<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX914212.8	2000	GAATTCATGTGGATAGATAAAACTGTTGTCATTTAGCATATGCAAAAACT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1	GAATTCATGTGGATAGATAAAACTGTTGTCATTTAGCATATGCAAAAACT	50

C  BX914212.8	1950	TGATGTAATGCTGCCAGATGACATCACAGGCTGAATCACTGCAATGGTTT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	51	TGATGTAATGCTGCCAGATGACATCACAGGCTGAATCACTGCAATGGTTT	100

C  BX914212.8	1900	GAAGTAATGAAACCAAACTTAAAGTGTGTGATCTAGACCTGACATTGACC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	101	GAAGTAATGAAACCAAACTTAAAGTGTGTGATCTAGACCTGACATTGACC	150

C  BX914212.8	1850	AAACTACATCAGTTTGAGCCGCCTTCGGGGTATAATTGACAAACAATTAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	151	AAACTACATCAGTTTGAGCCGCCTTCGGGGTATAATTGACAAACAATTAA	200

C  BX914212.8	1800	ATTCTATCAGTGGACATCATACAAATTTTATCAACTGACTTTTGAATAGT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	201	ATTCTATCAGTGGACATCATACAAATTTTATCAACTGACTTTTGAATAGT	250

C  BX914212.8	1750	GTTTTGTTTATTGTCGTAAGACTTGTCTTCCTAGATTCTTTGGATCATGC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	251	GTTTTGTTTATTGTCGTAAGACTTGTCTTCCTAGATTCTTTGGATCATGC	300

C  BX914212.8	1700	AAAGAACATTGGTATAATTAATTCCCTAACTGACACAACTTCCTGTCCAC	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	301	AAAGAACATTGGTATAATTAATTCCCTAACTGACACAACTTCCTGTCCAC	350

C  BX914212.8	1650	CATCTTGAATTAGTTTGAATATCTGTTGTTTTGAACTCTCCATAGATCAT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	351	CATCTTGAATTAGTTTGAATATCTGTTGTTTTGAACTCTCCATAGATCAT	400

C  BX914212.8	1600	CAGCCCAATTTCCAACAAATTTGGCACAGAACATGCTGCTAAAAAGTTAT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	401	CAGCCCAATTTCCAACAAATTTGGCACAGAACATGCTGCTAAAAAGTTAT	450

C  BX914212.8	1550	ATATTTTTCCAGTTGCTCTGTAGCTTGTTGCTGTGCTTGTTTATGATGTG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	451	ATATTTTTCCAGTTGCTCTGTAGCTTGTTGCTGTGCTTGTTTATGATGTG	500

C  BX914212.8	1500	GCCACTTGGCTGCTTGTCCCCGATAATTACTGCTTGCAGCTATATTTTTA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	501	GCCACTTGGCTGCTTGTCCCCGATAATTACTGCTTGCAGCTATATTTTTA	550

C  BX914212.8	1450	AATGGTTCTGCTTTTCAGAAATGTAGTCTGGCTACGCCCACTATGCACTA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	551	AATGGTTCTGCTTTTCAGAAATGTAGTCTGGCTACGCCCACTATGCACTA	600

C  BX914212.8	1400	GTCCCCTTCCCTCACCAGCGGGCCTGGTATCCACGGACGAATCTCTGGAT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	601	GTCCCCTTCCCTCACCAGCGGGCCTGGTATCCACGGACGAATCTCTGGAT	650

C  BX914212.8	1350	AGTCGTGGCAGCATGCTTCATACGCAGGTACTTCTTGCGTGCCAGCCAGC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	651	AGTCGTGGCAGCATGCTTCATACGCAGGTACTTCTTGCGTGCCAGCCAGC	700

C  BX914212.8	1300	AGCGGATGGTCTTCTGGATGCGGATACAGGCAGCGCGCAGCTTATCAGCA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	701	AGCGGATGGTCTTCTGGATGCGGATACAGGCAGCGCGCAGCTTATCAGCA	750

C  BX914212.8	1250	CGCAGTTTCTCCAGGTATGCAACCTGACCTGCGCGGAAAAAAATCTTGGT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	751	CGCAGTTTCTCCAGGTATGCAACCTGACCTGCGCGGAAAAAAATCTTGGT	800

C  BX914212.8	1200	CTTTCCAAACTGGTACTTATCTGGATCCTATCAAGAGGAAAGAAAAAAAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	801	CTTTCCAAACTGGTACTTATCTGGATCCTATCAAGAGGAAAGAAAAAAAA	850

C  BX914212.8	1150	GACACAAATAAGACTGCTGTTAATGTTGCAATCATACTGAGTGTTTTAAA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	851	GACACAAATAAGACTGCTGTTAATGTTGCAATCATACTGAGTGTTTTAAA	900

C  BX914212.8	1100	GCTACTTTACAGCATTATGCTCTTTGTATTGAGTTCACCCATATAGACTA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	901	GCTACTTTACAGCATTATGCTCTTTGTATTGAGTTCACCCATATAGACTA	950

C  BX914212.8	1050	GTATCAGTCTCCAACTTGTACCTGCACCAGTTTCTCCAGAACATTCTTAC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	951	GTATCAGTCTCCAACTTGTACCTGCACCAGTTTCTCCAGAACATTCTTAC	1000

C  BX914212.8	1000	AGGTCATCTTCTTGTCCGTCAGAACATCTTTTTGTTTCATCAGTACACGA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1001	AGGTCATCTTCTTGTCCGTCAGAACATCTTTTTGTTTCATCAGTACACGA	1050

C  BX914212.8	950	TACCTGCTAAAGAACTCTTGATACGTCCACCTGACGAACGAAAGCAGTTG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1051	TACCTGCTAAAGAACTCTTGATACGTCCACCTGACGAACGAAAGCAGTTG	1100

C  BX914212.8	900	CACAAATGGTCAGAAAGTGTGACAAAAGGAATTGAGGTAGGGTTATGTAT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1101	CACAAATGGTCAGAAAGTGTGACAAAAGGAATTGAGGTAGGGTTATGTAT	1150

C  BX914212.8	850	AGTTCTTCAGTGTACCTCGATGGGAAACCAGCTGCAGAGATGCGGATTGT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1151	AGTTCTTCAGTGTACCTCGATGGGAAACCAGCTGCAGAGATGCGGATTGT	1200

C  BX914212.8	800	TTCCAAAACTCCACAAGCACGCAGTTGCTGCACTGCCCTCTTGGGGTCAA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1201	TTCCAAAACTCCACAAGCACGCAGTTGCTGCACTGCCCTCTTGGGGTCAA	1250

C  BX914212.8	750	ACCTGGTAATAGCAAAATATTTACAAGTCTAGCAACACTGTGATCCTGTA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1251	ACCTGGTAATAGCAAAATATTTACAAGTCTAGCAACACTGTGATCCTGTA	1300

C  BX914212.8	700	GTCACCAATAGTTGTGAAAAATATACCGCATTCAAAATTAGTCTTGGCTA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1301	GTCACCAATAGTTGTGAAAAATATACCGCATTCAAAATTAGTCTTGGCTA	1350

C  BX914212.8	650	AACTAGATAACATTTTGGTGCATGATTGAAAAAAAAAAAAATATATATAT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1351	AACTAGATAACATTTTGGTGCATGATTGAAAAAAAAAAAAATATATATAT	1400

C  BX914212.8	600	ATATATTACCAGCTAATACTTTACAAGGTTTTTATATAAGATGCCAAAGA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1401	ATATATTACCAGCTAATACTTTACAAGGTTTTTATATAAGATGCCAAAGA	1450

C  BX914212.8	550	TTTCAAATGTTTTATTGAACTTATTCTTTGATGTGGACATGCGGGAAGTT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1451	TTTCAAATGTTTTATTGAACTTATTCTTTGATGTGGACATGCGGGAAGTT	1500

C  BX914212.8	500	TTTTGTGATTGTTTTAGAACTTCTGATTCAGTTGCCAATGGGAGAAATGA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1501	TTTTGTGATTGTTTTAGAACTTCTGATTCAGTTGCCAATGGGAGAAATGA	1550

C  BX914212.8	450	CTAGGAATGATAAACGTCAAGAACTGTGAAACTGCTTGCTCTACAAACAA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1551	CTAGGAATGATAAACGTCAAGAACTGTGAAACTGCTTGCTCTACAAACAA	1600

C  BX914212.8	400	GTGTATTCATGACACTACAAACAAAGCAGAATAATAGGAAAACATCAGTT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1601	GTGTATTCATGACACTACAAACAAAGCAGAATAATAGGAAAACATCAGTT	1650

C  BX914212.8	350	TGCAACAACAAGCAGAATAACAAGCAGTTTTTAACGTCTAAAAATGAATA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1651	TGCAACAACAAGCAGAATAACAAGCAGTTTTTAACGTCTAAAAATGAATA	1700

C  BX914212.8	300	GTAGTGAATGAGACAGGAAGTCTCAAGCTAAAAAAAAAATCTAATGACTG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1701	GTAGTGAATGAGACAGGAAGTCTCAAGCTAAAAAAAAAATCTAATGACTG	1750

C  BX914212.8	250	AACAAGCCCGTTTTCAAAGAATAAGGTGAATCGAACAGCAAAGAACTAGA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1751	AACAAGCCCGTTTTCAAAGAATAAGGTGAATCGAACAGCAAAGAACTAGA	1800

C  BX914212.8	200	CTAACTAGTTTCTATAAACTTGGAAACATTCAAGATTATCATGTTTCTTG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1801	CTAACTAGTTTCTATAAACTTGGAAACATTCAAGATTATCATGTTTCTTG	1850

C  BX914212.8	150	TGTGCTTTGAACAGTCCTTCCAGAATTTTGTGGTTCTTGAGAACAAAAAT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1851	TGTGCTTTGAACAGTCCTTCCAGAATTTTGTGGTTCTTGAGAACAAAAAT	1900

C  BX914212.8	100	AAATAAATAAATAAACAATGCTGGTGTAAATAAAATAATTGAAGCAAATA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1901	AAATAAATAAATAAACAATGCTGGTGTAAATAAAATAATTGAAGCAAATA	1950

C  BX914212.8	50	ATGCCATATATTTTGAGAAAAACATTGATATTTTAAAAATGAATATTTAT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX914204.20	1951	ATGCCATATATTTTGAGAAAAACATTGATATTTTAAAAATGAATATTTAT	2000

Overview

Query
BX914212.8 - 67940 bps
Hit
BX914204.20 - 169369 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001952200012000-1120001
291.841001472046520611110287104331
390.91971432089421036110760109021
410057775301253088-113281133571
595.24581263063530760115631157561
695.8571193062230740-115631157491
790.91471076067460780-122787228961
891.1849685837758444137941380081
979.32107372042621162-157563582821
1084.041723621995920320-158341587161
1192.5667935539755489166051661441
1288.8947725555455625166145662161
1383.791493385571556052166313666451
14100631313062230752169161692911
15100631313062330753-169161692911
1680.622016082407824685-172762733441
1786.4635468281778858186202868881
1891.1733547881478624-186964874501
1979.07742475089651142-11330021332591
2083.68911915059450784-11333581335471
2185.08581135523455346-11418371419501
2285.71581122494725058-11447481448591
2384.2113527926842962-11553691556341
2490.8416824223052546-11560121562511
2589.13801403481362011562641564011
Short-link