<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL935146.13	159162	ACAGGGCCCAAATATGTTAATTAACAGACATTTTTTACCGTGCATATTCT	159211
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1	ACAGGGCCCAAATATGTTAATTAACAGACATTTTTTACCGTGCATATTCT	50

AL935146.13	159212	TCTAAATGTTAAGACAGGTTTCCCTCCAAACATGAGTTGAAACTGTTTAA	159261
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	51	TCTAAATGTTAAGACAGGTTTCCCTCCAAACATGAGTTGAAACTGTTTAA	100

AL935146.13	159262	AGATTGCAAAAAAATGAATTAAAAAATGATGTGCGTTTTTTAAGTTTTTA	159311
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	101	AGATTGCAAAAAAATGAATTAAAAAATGATGTGCGTTTTTTAAGTTTTTA	150

AL935146.13	159312	AGAGTGGCTGACTGTAGTATTGGTAACCTAGCAACCTATAGTAAAAAGGC	159361
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	151	AGAGTGGCTGACTGTAGTATTGGTAACCTAGCAACCTATAGTAAAAAGGC	200

AL935146.13	159362	AAACATGATGGAGACAGCTCATTGGTCACTTGGCTGTAATGTTTGCAATG	159411
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	201	AAACATGATGGAGACAGCTCATTGGTCACTTGGCTGTAATGTTTGCAATG	250

AL935146.13	159412	AGTTTATTCGACCAATGTGTTTCACATTAATGTTTTTTTGCAGTAATCCA	159461
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	251	AGTTTATTCGACCAATGTGTTTCACATTAATGTTTTTTTGCAGTAATCCA	300

AL935146.13	159462	AAACCAACTCGAGGGAGCATACTTTTATTTGAAATTTTTATTCTAAATTC	159511
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	301	AAACCAACTCGAGGGAGCATACTTTTATTTGAAATTTTTATTCTAAATTC	350

AL935146.13	159512	ATCATTTCCGTCAGTTGTTTTTCATGGGATCCTTCAAAAAAAAACACATT	159561
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	351	ATCATTTCCGTCAGTTGTTTTTCATGGGATCCTTCAAAAAAAAACACATT	400

AL935146.13	159562	TGATTTCACGTGAACCCTAAAAGTAAATAAATAAAAATAAAGGTGAACTG	159611
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	401	TGATTTCACGTGAACCCTAAAAGTAAATAAATAAAAATAAAGGTGAACTG	450

AL935146.13	159612	AATTTAAAAAGCTGAAATACTTATATTTTAAATCATAAAAAACTAAAATT	159661
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	451	AATTTAAAAAGCTGAAATACTTATATTTTAAATCATAAAAAACTAAAATT	500

AL935146.13	159662	GTTTAAATCCTAATTCATAAAGGCATTTTAGACTTTGTACCATTAAAATG	159711
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	501	GTTTAAATCCTAATTCATAAAGGCATTTTAGACTTTGTACCATTAAAATG	550

AL935146.13	159712	GCAACGAATGTGTCAAATTGTTTTGCAAATGAATTGTCATTTTTTAACGC	159761
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	551	GCAACGAATGTGTCAAATTGTTTTGCAAATGAATTGTCATTTTTTAACGC	600

AL935146.13	159762	AACAGACCCAGTGAGAAAATAAATTAAGCAAGCAAACAAATACACATTCC	159811
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	601	AACAGACCCAGTGAGAAAATAAATTAAGCAAGCAAACAAATACACATTCC	650

AL935146.13	159812	ACCTAACAAAATGGGTCACACATTCCAGTTTACATGTGAGTGTTTTTTGA	159861
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	651	ACCTAACAAAATGGGTCACACATTCCAGTTTACATGTGAGTGTTTTTTGA	700

AL935146.13	159862	CATCATCATTGAAGAACGGCCATTCCAAACTCAGAAGCAAATGGTCAAAC	159911
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	701	CATCATCATTGAAGAACGGCCATTCCAAACTCAGAAGCAAATGGTCAAAC	750

AL935146.13	159912	TTTGATTGACTTTTCAGTGAATTAACTTGTCCAACAGATTACTTGTTCAC	159961
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	751	TTTGATTGACTTTTCAGTGAATTAACTTGTCCAACAGATTACTTGTTCAC	800

AL935146.13	159962	CTAAAAATAACACTGTGCACTAGCAAAATAAACACTATGCATTTGGATTT	160011
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	801	CTAAAAATAACACTGTGCACTAGCAAAATAAACACTATGCATTTGGATTT	850

AL935146.13	160012	CAGAAATAAGACATTTCTTAAGATAAATTCTGAGAAACTCAAGAAGTGCA	160061
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	851	CAGAAATAAGACATTTCTTAAGATAAATTCTGAGAAACTCAAGAAGTGCA	900

AL935146.13	160062	ATTATTTAAACATAAAATATAATAAACATTTAAGATCTCAAATTTGTTAT	160111
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	901	ATTATTTAAACATAAAATATAATAAACATTTAAGATCTCAAATTTGTTAT	950

AL935146.13	160112	CCCGCTCCTCACTCCCAAGTGGTTCTAAACCAAAATTTTTTCATCTGTTG	160161
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	951	CCCGCTCCTCACTCCCAAGTGGTTCTAAACCAAAATTTTTTCATCTGTTG	1000

AL935146.13	160162	AACACAAAAACAAGATATTCTGAAGAAACACCCATTGACATCCATAGTAG	160211
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1001	AACACAAAAACAAGATATTCTGAAGAAACACCCATTGACATCCATAGTAG	1050

AL935146.13	160212	GAACATGAATTACTATGGAAGTCAATGGGTGTTCTTTCCCTTCGTGTTCA	160261
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1051	GAACATGAATTACTATGGAAGTCAATGGGTGTTCTTTCCCTTCGTGTTCA	1100

AL935146.13	160262	CAGAATAAAGTAACTCAAACAGGTTTGGATCAAGTTGAGGATGAGTAAAT	160311
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1101	CAGAATAAAGTAACTCAAACAGGTTTGGATCAAGTTGAGGATGAGTAAAT	1150

AL935146.13	160312	GATGACAGAATTTCTTTACCTTCTTCACTTTCATTCACATTACTTCATTA	160361
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1151	GATGACAGAATTTCTTTACCTTCTTCACTTTCATTCACATTACTTCATTA	1200

AL935146.13	160362	GTGAACTACCCCTTTAAGAAGAACATTCTTCTTCTTAAGCATGTTTCTTG	160411
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1201	GTGAACTACCCCTTTAAGAAGAACATTCTTCTTCTTAAGCATGTTTCTTG	1250

AL935146.13	160412	AATCTGGTCCCAGTTAGTGACACTGTATAAATGCAATACTCTAGAAATTT	160461
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1251	AATCTGGTCCCAGTTAGTGACACTGTATAAATGCAATACTCTAGAAATTT	1300

AL935146.13	160462	TGCGGTCTAGTTATAGGCCATAAAATGTAAGGTTTACTATGTTGGACTAA	160511
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1301	TGCGGTCTAGTTATAGGCCATAAAATGTAAGGTTTACTATGTTGGACTAA	1350

AL935146.13	160512	ATGCTTATTCCTTTTGTGCATTAACATGGACCGAGGGTGTGTTATGACTG	160561
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1351	ATGCTTATTCCTTTTGTGCATTAACATGGACCGAGGGTGTGTTATGACTG	1400

AL935146.13	160562	AAGTTTTCCCTCATACATCTTTGTTTATCACATTTTTTTTCTTCTTCTCA	160611
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1401	AAGTTTTCCCTCATACATCTTTGTTTATCACATTTTTTTTCTTCTTCTCA	1450

AL935146.13	160612	CGTGTGACGGCTGTTTTTGTAGGTGGTTTTATTTATAAGCACCCGTGGAA	160661
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1451	CGTGTGACGGCTGTTTTTGTAGGTGGTTTTATTTATAAGCACCCGTGGAA	1500

AL935146.13	160662	AGCCTTCTAAAAGCACTAATGGAATGAACGTGTTTATGTTGTCATAATAC	160711
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1501	AGCCTTCTAAAAGCACTAATGGAATGAACGTGTTTATGTTGTCATAATAC	1550

AL935146.13	160712	ATCAGCAAATGGTCCATTCTCATGCATGATGCCCACGTCTCAAGCGCGAG	160761
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1551	ATCAGCAAATGGTCCATTCTCATGCATGATGCCCACGTCTCAAGCGCGAG	1600

AL935146.13	160762	TTACCTGTTTCGACTACGATAAAGTGATACTAGATCAACTGCACAAATGA	160811
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1601	TTACCTGTTTCGACTACGATAAAGTGATACTAGATCAACTGCACAAATGA	1650

AL935146.13	160812	CGCAGGCGGTCTTATCACCAAGACGAATGTCTGGAGCGCATAGTAGGTGA	160861
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1651	CGCAGGCGGTCTTATCACCAAGACGAATGTCTGGAGCGCATAGTAGGTGA	1700

AL935146.13	160862	ATATTTATTGAAGACTCGTCTTTGAGTGTCTCCGGAGTGCAGTTAATCTT	160911
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1701	ATATTTATTGAAGACTCGTCTTTGAGTGTCTCCGGAGTGCAGTTAATCTT	1750

AL935146.13	160912	TGCTTAAACCTCCCCAGAACGAGTTTCAGCCATCCACTTATAAAAAAAAA	160961
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1751	TGCTTAAACCTCCCCAGAACGAGTTTCAGCCATCCACTTATAAAAAAAAA	1800

AL935146.13	160962	ACACACGGTTTATTAGCACATTTGAGCGCTGTGGAAAATCTGTGATGTAC	161011
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1801	ACACACGGTTTATTAGCACATTTGAGCGCTGTGGAAAATCTGTGATGTAC	1850

AL935146.13	161012	CTGTAAATTTGATAGCCCACAGGATGAAAAGGAATGATTGGAAATTAGCC	161061
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1851	CTGTAAATTTGATAGCCCACAGGATGAAAAGGAATGATTGGAAATTAGCC	1900

AL935146.13	161062	TAAAGTTACAGTTAATTTTACCATAAAAGACTACTGTTAAAGCAGTTTAT	161111
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1901	TAAAGTTACAGTTAATTTTACCATAAAAGACTACTGTTAAAGCAGTTTAT	1950

AL935146.13	161112	AGGCTTGCGCTGTAAAATATGGCTCTGGCTTCTTCCAGGAGCTGGAATTC	161161
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX927096.16	1951	AGGCTTGCGCTGTAAAATATGGCTCTGGCTTCTTCCAGGAGCTGGAATTC	2000

Overview

Query
AL935146.13 - 161161 bps
Hit
BX927096.16 - 72993 bps
Total alignments
13
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192820001591621611611120001
292.691452169643896653-1272129391
382.7959173102500102672-1303032151
494.3442523267132722-1319732491
594.8732393267032708129620296581
692.775583102590102672129743298251
786.84891533584635998-136848369991
885.38661329084890979-136866369951
998.46326590719135-146003460671
1010034625148451545-146006460671
11100306190589118146007460671
1210030615146951529146007460671
1310030616192561985146007460671
Short-link