<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT573211.15	2000	GAATTCTGCAAGGAATTCTGAGGGGTGTACAGCAGCTGTGAAACCCTCGC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1	GAATTCTGCAAGGAATTCTGAGGGGTGTACAGCAGCTGTGAAACCCTCGC	50

C  CT573211.15	1950	CATCCCCCCACGAGCCGCTCTGATCTGCTCAGACGCTCGCCGTGGCACTG	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	51	CATCCCCCCACGAGCCGCTCTGATCTGCTCAGACGCTCGCCGTGGCACTG	100

C  CT573211.15	1900	CACATCGAGCAGCGAGTGTGGCATAACTACAGGATGAGCTGTCAGCGCCT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	101	CACATCGAGCAGCGAGTGTGGCATAACTACAGGATGAGCTGTCAGCGCCT	150

C  CT573211.15	1850	CGCAGGAGCCTGATCCGCCACATCATCCTGAAGGCGGCATGACATCATCG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	151	CGCAGGAGCCTGATCCGCCACATCATCCTGAAGGCGGCATGACATCATCG	200

C  CT573211.15	1800	CACAAGCCTCACAGAGCTCCTCTATCAACCTGGATGAAGCATGGATGGGT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	201	CACAAGCCTCACAGAGCTCCTCTATCAACCTGGATGAAGCATGGATGGGT	250

C  CT573211.15	1750	GGTATTTTTATCATTTGCGATATACAGTTCTAGTACAAATTTCCTCCACA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	251	GGTATTTTTATCATTTGCGATATACAGTTCTAGTACAAATTTCCTCCACA	300

C  CT573211.15	1700	ATGAGAATTAGTCATCCAGGGACAATAATGATAAAACCAACTCTTTGGAA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	301	ATGAGAATTAGTCATCCAGGGACAATAATGATAAAACCAACTCTTTGGAA	350

C  CT573211.15	1650	CCTACCTATAAAATCGGAATTATATGTTGAGAAGGCTGTAAAAAAATCAA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	351	CCTACCTATAAAATCGGAATTATATGTTGAGAAGGCTGTAAAAAAATCAA	400

C  CT573211.15	1600	TCCGTGAAATGAATAAATGTACAACAGTAGCATGCATATGTTAACCTGTT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	401	TCCGTGAAATGAATAAATGTACAACAGTAGCATGCATATGTTAACCTGTT	450

C  CT573211.15	1550	TACAATACGATATTCTGGCAAATTTACTCTAAATTTACTTCATAATATCA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	451	TACAATACGATATTCTGGCAAATTTACTCTAAATTTACTTCATAATATCA	500

C  CT573211.15	1500	GTCTAGTGTTTGAAATGACTTTGTTTGAATGGCATGGTTTCGTACTACAG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	501	GTCTAGTGTTTGAAATGACTTTGTTTGAATGGCATGGTTTCGTACTACAG	550

C  CT573211.15	1450	AAGAAATCATACTATTTTATAGGAATAAATGTTGATTAGCATTATGAAAA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	551	AAGAAATCATACTATTTTATAGGAATAAATGTTGATTAGCATTATGAAAA	600

C  CT573211.15	1400	CACTTTATGTTAGGATTCTGCCACTTTGATCTTGTTAATTCCTGTTTTGG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	601	CACTTTATGTTAGGATTCTGCCACTTTGATCTTGTTAATTCCTGTTTTGG	650

C  CT573211.15	1350	TGGCAGAGTCAGGACACTAGTTCTGTCATGTCTTGTATGTTCTGCTCGGT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	651	TGGCAGAGTCAGGACACTAGTTCTGTCATGTCTTGTATGTTCTGCTCGGT	700

C  CT573211.15	1300	TCGAGTTTTCTCAGGTTGAGCACTCATTTTCCAGTCACTGTCTGTCTTTG	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	701	TCGAGTTTTCTCAGGTTGAGCACTCATTTTCCAGTCACTGTCTGTCTTTG	750

C  CT573211.15	1250	TCTTTGTATGAGCTCTGTCTTGGCTGCACTCAAGCCGTATGGTTAAAGAA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	751	TCTTTGTATGAGCTCTGTCTTGGCTGCACTCAAGCCGTATGGTTAAAGAA	800

C  CT573211.15	1200	TTCTCTCATTGGATGTGTTCTAGTCCTGTTTTCTCGTGAGCACATGGCTT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	801	TTCTCTCATTGGATGTGTTCTAGTCCTGTTTTCTCGTGAGCACATGGCTT	850

C  CT573211.15	1150	GTGTTGTTTCTTTGCGTCATGTGCTCCTGCCTATTGTCTAGTTCCACCCT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	851	GTGTTGTTTCTTTGCGTCATGTGCTCCTGCCTATTGTCTAGTTCCACCCT	900

C  CT573211.15	1100	TCTTGTTAACCCATTATTCATTTATTCAGTTCATCTGTTTGATTCTTAAT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	901	TCTTGTTAACCCATTATTCATTTATTCAGTTCATCTGTTTGATTCTTAAT	950

C  CT573211.15	1050	TCTTTCTCTTTATAGCTTCCTCTTGTCTGCTGTCCTGTGCCAGTTCGTCA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	951	TCTTTCTCTTTATAGCTTCCTCTTGTCTGCTGTCCTGTGCCAGTTCGTCA	1000

C  CT573211.15	1000	TATGTCATACTTTATGTTCCTGTCGTGTTTTGTTCTGAACTTTCCTGCCA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1001	TATGTCATACTTTATGTTCCTGTCGTGTTTTGTTCTGAACTTTCCTGCCA	1050

C  CT573211.15	950	GCCCAGCCAAGTCTGTTTTTGTCTTTTAGTTATGTTATTCTGCCTCAGGG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1051	GCCCAGCCAAGTCTGTTTTTGTCTTTTAGTTATGTTATTCTGCCTCAGGG	1100

C  CT573211.15	900	TGTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAGGTTTTGTTTTATTTTTTATTAATAAAC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1101	TGTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAGGTTTTGTTTTATTTTTTATTAATAAAC	1150

C  CT573211.15	850	CTATCATTTTCTTGAACTTTAGTTTTTGCTCCTTTCCCCACCTACTGACC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1151	CTATCATTTTCTTGAACTTTAGTTTTTGCTCCTTTCCCCACCTACTGACC	1200

C  CT573211.15	800	GTGACCTTTTATGCCTATACAAATACATAAGATGTTTTAAAGAACACAGA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1201	GTGACCTTTTATGCCTATACAAATACATAAGATGTTTTAAAGAACACAGA	1250

C  CT573211.15	750	TAAACCATACATTGTAACACTAGTATATTTATTCTATCTTGTTTTCTGTA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1251	TAAACCATACATTGTAACACTAGTATATTTATTCTATCTTGTTTTCTGTA	1300

C  CT573211.15	700	TTCTTCTGTGATGCAAATGTGTATTTTATGTGTGAGAGTGCCCTCTAACT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1301	TTCTTCTGTGATGCAAATGTGTATTTTATGTGTGAGAGTGCCCTCTAACT	1350

C  CT573211.15	650	TCTAGTATGATTCCAACAAATATTATATTACATGTGTGCTCACAATACCC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1351	TCTAGTATGATTCCAACAAATATTATATTACATGTGTGCTCACAATACCC	1400

C  CT573211.15	600	TGTTCATTTATTTTATTTCATTAATATTTTTACATCAATTAGGAAAGATA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1401	TGTTCATTTATTTTATTTCATTAATATTTTTACATCAATTAGGAAAGATA	1450

C  CT573211.15	550	GTGCTCCTCTTTAAAGATATTGGGTTTTTTTTCAAGTCACTTAGCGGTTA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1451	GTGCTCCTCTTTAAAGATATTGGGTTTTTTTTCAAGTCACTTAGCGGTTA	1500

C  CT573211.15	500	CATACCAACTGTCAGAATTATTAGCCCACCTGTATATTTTTTTCCCCAAT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1501	CATACCAACTGTCAGAATTATTAGCCCACCTGTATATTTTTTTCCCCAAT	1550

C  CT573211.15	450	TTCTGTTTAACGGAGAGCAATTTTTTTTCAACACATTTCTAATCATAAAA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1551	TTCTGTTTAACGGAGAGCAATTTTTTTTCAACACATTTCTAATCATAAAA	1600

C  CT573211.15	400	GTTTTAATAACTCATTTCTTATAGCTGATTTATTTTATCTTTGCCATGAT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1601	GTTTTAATAACTCATTTCTTATAGCTGATTTATTTTATCTTTGCCATGAT	1650

C  CT573211.15	350	GACAGTTAATAATATTTTATTGAATATTTTTCGAGACACTTCTATACAGC	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1651	GACAGTTAATAATATTTTATTGAATATTTTTCGAGACACTTCTATACAGC	1700

C  CT573211.15	300	TTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTTAACTAGACAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1701	TTAAAGTGACATTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTTAACTAGACAA	1750

C  CT573211.15	250	GTAAAGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAACGATGGTTTGTTCTGTAGAC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1751	GTAAAGGTAATTAGGCAAGTTATTGTATAACGATGGTTTGTTCTGTAGAC	1800

C  CT573211.15	200	TACTGGGAAAAATAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGACCTTAAAATGGT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1801	TACTGGGAAAAATAGCTTAAAGGGGCTAATAATTTTGACCTTAAAATGGT	1850

C  CT573211.15	150	TTTATAAAAATTAAAAACTGCTTTTATCCTAGCCGAAATAAAACAAATAA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1851	TTTATAAAAATTAAAAACTGCTTTTATCCTAGCCGAAATAAAACAAATAA	1900

C  CT573211.15	100	GACTTTCTCCAGAACAAAAAAATATTATCAGACATACTTTGAAAATTTCC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1901	GACTTTCTCCAGAACAAAAAAATATTATCAGACATACTTTGAAAATTTCC	1950

C  CT573211.15	50	TTTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATTAAAAAATTAAAAAATAAAAATTC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927109.13	1951	TTTCTGTTAAACATCATTTGGGAAATTAAAAAATTAAAAAATAAAAATTC	2000

Overview

Query
CT573211.15 - 81362 bps
Hit
BX927109.13 - 169784 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001924200012000-1120001
283.8420352055863563821151720361
380.9110426438431386941294232031
487.1122546224631720276591
585.171122091221112419129735299431
681.9913434993749722-138707390671
785.0316137525399-161390617631
891.3710013861826319165236653741
986.3819640425428168059684621
1091.081042117488075090176241764531
1192.491172137617876390176242764541
1282.6315544825472181215816691
1381.39124321992510245-196386967181
1485.892104375583356269199009994401
1587.2820940087486-199037994371
1689.0612619299251011611009201011111
1784.94189491748557534511129401134301
1885.761532874056340849-11243411246351
1982.96992211002810248-11427861430081
2087.912103992742511484161488121
2183.647310104388344892-11570151580201
2286.832344622548611583111587731
Short-link