACTGACGAAATAAAATCAAAAGGTTACAAATAGTTCATG	84681

CT027651.10	1701	ATAAACTGTGACTCTTTTGCCACAGGGTAAAACTGGTAACAGTAAAACTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84682	ATAAACTGTGACTCTTTTGCCACAGGGTAAAACTGGTAACAGTAAAACTG	84731

CT027651.10	1751	GTATCTGGTAACAGTATCCAGATATTGTTACATCAGCAGCTCTTTCCTCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84732	GTATCTGGTAACAGTATCCAGATATTGTTACATCAGCAGCTCTTTCCTCA	84781

CT027651.10	1801	CTCAGCAACAAATGTGCCATGATAGATAATAGCCCTTAAAATCCTTCTCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84782	CTCAGCAACAAATGTGCCATGATAGATAATAGCCCTTAAAATCCTTCTCC	84831

CT027651.10	1851	GCATTCACTCATTAAACTCAGGAAGACAAAAGGTAATTTATCACTCAGGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84832	GCATTCACTCATTAAACTCAGGAAGACAAAAGGTAATTTATCACTCAGGA	84881

CT027651.10	1901	AATCCTGATATTGCCCATTCCAGCTCCAAGCAAAACTAGCACACGCTCCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84882	AATCCTGATATTGCCCATTCCAGCTCCAAGCAAAACTAGCACACGCTCCC	84931

CT027651.10	1951	TTATTAAAACTCTGCCCAAGGGGCTGAATCTAGTTTACTTTCTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84932	TTATTAAAACTCTGCCCAAGGGGCTGAATCTAGTTTACTTTCTGGAATTC	84981

Compact alignment

skip 1200 bps 100% identity alignment

CT027651.10	1201	GTTGCACGGTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA	1250
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
BX927199.5	84264	GTTGCACGGTCACACACACACACACACACACACACACAC-----------	84302

CT027651.10	1251	CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA	1300
			                                                  
BX927199.5	84303	--------------------------------------------------	84302

CT027651.10	1301	CACACACACACACACACACACTATAAGTCTGCTTGCATTAATCAGAGGCT	1350
			                     |||||||||||||||||||||||||||||
BX927199.5	84303	---------------------TATAAGTCTGCTTGCATTAATCAGAGGCT	84331

skip 650 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT027651.10 - 3994 bps
Hit
BX927199.5 - 84981 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link