<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL935289.4	1	GAATTCACAGACAGTGTCGCCGAACCCGGCTGGGGATATGGGGAAGTCAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	210625	GAATTCACAGACAGTGTCGCCGAACCCGGCTGGGGATATGGGGAAGTCAA	210674

AL935289.4	51	GAAAGCGGACTTTGTCGACTTTGCGCATATCAGCCAGGGGTGGCGCTCCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	210675	GAAAGCGGACTTTGTCGACTTTGCGCATATCAGCCAGGGGTGGCGCTCCT	210724

AL935289.4	101	GGACCACTAATGTGGACATCGTCCTCCCCAACGCACACGCAGCAGACTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	210725	GGACCACTAATGTGGACATCGTCCTCCCCAACGCACACGCAGCAGACTCA	210774

AL935289.4	151	GTAGTCCGAAGAGCTAAGTCGGCGGCGGTGCGAAGCTCGTAAGCCTGGGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	210775	GTAGTCCGAAGAGCTAAGTCGGCGGCGGTGCGAAGCTCGTAAGCCTGGGT	210824

AL935289.4	201	TGGACCCACCCTCGTGCAGCTCGGCCAGCGCCTGCGCTTGGTAGCGCTGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	210825	TGGACCCACCCTCGTGCAGCTCGGCCAGCGCCTGCGCTTGGTAGCGCTGG	210874

AL935289.4	251	TAGGTGGCTATCGCATGCAAGGCGGAAGCAGCCTGGCCCGCAGCTATGTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	210875	TAGGTGGCTATCGCATGCAAGGCGGAAGCAGCCTGGCCCGCAGCTATGTA	210924

AL935289.4	301	AGCTCTAGCTCCGAGGGAGGATAACTTACAGGCTTTGGATGGGAGACGAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	210925	AGCTCTAGCTCCGAGGGAGGATAACTTACAGGCTTTGGATGGGAGACGAG	210974

AL935289.4	351	GCGGACCCCGCCAAGAAGAGGCGCCGCGCGGATTTACCGCCATCGAGCAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	210975	GCGGACCCCGCCAAGAAGAGGCGCCGCGCGGATTTACCGCCATCGAGCAC	211024

AL935289.4	401	TCAACCTGAGGAATCGCCACATACGCCCTGGCTGTTTCACCGTCAAGAGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211025	TCAACCTGAGGAATCGCCACATACGCCCTGGCTGTTTCACCGTCAAGAGT	211074

AL935289.4	451	GGTTAGGGTGGAGGAACACGCAGCACGAGCAGAAAAAAGTGCTTTACAAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211075	GGTTAGGGTGGAGGAACACGCAGCACGAGCAGAAAAAAGTGCTTTACAAG	211124

AL935289.4	501	ACCGCGTGAGCCTACTGTGCACCTCCGGGAAGAAGGGAACGCCCCTCTAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211125	ACCGCGTGAGCCTACTGTGCACCTCCGGGAAGAAGGGAACGCCCCTCTAG	211174

AL935289.4	551	TCGGTCCGGCCGCGGAGCTGGGGGATAAACCATCTCCAACCCACGGCCGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211175	TCGGTCCGGCCGCGGAGCTGGGGGATAAACCATCTCCAACCCACGGCCGA	211224

AL935289.4	601	AGCAGCCCGGGAAAGCACGGCTAACATGTCCGTTTCAGGATCCGTATTGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211225	AGCAGCCCGGGAAAGCACGGCTAACATGTCCGTTTCAGGATCCGTATTGA	211274

AL935289.4	651	CAGCGCTCACCAGCCCGAAGGGGGCGAGCGGGTCTGGATCATCATCGGAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211275	CAGCGCTCACCAGCCCGAAGGGGGCGAGCGGGTCTGGATCATCATCGGAC	211324

AL935289.4	701	AATGAAAGCCCACCCTCCGATGCCGCGGTGGACATCTGGTCTCCGGTGTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211325	AATGAAAGCCCACCCTCCGATGCCGCGGTGGACATCTGGTCTCCGGTGTC	211374

AL935289.4	751	ATCGGGCGTAAGGGCTACCATCTGTTAGACGGATCGCTTCCCCCGCCCGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211375	ATCGGGCGTAAGGGCTACCATCTGTTAGACGGATCGCTTCCCCCGCCCGA	211424

AL935289.4	801	AGCTTGGATGGAGCGCTTAGAGGAGCGGGAGGTCCGCGGGCCCGTGGGCG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211425	AGCTTGGATGGAGCGCTTAGAGGAGCGGGAGGTCCGCGGGCCCGTGGGCG	211474

AL935289.4	851	ACGGATTATCTCTCGCTGAAACCCTCAGATCTGCCCGAGTGCCCGCTGCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211475	ACGGATTATCTCTCGCTGAAACCCTCAGATCTGCCCGAGTGCCCGCTGCA	211524

AL935289.4	901	GAGCAGGGGACAACTGGGGTGGTTCGCCCTTTGCAAAGGCTTACCGCGAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211525	GAGCAGGGGACAACTGGGGTGGTTCGCCCTTTGCAAAGGCTTACCGCGAT	211574

AL935289.4	951	CTTGCGCAACAGTCATGGCATCGCAATGACGACATGAACTGCCCGCGAGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211575	CTTGCGCAACAGTCATGGCATCGCAATGACGACATGAACTGCCCGCGAGC	211624

AL935289.4	1001	AGCGCATTAACATGCTGGACCCCCAGACATGTAACGCAGTGCCCGCGCCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211625	AGCGCATTAACATGCTGGACCCCCAGACATGTAACGCAGTGCCCGCGCCC	211674

AL935289.4	1051	ATCATCCGAGGACAGGAAACCACCGCATCCAGAAACGCACAGTCGGAGCG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211675	ATCATCCGAGGACAGGAAACCACCGCATCCAGAAACGCACAGTCGGAGCG	211724

AL935289.4	1101	CCGTCCTGATAAGGACGTGCTGCACGACTGTGTTGCTCTTTCTGTGAAGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211725	CCGTCCTGATAAGGACGTGCTGCACGACTGTGTTGCTCTTTCTGTGAAGT	211774

AL935289.4	1151	TTGCAACTTTATACGCACCGCTCTGGAGGACCGGACCCAAAGAACGCCAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211775	TTGCAACTTTATACGCACCGCTCTGGAGGACCGGACCCAAAGAACGCCAG	211824

AL935289.4	1201	GCAAGGGAGAAACCCAGCTCGACCGTCTGCCACTGCGTGTACACACTCTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211825	GCAAGGGAGAAACCCAGCTCGACCGTCTGCCACTGCGTGTACACACTCTG	211874

AL935289.4	1251	GACCGGGAGAATGCTCTCGTTCGCTCAGAATCGCTGGTCACAGCAGGAGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211875	GACCGGGAGAATGCTCTCGTTCGCTCAGAATCGCTGGTCACAGCAGGAGG	211924

AL935289.4	1301	AACCCTCATCGACTCGATCAGAAAGTCTCTGAAGCGAAAAGGATAGCGTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211925	AACCCTCATCGACTCGATCAGAAAGTCTCTGAAGCGAAAAGGATAGCGTC	211974

AL935289.4	1351	TGCTGGCGCCAGGTGAGCTTATATACTCAGTTGATTGCTTATGCCGCTCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	211975	TGCTGGCGCCAGGTGAGCTTATATACTCAGTTGATTGCTTATGCCGCTCA	212024

AL935289.4	1401	CCTGCGCAGGCTTGCGCTGCCAATTCATTCTTAATTGGCCCGTTCAATAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	212025	CCTGCGCAGGCTTGCGCTGCCAATTCATTCTTAATTGGCCCGTTCAATAC	212074

AL935289.4	1451	TCTTTCAAACGAGTAGCTTCTGAACCGAACCTCCCAATGCGTGGATTTTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	212075	TCTTTCAAACGAGTAGCTTCTGAACCGAACCTCCCAATGCGTGGATTTTA	212124

AL935289.4	1501	CAATCAAATCCACTTATAGTGCTGAAGTTCCCCCCGAAGGGGAACTCTGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	212125	CAATCAAATCCACTTATAGTGCTGAAGTTCCCCCCGAAGGGGAACTCTGA	212174

AL935289.4	1551	TAGCACTGCTAATAATGACTTATTTAATAATGAATGACTCAACTTGATGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	212175	TAGCACTGCTAATAATGACTTATTTAATAATGAATGACTCAACTTGATGA	212224

AL935289.4	1601	TTACTTTAGACTTTATATAAAATAGAAATATTCTAAATGCTTTTTCTGAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	212225	TTACTTTAGACTTTATATAAAATAGAAATATTCTAAATGCTTTTTCTGAT	212274

AL935289.4	1651	TCTGATTAGGTGTCAGTATATTTATCATTCAAAAATTGTTCTGAAATTGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	212275	TCTGATTAGGTGTCAGTATATTTATCATTCAAAAATTGTTCTGAAATTGA	212324

AL935289.4	1701	TTTTAGTCAATATTTAGTTGTTTTCATTACAACTGTTCTTTCAGATTCTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	212325	TTTTAGTCAATATTTAGTTGTTTTCATTACAACTGTTCTTTCAGATTCTG	212374

AL935289.4	1751	GGCAAATTTTGGGTTTATATGGCATTTATACAGAGTTTATAGGTGTTCTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	212375	GGCAAATTTTGGGTTTATATGGCATTTATACAGAGTTTATAGGTGTTCTG	212424

AL935289.4	1801	CTATTGGGATTAAATGTTGAACGTACCATAAGGAGTTGCACTAAAGTTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	212425	CTATTGGGATTAAATGTTGAACGTACCATAAGGAGTTGCACTAAAGTTTT	212474

AL935289.4	1851	ATTGTACAGCTGTGCAAAGCTGACAAATGTTTTTATTTAAAAAAATATAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	212475	ATTGTACAGCTGTGCAAAGCTGACAAATGTTTTTATTTAAAAAAATATAT	212524

AL935289.4	1901	ATTTTGCTAAGAAATCACCTTTCATCCAGATCTGCAAAAGTAACTACATT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	212525	ATTTTGCTAAGAAATCACCTTTCATCCAGATCTGCAAAAGTAACTACATT	212574

AL935289.4	1951	TAAACATGCCAGGGCGGTAGGTGGTAACATCACTCTGTATACTGTAGAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX908387.8	212575	TAAACATGCCAGGGCGGTAGGTGGTAACATCACTCTGTATACTGTAGAAA	212624

Overview

Query
AL935289.4 - 154174 bps
Hit
BX908387.8 - 212624 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199920001200012106252126241
285.11222447198472227-1311733711
390.98182254125793126046-1311733711
478.811153661243631247281792982961
580.871082911400441403341792982261
693.94104131140038140168-144341444721
779.861194453587336317147139475701
885.51794014278343183147155475541
991.57180273101675101947-147201474731
1086.521021771658416760-171918720951
1183.33871847204772230-188909890941
1290.061271818249582675197655978351
1382.74892031982620028-11371931373891
1485.271031881659716784-11574911576801
1582.34122304777257802811606291609281
1682.128223510165910189311698571700911
1781.641644189379494211-11908111912241
1882.0910726347755037-11927461930131
1985.43322605137874138478-11927521933551
2083.492044946405364546-11928291933551
2197.9718419713371533-12061702063661
Short-link