End overlap alignment - Wellcome Trust Sanger Institute

<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

Full alignment

C  BX470257.13	2000	GAATTCTTGTTTTCTTTTTTAAATATTTCCCAAATGATGTTTAACTGAGC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1	GAATTCTTGTTTTCTTTTTTAAATATTTCCCAAATGATGTTTAACTGAGC	50

C  BX470257.13	1950	AAGGAAATTTTCACAGTAAGTCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	51	AAGGAAATTTTCACAGTAAGTCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGT	100

C  BX470257.13	1900	CTTATTTGTTTTATTTTGGCTAGAATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTAAAC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	101	CTTATTTGTTTTATTTTGGCTAGAATAAAAGCAGTTTTTAATTTTTAAAC	150

C  BX470257.13	1850	ATCATTTTAAGGTCAATATTATTAGCCCCTTAAAGCTATATATTTTTTTT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	151	ATCATTTTAAGGTCAATATTATTAGCCCCTTAAAGCTATATATTTTTTTT	200

C  BX470257.13	1800	CGATAGTCTACAGAACAAACCATCATACTTGCCTATTTACCCTAACCTGC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	201	CGATAGTCTACAGAACAAACCATCATACTTGCCTATTTACCCTAACCTGC	250

C  BX470257.13	1750	CTAGTTAGCCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAATGTCACTTTAAGCTGT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	251	CTAGTTAGCCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAATGTCACTTTAAGCTGT	300

C  BX470257.13	1700	ATAGAAGTGTCTTGAAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCAT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	301	ATAGAAGTGTCTTGAAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCAT	350

C  BX470257.13	1650	GGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAGATGAGTTATTAAACGGCTAA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	351	GGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAGATGAGTTATTAAACGGCTAA	400

C  BX470257.13	1600	TAATTCTGACCTCAAATGTACATAAATATTTTTCACTTATATTTATTTTG	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	401	TAATTCTGACCTCAAATGTACATAAATATTTTTCACTTATATTTATTTTG	450

C  BX470257.13	1550	TTTTATGTAGAGATATTTAAAAAAATCTTAAATATATACATGCATTTCTA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	451	TTTTATGTAGAGATATTTAAAAAAATCTTAAATATATACATGCATTTCTA	500

C  BX470257.13	1500	TATAATAAAATAAAATACAGTTTTAATAAAAAATAAATATACAATATATA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	501	TATAATAAAATAAAATACAGTTTTAATAAAAAATAAATATACAATATATA	550

C  BX470257.13	1450	GAGTAGTGTGAAAAAAGTGATTCTTATTTTGTCCATGTTTGTCACACCTG	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	551	GAGTAGTGTGAAAAAAGTGATTCTTATTTTGTCCATGTTTGTCACACCTG	600

C  BX470257.13	1400	AATGTTTCAGATCATACAACTGATTTAAATATTTGTCAAAGATAAAACAA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	601	AATGTTTCAGATCATACAACTGATTTAAATATTTGTCAAAGATAAAACAA	650

C  BX470257.13	1350	GCAAATACTCATGCAGTTTTAGATATAAAAAAAATAGTAAAACAAAAACA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	651	GCAAATACTCATGCAGTTTTAGATATAAAAAAAATAGTAAAACAAAAACA	700

C  BX470257.13	1300	CATAACCCTGTGTGGAAAAGGTGTTTCTTCACCCCTCACCACCCAGAGTT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	701	CATAACCCTGTGTGGAAAAGGTGTTTCTTCACCCCTCACCACCCAGAGTT	750

C  BX470257.13	1250	GATATATATAATTCAGCATCAAGACAAAATGGGTCATAACAGTATAGAAA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	751	GATATATATAATTCAGCATCAAGACAAAATGGGTCATAACAGTATAGAAA	800

C  BX470257.13	1200	ACATTAACAAATTTTGTAGTTAATAACATCTATTGGCTGTATGTGTTTTT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	801	ACATTAACAAATTTTGTAGTTAATAACATCTATTGGCTGTATGTGTTTTT	850

C  BX470257.13	1150	TCCACATCTGATTTATGATACATGTAGTGAACTGTCTAAATGCTTTACTA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	851	TCCACATCTGATTTATGATACATGTAGTGAACTGTCTAAATGCTTTACTA	900

C  BX470257.13	1100	TCTGGCATGAAAGAGGTTTAGTGATGCCAGACACTGTGGTCCTGCTGGTC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	901	TCTGGCATGAAAGAGGTTTAGTGATGCCAGACACTGTGGTCCTGCTGGTC	950

C  BX470257.13	1050	AGTGTGAGAATGCTCTACATTACACTGCACAGACTGAACACCCACACCTA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	951	AGTGTGAGAATGCTCTACATTACACTGCACAGACTGAACACCCACACCTA	1000

C  BX470257.13	1000	CCACACACACATGCATGCACGCATTCACACATACAGAAAATATCACAACT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1001	CCACACACACATGCATGCACGCATTCACACATACAGAAAATATCACAACT	1050

C  BX470257.13	950	AAAACACACTTCATGAACCAAAAATTCTGCCCTGAAAAACATTTTTTACT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1051	AAAACACACTTCATGAACCAAAAATTCTGCCCTGAAAAACATTTTTTACT	1100

C  BX470257.13	900	TAGAAATAGCGCTAAAACTTTCACAGATAAGTGTATTATTACTAATATTG	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1101	TAGAAATAGCGCTAAAACTTTCACAGATAAGTGTATTATTACTAATATTG	1150

C  BX470257.13	850	ATCTATATAATATTGAAGTATATAGAAAATAAATATTGAATAATGTAGAT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1151	ATCTATATAATATTGAAGTATATAGAAAATAAATATTGAATAATGTAGAT	1200

C  BX470257.13	800	ATAATTATCCATTATAAAGGAATGTAGATTCTTATAGTCTCCTATTGAAA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1201	ATAATTATCCATTATAAAGGAATGTAGATTCTTATAGTCTCCTATTGAAA	1250

C  BX470257.13	750	ATAATCATATAAACATTTTCCTAACATCCTTTTCAGCTGTTTTTCTATAG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1251	ATAATCATATAAACATTTTCCTAACATCCTTTTCAGCTGTTTTTCTATAG	1300

C  BX470257.13	700	AATTGTTTTGCCGTTTTCTTTCTTATTTAACCTGTAGACAAATAAGATTT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1301	AATTGTTTTGCCGTTTTCTTTCTTATTTAACCTGTAGACAAATAAGATTT	1350

C  BX470257.13	650	TAGTTTTATGGTTTAAGTTTATATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1351	TAGTTTTATGGTTTAAGTTTATATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGC	1400

C  BX470257.13	600	CCACCTTAATTATTAGCACCCCTGTTTATTTTTGTCCCCTAAAAAACTCA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1401	CCACCTTAATTATTAGCACCCCTGTTTATTTTTGTCCCCTAAAAAACTCA	1450

C  BX470257.13	550	TAGTGTGACTCATAGCTCGAGGGCCAGTCCGTCAAAAATGCATAGGTGGC	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1451	TAGTGTGACTCATAGCTCGAGGGCCAGTCCGTCAAAAATGCATAGGTGGC	1500

C  BX470257.13	500	GCTGTCGAGTCATTTTGCCACGCCTACTTCCGAACCCTACAACAAACATA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1501	GCTGTCGAGTCATTTTGCCACGCCTACTTCCGAACCCTACAACAAACATA	1550

C  BX470257.13	450	ACTTTTCACCACTTCTGGAGCATGTGCAAAGTTTTATGAGTTTTCGGGCA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1551	ACTTTTCACCACTTCTGGAGCATGTGCAAAGTTTTATGAGTTTTCGGGCA	1600

C  BX470257.13	400	TGTTTAGACCCTCAAAATCACGATTTATTCTATTGAAGAAGCGGAAGAAT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1601	TGTTTAGACCCTCAAAATCACGATTTATTCTATTGAAGAAGCGGAAGAAT	1650

C  BX470257.13	350	AATAGGAAGAAACGGAGCAATTCCAATAGGGCCTACACACCGTTTCGGTA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1651	AATAGGAAGAAACGGAGCAATTCCAATAGGGCCTACACACCGTTTCGGTA	1700

C  BX470257.13	300	CTTGGTCCCTAATGAAAAAAGTGTCACCAAATATACTTGCCGTTAATATG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1701	CTTGGTCCCTAATGAAAAAAGTGTCACCAAATATACTTGCCGTTAATATG	1750

C  BX470257.13	250	CCTGGGCAGCCCGCCCAAGTAAAGTCTAAGTGTGGGAAGCACTGTAGTAT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1751	CCTGGGCAGCCCGCCCAAGTAAAGTCTAAGTGTGGGAAGCACTGTAGTAT	1800

C  BX470257.13	200	CTTGTAAAATATCTGGTAAAATATTTTCTTCTGTCATCATGGCAAAGATA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1801	CTTGTAAAATATCTGGTAAAATATTTTCTTCTGTCATCATGGCAAAGATA	1850

C  BX470257.13	150	AATTAAAGGTGCTGTAGGTGATTGTGGCGAGGGGGCGTGGCCAAGAGCAG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1851	AATTAAAGGTGCTGTAGGTGATTGTGGCGAGGGGGCGTGGCCAAGAGCAG	1900

C  BX470257.13	100	TGGGAACAGAATGAGGCTGCCGCATAAGTGGATGCACCTGTGGTGCGCAC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1901	TGGGAACAGAATGAGGCTGCCGCATAAGTGGATGCACCTGTGGTGCGCAC	1950

C  BX470257.13	50	CGGCCTCAAATCCCATAGAAGCTCTGGACTATAAGAGGAGGAACGATGGC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX908724.8	1951	CGGCCTCAAATCCCATAGAAGCTCTGGACTATAAGAGGAGGAACGATGGC	2000

Overview

Query: BX470257.13 - 80589 bps
Hit: BX908724.8 - 181037 bps
Total alignments: 23
Best alignment: alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#	%ID	score	HSP	start	end	strand	hstart	hend	hstrand
1	100	1915	2000	1	2000	-1	1	2000	1
2	86	179	397	37486	37882	-1	1	393	1
3	88.82	180	320	1666	1985	1	4582	4912	1
4	84.83	157	364	37544	37907	1	4582	4950	1
5	87.19	196	350	43071	43420	-1	34696	35054	1
6	90.85	251	365	31925	32289	-1	34702	35062	1
7	86.56	189	406	1608	2013	1	47308	47709	1
8	92.89	341	451	3032	3482	1	68868	69317	1
9	93.62	377	482	20011	20492	1	68868	69353	1
10	92.86	233	304	31917	32220	-1	74645	74952	1
11	90.07	181	274	43071	43344	-1	74645	74936	1
12	86.94	157	272	20493	20764	-1	90058	90325	1
13	88.51	201	333	3015	3347	1	104648	104986	1
14	80.71	294	843	19994	20836	1	104648	105492	1
15	90.95	165	236	31929	32164	1	110471	110702	1
16	85.12	168	350	43071	43420	1	110475	110810	1
17	89.1	203	309	20494	20802	1	120664	120975	1
18	87.39	201	360	31927	32286	1	127184	127532	1
19	89.48	216	348	34538	34885	-1	149290	149631	1
20	87.78	217	364	31930	32293	-1	167206	167565	1
21	86.44	181	345	43072	43416	-1	167208	167561	1
22	91.93	250	350	43071	43420	-1	172243	172589	1
23	90.55	244	365	31925	32289	-1	172249	172597	1