<=>End overlap alignment
Alignment #1
HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps
Full alignment
CR381708.8 1 AGGCAACGTTGTAATTGAACGCACCTGCGTTGTTTACCGCTTGTTTGTTT 50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 178980 AGGCAACGTTGTAATTGAACGCACCTGCGTTGTTTACCGCTTGTTTGTTT 179029 CR381708.8 51 AATGGCCGGGATTACATTGTCGGTAAGTCTTGATATTGTTACACGATTCT 100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179030 AATGGCCGGGATTACATTGTCGGTAAGTCTTGATATTGTTACACGATTCT 179079 CR381708.8 101 CTTTTGCATGCTACTCATGTTTTTGCTTTGTTTGAATTTGCCTTGTTTAA 150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179080 CTTTTGCATGCTACTCATGTTTTTGCTTTGTTTGAATTTGCCTTGTTTAA 179129 CR381708.8 151 GTGATTAGTTTTGGCTTTTCCTTGCCTCCCTTATTCAAATTTATTCAAGT 200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179130 GTGATTAGTTTTGGCTTTTCCTTGCCTCCCTTATTCAAATTTATTCAAGT 179179 CR381708.8 201 GTTGTTTGTATAACGCATTTCACAATAACTTGTTTCAAAGCAGCTTTACA 250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179180 GTTGTTTGTATAACGCATTTCACAATAACTTGTTTCAAAGCAGCTTTACA 179229 CR381708.8 251 AAAAGTGCACATTATTAGGCCTACAATCAAATTCAGAAAAGTTAAGGTTA 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179230 AAAAGTGCACATTATTAGGCCTACAATCAAATTCAGAAAAGTTAAGGTTA 179279 CR381708.8 301 TACCATAAGTTAATTAGTCCCTAATAACTTTAACTGATAAACTAGTAGGT 350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179280 TACCATAAGTTAATTAGTCCCTAATAACTTTAACTGATAAACTAGTAGGT 179329 CR381708.8 351 TATCTAATATCTTTTAACAGTTAACGTTATATAAACCTAGTTAACCTGTA 400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179330 TATCTAATATCTTTTAACAGTTAACGTTATATAAACCTAGTTAACCTGTA 179379 CR381708.8 401 GTTATATAGTATAGCCTATGAGTGATGTCTATATGTGCACGTTTAATCAA 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179380 GTTATATAGTATAGCCTATGAGTGATGTCTATATGTGCACGTTTAATCAA 179429 CR381708.8 451 GTCTATTTGTGTATTAAGTGTGTTGTCCTAATTGATGTAAACGTGTGTTG 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179430 GTCTATTTGTGTATTAAGTGTGTTGTCCTAATTGATGTAAACGTGTGTTG 179479 CR381708.8 501 AGGTAATGCATTACAAGCAGAGCGAGTTACATAAGAATATTACTCTTCTA 550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179480 AGGTAATGCATTACAAGCAGAGCGAGTTACATAAGAATATTACTCTTCTA 179529 CR381708.8 551 AGTAATGCATTACTTAAAAAAAAAAAAAAAAGTAGTAATATTTGAGTTAC 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179530 AGTAATGCATTACTTAAAAAAAAAAAAAAAAGTAGTAATATTTGAGTTAC 179579 CR381708.8 601 TTTTTAAAAATTTAAAGCAGCTTACTTAAATTTAGATGAGAAAATGTTCA 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179580 TTTTTAAAAATTTAAAGCAGCTTACTTAAATTTAGATGAGAAAATGTTCA 179629 CR381708.8 651 TTATTTTGAAGACATGGAAGAAAACGAATTGTGCTTGAAAATGGTTTGTA 700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179630 TTATTTTGAAGACATGGAAGAAAACGAATTGTGCTTGAAAATGGTTTGTA 179679 CR381708.8 701 CTTTAATAATTCACTAATTAGACAAACATCACAAAAGTAGCAAACGCAAT 750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179680 CTTTAATAATTCACTAATTAGACAAACATCACAAAAGTAGCAAACGCAAT 179729 CR381708.8 751 GCTTTAAACTTTAGAACTCAGAAATTCTCAGAAGAAAGTATTATCCTACA 800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179730 GCTTTAAACTTTAGAACTCAGAAATTCTCAGAAGAAAGTATTATCCTACA 179779 CR381708.8 801 TTATTATTTTGCGATGCGTTTTTTTTGAAAGGTGTAGGTGATAGTTGTTA 850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179780 TTATTATTTTGCGATGCGTTTTTTTTGAAAGGTGTAGGTGATAGTTGTTA 179829 CR381708.8 851 ATTGCAGAGCTCCTTTATTAAAAAAAATAATAATAATGACCCTGCAGGTT 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179830 ATTGCAGAGCTCCTTTATTAAAAAAAATAATAATAATGACCCTGCAGGTT 179879 CR381708.8 901 TTGAATGTGATATGAAAAAGTAACTCAAAAGGAATGTAATGCATTACTTT 950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179880 TTGAATGTGATATGAAAAAGTAACTCAAAAGGAATGTAATGCATTACTTT 179929 CR381708.8 951 CCTTAAAAAAAATAAGTAGCGCAACTAGTTACCTTTCAGGAAGGTAACTC 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179930 CCTTAAAAAAAATAAGTAGCGCAACTAGTTACCTTTCAGGAAGGTAACTC 179979 CR381708.8 1001 AATATTGTAATGCTTTACTTTTAAGACTAACTTTTCCCAACACTGGTAAA 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 179980 AATATTGTAATGCTTTACTTTTAAGACTAACTTTTCCCAACACTGGTAAA 180029 CR381708.8 1051 CATACATAGTTTGTTACAGAATTAATGTTTGACTTCTGCTTATTCAATCC 1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180030 CATACATAGTTTGTTACAGAATTAATGTTTGACTTCTGCTTATTCAATCC 180079 CR381708.8 1101 TCAATTTTCCAATTTTTTTTCGCTTTGTCACGGGAATGGATGTGACTATA 1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180080 TCAATTTTCCAATTTTTTTTCGCTTTGTCACGGGAATGGATGTGACTATA 180129 CR381708.8 1151 ACTAGCACCATTTATTGAAAACATATAGATGTTTGGATGCTGAATAATAA 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180130 ACTAGCACCATTTATTGAAAACATATAGATGTTTGGATGCTGAATAATAA 180179 CR381708.8 1201 TAGACAAGATTAGTTTAAAAAGTCATGATTAGTGCTTTTCTTGACATTTT 1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180180 TAGACAAGATTAGTTTAAAAAGTCATGATTAGTGCTTTTCTTGACATTTT 180229 CR381708.8 1251 CTAATTTTCTTTAGCCATAAAAAGTTTTTTTTTTTGTGGTATTTTAAAGT 1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180230 CTAATTTTCTTTAGCCATAAAAAGTTTTTTTTTTTGTGGTATTTTAAAGT 180279 CR381708.8 1301 CTTTATTTGTTTTCATATACGTGTATTCATTATTACTGCATTTTATTAGC 1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180280 CTTTATTTGTTTTCATATACGTGTATTCATTATTACTGCATTTTATTAGC 180329 CR381708.8 1351 AAAAACTTTTTTTTTTCTTGTTAATGCCAATAATGATGTTGACATGATGT 1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180330 AAAAACTTTTTTTTTTCTTGTTAATGCCAATAATGATGTTGACATGATGT 180379 CR381708.8 1401 TCAATTATTCAGAGAACTCTAAAAAATTCATTGCTTGGTATATTGTTCTG 1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180380 TCAATTATTCAGAGAACTCTAAAAAATTCATTGCTTGGTATATTGTTCTG 180429 CR381708.8 1451 TAAACACAGTTTTACAGTTTACTCTCTGTAAACGGGTGTTCATGTTGAGT 1500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180430 TAAACACAGTTTTACAGTTTACTCTCTGTAAACGGGTGTTCATGTTGAGT 180479 CR381708.8 1501 GGGAAAAGCATCATTCATTACATGGCTAGCAATAGAAGCTGTGGTTTTTA 1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180480 GGGAAAAGCATCATTCATTACATGGCTAGCAATAGAAGCTGTGGTTTTTA 180529 CR381708.8 1551 AGGTCATTTTGGTTAGGGGTGATTTTGTCCCTCGCTTTCTTGTTTATGTG 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180530 AGGTCATTTTGGTTAGGGGTGATTTTGTCCCTCGCTTTCTTGTTTATGTG 180579 CR381708.8 1601 GTGGGTGAAAAATATGAGCATAACATTGTCCAGCTGGCTCTTTATGAGCT 1650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180580 GTGGGTGAAAAATATGAGCATAACATTGTCCAGCTGGCTCTTTATGAGCT 180629 CR381708.8 1651 CTTGCAATATTGTACACCTTGCTCATTAGTATTCAGAAGAGCCCTCAAAT 1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180630 CTTGCAATATTGTACACCTTGCTCATTAGTATTCAGAAGAGCCCTCAAAT 180679 CR381708.8 1701 TCTCTCCCCATTCATCTCATTAATTGGATCATCTGACTGAAATTACCACC 1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180680 TCTCTCCCCATTCATCTCATTAATTGGATCATCTGACTGAAATTACCACC 180729 CR381708.8 1751 ATCAAAAAGGAAATTATCCTGTAAGTATGTTGACCAGATGTTGCACTTTT 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180730 ATCAAAAAGGAAATTATCCTGTAAGTATGTTGACCAGATGTTGCACTTTT 180779 CR381708.8 1801 TGCCAGAACAGTCGGCCTAACATAAAGTAGGTGTTTTATGTATAGGACAA 1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180780 TGCCAGAACAGTCGGCCTAACATAAAGTAGGTGTTTTATGTATAGGACAA 180829 CR381708.8 1851 ATTTCAGACAAATCTGGAAACGTGACAAGGGGCTTAAATAGTTCACTGAC 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180830 ATTTCAGACAAATCTGGAAACGTGACAAGGGGCTTAAATAGTTCACTGAC 180879 CR381708.8 1901 CCTCAAATGACAGGACATCTGGCTTTGCTGTACACTGTATGCATTAGGTT 1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180880 CCTCAAATGACAGGACATCTGGCTTTGCTGTACACTGTATGCATTAGGTT 180929 CR381708.8 1951 TGTATTAGGACATTTTCGACCTCTCTAATTAGCTAATCAGCTCAAAGCTT 2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| BX901897.6 180930 TGTATTAGGACATTTTCGACCTCTCTAATTAGCTAATCAGCTCAAAGCTT 180979
Overview
- Query
- CR381708.8 - 161310 bps
- Hit
- BX901897.6 - 180979 bps
- Total alignments
- 20
- Best alignment
- alignment #1 (HSP: 2000 bps)
- Best alignment cartoon
Alternate alignments
| # | %ID | score | HSP | start | end | strand | hstart | hend | hstrand |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 100 | 1897 | 2000 | 1 | 2000 | 1 | 178980 | 180979 | 1 |
| 2 | 79.46 | 350 | 1153 | 154370 | 155522 | -1 | 8375 | 9557 | 1 |
| 3 | 78.16 | 314 | 1130 | 17357 | 18486 | 1 | 8375 | 9556 | 1 |
| 4 | 81.26 | 343 | 898 | 138524 | 139421 | 1 | 8658 | 9543 | 1 |
| 5 | 82.63 | 162 | 381 | 94998 | 95378 | 1 | 9160 | 9539 | 1 |
| 6 | 83.26 | 369 | 863 | 87968 | 88830 | -1 | 40830 | 41707 | 1 |
| 7 | 85.7 | 466 | 909 | 131553 | 132461 | 1 | 40830 | 41731 | 1 |
| 8 | 83.12 | 120 | 307 | 97495 | 97801 | -1 | 40836 | 41149 | 1 |
| 9 | 84.97 | 379 | 733 | 154371 | 155103 | 1 | 47291 | 48035 | 1 |
| 10 | 83.34 | 412 | 894 | 138528 | 139421 | -1 | 47304 | 48203 | 1 |
| 11 | 83.03 | 204 | 439 | 94940 | 95378 | -1 | 47308 | 47737 | 1 |
| 12 | 85.19 | 134 | 243 | 17822 | 18064 | -1 | 47743 | 47985 | 1 |
| 13 | 89.15 | 196 | 295 | 48336 | 48630 | 1 | 74126 | 74420 | 1 |
| 14 | 83.59 | 129 | 261 | 48336 | 48596 | -1 | 101175 | 101436 | 1 |
| 15 | 83.97 | 345 | 724 | 138528 | 139251 | -1 | 128187 | 128916 | 1 |
| 16 | 83.09 | 243 | 545 | 154567 | 155111 | 1 | 128197 | 128758 | 1 |
| 17 | 90.28 | 143 | 209 | 18075 | 18283 | -1 | 128209 | 128424 | 1 |
| 18 | 83.54 | 152 | 355 | 88332 | 88686 | 1 | 149383 | 149710 | 1 |
| 19 | 90.39 | 153 | 234 | 131710 | 131943 | -1 | 149479 | 149707 | 1 |
| 20 | 100 | 121 | 163 | 13789 | 13951 | 1 | 156299 | 156461 | 1 |
