<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

  CR354427.7	162759	AAGCTTTAGTTAAAAACCTAAAACATAATCCTAAAACTTAATTTCCTCCT	162808
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143863	AAGCTTTAGTTAAAAACCTAAAACATAATCCTAAAACTTAATTTCCTCCT	143814

  CR354427.7	162809	TGAAATAAAGTGTCATTTTTTCATTAAACATTTTACTTTAGAAGTTGGCA	162858
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143813	TGAAATAAAGTGTCATTTTTTCATTAAACATTTTACTTTAGAAGTTGGCA	143764

  CR354427.7	162859	AGGGAATGTTTCTTACTTTTTAATTTAGTTTGAGTCAAGGTAATAAAATA	162908
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143763	AGGGAATGTTTCTTACTTTTTAATTTAGTTTGAGTCAAGGTAATAAAATA	143714

  CR354427.7	162909	GTTAAATCTAAAACAAATTTTGAATATTAAATAGAGATCAGTATTTGGAG	162958
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143713	GTTAAATCTAAAACAAATTTTGAATATTAAATAGAGATCAGTATTTGGAG	143664

  CR354427.7	162959	GAATGTTCATGAATGATTGACTTTTGGGTGACTACTATGAAAAAATTATA	163008
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143663	GAATGTTCATGAATGATTGACTTTTGGGTGACTACTATGAAAAAATTATA	143614

  CR354427.7	163009	TAATATGAAAAAAAAAGAAGAAGAAGAAAGAAAAATGCTGCACTTAAGTC	163058
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143613	TAATATGAAAAAAAAAGAAGAAGAAGAAAGAAAAATGCTGCACTTAAGTC	143564

  CR354427.7	163059	AGCTGAAGAAAATAAAGTTTTAAGCCTTCAGGGTTTTAAACTTTTTATAT	163108
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143563	AGCTGAAGAAAATAAAGTTTTAAGCCTTCAGGGTTTTAAACTTTTTATAT	143514

  CR354427.7	163109	CTAAAAATATGAATAGACTACAAAACAAATAAATAAAATAATCCCTCACG	163158
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143513	CTAAAAATATGAATAGACTACAAAACAAATAAATAAAATAATCCCTCACG	143464

  CR354427.7	163159	GCAAAACGAAAACATAACATGACTACCTGTTATTGGGAAAAAGACCAATC	163208
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143463	GCAAAACGAAAACATAACATGACTACCTGTTATTGGGAAAAAGACCAATC	143414

  CR354427.7	163209	TCATTGAACACCATCTCAAATGTTGTGAAATGCCTGAGCCAAAATCCATC	163258
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143413	TCATTGAACACCATCTCAAATGTTGTGAAATGCCTGAGCCAAAATCCATC	143364

  CR354427.7	163259	ATCAAAATGATTTAGTTCAATTCCCTCTCAGAATCGTCTCACACAACTGC	163308
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143363	ATCAAAATGATTTAGTTCAATTCCCTCTCAGAATCGTCTCACACAACTGC	143314

  CR354427.7	163309	ATTCACAAGCATCAATCTTTGTTACTGAATGCGTTGCTTCGATTTGTGGC	163358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143313	ATTCACAAGCATCAATCTTTGTTACTGAATGCGTTGCTTCGATTTGTGGC	143264

  CR354427.7	163359	CCTTTACTGAGATTACATTTCTTTTAAATTTAATCATCAGATGTTTGTGC	163408
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143263	CCTTTACTGAGATTACATTTCTTTTAAATTTAATCATCAGATGTTTGTGC	143214

  CR354427.7	163409	TAAAACTGCATACAAATTATGGCATTTTAAATGAATTATTGCCTTAATTG	163458
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143213	TAAAACTGCATACAAATTATGGCATTTTAAATGAATTATTGCCTTAATTG	143164

  CR354427.7	163459	CATTTTTTTTTTTTTAAGGTCCCATTAATTGCTTTGAAATGTTTTAAAAT	163508
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143163	CATTTTTTTTTTTTTAAGGTCCCATTAATTGCTTTGAAATGTTTTAAAAT	143114

  CR354427.7	163509	TGTGGATCCATCTAGGCAGAAGTGACAAACTGAAAGCTTTGGATGTTATT	163558
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143113	TGTGGATCCATCTAGGCAGAAGTGACAAACTGAAAGCTTTGGATGTTATT	143064

  CR354427.7	163559	ATTAGTTTTATATTTTCTAAATGCAAATTGTATGACTGTTTTGGAGCACC	163608
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143063	ATTAGTTTTATATTTTCTAAATGCAAATTGTATGACTGTTTTGGAGCACC	143014

  CR354427.7	163609	CTGGCTATTAGATTTCCTTACAACTAACAGAATGGAAACTAACATCTAAT	163658
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	143013	CTGGCTATTAGATTTCCTTACAACTAACAGAATGGAAACTAACATCTAAT	142964

  CR354427.7	163659	TTTTTTTTATTTTAATTTCACAGGACCTTTAAGAAATATATATATATATA	163708
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||               
C  BX927071.12	142963	TTTTTTTTATTTTAATTTCACAGGACCTTTAAGAA---------------	142929

  CR354427.7	163709	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	163758
			                                   |||||||||||||||
C  BX927071.12	142928	-----------------------------------ATATATATATATATA	142914

  CR354427.7	163759	AAATTAGAACACAAAAACGTTTGCAATTCTTAATGTATAACTTAAAAATT	163808
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142913	AAATTAGAACACAAAAACGTTTGCAATTCTTAATGTATAACTTAAAAATT	142864

  CR354427.7	163809	GAAGAAGTATGTTGATTAACTATTAGTTTTTTTTATTTTTATTCTTGCTT	163858
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142863	GAAGAAGTATGTTGATTAACTATTAGTTTTTTTTATTTTTATTCTTGCTT	142814

  CR354427.7	163859	TAAATATAATGTGCAGTATGTAATAGTCCAAGCTGACCACTATTGCTGCC	163908
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142813	TAAATATAATGTGCAGTATGTAATAGTCCAAGCTGACCACTATTGCTGCC	142764

  CR354427.7	163909	GCACAGATAAACAGATGTGTTTTTATACTTGATTTGAATGTGCTTATTGT	163958
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142763	GCACAGATAAACAGATGTGTTTTTATACTTGATTTGAATGTGCTTATTGT	142714

  CR354427.7	163959	TGGAGCATATCTGATCGTTTCTGAAAGTTGATTCCAGCAGCAGGGGGCAC	164008
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142713	TGGAGCATATCTGATCGTTTCTGAAAGTTGATTCCAGCAGCAGGGGGCAC	142664

  CR354427.7	164009	AATAGCTGAAAGCTGATTTACTCTGCTTTAACTAAACTCTTGGAATATCT	164058
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142663	AATAGCTGAAAGCTGATTTACTCTGCTTTAACTAAACTCTTGGAATATCT	142614

  CR354427.7	164059	AATTTACTCAACCCTTATGATCTGAGGGACAGTGATGAAAAGAGTCTTGA	164108
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142613	AATTTACTCAACCCTTATGATCTGAGGGACAGTGATGAAAAGAGTCTTGA	142564

  CR354427.7	164109	AAAATCATACTTAAGTAGAATTACCATTACTTGCCTATAAATTTAGTGCA	164158
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142563	AAAATCATACTTAAGTAGAATTACCATTACTTGCCTATAAATTTAGTGCA	142514

  CR354427.7	164159	AACAACTTTTAATGCTTCGAACAGTTTGCTGCAATTATAAATCGCCTATG	164208
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142513	AACAACTTTTAATGCTTCGAACAGTTTGCTGCAATTATAAATCGCCTATG	142464

  CR354427.7	164209	TCTTGAGGTATGTCTTATGATGTGATTTACCTTCTATGTGTGATTTGATG	164258
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142463	TCTTGAGGTATGTCTTATGATGTGATTTACCTTCTATGTGTGATTTGATG	142414

  CR354427.7	164259	GGACGGGAATCACAGGACTGATTTATTTAATCACCATAGACAAGAAAAAA	164308
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142413	GGACGGGAATCACAGGACTGATTTATTTAATCACCATAGACAAGAAAAAA	142364

  CR354427.7	164309	TAAAGAAGTGACTGTAGGTTGAAGGAAAGTAGTGGAGTAAAAGTACCAAT	164358
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142363	TAAAGAAGTGACTGTAGGTTGAAGGAAAGTAGTGGAGTAAAAGTACCAAT	142314

  CR354427.7	164359	ACAGCACTAAAAATGTACTCAAGGGGAAGTGTAAGCACACACTTTTAAAA	164408
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142313	ACAGCACTAAAAATGTACTCAAGGGGAAGTGTAAGCACACACTTTTAAAA	142264

  CR354427.7	164409	TTACTTAGTAAATTACAATTCCTGAGAAAAAACACTCAATTACAGTCATT	164458
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142263	TTACTTAGTAAATTACAATTCCTGAGAAAAAACACTCAATTACAGTCATT	142214

  CR354427.7	164459	TAAGCATTTGTAATTAGTTACTTTACACCACTGCTGAGGGATCTGTTATG	164508
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142213	TAAGCATTTGTAATTAGTTACTTTACACCACTGCTGAGGGATCTGTTATG	142164

  CR354427.7	164509	TTTGTATTCAGTATATCTGTAATGTATTGAGGTCCTAGGCCATTTAGTGA	164558
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142163	TTTGTATTCAGTATATCTGTAATGTATTGAGGTCCTAGGCCATTTAGTGA	142114

  CR354427.7	164559	TATATAGACAGTTGGTTGTCACACTGTTGCTAGGGTGTGCAAAATAACCC	164608
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142113	TATATAGACAGTTGGTTGTCACACTGTTGCTAGGGTGTGCAAAATAACCC	142064

  CR354427.7	164609	TAAAGCCCTAAATAACCTGCTACTTATAAATGAAAATGAAAAGTTATAGC	164658
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142063	TAAAGCCCTAAATAACCTGCTACTTATAAATGAAAATGAAAAGTTATAGC	142014

  CR354427.7	164659	AAAGCATTATAATTACTTCCTAAATCATAATCAATAAAATACAATGCCTG	164708
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	142013	AAAGCATTATAATTACTTCCTAAATCATAATCAATAAAATACAATGCCTG	141964

  CR354427.7	164709	TATATATGCAGTGTTTTCACCATAATCCCATTATTAGTAAACAGGTTTGT	164758
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX927071.12	141963	TATATATGCAGTGTTTTCACCATAATCCCATTATTAGTAAACAGGTTTGT	141914

Compact alignment

skip 900 bps 100% identity alignment

  CR354427.7	163659	TTTTTTTTATTTTAATTTCACAGGACCTTTAAGAAATATATATATATATA	163708
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||               
C  BX927071.12	142963	TTTTTTTTATTTTAATTTCACAGGACCTTTAAGAA---------------	142929

  CR354427.7	163709	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	163758
			                                   |||||||||||||||
C  BX927071.12	142928	-----------------------------------ATATATATATATATA	142914

skip 1000 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR354427.7 - 164758 bps
Hit
BX927071.12 - 143863 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100020001627591647581141914143863-1
Short-link