<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
C BX470257.13 2000 GAATTCTTGTTTTCTTTTTTAAATATTTCCCAAATGATGTTTAACTGAGC 1951 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1 GAATTCTTGTTTTCTTTTTTAAATATTTCCCAAATGATGTTTAACTGAGC 50 C BX470257.13 1950 AAGGAAATTTTCACAGTAAGTCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGT 1901 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 51 AAGGAAATTTTCACAGTAAGTCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGT 100 C BX470257.13 1900 CTTATTTGTTTTATTTTGGCTAGAATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTAAAC 1851 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 101 CTTATTTGTTTTATTTTGGCTAGAATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTAAAC 150 C BX470257.13 1850 ATCATTTTAAGGTCAATATTATTAGCCCCTTAAAGCTATATATTTTTTTT 1801 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 151 ATCATTTTAAGGTCAATATTATTAGCCCCTTAAAGCTATATATTTTTTTT 200 C BX470257.13 1800 CGATAGTCTACAGAACAAACCATCATACTTGCCTATTTACCCTAACCTGC 1751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 201 CGATAGTCTACAGAACAAACCATCATACTTGCCTATTTACCCTAACCTGC 250 C BX470257.13 1750 CTAGTTAGCCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAATGTCACTTTAAGCTGT 1701 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 251 CTAGTTAGCCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAATGTCACTTTAAGCTGT 300 C BX470257.13 1700 ATAGAAGTGTCTTGAAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCAT 1651 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 301 ATAGAAGTGTCTTGAAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCAT 350 C BX470257.13 1650 GGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAGATGAGTTATTAAACGGCTAA 1601 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 351 GGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAGATGAGTTATTAAACGGCTAA 400 C BX470257.13 1600 TAATTCTGACCTCAAATGTACATAAATATTTTTCACTTATATTTATTTTG 1551 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 401 TAATTCTGACCTCAAATGTACATAAATATTTTTCACTTATATTTATTTTG 450 C BX470257.13 1550 TTTTATGTAGAGATATTTAAAAAAATCTTAAATATATACATGCATTTCTA 1501 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 451 TTTTATGTAGAGATATTTAAAAAAATCTTAAATATATACATGCATTTCTA 500 C BX470257.13 1500 TATAATAAAATAAAATACAGTTTTAATAAAAAATAAATATACAATATATA 1451 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 501 TATAATAAAATAAAATACAGTTTTAATAAAAAATAAATATACAATATATA 550 C BX470257.13 1450 GAGTAGTGTGAAAAAAGTGATTCTTATTTTGTCCATGTTTGTCACACCTG 1401 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 551 GAGTAGTGTGAAAAAAGTGATTCTTATTTTGTCCATGTTTGTCACACCTG 600 C BX470257.13 1400 AATGTTTCAGATCATACAACTGATTTAAATATTTGTCAAAGATAAAACAA 1351 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 601 AATGTTTCAGATCATACAACTGATTTAAATATTTGTCAAAGATAAAACAA 650 C BX470257.13 1350 GCAAATACTCATGCAGTTTTAGATATAAAAAAAATAGTAAAACAAAAACA 1301 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 651 GCAAATACTCATGCAGTTTTAGATATAAAAAAAATAGTAAAACAAAAACA 700 C BX470257.13 1300 CATAACCCTGTGTGGAAAAGGTGTTTCTTCACCCCTCACCACCCAGAGTT 1251 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 701 CATAACCCTGTGTGGAAAAGGTGTTTCTTCACCCCTCACCACCCAGAGTT 750 C BX470257.13 1250 GATATATATAATTCAGCATCAAGACAAAATGGGTCATAACAGTATAGAAA 1201 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 751 GATATATATAATTCAGCATCAAGACAAAATGGGTCATAACAGTATAGAAA 800 C BX470257.13 1200 ACATTAACAAATTTTGTAGTTAATAACATCTATTGGCTGTATGTGTTTTT 1151 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 801 ACATTAACAAATTTTGTAGTTAATAACATCTATTGGCTGTATGTGTTTTT 850 C BX470257.13 1150 TCCACATCTGATTTATGATACATGTAGTGAACTGTCTAAATGCTTTACTA 1101 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 851 TCCACATCTGATTTATGATACATGTAGTGAACTGTCTAAATGCTTTACTA 900 C BX470257.13 1100 TCTGGCATGAAAGAGGTTTAGTGATGCCAGACACTGTGGTCCTGCTGGTC 1051 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 901 TCTGGCATGAAAGAGGTTTAGTGATGCCAGACACTGTGGTCCTGCTGGTC 950 C BX470257.13 1050 AGTGTGAGAATGCTCTACATTACACTGCACAGACTGAACACCCACACCTA 1001 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 951 AGTGTGAGAATGCTCTACATTACACTGCACAGACTGAACACCCACACCTA 1000 C BX470257.13 1000 CCACACACACATGCATGCACGCATTCACACATACAGAAAATATCACAACT 951 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1001 CCACACACACATGCATGCACGCATTCACACATACAGAAAATATCACAACT 1050 C BX470257.13 950 AAAACACACTTCATGAACCAAAAATTCTGCCCTGAAAAACATTTTTTACT 901 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1051 AAAACACACTTCATGAACCAAAAATTCTGCCCTGAAAAACATTTTTTACT 1100 C BX470257.13 900 TAGAAATAGCGCTAAAACTTTCACAGATAAGTGTATTATTACTAATATTG 851 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1101 TAGAAATAGCGCTAAAACTTTCACAGATAAGTGTATTATTACTAATATTG 1150 C BX470257.13 850 ATCTATATAATATTGAAGTATATAGAAAATAAATATTGAATAATGTAGAT 801 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1151 ATCTATATAATATTGAAGTATATAGAAAATAAATATTGAATAATGTAGAT 1200 C BX470257.13 800 ATAATTATCCATTATAAAGGAATGTAGATTCTTATAGTCTCCTATTGAAA 751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1201 ATAATTATCCATTATAAAGGAATGTAGATTCTTATAGTCTCCTATTGAAA 1250 C BX470257.13 750 ATAATCATATAAACATTTTCCTAACATCCTTTTCAGCTGTTTTTCTATAG 701 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1251 ATAATCATATAAACATTTTCCTAACATCCTTTTCAGCTGTTTTTCTATAG 1300 C BX470257.13 700 AATTGTTTTGCCGTTTTCTTTCTTATTTAACCTGTAGACAAATAAGATTT 651 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1301 AATTGTTTTGCCGTTTTCTTTCTTATTTAACCTGTAGACAAATAAGATTT 1350 C BX470257.13 650 TAGTTTTATGGTTTAAGTTTATATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGC 601 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1351 TAGTTTTATGGTTTAAGTTTATATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGC 1400 C BX470257.13 600 CCACCTTAATTATTAGCACCCCTGTTTATTTTTGTCCCCTAAAAAACTCA 551 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1401 CCACCTTAATTATTAGCACCCCTGTTTATTTTTGTCCCCTAAAAAACTCA 1450 C BX470257.13 550 TAGTGTGACTCATAGCTCGAGGGCCAGTCCGTCAAAAATGCATAGGTGGC 501 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1451 TAGTGTGACTCATAGCTCGAGGGCCAGTCCGTCAAAAATGCATAGGTGGC 1500 C BX470257.13 500 GCTGTCGAGTCATTTTGCCACGCCTACTTCCGAACCCTACAACAAACATA 451 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1501 GCTGTCGAGTCATTTTGCCACGCCTACTTCCGAACCCTACAACAAACATA 1550 C BX470257.13 450 ACTTTTCACCACTTCTGGAGCATGTGCAAAGTTTTATGAGTTTTCGGGCA 401 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1551 ACTTTTCACCACTTCTGGAGCATGTGCAAAGTTTTATGAGTTTTCGGGCA 1600 C BX470257.13 400 TGTTTAGACCCTCAAAATCACGATTTATTCTATTGAAGAAGCGGAAGAAT 351 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1601 TGTTTAGACCCTCAAAATCACGATTTATTCTATTGAAGAAGCGGAAGAAT 1650 C BX470257.13 350 AATAGGAAGAAACGGAGCAATTCCAATAGGGCCTACACACCGTTTCGGTA 301 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1651 AATAGGAAGAAACGGAGCAATTCCAATAGGGCCTACACACCGTTTCGGTA 1700 C BX470257.13 300 CTTGGTCCCTAATGAAAAAAGTGTCACCAAATATACTTGCCGTTAATATG 251 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1701 CTTGGTCCCTAATGAAAAAAGTGTCACCAAATATACTTGCCGTTAATATG 1750 C BX470257.13 250 CCTGGGCAGCCCGCCCAAGTAAAGTCTAAGTGTGGGAAGCACTGTAGTAT 201 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1751 CCTGGGCAGCCCGCCCAAGTAAAGTCTAAGTGTGGGAAGCACTGTAGTAT 1800 C BX470257.13 200 CTTGTAAAATATCTGGTAAAATATTTTCTTCTGTCATCATGGCAAAGATA 151 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1801 CTTGTAAAATATCTGGTAAAATATTTTCTTCTGTCATCATGGCAAAGATA 1850 C BX470257.13 150 AATTAAAGGTGCTGTAGGTGATTGTGGCGAGGGGGCGTGGCCAAGAGCAG 101 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1851 AATTAAAGGTGCTGTAGGTGATTGTGGCGAGGGGGCGTGGCCAAGAGCAG 1900 C BX470257.13 100 TGGGAACAGAATGAGGCTGCCGCATAAGTGGATGCACCTGTGGTGCGCAC 51 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1901 TGGGAACAGAATGAGGCTGCCGCATAAGTGGATGCACCTGTGGTGCGCAC 1950 C BX470257.13 50 CGGCCTCAAATCCCATAGAAGCTCTGGACTATAAGAGGAGGAACGATGGC 1 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX908724.8 1951 CGGCCTCAAATCCCATAGAAGCTCTGGACTATAAGAGGAGGAACGATGGC 2000
Overview
- Query
- BX470257.13 - 80589 bps
- Hit
- BX908724.8 - 181037 bps
- Total alignments
- 23
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
# | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | 100 | 1915 | 2000 | 1 | 2000 | -1 | 1 | 2000 | 1 |
2 | 86 | 179 | 397 | 37486 | 37882 | -1 | 1 | 393 | 1 |
3 | 88.82 | 180 | 320 | 1666 | 1985 | 1 | 4582 | 4912 | 1 |
4 | 84.83 | 157 | 364 | 37544 | 37907 | 1 | 4582 | 4950 | 1 |
5 | 87.19 | 196 | 350 | 43071 | 43420 | -1 | 34696 | 35054 | 1 |
6 | 90.85 | 251 | 365 | 31925 | 32289 | -1 | 34702 | 35062 | 1 |
7 | 86.56 | 189 | 406 | 1608 | 2013 | 1 | 47308 | 47709 | 1 |
8 | 92.89 | 341 | 451 | 3032 | 3482 | 1 | 68868 | 69317 | 1 |
9 | 93.62 | 377 | 482 | 20011 | 20492 | 1 | 68868 | 69353 | 1 |
10 | 92.86 | 233 | 304 | 31917 | 32220 | -1 | 74645 | 74952 | 1 |
11 | 90.07 | 181 | 274 | 43071 | 43344 | -1 | 74645 | 74936 | 1 |
12 | 86.94 | 157 | 272 | 20493 | 20764 | -1 | 90058 | 90325 | 1 |
13 | 88.51 | 201 | 333 | 3015 | 3347 | 1 | 104648 | 104986 | 1 |
14 | 80.71 | 294 | 843 | 19994 | 20836 | 1 | 104648 | 105492 | 1 |
15 | 90.95 | 165 | 236 | 31929 | 32164 | 1 | 110471 | 110702 | 1 |
16 | 85.12 | 168 | 350 | 43071 | 43420 | 1 | 110475 | 110810 | 1 |
17 | 89.1 | 203 | 309 | 20494 | 20802 | 1 | 120664 | 120975 | 1 |
18 | 87.39 | 201 | 360 | 31927 | 32286 | 1 | 127184 | 127532 | 1 |
19 | 89.48 | 216 | 348 | 34538 | 34885 | -1 | 149290 | 149631 | 1 |
20 | 87.78 | 217 | 364 | 31930 | 32293 | -1 | 167206 | 167565 | 1 |
21 | 86.44 | 181 | 345 | 43072 | 43416 | -1 | 167208 | 167561 | 1 |
22 | 91.93 | 250 | 350 | 43071 | 43420 | -1 | 172243 | 172589 | 1 |
23 | 90.55 | 244 | 365 | 31925 | 32289 | -1 | 172249 | 172597 | 1 |