<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2001 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

C  BX088690.9	218713	GAATTCTCAAACTGTTTTCTTAGCTGTATGTAAGCCCAAATTAGATATGC	218664
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	70915	GAATTCTCAAACTGTTTTCTTAGCTGTATGTAAGCCCAAATTAGATATGC	70964

C  BX088690.9	218663	TCCTTATATAAAGCACTGATGGTTTTTTATATGCTTATGAATGTTTTAAA	218614
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	70965	TCCTTATATAAAGCACTGATGGTTTTTTATATGCTTATGAATGTTTTAAA	71014

C  BX088690.9	218613	ACATCAGAGTTTTGGGTAAACTGACTTTCTATGGGGTGACAGAAATCTCT	218564
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71015	ACATCAGAGTTTTGGGTAAACTGACTTTCTATGGGGTGACAGAAATCTCT	71064

C  BX088690.9	218563	CAGTCTCATTAAAATATATCTGTCTCGTTTCTTATGGTTTTGGAATGACA	218514
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71065	CAGTCTCATTAAAATATATCTGTCTCGTTTCTTATGGTTTTGGAATGACA	71114

C  BX088690.9	218513	TTAGGGTGAGTAAGCGATGACACAATTTTGATTGTGGGGTGAACCAGCCC	218464
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71115	TTAGGGTGAGTAAGCGATGACACAATTTTGATTGTGGGGTGAACCAGCCC	71164

C  BX088690.9	218463	TTGAATCACATCATTTTTGCATATTTTCCCCACTGACAGTTGTCATGCTT	218414
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71165	TTGAATCACATCATTTTTGCATATTTTCCCCACTGACAGTTGTCATGCTT	71214

C  BX088690.9	218413	TCTGACGAAATAAGTTTGTTTTGCAAGCAACATGTATATAGTGCAGGCAT	218364
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71215	TCTGACGAAATAAGTTTGTTTTGCAAGCAACATGTATATAGTGCAGGCAT	71264

C  BX088690.9	218363	GTCATTATGTTACAGTAGATAGTAATGCCATCAGCCAAAAATGGCAGATT	218314
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71265	GTCATTATGTTACAGTAGATAGTAATGCCATCAGCCAAAAATGGCAGATT	71314

C  BX088690.9	218313	TCAAACTGCGCACTCAGAAAGTCGGTTACAAGCCAAAGCGGCGAAACTGC	218264
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71315	TCAAACTGCGCACTCAGAAAGTCGGTTACAAGCCAAAGCGGCGAAACTGC	71364

C  BX088690.9	218263	CATTGAGATGAATGAGAATGCTAATAGAAAGCTCTCTCCAGGTATTACAG	218214
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71365	CATTGAGATGAATGAGAATGCTAATAGAAAGCTCTCTCCAGGTATTACAG	71414

C  BX088690.9	218213	ACCTCCTCGATGTAAATCTGGAAGCATGAAGTATATTAGCGGAAATTAAC	218164
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71415	ACCTCCTCGATGTAAATCTGGAAGCATGAAGTATATTAGCGGAAATTAAC	71464

C  BX088690.9	218163	AAATGATGGTCTCTGCAATGTCTTTGGTTTTTCACAGGAGCTCCACAAAA	218114
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71465	AAATGATGGTCTCTGCAATGTCTTTGGTTTTTCACAGGAGCTCCACAAAA	71514

C  BX088690.9	218113	ACAGAAAGTGGTGATATCGACCTGACTCTTCGGTGTTTGTCTCGCTCAGA	218064
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71515	ACAGAAAGTGGTGATATCGACCTGACTCTTCGGTGTTTGTCTCGCTCAGA	71564

C  BX088690.9	218063	AGAATGAGCTCAGCAATATTCAGATTTCCTCTGAAGGTTATTTGTCAGAG	218014
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71565	AGAATGAGCTCAGCAATATTCAGATTTCCTCTGAAGGTTATTTGTCAGAG	71614

C  BX088690.9	218013	TGTCAGTGATAATGCCAATTATTTTCAGTACGGCGGAGGCGCAGAGTCAG	217964
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71615	TGTCAGTGATAATGCCAATTATTTTCAGTACGGCGGAGGCGCAGAGTCAG	71664

C  BX088690.9	217963	CGTGGTTTTTCTGCGGATGGGCATGATGCCAATGGCACACACACAAACAC	217914
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71665	CGTGGTTTTTCTGCGGATGGGCATGATGCCAATGGCACACACACAAACAC	71714

C  BX088690.9	217913	ACACAGAAAAGTGTAATGTGGCATGGGTCGAGTACAGCTCATTTTGGATG	217864
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71715	ACACAGAAAAGTGTAATGTGGCATGGGTCGAGTACAGCTCATTTTGGATG	71764

C  BX088690.9	217863	ACAGGTAGGTTAAGGGCTAAACCGTCACTTATGTGCATCATTTATGTGCT	217814
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71765	ACAGGTAGGTTAAGGGCTAAACCGTCACTTATGTGCATCATTTATGTGCT	71814

C  BX088690.9	217813	TAATGTCCTAAAGAACCGCACTACAAAATGCATGTAAACAATACTTTTTT	217764
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71815	TAATGTCCTAAAGAACCGCACTACAAAATGCATGTAAACAATACTTTTTT	71864

C  BX088690.9	217763	TTTAAGTAAACAGACAGCTTCCTGAGAAATACAGTTTGAGATACATAATT	217714
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71865	TTTAAGTAAACAGACAGCTTCCTGAGAAATACAGTTTGAGATACATAATT	71914

C  BX088690.9	217713	GCATCAGAATAACCAGTGATTCTGGTTCATCAGGAGGGGAAAAAGCAACT	217664
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71915	GCATCAGAATAACCAGTGATTCTGGTTCATCAGGAGGGGAAAAAGCAACT	71964

C  BX088690.9	217663	AGAAGGAAAGACCTTTCATCTGATGTCATTACAGTTTGATAAATTACCCC	217614
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	71965	AGAAGGAAAGACCTTTCATCTGATGTCATTACAGTTTGATAAATTACCCC	72014

C  BX088690.9	217613	AGGACGAGTCAATTGCTTATGATTTTCAATCATGCATCTTTAAAATCTTC	217564
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72015	AGGACGAGTCAATTGCTTATGATTTTCAATCATGCATCTTTAAAATCTTC	72064

C  BX088690.9	217563	TAAAAAAGAGGCTAAAATCCAAAGCCAAATATTTCACTGGCTTCACCAAA	217514
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72065	TAAAAAAGAGGCTAAAATCCAAAGCCAAATATTTCACTGGCTTCACCAAA	72114

C  BX088690.9	217513	GAAAATAAAACAAATGATTTCAATTTTGGTTATGTTTCAGGGTTATTAGG	217464
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72115	GAAAATAAAACAAATGATTTCAATTTTGGTTATGTTTCAGGGTTATTAGG	72164

C  BX088690.9	217463	GTTATAGTTATATAGTTAATCTTGAAAATAAAATACTTGCAATAACAAAA	217414
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72165	GTTATAGTTATATAGTTAATCTTGAAAATAAAATACTTGCAATAACAAAA	72214

C  BX088690.9	217413	ATAAACTGAGTATTTCAAACTGATAAAATAATTAAAATTATCTCTCAGTA	217364
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72215	ATAAACTGAGTATTTCAAACTGATAAAATAATTAAAATTATCTCTCAGTA	72264

C  BX088690.9	217363	ATGCTAAAAATTGTGTAATAAATGTACTATAATTTACTATAATTTCTATA	217314
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72265	ATGCTAAAAATTGTGTAATAAATGTACTATAATTTACTATAATTTCTATA	72314

C  BX088690.9	217313	TTTATACACAGAGTTTACAGATATTTTTGTAGCTTTAAATGATTTCTTTA	217264
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72315	TTTATACACAGAGTTTACAGATATTTTTGTAGCTTTAAATGATTTCTTTA	72364

C  BX088690.9	217263	AAATATATATTTTATATTATAAATGATAAACATTATACAGACAGTTAACT	217214
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72365	AAATATATATTTTATATTATAAATGATAAACATTATACAGACAGTTAACT	72414

C  BX088690.9	217213	TTACTGAAGCTTCCAAGACTATCACTACATCCCAGGGTCTACAATAGATG	217164
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72415	TTACTGAAGCTTCCAAGACTATCACTACATCCCAGGGTCTACAATAGATG	72464

C  BX088690.9	217163	TGGAAAATGTGACAGGACACAATTATGGAGAATAAAAACCATTAACATTG	217114
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72465	TGGAAAATGTGACAGGACACAATTATGGAGAATAAAAACCATTAACATTG	72514

C  BX088690.9	217113	CTTTTCTGTCTGGACTGTATGCACTCCAAAAATAACCCATAGGATGAACT	217064
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72515	CTTTTCTGTCTGGACTGTATGCACTCCAAAAATAACCCATAGGATGAACT	72564

C  BX088690.9	217063	TATTTTAGGGCAGGATTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTGATTACAC	217014
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72565	TATTTTAGGGCAGGATTTCC-AAAAAAAAAAAAAAAAAAACTGATTACAC	72613

C  BX088690.9	217013	AATTAAATGCAATTGAGTCGGTCCAACATGATTTTATCAAACAAAAGTTT	216964
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72614	AATTAAATGCAATTGAGTCGGTCCAACATGATTTTATCAAACAAAAGTTT	72663

C  BX088690.9	216963	AAATACATTTGTGTTTTTATTTAACTTAGATTCAAAGGTCTGTTAATATC	216914
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72664	AAATACATTTGTGTTTTTATTTAACTTAGATTCAAAGGTCTGTTAATATC	72713

C  BX088690.9	216913	ATGTCTATTAGTTTTATTTGAAGTTATCCTAAGGTCATTTTAAGCATACT	216864
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72714	ATGTCTATTAGTTTTATTTGAAGTTATCCTAAGGTCATTTTAAGCATACT	72763

C  BX088690.9	216863	TCCTGAGTTACATTTATAGTTTACTGAGACTGATCTCAGAACTAATTTTA	216814
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72764	TCCTGAGTTACATTTATAGTTTACTGAGACTGATCTCAGAACTAATTTTA	72813

C  BX088690.9	216813	GGGCAGTTACTGCTCACTGAGCAAAGTAACAAACTGCACTTTTATAAATT	216764
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72814	GGGCAGTTACTGCTCACTGAGCAAAGTAACAAACTGCACTTTTATAAATT	72863

C  BX088690.9	216763	AAGCTGCCAACACCCAAAGCATTGATGCTTCTGCAAAGTGGTAATCTCAA	216714
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72864	AAGCTGCCAACACCCAAAGCATTGATGCTTCTGCAAAGTGGTAATCTCAA	72913

C  BX088690.9	216713	A	216713
			|
  BX914216.14	72914	A	72914

Compact alignment

skip 1650 bps 100% identity alignment

C  BX088690.9	217063	TATTTTAGGGCAGGATTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTGATTACAC	217014
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  BX914216.14	72565	TATTTTAGGGCAGGATTTCC-AAAAAAAAAAAAAAAAAAACTGATTACAC	72613

skip 301 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX088690.9 - 218713 bps
Hit
BX914216.14 - 72914 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2001 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.9519212001216713218713-170915729141
289.432333601190921194511682071691
384.391713661530811534461682071651
489.151422316272962959-1683070501
587.54190323112889113211-1685371651
679.72128360119089119448114668150271
792.45578102381102458-130927310051
878.851776389698597622141735423581
994.462453256621866542146141464651
1084.9263127162899163025148263483881
1190.11125189214541214729-156698568791
1293.941341657930479468-156728568921
1387.581071786277762954157359575351
1485.2767130117359117488-157423575511
1588.04711182663026747160539606551
1691.6693133114464114596-160969611001
1794.4973127211755211881162795629211
1882.3644110119149119258164333644341
1985.22631151287012984169156692701
2083.16911958519085384-169386695811
2186.7912321463516564-169844700551
Short-link