<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  AL929509.15	139628	GAATTCCAGCTCATTTCCTCTTTTCCACGGATTCTGCAAGCCATTCCTGC	139579
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75144	GAATTCCAGCTCATTTCCTCTTTTCCACGGATTCTGCAAGCCATTCCTGC	75193

C  AL929509.15	139578	TAGTAATTGTGAGGACAACTAAACAACGTTTCATGACCTCTGGGTGGGGA	139529
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75194	TAGTAATTGTGAGGACAACTAAACAACGTTTCATGACCTCTGGGTGGGGA	75243

C  AL929509.15	139528	ACGGCCTCCAGCTCAATCACCCCCTTGTTTTTGCACTCTTTAAAACACAG	139479
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75244	ACGGCCTCCAGCTCAATCACCCCCTTGTTTTTGCACTCTTTAAAACACAG	75293

C  AL929509.15	139478	CATGAACCTGCCGGGCAAAGGATGGTGATGATTTTCCCATTGGATGTTTG	139429
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75294	CATGAACCTGCCGGGCAAAGGATGGTGATGATTTTCCCATTGGATGTTTG	75343

C  AL929509.15	139428	GTTAAGATCCACGCAGGAGATTTCCTCTCAAGACTTCACTGCAAACACAT	139379
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75344	GTTAAGATCCACGCAGGAGATTTCCTCTCAAGACTTCACTGCAAACACAT	75393

C  AL929509.15	139378	CTAGCTGAGAGGAGTATTGTTTGGAAGCTGCTGGTTTTAGAGAGCCAACC	139329
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75394	CTAGCTGAGAGGAGTATTGTTTGGAAGCTGCTGGTTTTAGAGAGCCAACC	75443

C  AL929509.15	139328	GTGTGTGGAAAGACTGCAGTTTGAGTTTGTCTGAAAGCTGAAACTTAAGT	139279
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75444	GTGTGTGGAAAGACTGCAGTTTGAGTTTGTCTGAAAGCTGAAACTTAAGT	75493

C  AL929509.15	139278	AGATTGATAGCTTGATGATTGCTTTGAGGATATAGTGCTTAAAGGTACCA	139229
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75494	AGATTGATAGCTTGATGATTGCTTTGAGGATATAGTGCTTAAAGGTACCA	75543

C  AL929509.15	139228	TGAATTAAAAAAAAAAATGTTTGTATATGTTAGTATCAGTATGTTAATCT	139179
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75544	TGAATTAAAAAAAAAAATGTTTGTATATGTTAGTATCAGTATGTTAATCT	75593

C  AL929509.15	139178	TAGGCATATCTATAAGCTAGTGTGCTCCAAAACAATGACAAAATAGCATT	139129
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75594	TAGGCATATCTATAAGCTAGTGTGCTCCAAAACAATGACAAAATAGCATT	75643

C  AL929509.15	139128	TAGAAGATATGAAATGTTCAAAGCTTGCAGTTTGTCACTTCTGTCTGAAT	139079
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75644	TAGAAGATATGAAATGTTCAAAGCTTGCAGTTTGTCACTTCTGTCTGAAT	75693

C  AL929509.15	139078	GGATCAACAAAATTTTCACATCACCTCATACTTCAGTTTATTAAATCGTG	139029
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75694	GGATCAACAAAATTTTCACATCACCTCATACTTCAGTTTATTAAATCGTG	75743

C  AL929509.15	139028	ACCAATCAAATGCTCTCTAGTATCTGACATACCCCCTTCAAGACGCTTCT	138979
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75744	ACCAATCAAATGCTCTCTAGTATCTGACATACCCCCTTCAAGACGCTTCT	75793

C  AL929509.15	138978	CATTTGCTTTTTATTTGATGGGTTTAATCTCAACCACTCTCACGACAGAC	138929
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75794	CATTTGCTTTTTATTTGATGGGTTTAATCTCAACCACTCTCACGACAGAC	75843

C  AL929509.15	138928	AGACAGACAGACAGACAAATAGACAGATAGATCTTGTTTACTTTTGATAG	138879
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75844	AGACAGACAGACAGACAAATAGACAGATAGATCTTGTTTACTTTTGATAG	75893

C  AL929509.15	138878	CAATACTATGGTCAGCCGCTTTTAAATCTTGATGAAAGGCACCAAATTCG	138829
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75894	CAATACTATGGTCAGCCGCTTTTAAATCTTGATGAAAGGCACCAAATTCG	75943

C  AL929509.15	138828	TAAAGTGAGAAAGAGAAAAAAAGAAAGAGATGGATGGATAGATAGATGGA	138779
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75944	TAAAGTGAGAAAGAGAAAAAAAGAAAGAGATGGATGGATAGATAGATGGA	75993

C  AL929509.15	138778	TATATGGATGGATGAATTTATGAATTTATTTTATTTAACAGGGACAATGC	138729
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	75994	TATATGGATGGATGAATTTATGAATTTATTTTATTTAACAGGGACAATGC	76043

C  AL929509.15	138728	TCATTAATCAACAGTAAAACTGTAAATAAGCCAGAGTTAGCCACAATGGC	138679
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76044	TCATTAATCAACAGTAAAACTGTAAATAAGCCAGAGTTAGCCACAATGGC	76093

C  AL929509.15	138678	TAATTTTCATCTGTTGCCCCCTGCCAGATTTTAAAAGGCAACCTAAAATA	138629
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76094	TAATTTTCATCTGTTGCCCCCTGCCAGATTTTAAAAGGCAACCTAAAATA	76143

C  AL929509.15	138628	AAAAAAACACGTCATTACACATACAAAAACAGTAAAGTTACATACGACAA	138579
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76144	AAAAAAACACGTCATTACACATACAAAAACAGTAAAGTTACATACGACAA	76193

C  AL929509.15	138578	ATGGATGGATGGATGGATGGACGGACAGATAAACAGGTGGAAAAACAGAC	138529
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76194	ATGGATGGATGGATGGATGGACGGACAGATAAACAGGTGGAAAAACAGAC	76243

C  AL929509.15	138528	AGCCACATAGATATACTAGACAGATCTACTAGATATTAACTACTATGCTA	138479
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76244	AGCCACATAGATATACTAGACAGATCTACTAGATATTAACTACTATGCTA	76293

C  AL929509.15	138478	TTTAGGGTGGTTTCTAAATTGCTGCTATATGTGGTTGCTAGGGTATAACC	138429
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76294	TTTAGGGTGGTTTCTAAATTGCTGCTATATGTGGTTGCTAGGGTATAACC	76343

C  AL929509.15	138428	AACGCAATTTCACGGCAATTCGTAAGTTTTTGATTTAGTGGCTAATTTAT	138379
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76344	AACGCAATTTCACGGCAATTCGTAAGTTTTTGATTTAGTGGCTAATTTAT	76393

C  AL929509.15	138378	GTGAATTCATACAATCTAATTCGTACAATTTAGTAAGATTTTTTCATGTC	138329
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76394	GTGAATTCATACAATCTAATTCGTACAATTTAGTAAGATTTTTTCATGTC	76443

C  AL929509.15	138328	AGTTGGGGTTAGGTGCCACACCTCCTTATTAAATCCGTACATGTTCGTAC	138279
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76444	AGTTGGGGTTAGGTGCCACACCTCCTTATTAAATCCGTACATGTTCGTAC	76493

C  AL929509.15	138278	AACTGAACTCTGACTGAACTGAACTGAGTACCTAGGTGGCCGCCTAGGGC	138229
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76494	AACTGAACTCTGACTGAACTGAACTGAGTACCTAGGTGGCCGCCTAGGGC	76543

C  AL929509.15	138228	GGCAGAATAGAGAGGGCGGCATCCAAACACCTCCCGCACCACCCATGTCC	138179
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76544	GGCAGAATAGAGAGGGCGGCATCCAAACACCTCCCGCACCACCCATGTCC	76593

C  AL929509.15	138178	TCAGTTAATGTTATATCCACGCCTAGGGCAGCAGAACAGAGAGGGCAGAG	138129
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76594	TCAGTTAATGTTATATCCACGCCTAGGGCAGCAGAACAGAGAGGGCAGAG	76643

C  AL929509.15	138128	TCCGCAACACCTCACTGAGGTGAGCCTGTTGCGTCTCCCCCGGTCTTCAC	138079
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76644	TCCGCAACACCTCACTGAGGTGAGCCTGTTGCGTCTCCCCCGGTCTTCAC	76693

C  AL929509.15	138078	TTTGATAACCGGTCACTTTTGTTTTCACTTTCGGGCAGAGGGCGGCGTGA	138029
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76694	TTTGATAACCGGTCACTTTTGTTTTCACTTTCGGGCAGAGGGCGGCGTGA	76743

C  AL929509.15	138028	TCGTCCTTTGCCTAGAGCGGCAGTTCAGCTTGCTCTGGCCCTGATGCTAC	137979
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76744	TCGTCCTTTGCCTAGAGCGGCAGTTCAGCTTGCTCTGGCCCTGATGCTAC	76793

C  AL929509.15	137978	TGTACCTTTTAAAACTATTAAAACTTTTTATGCTAGACTTTCTAAAGCCA	137929
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76794	TGTACCTTTTAAAACTATTAAAACTTTTTATGCTAGACTTTCTAAAGCCA	76843

C  AL929509.15	137928	ACAAGAAAATATGTGTATAAGCGTTACTATAACTGCTTTTATTTTAAATA	137879
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76844	ACAAGAAAATATGTGTATAAGCGTTACTATAACTGCTTTTATTTTAAATA	76893

C  AL929509.15	137878	ATGATCAAATGTACACTAAATATACAGTAGTTTGTTCTTACTGTCATTCA	137829
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76894	ATGATCAAATGTACACTAAATATACAGTAGTTTGTTCTTACTGTCATTCA	76943

C  AL929509.15	137828	TTCATTCATTTTCTTTTCGGCTAAGTCCCTTTAATAATCTGGGGTTGCCA	137779
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76944	TTCATTCATTTTCTTTTCGGCTAAGTCCCTTTAATAATCTGGGGTTGCCA	76993

C  AL929509.15	137778	CAGCAGAATGAACCACCAACTTATCCAGCACGTTTTATGCAGCTGATGCC	137729
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	76994	CAGCAGAATGAACCACCAACTTATCCAGCACGTTTTATGCAGCTGATGCC	77043

C  AL929509.15	137728	CTTCCAACTGCAACCTATCTCTGGGAAACATCCATACACTCACACTCATA	137679
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	77044	CTTCCAACTGCAACCTATCTCTGGGAAACATCCATACACTCACACTCATA	77093

C  AL929509.15	137678	CACAAATGATAATTTAGCCTACCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGG	137629
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX927094.13	77094	CACAAATGATAATTTAGCCTACCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGG	77143

Overview

Query
AL929509.15 - 139628 bps
Hit
BX927094.13 - 77143 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019692000137629139628-175144771431
279.961354051067581071621530757001
393.7937950098121986201895494521
486.711412927811072-118097183821
583.811162818108481364-118099183821
682.912545743266033233121060216441
787.5768611483715038297123075242171
882.881082462373023975135965362211
987.821843337436974701-146696470401
1084.981032212377323993156213564451
1183.651373135675657068156213565301
1282.31118303109809110111156213565231
1387.67131223107992108214156305565231
1483.21774911011710607173341738281
1582.371394402679727236173341737711
1680.841294565711257567173341737891
1782.32168482515996-173389738631
1884.161904738082181293-173394738601
1984.8148345105688106032-173490738311
2087.621082102427824487-173610738191
2187.321152022371923920176939771431
2287.961081894658846776176940771301
Short-link