<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR936909.2	1	TAGGAGAAAGTGGAAATTAGTAGTGGCCTGGAGTAGAAATTTTCTTTAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	34231	TAGGAGAAAGTGGAAATTAGTAGTGGCCTGGAGTAGAAATTTTCTTTAAG	34280

CR936909.2	51	ATTTGATGACAAGATGACTGGTGGGGGTATGGTAATGGCCTAGGGCCTGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	34281	ATTTGATGACAAGATGACTGGTGGGGGTATGGTAATGGCCTAGGGCCTGA	34330

CR936909.2	101	ATGCCTCTGAGAAAGATGGTGTGTATCTATCTTCTGTTGGCATTTTTTAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	34331	ATGCCTCTGAGAAAGATGGTGTGTATCTATCTTCTGTTGGCATTTTTTAA	34380

CR936909.2	151	CTTTCTTTATTGCTGTCTGTGTTCTCATAGCCCACTGATGATATTGTCCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	34381	CTTTCTTTATTGCTGTCTGTGTTCTCATAGCCCACTGATGATATTGTCCT	34430

CR936909.2	201	AATGGCACAAACGCTGGAAAAGATATTCCTACAGAAGGTTGCATCAATGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	34431	AATGGCACAAACGCTGGAAAAGATATTCCTACAGAAGGTTGCATCAATGC	34480

CR936909.2	251	CACAAGAAGAACAAGAGCTGGTAGTGACCATCCCTAAGAACAGCCACAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	34481	CACAAGAAGAACAAGAGCTGGTAGTGACCATCCCTAAGAACAGCCACAAG	34530

CR936909.2	301	AAGGGGGCCAAGTTGGCAGGTAGGAAGAGTGGGAGTTTTGCAAATGGACA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	34531	AAGGGGGCCAAGTTGGCAGGTAGGAAGAGTGGGAGTTTTGCAAATGGACA	34580

CR936909.2	351	ACTTAAAGATGGGGAAGAGAATCAAACTACACTTTTTTCCTTTTTTCTAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	34581	ACTTAAAGATGGGGAAGAGAATCAAACTACACTTTTTTCCTTTTTTCTAG	34630

CR936909.2	401	CGCTCCAGGGCAGTGTTACCAGTGCCCATCAGGTGCCTGCCGTCTCTTCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	34631	CGCTCCAGGGCAGTGTTACCAGTGCCCATCAGGTGCCTGCCGTCTCTTCT	34680

CR936909.2	451	GTGTCACACACAGCCCTGTATACTCCTCCACCTGAGATACCTACCACTGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	34681	GTGTCACACACAGCCCTGTATACTCCTCCACCTGAGATACCTACCACTGT	34730

CR936909.2	501	CTTCAACATTCCCCACCCATCAGTCATTTCCTCTCCACTTCTCAAGTCCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	34731	CTTCAACATTCCCCACCCATCAGTCATTTCCTCTCCACTTCTCAAGTCCT	34780

CR936909.2	551	TGCACTCTGCTGGACCCCCGCTCCTTGCTGTTACTGCAGCTCCTCCAGCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	34781	TGCACTCTGCTGGACCCCCGCTCCTTGCTGTTACTGCAGCTCCTCCAGCC	34830

CR936909.2	601	CAGCCCCTTGCCAAGGTATGATCTGTGGATTTCCTCTGGGCAGCAGGGAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	34831	CAGCCCCTTGCCAAGGTATGATCTGTGGATTTCCTCTGGGCAGCAGGGAG	34880

CR936909.2	651	GCAAGGGTCTTAAGTAAAGTGGGCTTGGAGTGACAGGTTCCCTATCTTGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	34881	GCAAGGGTCTTAAGTAAAGTGGGCTTGGAGTGACAGGTTCCCTATCTTGT	34930

CR936909.2	701	TTCTTTCTGCAGAAAAAAGGCGTAAAGCGGAAAGCAGATACTACCACCCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	34931	TTCTTTCTGCAGAAAAAAGGCGTAAAGCGGAAAGCAGATACTACCACCCC	34980

CR936909.2	751	TACACCTACAGCCATCTTGGCTCCTGGTTCTCCAGCTAGCCCTCCTGGGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	34981	TACACCTACAGCCATCTTGGCTCCTGGTTCTCCAGCTAGCCCTCCTGGGA	35030

CR936909.2	801	GTCTTGAGCCTAAGGCAGCACGGCTTCCCCCTATGCGTAGAGAGAGTGGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35031	GTCTTGAGCCTAAGGCAGCACGGCTTCCCCCTATGCGTAGAGAGAGTGGT	35080

CR936909.2	851	CGCCCCATCAAGCCCCCACGCAAAGACTTGCCTGACTCTCAGCAACAACA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35081	CGCCCCATCAAGCCCCCACGCAAAGACTTGCCTGACTCTCAGCAACAACA	35130

CR936909.2	901	CCAGAGCTCTAAGAAAGGAAAGCTTTCAGAACAGTTAAAACATTGCAATG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35131	CCAGAGCTCTAAGAAAGGAAAGCTTTCAGAACAGTTAAAACATTGCAATG	35180

CR936909.2	951	GCATTTTGAAGGAGTTACTCTCTAAGAAGCATGCTGCCTATGCTTGGCCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35181	GCATTTTGAAGGAGTTACTCTCTAAGAAGCATGCTGCCTATGCTTGGCCT	35230

CR936909.2	1001	TTCTATAAACCAGTGGATGCTTCTGCACTTGGCCTGCATGACTACCATGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35231	TTCTATAAACCAGTGGATGCTTCTGCACTTGGCCTGCATGACTACCATGA	35280

CR936909.2	1051	CATCATTAAGCACCCCATGGACCTCAGCACTGTCAAGGTACCCACTGCAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35281	CATCATTAAGCACCCCATGGACCTCAGCACTGTCAAGGTACCCACTGCAT	35330

CR936909.2	1101	GGGGCAGATGGGATGCTCAAGCAGTGATGGGAGCCTAGGTGCAAAACAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35331	GGGGCAGATGGGATGCTCAAGCAGTGATGGGAGCCTAGGTGCAAAACAAT	35380

CR936909.2	1151	AAGTCTCCTTATGTGGGCACACAGCAGTCTTTGGTTCTTGGCATTTTACT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35381	AAGTCTCCTTATGTGGGCACACAGCAGTCTTTGGTTCTTGGCATTTTACT	35430

CR936909.2	1201	TTTATAAAATAATAGTGGAACAGAAGGTCTGGTGTTTTGAGAATTTGTAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35431	TTTATAAAATAATAGTGGAACAGAAGGTCTGGTGTTTTGAGAATTTGTAT	35480

CR936909.2	1251	TTCTTGGAGTTTGAAACAGTAGGGTGGGGTTTCTTTGTCTTGAGAAAAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35481	TTCTTGGAGTTTGAAACAGTAGGGTGGGGTTTCTTTGTCTTGAGAAAAAT	35530

CR936909.2	1301	ACTGTCTATAATTAAGTACTAATGTGGCAGTGTTGGGTTAAGGAAGTTAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35531	ACTGTCTATAATTAAGTACTAATGTGGCAGTGTTGGGTTAAGGAAGTTAT	35580

CR936909.2	1351	AGGGTGGAAAGACAGGCATAGGCCACCTCTCTGTCACTTAGAAATGATTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35581	AGGGTGGAAAGACAGGCATAGGCCACCTCTCTGTCACTTAGAAATGATTT	35630

CR936909.2	1401	CTTTTTCTAGACATAAATATTTCTTCAACCCACCCAAATTCCTTTGACTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35631	CTTTTTCTAGACATAAATATTTCTTCAACCCACCCAAATTCCTTTGACTT	35680

CR936909.2	1451	CAAACTTGAACCCCAGGGCACAGATCCTTAAGGTCATCCCCACTGTGCTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35681	CAAACTTGAACCCCAGGGCACAGATCCTTAAGGTCATCCCCACTGTGCTC	35730

CR936909.2	1501	TCAAGAGAGGGCTCTTCTTGTGGTGTCTGGGGTTGGCAGGGAAAGGTGAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35731	TCAAGAGAGGGCTCTTCTTGTGGTGTCTGGGGTTGGCAGGGAAAGGTGAG	35780

CR936909.2	1551	TCTTCCTGCCTGTGCAGCTTCTGATGCTGCCTCCTTCTGCAGCGGAAGAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35781	TCTTCCTGCCTGTGCAGCTTCTGATGCTGCCTCCTTCTGCAGCGGAAGAT	35830

CR936909.2	1601	GGAGAACCGTGATTACCGGGATGCACAGGAGTTTGCTGCTGATGTACGGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35831	GGAGAACCGTGATTACCGGGATGCACAGGAGTTTGCTGCTGATGTACGGC	35880

CR936909.2	1651	TTATGTTCTCCAACTGCTATAAGTACAATCCCCCAGATCACGATGTTGTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35881	TTATGTTCTCCAACTGCTATAAGTACAATCCCCCAGATCACGATGTTGTG	35930

CR936909.2	1701	GCAATGGCACGAAAGCTACAGGTGAGTGGAAAGGTTGGAGTTTGAAAAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35931	GCAATGGCACGAAAGCTACAGGTGAGTGGAAAGGTTGGAGTTTGAAAAAT	35980

CR936909.2	1751	AAATGGTATGGGGAGTTATTTTGTCATGTGTGCTGCATAGCCTCAACGTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	35981	AAATGGTATGGGGAGTTATTTTGTCATGTGTGCTGCATAGCCTCAACGTG	36030

CR936909.2	1801	AGGGTCTCACTGTTCTGTACAGTTGTAAATTGGAGCTATATCACTTGGTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	36031	AGGGTCTCACTGTTCTGTACAGTTGTAAATTGGAGCTATATCACTTGGTG	36080

CR936909.2	1851	GCTGGGTATGTAGGGCACTGTTTATCAGCATAGTTTTGAGTTTGTGCCTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	36081	GCTGGGTATGTAGGGCACTGTTTATCAGCATAGTTTTGAGTTTGTGCCTC	36130

CR936909.2	1901	TTTCTAGGATGTATTTGAGTTCCGTTATGCCAAGATGCCAGATGAACCAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	36131	TTTCTAGGATGTATTTGAGTTCCGTTATGCCAAGATGCCAGATGAACCAC	36180

CR936909.2	1951	TAGAACCAGGGCCTTTACCAGTCTCTACTGCCATGCCCCCTGGCTTGGCC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908719.9	36181	TAGAACCAGGGCCTTTACCAGTCTCTACTGCCATGCCCCCTGGCTTGGCC	36230

Overview

Query
CR936909.2 - 40809 bps
Hit
BX908719.9 - 36230 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link