<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX323029.6	175261	GAATTCCTACTTTCGTTTTCCTAAAATAGTATAATAGAACAAATAAGTTA	175212
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	150393	GAATTCCTACTTTCGTTTTCCTAAAATAGTATAATAGAACAAATAAGTTA	150442

C  BX323029.6	175211	AGACACGTAGGCCGGTCTGACTCTGACTCAACATTTGATGAAGTGGGATC	175162
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	150443	AGACACGTAGGCCGGTCTGACTCTGACTCAACATTTGATGAAGTGGGATC	150492

C  BX323029.6	175161	ATCCGTTTCGGGGGCCAGAAACACGTTAGGGTAATGACATCACCGCGCTT	175112
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	150493	ATCCGTTTCGGGGGCCAGAAACACGTTAGGGTAATGACATCACCGCGCTT	150542

C  BX323029.6	175111	GCTGCCAGTGACATCACTTTGTTTATAAACTTTATTCCTGTTGCTACAGA	175062
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	150543	GCTGCCAGTGACATCACTTTGTTTATAAACTTTATTCCTGTTGCTACAGA	150592

C  BX323029.6	175061	CGGTTTCCCTGAGAGGGAGGGTGAGACACTCCTCCCGCCCACATGCTTTA	175012
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	150593	CGGTTTCCCTGAGAGGGAGGGTGAGACACTCCTCCCGCCCACATGCTTTA	150642

C  BX323029.6	175011	CATACACACATCCGCTTTCAGCACAGCGACTGCCTATATAATGAGTCCCC	174962
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	150643	CATACACACATCCGCTTTCAGCACAGCGACTGCCTATATAATGAGTCCCC	150692

C  BX323029.6	174961	GGCGTAAGTTATTCACTTTCAATAACTCGCAAACAACAGGACAACATGTT	174912
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	150693	GGCGTAAGTTATTCACTTTCAATAACTCGCAAACAACAGGACAACATGTT	150742

C  BX323029.6	174911	TCCAGAATCGGAGTGCGGAATCTGCTACCGAGCTTACAACCTCGGCCGGC	174862
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	150743	TCCAGAATCGGAGTGCGGAATCTGCTACCGAGCTTACAACCTCGGCCGGC	150792

C  BX323029.6	174861	GGTGTCCTCGACAGCTGAGCTGCAAACACACATTTTGCGAGAGCTGCTTG	174812
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	150793	GGTGTCCTCGACAGCTGAGCTGCAAACACACATTTTGCGAGAGCTGCTTG	150842

C  BX323029.6	174811	GTGACCATCGGCCGGTCTGCGGAGACTCACGAGCCCCGGATAGTGTGTCC	174762
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	150843	GTGACCATCGGCCGGTCTGCGGAGACTCACGAGCCCCGGATAGTGTGTCC	150892

C  BX323029.6	174761	ACTGTGCCGACACTCCACGGAGATGCCGGAGGCGAGAATCAAAGACAACC	174712
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	150893	ACTGTGCCGACACTCCACGGAGATGCCGGAGGCGAGAATCAAAGACAACC	150942

C  BX323029.6	174711	TGCCGGTAGACGAGGACATTTTTGAGCGACTTGTAACCGCGGGAAGCTCT	174662
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	150943	TGCCGGTAGACGAGGACATTTTTGAGCGACTTGTAACCGCGGGAAGCTCT	150992

C  BX323029.6	174661	GAGGAATGTGAGGATGATGATGATGATGAAAACGCAGAGGAACAACATCA	174612
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	150993	GAGGAATGTGAGGATGATGATGATGATGAAAACGCAGAGGAACAACATCA	151042

C  BX323029.6	174611	AGACGTCCCTTCTCCAGCCGGAGTTCCCTGTCTAGCCAGAGAGGACGTTT	174562
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151043	AGACGTCCCTTCTCCAGCCGGAGTTCCCTGTCTAGCCAGAGAGGACGTTT	151092

C  BX323029.6	174561	CCCCGCCACCACGAACCCGAAAGGGACAGCTGGTGAAGTGCTTAAAAAAA	174512
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151093	CCCCGCCACCACGAACCCGAAAGGGACAGCTGGTGAAGTGCTTAAAAAAA	151142

C  BX323029.6	174511	GTGTGGAAAAAAGTTGTCGGAGACGGGAACATAAGTGAGTATTTCACCTC	174462
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151143	GTGTGGAAAAAAGTTGTCGGAGACGGGAACATAAGTGAGTATTTCACCTC	151192

C  BX323029.6	174461	GATAACCTGCTATAGGTGTCTTTTAATGTGCTTAAGGGTATATTTCACAC	174412
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151193	GATAACCTGCTATAGGTGTCTTTTAATGTGCTTAAGGGTATATTTCACAC	151242

C  BX323029.6	174411	AAAAGTGAAAATCTGTCATTTACTCAGCCTCCTTCACTTGTGCCAAAATA	174362
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151243	AAAAGTGAAAATCTGTCATTTACTCAGCCTCCTTCACTTGTGCCAAAATA	151292

C  BX323029.6	174361	TTTTGTATTTCTTTCTTGAACATATTTTGAAGAAGGCTGAAAACCTGTAC	174312
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151293	TTTTGTATTTCTTTCTTGAACATATTTTGAAGAAGGCTGAAAACCTGTAC	151342

C  BX323029.6	174311	ACATTAATGACTTCCAATGGCTACAGGTTTTCAGCGTTTATCAAAATATA	174262
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151343	ACATTAATGACTTCCAATGGCTACAGGTTTTCAGCGTTTATCAAAATATA	151392

C  BX323029.6	174261	GTTTTATCGTTTAGCAGGTGAATTTTTGGGTTAACTTGTCAATTTAGTAC	174212
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151393	GTTTTATCGTTTAGCAGGTGAATTTTTGGGTTAACTTGTCAATTTAGTAC	151442

C  BX323029.6	174211	ATGAATTGAGTGCAGCAAGAACTAATTGTCATGTGTTTTTGTTTTGTTTT	174162
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151443	ATGAATTGAGTGCAGCAAGAACTAATTGTCATGTGTTTTTGTTTTGTTTT	151492

C  BX323029.6	174161	TTTCAGATTGTACTATAAGTGATGCAGACTTGAGGGACCTGGCGGTTATG	174112
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151493	TTTCAGATTGTACTATAAGTGATGCAGACTTGAGGGACCTGGCGGTTATG	151542

C  BX323029.6	174111	TCCTGCTACATGATGTGAATGACAATTTCAAGTTGCTGACCGACTCTAGT	174062
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151543	TCCTGCTACATGATGTGAATGACAATTTCAAGTTGCTGACCGACTCTAGT	151592

C  BX323029.6	174061	GCTGTCCTCAGACACTCATTACTGCACATTCCCAATTCACCTCTGAAAGG	174012
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151593	GCTGTCCTCAGACACTCATTACTGCACATTCCCAATTCACCTCTGAAAGG	151642

C  BX323029.6	174011	GAAGCTGTGGACGGCATGTTTGCACAATGTATAGTGGGACTGTCAGTGCC	173962
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151643	GAAGCTGTGGACGGCATGTTTGCACAATGTATAGTGGGACTGTCAGTGCC	151692

C  BX323029.6	173961	TTTCGGGCACATGAGGGCTGTTTGTAGCTGGGTGTGACTCGTCACCATAA	173912
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151693	TTTCGGGCACATGAGGGCTGTTTGTAGCTGGGTGTGACTCGTCACCATAA	151742

C  BX323029.6	173911	CAGACATGTGAGGTTGTTGCAAAACAGCCCATAAACATAACAACAGCACA	173862
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151743	CAGACATGTGAGGTTGTTGCAAAACAGCCCATAAACATAACAACAGCACA	151792

C  BX323029.6	173861	TGTTAAAATCATTTTTGGCTGAAATGAACCACACTGCCAGTAGACGTGTT	173812
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151793	TGTTAAAATCATTTTTGGCTGAAATGAACCACACTGCCAGTAGACGTGTT	151842

C  BX323029.6	173811	TGTGGTGCTCTTTTTGCTGTTACAAAATCCTGGACAACATTCCCAATGAC	173762
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151843	TGTGGTGCTCTTTTTGCTGTTACAAAATCCTGGACAACATTCCCAATGAC	151892

C  BX323029.6	173761	TTTTCTGTCTTGAAATGTAAATTATTCTAATTCATTGTTATGAAATGTTG	173712
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151893	TTTTCTGTCTTGAAATGTAAATTATTCTAATTCATTGTTATGAAATGTTG	151942

C  BX323029.6	173711	TATTTATTGTATGTTTTAATTTGTTTAATTAAGGAGTTTTCAGTATTACA	173662
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151943	TATTTATTGTATGTTTTAATTTGTTTAATTAAGGAGTTTTCAGTATTACA	151992

C  BX323029.6	173661	TTTGTATCAAATGATTGTGCCTAAATTTTGTTTGTCATTTTTAAACTCGT	173612
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	151993	TTTGTATCAAATGATTGTGCCTAAATTTTGTTTGTCATTTTTAAACTCGT	152042

C  BX323029.6	173611	TTCATGATCACAAATGATTTTTTAATATTATATTGTATAGATTTTTATAA	173562
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	152043	TTCATGATCACAAATGATTTTTTAATATTATATTGTATAGATTTTTATAA	152092

C  BX323029.6	173561	AGTTAAAATATTGAATTACTGTATATTGCTACATTTGTACCAAATAAATA	173512
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	152093	AGTTAAAATATTGAATTACTGTATATTGCTACATTTGTACCAAATAAATA	152142

C  BX323029.6	173511	TTTTAAACTACATATACAAGTTTACCGTGTGTGTGTATATAAATAATTTT	173462
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	152143	TTTTAAACTACATATACAAGTTTACCGTGTGTGTGTATATAAATAATTTT	152192

C  BX323029.6	173461	ATATTAGTTATTTAATAATTAATTCATTTTCTTTTCGACTGAGTCCCTTT	173412
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	152193	ATATTAGTTATTTAATAATTAATTCATTTTCTTTTCGACTGAGTCCCTTT	152242

C  BX323029.6	173411	ATTTATCTGGGTTCACCACAGCTGAATAAACCGTCAACTTATCCAGCACG	173362
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	152243	ATTTATCTGGGTTCACCACAGCTGAATAAACCGTCAACTTATCCAGCACG	152292

C  BX323029.6	173361	TTTTACACCGCAAATGTCCAGCTGCAACTCAACACTGGGAAACACCCATA	173312
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	152293	TTTTACACCGCAAATGTCCAGCTGCAACTCAACACTGGGAAACACCCATA	152342

C  BX323029.6	173311	CACTCTTTCATTCACACACATACACTACGGCCAATTTAGCTTTTTTAATT	173262
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX901879.18	152343	CACTCTTTCATTCACACACATACACTACGGCCAATTTAGCTTTTTTAATT	152392

Overview

Query
BX323029.6 - 175261 bps
Hit
BX901879.18 - 152392 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019732000173262175261-11503931523921
288.572033145839658709-122125224391
384.17184391158095158485122490228681
482.81221533158131158663-152480530261
583.42545495773558283152481530281
681.72393953102821103773152613535641
787.341913175839658712153111534261
887.14285481157615158095-153214537031
994.781922302439124620153378536071
1091.27284416145231145646155162555621
1194.123123932082521217-155172555621
1283.3320244910281710326511407341411891
1386.8917830213584213614311456581459621
1491.211712372439024626-11457261459641
1588.221973185839558712-11459151462281
1685.932414521484715298-11463121467731
1785.32364695773658204-11463121467871
1883.8118141015820815861711463121467371
1984.4416331613614713646211464731467871
2084.662395444779948342-11489361494761
Short-link