<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX649598.17	213741	GAATTCCATCTACATACCAATTAATTCTCATTAGATTATGAGTAGACTGT	213692
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	95505	GAATTCCATCTACATACCAATTAATTCTCATTAGATTATGAGTAGACTGT	95554

C  BX649598.17	213691	TAGGTTGGGGTTGGGCTTAGTGTAAGTTGACATTTACTTGCAAAGTTTCT	213642
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	95555	TAGGTTGGGGTTGGGCTTAGTGTAAGTTGACATTTACTTGCAAAGTTTCT	95604

C  BX649598.17	213641	CATATCAGTTAAATGTCTGTTGAAGAAGCAGCATCAGCAGATATTAAGCA	213592
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	95605	CATATCAGTTAAATGTCTGTTGAAGAAGCAGCATCAGCAGATATTAAGCA	95654

C  BX649598.17	213591	GGCAGTCCACTAATACTCAATCGAACCATCAAAATAAAGTGTAACCTTAA	213542
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	95655	GGCAGTCCACTAATACTCAATCGAACCATCAAAATAAAGTGTAACCTTAA	95704

C  BX649598.17	213541	TGTCTACATCTTTCCTAACCCTAAACCCAACCGTCGCAGTAGCATGGATG	213492
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	95705	TGTCTACATCTTTCCTAACCCTAAACCCAACCGTCGCAGTAGCATGGATG	95754

C  BX649598.17	213491	TTACATTAGTGGGCGTTACGATGTCCATTTTAACCGCCTCGCCGTACCGT	213442
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	95755	TTACATTAGTGGGCGTTACGATGTCCATTTTAACCGCCTCGCCGTACCGT	95804

C  BX649598.17	213441	ACCTTGCGTGTTTGCTGATGTGCACCTAGAGTTAAAAAATGTGCTATGTC	213392
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	95805	ACCTTGCGTGTTTGCTGATGTGCACCTAGAGTTAAAAAATGTGCTATGTC	95854

C  BX649598.17	213391	AATCTTTTTCATTTTCCAGCCAAATGAAAGCTGAGGGGTGAGATTTCCGT	213342
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	95855	AATCTTTTTCATTTTCCAGCCAAATGAAAGCTGAGGGGTGAGATTTCCGT	95904

C  BX649598.17	213341	TGAAATAACAGCAGTGTTTGTGTTAGAATTAGACCTGGTCCAGTACATCA	213292
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	95905	TGAAATAACAGCAGTGTTTGTGTTAGAATTAGACCTGGTCCAGTACATCA	95954

C  BX649598.17	213291	ATATGCTGCAGACTGCAGCGAGGACATCTTGTTCAGTTTTAGTTTGCTAC	213242
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	95955	ATATGCTGCAGACTGCAGCGAGGACATCTTGTTCAGTTTTAGTTTGCTAC	96004

C  BX649598.17	213241	AAAGAAATGATGCACAAAAAGAAGCTCCCCCCTACTCAATAATCTATTTC	213192
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96005	AAAGAAATGATGCACAAAAAGAAGCTCCCCCCTACTCAATAATCTATTTC	96054

C  BX649598.17	213191	AGTTGGAAGTACATCAACATACTGAAATGAAAGTCTCCGCAATGTCTGGT	213142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96055	AGTTGGAAGTACATCAACATACTGAAATGAAAGTCTCCGCAATGTCTGGT	96104

C  BX649598.17	213141	TCACCCAGACTTTAAAAAAATGAATTAATCTTTAAATTAAATGATGATCG	213092
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96105	TCACCCAGACTTTAAAAAAATGAATTAATCTTTAAATTAAATGATGATCG	96154

C  BX649598.17	213091	ATTCTGGGAATTTTTGGAATTTGATATCACCAATCTGTGTGTATAATGTG	213042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96155	ATTCTGGGAATTTTTGGAATTTGATATCACCAATCTGTGTGTATAATGTG	96204

C  BX649598.17	213041	TTGATTTATTTACTGTATTAGTTCTTTGTGATTTATCTGTTTTCTTGTGT	212992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96205	TTGATTTATTTACTGTATTAGTTCTTTGTGATTTATCTGTTTTCTTGTGT	96254

C  BX649598.17	212991	CACGTCTTCAGTGGGATTTGTATGGAGTGTGCCTTACAGCTGGAAACATG	212942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96255	CACGTCTTCAGTGGGATTTGTATGGAGTGTGCCTTACAGCTGGAAACATG	96304

C  BX649598.17	212941	CCCACTGTGTCGTCAAGACATCAAGACACGAGTCAGACTCATTTCCCACG	212892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96305	CCCACTGTGTCGTCAAGACATCAAGACACGAGTCAGACTCATTTCCCACG	96354

C  BX649598.17	212891	TGTCCTGACATCAGCCCATCAACCCTAAATGTGGACTTTCCCCATCAAGC	212842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96355	TGTCCTGACATCAGCCCATCAACCCTAAATGTGGACTTTCCCCATCAAGC	96404

C  BX649598.17	212841	TTCCATCCTGTCCAGTCCCTTCAGTCCGAAAGATCGACCTGACCAATCGA	212792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96405	TTCCATCCTGTCCAGTCCCTTCAGTCCGAAAGATCGACCTGACCAATCGA	96454

C  BX649598.17	212791	AACCAAGATGCTGTCTCAGGATTGGACGCAACAGCGCTGGCCTTTGACGG	212742
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96455	AACCAAGATGCTGTCTCAGGATTGGACGCAACAGCGCTGGCCTTTGACGG	96504

C  BX649598.17	212741	ATGGAGTAGATCCTCCTTTAAACTGGAGGGAAGAAGAGAGAATAATATTG	212692
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96505	ATGGAGTAGATCCTCCTTTAAACTGGAGGGAAGAAGAGAGAATAATATTG	96554

C  BX649598.17	212691	ACTGGTAGAGAAAACTACTATTGCACTCCAAGAAGGCCCCTATCAATAGA	212642
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96555	ACTGGTAGAGAAAACTACTATTGCACTCCAAGAAGGCCCCTATCAATAGA	96604

C  BX649598.17	212641	GGGCTATTCAGAAGCTGGAAAGTTTAAAGGCTGCTGAGAATTTAAATCTG	212592
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96605	GGGCTATTCAGAAGCTGGAAAGTTTAAAGGCTGCTGAGAATTTAAATCTG	96654

C  BX649598.17	212591	CATTTCCAGGAACAGCTTAAATATGGAACAAATGCATCCATTACATGCTG	212542
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96655	CATTTCCAGGAACAGCTTAAATATGGAACAAATGCATCCATTACATGCTG	96704

C  BX649598.17	212541	TTCTGTCTTTGAGTCTCTTCCCTCTCAAGCTCTGGTCAGGGTCTACTACT	212492
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96705	TTCTGTCTTTGAGTCTCTTCCCTCTCAAGCTCTGGTCAGGGTCTACTACT	96754

C  BX649598.17	212491	GTGCGTCTCTGTTCAGATGTGTTTAATATATATATACATATATATGTGAC	212442
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96755	GTGCGTCTCTGTTCAGATGTGTTTAATATATATATACATATATATGTGAC	96804

C  BX649598.17	212441	CTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTAAATCTCAACAGGAAACAGCAACAGTG	212392
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96805	CTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTAAATCTCAACAGGAAACAGCAACAGTG	96854

C  BX649598.17	212391	TCTTAACCACTTTGTTTCCTCATGCCTGCCTCAGAAAACCCATTATTTTT	212342
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96855	TCTTAACCACTTTGTTTCCTCATGCCTGCCTCAGAAAACCCATTATTTTT	96904

C  BX649598.17	212341	TGCTCTCTCAGACTTGATTGTACTTGAATCTGTTCTGGGTTGATTGCCCC	212292
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96905	TGCTCTCTCAGACTTGATTGTACTTGAATCTGTTCTGGGTTGATTGCCCC	96954

C  BX649598.17	212291	ACATTCTCAATATGGATGCGGAATGTCTTGGTGAGTCAAGACACAGTGAT	212242
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	96955	ACATTCTCAATATGGATGCGGAATGTCTTGGTGAGTCAAGACACAGTGAT	97004

C  BX649598.17	212241	TTCTTTTTTTAAAATAGTATTTTATATTGACATATGATGCAAAGTTAATT	212192
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	97005	TTCTTTTTTTAAAATAGTATTTTATATTGACATATGATGCAAAGTTAATT	97054

C  BX649598.17	212191	TAGAAATAAATTAAGCCAAATTGGAACGTTTAGATTGAGTATTAATGAGT	212142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	97055	TAGAAATAAATTAAGCCAAATTGGAACGTTTAGATTGAGTATTAATGAGT	97104

C  BX649598.17	212141	GAATATTGATTCCATCAGTCTCGAAAGGCGATTTTTAATGAGAGGAAATT	212092
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	97105	GAATATTGATTCCATCAGTCTCGAAAGGCGATTTTTAATGAGAGGAAATT	97154

C  BX649598.17	212091	TCAGAAGATTTCCGCAATGGTTAATGCACATATCAGTGTCCTTATGCTGC	212042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	97155	TCAGAAGATTTCCGCAATGGTTAATGCACATATCAGTGTCCTTATGCTGC	97204

C  BX649598.17	212041	TGATGCTTAATGTGAACTTTCTAAAGCAGTTACAAGACTGAAATCTCCAG	211992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	97205	TGATGCTTAATGTGAACTTTCTAAAGCAGTTACAAGACTGAAATCTCCAG	97254

C  BX649598.17	211991	CGCTCCCAAAGATAAGAGAGTGTGATTGAATTAAGAATCTTTCATTTTCT	211942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	97255	CGCTCCCAAAGATAAGAGAGTGTGATTGAATTAAGAATCTTTCATTTTCT	97304

C  BX649598.17	211941	GATTTGTGTTGTTTGTAATAAATGTCTGTTTATGTGTTGCTTATTGTACA	211892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	97305	GATTTGTGTTGTTTGTAATAAATGTCTGTTTATGTGTTGCTTATTGTACA	97354

C  BX649598.17	211891	TGTTGTTATCTTAGTGAATTACTCTTTTTCAACAGTAATATGTGTGAATT	211842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	97355	TGTTGTTATCTTAGTGAATTACTCTTTTTCAACAGTAATATGTGTGAATT	97404

C  BX649598.17	211841	CCAGAATACTATTTCAAGAGTTCACTCTAAGATACATTCATTCATTTAAT	211792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	97405	CCAGAATACTATTTCAAGAGTTCACTCTAAGATACATTCATTCATTTAAT	97454

C  BX649598.17	211791	TTTCGGCTTAGTCCCTTTAAGTAATCTGGGTTCACCACAGTGGAATGAAC	211742
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927097.11	97455	TTTCGGCTTAGTCCCTTTAAGTAATCTGGGTTCACCACAGTGGAATGAAC	97504

Overview

Query
BX649598.17 - 213741 bps
Hit
BX927097.11 - 97504 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019572000211742213741-195505975041
291.24991375095551091-113861139971
394.961161395095351091-114743148811
482.94109251197789198039128711289621
588.322163999417994577-131753321461
689.6128216102128102343-131926321461
785.91110219139710139928131927321461
883.71202651667016934136955372181
988.232443955743957833-146304466941
1086.792233916505465444-146304466891
1191.071171719866098830153128532951
1283.9151325114113114437153130534521
1393.431091375095551091-153322534581
1488.32871389915999296153323534591
1582144462102079102540-159236597071
1684.871232719412994399-159438597081
1782.53902634938749649-159440597081
1882.28872254938249606162520627391
1989.81127217102139102355-189082892971
2084.942404645733957802-189611900751
2191.23414814783348313193422939101
2288.48108190102090102279-193908940981
Short-link