<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR318605.17	1	GTGAGGAGGCTCATTACAGAATACAGAGGCAAAGAGAGACTGACAGAAGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	133773	GTGAGGAGGCTCATTACAGAATACAGAGGCAAAGAGAGACTGACAGAAGC	133822

CR318605.17	51	AGGGAGAAAAAGACACTAATTTAGTGTCAAAGGGGATAAAAAAGCTTAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	133823	AGGGAGAAAAAGACACTAATTTAGTGTCAAAGGGGATAAAAAAGCTTAAA	133872

CR318605.17	101	CTTGTTAAAAAAAAATGACTTTCTGATTGTTTTTTTAATCTATTATTCCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	133873	CTTGTTAAAAAAAAATGACTTTCTGATTGTTTTTTTAATCTATTATTCCA	133922

CR318605.17	151	CATCCCTGATAAAGTCTATAATCTCATATGCACCATCAATAAACCATAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	133923	CATCCCTGATAAAGTCTATAATCTCATATGCACCATCAATAAACCATAAT	133972

CR318605.17	201	CGTTTTCTGTAAATGTGTAGTTGGCTCTATTTTAACGTTCTAGGCGCAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	133973	CGTTTTCTGTAAATGTGTAGTTGGCTCTATTTTAACGTTCTAGGCGCAAA	134022

CR318605.17	251	GTCTAAAGTATTCGTATCCGAATCCACTTTTGCTATTTTAAGAACAGAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134023	GTCTAAAGTATTCGTATCCGAATCCACTTTTGCTATTTTAAGAACAGAAA	134072

CR318605.17	301	AATACGCTCTGCGCCACCCTCTGGTGCAAGGTCTAACTGGTTTGTGCTGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134073	AATACGCTCTGCGCCACCCTCTGGTGCAAGGTCTAACTGGTTTGTGCTGA	134122

CR318605.17	351	TTCTCTAATTAAGTTATGGGTGTGTTTTGAGCGTAACCTGCATTAAACCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134123	TTCTCTAATTAAGTTATGGGTGTGTTTTGAGCGTAACCTGCATTAAACCA	134172

CR318605.17	401	ATCAGAGTCTCATCTCACATTCCCTTTAAGAGTCTGTTGCGTCACGTCAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134173	ATCAGAGTCTCATCTCACATTCCCTTTAAGAGTCTGTTGCGTCACGTCAT	134222

CR318605.17	451	GGCGCATTCGCAATTAACAGTGAAATTTGTAAGTGGAAAAACTGAACACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134223	GGCGCATTCGCAATTAACAGTGAAATTTGTAAGTGGAAAAACTGAACACT	134272

CR318605.17	501	TCACTAGCGAGAAAACATTCAATCTGTGCAGAGATAAAGAATGAGCCTCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134273	TCACTAGCGAGAAAACATTCAATCTGTGCAGAGATAAAGAATGAGCCTCC	134322

CR318605.17	551	ATCATCTTTTTACTTTTACTATTTACCTTATTGCACCAGGTGTATAATAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134323	ATCATCTTTTTACTTTTACTATTTACCTTATTGCACCAGGTGTATAATAG	134372

CR318605.17	601	GGCCCTCAAACTGTGGCTTTTGAAGTTTTGAACTACATTTGGATAACTTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134373	GGCCCTCAAACTGTGGCTTTTGAAGTTTTGAACTACATTTGGATAACTTA	134422

CR318605.17	651	TACATTCTCTGTCACCGTTGTCATAGTTTGGTATTTCCACAGTAATTTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134423	TACATTCTCTGTCACCGTTGTCATAGTTTGGTATTTCCACAGTAATTTTT	134472

CR318605.17	701	AATATCAAACAAACATAACAATTTATATAAGTTACATGAACTATAATTGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134473	AATATCAAACAAACATAACAATTTATATAAGTTACATGAACTATAATTGA	134522

CR318605.17	751	TAGTCACATAATTAAAACACATTTCACATGATGAAAAAAACAAAAGTATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134523	TAGTCACATAATTAAAACACATTTCACATGATGAAAAAAACAAAAGTATA	134572

CR318605.17	801	TCTAATTCACATTCGCATGACCATCTTTCACTAGAATAGACTAGAGCAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134573	TCTAATTCACATTCGCATGACCATCTTTCACTAGAATAGACTAGAGCAAA	134622

CR318605.17	851	AACACTGCTACTGTATAAACTCATCAATATATTCATGAATTTAATTCATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134623	AACACTGCTACTGTATAAACTCATCAATATATTCATGAATTTAATTCATA	134672

CR318605.17	901	TATATAAAAATCAACAAAAAGGTTATGGGTTTAATTCCCAAGATAAGCAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134673	TATATAAAAATCAACAAAAAGGTTATGGGTTTAATTCCCAAGATAAGCAA	134722

CR318605.17	951	GAAGAACTAATAATACAACAAAAAAAAAAAATCTTGAATGCAATATATCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134723	GAAGAACTAATAATACAACAAAAAAAAAAAATCTTGAATGCAATATATCA	134772

CR318605.17	1001	TATTCAAAAACCAGCATTAATTAAGTAAAAAAGTTATACCAACAAACAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134773	TATTCAAAAACCAGCATTAATTAAGTAAAAAAGTTATACCAACAAACAGA	134822

CR318605.17	1051	AGCCCACAATGCAATACAATACATTTATAAATAAGATTACTGACTCAAAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134823	AGCCCACAATGCAATACAATACATTTATAAATAAGATTACTGACTCAAAC	134872

CR318605.17	1101	AAATATTTTAATCAATGATGTTAAAATTTCTCTTTTAACACTATATCCCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134873	AAATATTTTAATCAATGATGTTAAAATTTCTCTTTTAACACTATATCCCC	134922

CR318605.17	1151	TCAGTTACTATCATTACAAAAACAATAGAGCAGCAGACTGTATTAGCCTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134923	TCAGTTACTATCATTACAAAAACAATAGAGCAGCAGACTGTATTAGCCTA	134972

CR318605.17	1201	AGTAGAAAAAAAAACAGGAGGCACGACACCACTTTACAGCTAGTGCTACT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	134973	AGTAGAAAAAAAAACAGGAGGCACGACACCACTTTACAGCTAGTGCTACT	135022

CR318605.17	1251	TCACCGCAGTCAGCAGTTTCCTGACAGTGGTTTGTGATGTCCGATAGCTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	135023	TCACCGCAGTCAGCAGTTTCCTGACAGTGGTTTGTGATGTCCGATAGCTC	135072

CR318605.17	1301	AATTGCTCAAACAGAATGTGTCGCGAGTACAGCGGCGTCCAAACAACAGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	135073	AATTGCTCAAACAGAATGTGTCGCGAGTACAGCGGCGTCCAAACAACAGT	135122

CR318605.17	1351	CGAGCTTTGATTATTGAAGTCGAGGGGAGGTTCAGTAAGCAGCAGCGTTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	135123	CGAGCTTTGATTATTGAAGTCGAGGGGAGGTTCAGTAAGCAGCAGCGTTT	135172

CR318605.17	1401	CTGCTTGATCCAAAGGAGGCATCCCCGGGGATGTTAATAAAACATTTTGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	135173	CTGCTTGATCCAAAGGAGGCATCCCCGGGGATGTTAATAAAACATTTTGC	135222

CR318605.17	1451	TCATTGTGGAAAGTAATGACCAACAATGTAAACTTGTGACTCGACAACAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	135223	TCATTGTGGAAAGTAATGACCAACAATGTAAACTTGTGACTCGACAACAG	135272

CR318605.17	1501	ATGTTGGCATGCTTGGTGGAAACAAGGTGCTGTAAAATTAATTTGGTCTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	135273	ATGTTGGCATGCTTGGTGGAAACAAGGTGCTGTAAAATTAATTTGGTCTA	135322

CR318605.17	1551	AATAATTTACTGCATGCATTACGTGCTCAAGGAAGTAGACAAGGATGATT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	135323	AATAATTTACTGCATGCATTACGTGCTCAAGGAAGTAGACAAGGATGATT	135372

CR318605.17	1601	GGTGGGCACCGACAACAATGAGAGACTCGCACACGGCGAGAGAAACTATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	135373	GGTGGGCACCGACAACAATGAGAGACTCGCACACGGCGAGAGAAACTATT	135422

CR318605.17	1651	CAATTAAACCAGATGAGGTCTGTTAGGAAAACAGGCGAAGAGAATGATCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	135423	CAATTAAACCAGATGAGGTCTGTTAGGAAAACAGGCGAAGAGAATGATCA	135472

CR318605.17	1701	AATATGCTCTAAAAACATCACACAATCACACAAATGCCGACAGAGGACCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	135473	AATATGCTCTAAAAACATCACACAATCACACAAATGCCGACAGAGGACCC	135522

CR318605.17	1751	GCTGTGATTTATATTTAATTGGGCTTTATTATTTAATAATGTCACTTCAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	135523	GCTGTGATTTATATTTAATTGGGCTTTATTATTTAATAATGTCACTTCAA	135572

CR318605.17	1801	AGCGAGCAGCAGGAAACTTGCTGAAGATGTTTTCCAAATTAAATTAAATC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	135573	AGCGAGCAGCAGGAAACTTGCTGAAGATGTTTTCCAAATTAAATTAAATC	135622

CR318605.17	1851	AAATTAATAACTGACAAACATGCCAGTGATTTGGGTGCAAAACATGCAAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	135623	AAATTAATAACTGACAAACATGCCAGTGATTTGGGTGCAAAACATGCAAG	135672

CR318605.17	1901	TGTTTGTTGTTGTTTGATTTCCCGCTCTCTTTCCCCCAAGACTGGGAAGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	135673	TGTTTGTTGTTGTTTGATTTCCCGCTCTCTTTCCCCCAAGACTGGGAAGA	135722

CR318605.17	1951	GAAGAAGAAGAAGAAGAAAAAAGTGTGACACCAAGAACCTCTGTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927107.9	135723	GAAGAAGAAGAAGAAGAAAAAAGTGTGACACCAAGAACCTCTGTGAATTC	135772

Overview

Query
CR318605.17 - 110124 bps
Hit
BX927107.9 - 135772 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193320001200011337731357721
283.971322622606626327-117807180681
387.62671142590626019-118092182041
483.26902329098391214-124356245821
595.57148203102044102246153414536161
685.29691349953999672165164652991
787.1610718354705652165178653641
879.03932663312133386165271655371
980.45715255335684-171414715661
1079.19532078863588841-178043782631
1185.321542883172832015-183752840441
1283.76541143143531548-184225843411
1388.71151861743917624187461876461
1484.31741515533568311023571025091
1589.91761093324633354-11030761031841
1680.135815954735631-11032531034131
1782.76531169955699671-11032981034131
1883.34851982791228109-11076701078611
1983.34661621746617627-11106381108051
2084.52871671726617432-11108811110481
2177.979935810795110830811193651197181
2286.4987148172651741211267521268991
2384.0287186174391762411269701271631
Short-link