<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR381708.8	1	AGGCAACGTTGTAATTGAACGCACCTGCGTTGTTTACCGCTTGTTTGTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	178980	AGGCAACGTTGTAATTGAACGCACCTGCGTTGTTTACCGCTTGTTTGTTT	179029

CR381708.8	51	AATGGCCGGGATTACATTGTCGGTAAGTCTTGATATTGTTACACGATTCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179030	AATGGCCGGGATTACATTGTCGGTAAGTCTTGATATTGTTACACGATTCT	179079

CR381708.8	101	CTTTTGCATGCTACTCATGTTTTTGCTTTGTTTGAATTTGCCTTGTTTAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179080	CTTTTGCATGCTACTCATGTTTTTGCTTTGTTTGAATTTGCCTTGTTTAA	179129

CR381708.8	151	GTGATTAGTTTTGGCTTTTCCTTGCCTCCCTTATTCAAATTTATTCAAGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179130	GTGATTAGTTTTGGCTTTTCCTTGCCTCCCTTATTCAAATTTATTCAAGT	179179

CR381708.8	201	GTTGTTTGTATAACGCATTTCACAATAACTTGTTTCAAAGCAGCTTTACA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179180	GTTGTTTGTATAACGCATTTCACAATAACTTGTTTCAAAGCAGCTTTACA	179229

CR381708.8	251	AAAAGTGCACATTATTAGGCCTACAATCAAATTCAGAAAAGTTAAGGTTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179230	AAAAGTGCACATTATTAGGCCTACAATCAAATTCAGAAAAGTTAAGGTTA	179279

CR381708.8	301	TACCATAAGTTAATTAGTCCCTAATAACTTTAACTGATAAACTAGTAGGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179280	TACCATAAGTTAATTAGTCCCTAATAACTTTAACTGATAAACTAGTAGGT	179329

CR381708.8	351	TATCTAATATCTTTTAACAGTTAACGTTATATAAACCTAGTTAACCTGTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179330	TATCTAATATCTTTTAACAGTTAACGTTATATAAACCTAGTTAACCTGTA	179379

CR381708.8	401	GTTATATAGTATAGCCTATGAGTGATGTCTATATGTGCACGTTTAATCAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179380	GTTATATAGTATAGCCTATGAGTGATGTCTATATGTGCACGTTTAATCAA	179429

CR381708.8	451	GTCTATTTGTGTATTAAGTGTGTTGTCCTAATTGATGTAAACGTGTGTTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179430	GTCTATTTGTGTATTAAGTGTGTTGTCCTAATTGATGTAAACGTGTGTTG	179479

CR381708.8	501	AGGTAATGCATTACAAGCAGAGCGAGTTACATAAGAATATTACTCTTCTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179480	AGGTAATGCATTACAAGCAGAGCGAGTTACATAAGAATATTACTCTTCTA	179529

CR381708.8	551	AGTAATGCATTACTTAAAAAAAAAAAAAAAAGTAGTAATATTTGAGTTAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179530	AGTAATGCATTACTTAAAAAAAAAAAAAAAAGTAGTAATATTTGAGTTAC	179579

CR381708.8	601	TTTTTAAAAATTTAAAGCAGCTTACTTAAATTTAGATGAGAAAATGTTCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179580	TTTTTAAAAATTTAAAGCAGCTTACTTAAATTTAGATGAGAAAATGTTCA	179629

CR381708.8	651	TTATTTTGAAGACATGGAAGAAAACGAATTGTGCTTGAAAATGGTTTGTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179630	TTATTTTGAAGACATGGAAGAAAACGAATTGTGCTTGAAAATGGTTTGTA	179679

CR381708.8	701	CTTTAATAATTCACTAATTAGACAAACATCACAAAAGTAGCAAACGCAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179680	CTTTAATAATTCACTAATTAGACAAACATCACAAAAGTAGCAAACGCAAT	179729

CR381708.8	751	GCTTTAAACTTTAGAACTCAGAAATTCTCAGAAGAAAGTATTATCCTACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179730	GCTTTAAACTTTAGAACTCAGAAATTCTCAGAAGAAAGTATTATCCTACA	179779

CR381708.8	801	TTATTATTTTGCGATGCGTTTTTTTTGAAAGGTGTAGGTGATAGTTGTTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179780	TTATTATTTTGCGATGCGTTTTTTTTGAAAGGTGTAGGTGATAGTTGTTA	179829

CR381708.8	851	ATTGCAGAGCTCCTTTATTAAAAAAAATAATAATAATGACCCTGCAGGTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179830	ATTGCAGAGCTCCTTTATTAAAAAAAATAATAATAATGACCCTGCAGGTT	179879

CR381708.8	901	TTGAATGTGATATGAAAAAGTAACTCAAAAGGAATGTAATGCATTACTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179880	TTGAATGTGATATGAAAAAGTAACTCAAAAGGAATGTAATGCATTACTTT	179929

CR381708.8	951	CCTTAAAAAAAATAAGTAGCGCAACTAGTTACCTTTCAGGAAGGTAACTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179930	CCTTAAAAAAAATAAGTAGCGCAACTAGTTACCTTTCAGGAAGGTAACTC	179979

CR381708.8	1001	AATATTGTAATGCTTTACTTTTAAGACTAACTTTTCCCAACACTGGTAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	179980	AATATTGTAATGCTTTACTTTTAAGACTAACTTTTCCCAACACTGGTAAA	180029

CR381708.8	1051	CATACATAGTTTGTTACAGAATTAATGTTTGACTTCTGCTTATTCAATCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180030	CATACATAGTTTGTTACAGAATTAATGTTTGACTTCTGCTTATTCAATCC	180079

CR381708.8	1101	TCAATTTTCCAATTTTTTTTCGCTTTGTCACGGGAATGGATGTGACTATA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180080	TCAATTTTCCAATTTTTTTTCGCTTTGTCACGGGAATGGATGTGACTATA	180129

CR381708.8	1151	ACTAGCACCATTTATTGAAAACATATAGATGTTTGGATGCTGAATAATAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180130	ACTAGCACCATTTATTGAAAACATATAGATGTTTGGATGCTGAATAATAA	180179

CR381708.8	1201	TAGACAAGATTAGTTTAAAAAGTCATGATTAGTGCTTTTCTTGACATTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180180	TAGACAAGATTAGTTTAAAAAGTCATGATTAGTGCTTTTCTTGACATTTT	180229

CR381708.8	1251	CTAATTTTCTTTAGCCATAAAAAGTTTTTTTTTTTGTGGTATTTTAAAGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180230	CTAATTTTCTTTAGCCATAAAAAGTTTTTTTTTTTGTGGTATTTTAAAGT	180279

CR381708.8	1301	CTTTATTTGTTTTCATATACGTGTATTCATTATTACTGCATTTTATTAGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180280	CTTTATTTGTTTTCATATACGTGTATTCATTATTACTGCATTTTATTAGC	180329

CR381708.8	1351	AAAAACTTTTTTTTTTCTTGTTAATGCCAATAATGATGTTGACATGATGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180330	AAAAACTTTTTTTTTTCTTGTTAATGCCAATAATGATGTTGACATGATGT	180379

CR381708.8	1401	TCAATTATTCAGAGAACTCTAAAAAATTCATTGCTTGGTATATTGTTCTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180380	TCAATTATTCAGAGAACTCTAAAAAATTCATTGCTTGGTATATTGTTCTG	180429

CR381708.8	1451	TAAACACAGTTTTACAGTTTACTCTCTGTAAACGGGTGTTCATGTTGAGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180430	TAAACACAGTTTTACAGTTTACTCTCTGTAAACGGGTGTTCATGTTGAGT	180479

CR381708.8	1501	GGGAAAAGCATCATTCATTACATGGCTAGCAATAGAAGCTGTGGTTTTTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180480	GGGAAAAGCATCATTCATTACATGGCTAGCAATAGAAGCTGTGGTTTTTA	180529

CR381708.8	1551	AGGTCATTTTGGTTAGGGGTGATTTTGTCCCTCGCTTTCTTGTTTATGTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180530	AGGTCATTTTGGTTAGGGGTGATTTTGTCCCTCGCTTTCTTGTTTATGTG	180579

CR381708.8	1601	GTGGGTGAAAAATATGAGCATAACATTGTCCAGCTGGCTCTTTATGAGCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180580	GTGGGTGAAAAATATGAGCATAACATTGTCCAGCTGGCTCTTTATGAGCT	180629

CR381708.8	1651	CTTGCAATATTGTACACCTTGCTCATTAGTATTCAGAAGAGCCCTCAAAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180630	CTTGCAATATTGTACACCTTGCTCATTAGTATTCAGAAGAGCCCTCAAAT	180679

CR381708.8	1701	TCTCTCCCCATTCATCTCATTAATTGGATCATCTGACTGAAATTACCACC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180680	TCTCTCCCCATTCATCTCATTAATTGGATCATCTGACTGAAATTACCACC	180729

CR381708.8	1751	ATCAAAAAGGAAATTATCCTGTAAGTATGTTGACCAGATGTTGCACTTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180730	ATCAAAAAGGAAATTATCCTGTAAGTATGTTGACCAGATGTTGCACTTTT	180779

CR381708.8	1801	TGCCAGAACAGTCGGCCTAACATAAAGTAGGTGTTTTATGTATAGGACAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180780	TGCCAGAACAGTCGGCCTAACATAAAGTAGGTGTTTTATGTATAGGACAA	180829

CR381708.8	1851	ATTTCAGACAAATCTGGAAACGTGACAAGGGGCTTAAATAGTTCACTGAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180830	ATTTCAGACAAATCTGGAAACGTGACAAGGGGCTTAAATAGTTCACTGAC	180879

CR381708.8	1901	CCTCAAATGACAGGACATCTGGCTTTGCTGTACACTGTATGCATTAGGTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180880	CCTCAAATGACAGGACATCTGGCTTTGCTGTACACTGTATGCATTAGGTT	180929

CR381708.8	1951	TGTATTAGGACATTTTCGACCTCTCTAATTAGCTAATCAGCTCAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX901897.6	180930	TGTATTAGGACATTTTCGACCTCTCTAATTAGCTAATCAGCTCAAAGCTT	180979

Overview

Query
CR381708.8 - 161310 bps
Hit
BX901897.6 - 180979 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100189720001200011789801809791
279.463501153154370155522-1837595571
378.16314113017357184861837595561
481.263438981385241394211865895431
582.6316238194998953781916095391
683.263698638796888830-140830417071
785.7466909131553132461140830417311
883.121203079749597801-140836411491
984.97379733154371155103147291480351
1083.34412894138528139421-147304482031
1183.032044399494095378-147308477371
1285.191342431782218064-147743479851
1389.151962954833648630174126744201
1483.591292614833648596-11011751014361
1583.97345724138528139251-11281871289161
1683.0924354515456715511111281971287581
1790.281432091807518283-11282091284241
1883.54152355883328868611493831497101
1990.39153234131710131943-11494791497071
20100121163137891395111562991564611
Short-link