<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR759877.8	2000	AAGCTTCAGCTCAATGATTTCAAACTCTTAAAAAAGACCCGTTATTGTTC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1	AAGCTTCAGCTCAATGATTTCAAACTCTTAAAAAAGACCCGTTATTGTTC	50

C  CR759877.8	1950	GGTGTCTGTGACTTTGAAAATAAAATATTCCCATTTTACAAATGCATTCC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	51	GGTGTCTGTGACTTTGAAAATAAAATATTCCCATTTTACAAATGCATTCC	100

C  CR759877.8	1900	CATATAACAAATGCTGTTTTTCTTTGATATTAATTCATCTATTAATGCTT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	101	CATATAACAAATGCTGTTTTTCTTTGATATTAATTCATCTATTAATGCTT	150

C  CR759877.8	1850	CTAAAGCAGCAAATGCCATAATCCCACTTGTCAGTGTTTTCCTGTTTGTT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	151	CTAAAGCAGCAAATGCCATAATCCCACTTGTCAGTGTTTTCCTGTTTGTT	200

C  CR759877.8	1800	TTCTTTTTTTTAATTGTGGCCGTAGTTTAGTTGCGCAATTCTGATTTGGT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	201	TTCTTTTTTTTAATTGTGGCCGTAGTTTAGTTGCGCAATTCTGATTTGGT	250

C  CR759877.8	1750	CGAACAAAAGTATGCTCACTCAATTTACTAGTTATAAAGCCCCGGTCAGA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	251	CGAACAAAAGTATGCTCACTCAATTTACTAGTTATAAAGCCCCGGTCAGA	300

C  CR759877.8	1700	TCACACGATTTTAGCATGATTTACTTGTTGTGACACAAGATTCAATCGTT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	301	TCACACGATTTTAGCATGATTTACTTGTTGTGACACAAGATTCAATCGTT	350

C  CR759877.8	1650	TCTTCTCGTGTAATGCATAGTTCACAACAACCAATATCATGTCTGTGATG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	351	TCTTCTCGTGTAATGCATAGTTCACAACAACCAATATCATGTCTGTGATG	400

C  CR759877.8	1600	CCTCGCGACACCATCGCAGAAAGTCTAGCACAGGGGTGCACAGACTCGGT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	401	CCTCGCGACACCATCGCAGAAAGTCTAGCACAGGGGTGCACAGACTCGGT	450

C  CR759877.8	1550	CCTGAAGGGTCAGTATCCTTGAGAGTTTAGCTCCAACCCTAATCAAACAC	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	451	CCTGAAGGGTCAGTATCCTTGAGAGTTTAGCTCCAACCCTAATCAAACAC	500

C  CR759877.8	1500	ACCTGAAGCAGCTAATCAAGCTTTTACTAGACATACTAGAAACTTTCTGG	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	501	ACCTGAAGCAGCTAATCAAGCTTTTACTAGACATACTAGAAACTTTCTGG	550

C  CR759877.8	1450	CAGTTGTGTTAAAGCAAGTTGGAGCTAAACTCAGTTGGACACCGGCCCAC	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	551	CAGTTGTGTTAAAGCAAGTTGGAGCTAAACTCAGTTGGACACCGGCCCAC	600

C  CR759877.8	1400	CAGGACAGAGTTTGGACATCTCTGGCACATTTACTTTTCTGAAGCGTAGT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	601	CAGGACAGAGTTTGGACATCTCTGGCACATTTACTTTTCTGAAGCGTAGT	650

C  CR759877.8	1350	TATAGCATTGAAGCACTGGTTTCAAAGCACTTCACCTCAGATGTTATTCG	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	651	TATAGCATTGAAGCACTGGTTTCAAAGCACTTCACCTCAGATGTTATTCG	700

C  CR759877.8	1300	TAATTTTTGTTTACATAGATACATGTATATTTTATATTGCAGCCTCTAGC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	701	TAATTTTTGTTTACATAGATACATGTATATTTTATATTGCAGCCTCTAGC	750

C  CR759877.8	1250	GATTAACTAATGGCAATGTCTTAAATTATGATTGTGATTCGATTTCGATT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	751	GATTAACTAATGGCAATGTCTTAAATTATGATTGTGATTCGATTTCGATT	800

C  CR759877.8	1200	AATAGCACAGCCCTACCACAGACTTATTTAAAATACTATTTTCTGTGAAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	801	AATAGCACAGCCCTACCACAGACTTATTTAAAATACTATTTTCTGTGAAA	850

C  CR759877.8	1150	ATTTGTAAAAACTGCATTTTTAAAGCAGTGTGACTTAGTATTTCCCTTTT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	851	ATTTGTAAAAACTGCATTTTTAAAGCAGTGTGACTTAGTATTTCCCTTTT	900

C  CR759877.8	1100	AACAACCCCACCTAGAAAAAAGTTTTTGGATTTCATTTCTTAACCCCTAA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	901	AACAACCCCACCTAGAAAAAAGTTTTTGGATTTCATTTCTTAACCCCTAA	950

C  CR759877.8	1050	TGTCGCTAGTGTTAACACACTTAATGCAGTTTTTTTAAAACATCCTGTAA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	951	TGTCGCTAGTGTTAACACACTTAATGCAGTTTTTTTAAAACATCCTGTAA	1000

C  CR759877.8	1000	CTTCTAAAATATCAGCCTCTGCCAAATAGTAGATATGTCAGTTAATAGTA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1001	CTTCTAAAATATCAGCCTCTGCCAAATAGTAGATATGTCAGTTAATAGTA	1050

C  CR759877.8	950	AAAGTACTATTATTAACACATATACTATGAAAATTCTGATTTAAATTTAT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1051	AAAGTACTATTATTAACACATATACTATGAAAATTCTGATTTAAATTTAT	1100

C  CR759877.8	900	TTAAAACAGAATCAAAATAAAACATTTGTGTACTAAATCTCCTTTTTTTT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1101	TTAAAACAGAATCAAAATAAAACATTTGTGTACTAAATCTCCTTTTTTTT	1150

C  CR759877.8	850	ATTATGGCGTAAAATTTTTCATTTAACATGTTGTCTTGTTTTTTTGTGTG	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1151	ATTATGGCGTAAAATTTTTCATTTAACATGTTGTCTTGTTTTTTTGTGTG	1200

C  CR759877.8	800	TGTGTGTGTTTCTTTACAATAAAACCAAAATCAATTGTAGTATTGCAACA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1201	TGTGTGTGTTTCTTTACAATAAAACCAAAATCAATTGTAGTATTGCAACA	1250

C  CR759877.8	750	GGATTATGGTTGTTAGATTTTTTCTTAAACCAACAACTCTGTGTGTGTAC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1251	GGATTATGGTTGTTAGATTTTTTCTTAAACCAACAACTCTGTGTGTGTAC	1300

C  CR759877.8	700	TAGGGTTGTAACAATATACCGGTATGACGGTTTACCACGATTTGAACGTG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1301	TAGGGTTGTAACAATATACCGGTATGACGGTTTACCACGATTTGAACGTG	1350

C  CR759877.8	650	CACGATTATCATACCATGAACAATTGCATATCAACGGTTTTAACCCTTAA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1351	CACGATTATCATACCATGAACAATTGCATATCAACGGTTTTAACCCTTAA	1400

C  CR759877.8	600	AGACCGAGACAGCCGCCCGCGGCTAAAAATAAGTATTGCTCTTAAATGTT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1401	AGACCGAGACAGCCGCCCGCGGCTAAAAATAAGTATTGCTCTTAAATGTT	1450

C  CR759877.8	550	TAATAACTTTTGATCCGCTGATCCGATTCATACAATTCAAAGATTGGCAT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1451	TAATAACTTTTGATCCGCTGATCCGATTCATACAATTCAAAGATTGGCAT	1500

C  CR759877.8	500	AAAGAAGAGAATCTTAGCTTTCCAGTGCTGCATCACATAACATTTGCGGA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1501	AAAGAAGAGAATCTTAGCTTTCCAGTGCTGCATCACATAACATTTGCGGA	1550

C  CR759877.8	450	CTTTCAGAGGCTCCGGAATCAGTGCGGTTACGTCATCAACATTTGACAAC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1551	CTTTCAGAGGCTCCGGAATCAGTGCGGTTACGTCATCAACATTTGACAAC	1600

C  CR759877.8	400	GCTGATTTGACAAAGAAACGCTCGTCACTGTGTCTCCGGACAAATCAGAC	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1601	GCTGATTTGACAAAGAAACGCTCGTCACTGTGTCTCCGGACAAATCAGAC	1650

C  CR759877.8	350	ATGATACATTGATGCATTGTCCCTCCTCCATGCCCAGATAGGTTCAAACT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1651	ATGATACATTGATGCATTGTCCCTCCTCCATGCCCAGATAGGTTCAAACT	1700

C  CR759877.8	300	CGCTATATCACAACCAATAAGCATAGGTTTCGCTTTTGTTTGTGGACCAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1701	CGCTATATCACAACCAATAAGCATAGGTTTCGCTTTTGTTTGTGGACCAA	1750

C  CR759877.8	250	GCTTTTTGAACAACACGGAATGAGAGATAGGCATACATTTATGCGCGGCT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1751	GCTTTTTGAACAACACGGAATGAGAGATAGGCATACATTTATGCGCGGCT	1800

C  CR759877.8	200	AAATAAAACGCAAAAAAAAAAAAGTTTTTCATGAAATAATTCTCATACTA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1801	AAATAAAACGCAAAAAAAAAAAAGTTTTTCATGAAATAATTCTCATACTA	1850

C  CR759877.8	150	AGTACTTTTGCATGCACAGCAGCACAGAAACATGACAAAACAGTGACACA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1851	AGTACTTTTGCATGCACAGCAGCACAGAAACATGACAAAACAGTGACACA	1900

C  CR759877.8	100	GCAAAGACGAACTGCTGCTCTTGCTGTTTTCAAAAGACGCAAATGAAGAT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1901	GCAAAGACGAACTGCTGCTCTTGCTGTTTTCAAAAGACGCAAATGAAGAT	1950

C  CR759877.8	50	GCAGCTGTTTGTCTGCATTGCAGACAACCATATCCAAATCCATATCGATA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897689.5	1951	GCAGCTGTTTGTCTGCATTGCAGACAACCATATCCAAATCCATATCGATA	2000

Overview

Query
CR759877.8 - 57485 bps
Hit
BX897689.5 - 216629 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001941200012000-1120001
297.2523025555521557751130115551
395.7473688453946277-1130121931
497.873582555804566281154023581
598.39576249134974-1229723581
697.337743587235945110234103071
798.6540741395514028-110234103071
896.3447823588035961-140609406901
910045623451934580142529425901
1076.15325043504599-160644608941
1194.34431041394714050194439945441
1298.7840825490754988194461945421
1398.841831396814050-194461945431
1410038713587135941-194463945331
151004562345193458011057521058131
1697.6250843585935942-11077961078791
171004576139791405411077971078721
1896.9740664864492911078191078841
1979.596619478998092-11137191139091
2083.4553138448074494411221111222491
211004562345193458011558481559091
2286.59162341266202696011584581588001
2381.4869193268372702911714221716101
2485.912405222661127132-11769031774201
2577.61106397312793167511791741795661
2690.3657834515459711811381812201
2781.161443863127331658-12104452108261
2898.464365358913595512141632142271
Short-link