<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005390.11	1	GAATTCACAATTATTCATTGTTTATATTAAGGAAACCTACTGTTAACCAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	113534	GAATTCACAATTATTCATTGTTTATATTAAGGAAACCTACTGTTAACCAG	113583

BX005390.11	51	GTAACAGATTTTTACTGTAGCATTTTTAGTTTTTTACTGTTGAGATCATG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	113584	GTAACAGATTTTTACTGTAGCATTTTTAGTTTTTTACTGTTGAGATCATG	113633

BX005390.11	101	GACATTTGTACAGTGCAGGTAACAGATTTTTACTGTAGCATTTTTTACTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	113634	GACATTTGTACAGTGCAGGTAACAGATTTTTACTGTAGCATTTTTTACTT	113683

BX005390.11	151	TTTTCTGTTAAAATCATGGCCATTTCATTAACTTTTTACTTTAATGACAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	113684	TTTTCTGTTAAAATCATGGCCATTTCATTAACTTTTTACTTTAATGACAT	113733

BX005390.11	201	TGCCTGATTTGTGTCTGTTTTTATTTTAGGAGAAGCTTCAGATACAAATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	113734	TGCCTGATTTGTGTCTGTTTTTATTTTAGGAGAAGCTTCAGATACAAATT	113783

BX005390.11	251	GGCCATTTCCTCTGGATCAGATCAAAGCTTGAATTGCTTTCACTGGAAAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	113784	GGCCATTTCCTCTGGATCAGATCAAAGCTTGAATTGCTTTCACTGGAAAC	113833

BX005390.11	301	TCTGTGATCCAATCAGACAATCTGGGCTCTTAATCAGCTCCAGCCATTCG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	113834	TCTGTGATCCAATCAGACAATCTGGGCTCTTAATCAGCTCCAGCCATTCG	113883

BX005390.11	351	TCACTGAAGGTTTCACAGTAAGCGGATCCATCAGCTCTGAGCAGGTATTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	113884	TCACTGAAGGTTTCACAGTAAGCGGATCCATCAGCTCTGAGCAGGTATTA	113933

BX005390.11	401	AATATGAGTGTTTAACACCCAGTAATGGCCTGCTATGAGGGTTTTACACT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	113934	AATATGAGTGTTTAACACCCAGTAATGGCCTGCTATGAGGGTTTTACACT	113983

BX005390.11	451	TAAGGTTTTTTTAGATCAATTTTTTATTTGCTATTATTTAACATGAGCAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	113984	TAAGGTTTTTTTAGATCAATTTTTTATTTGCTATTATTTAACATGAGCAC	114033

BX005390.11	501	ATTTTGTATTGCCATGTGTCAAATAACCATATTGTAATGGCAGCTCGGAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114034	ATTTTGTATTGCCATGTGTCAAATAACCATATTGTAATGGCAGCTCGGAT	114083

BX005390.11	551	CAGATTAAGTACACTGAGAAAAATTACTTAGCTGACTTGTTATTTTATTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114084	CAGATTAAGTACACTGAGAAAAATTACTTAGCTGACTTGTTATTTTATTA	114133

BX005390.11	601	AACAATAATGAATATTATTTACAAATAAATACATGTTTTTTACTTTATTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114134	AACAATAATGAATATTATTTACAAATAAATACATGTTTTTTACTTTATTT	114183

BX005390.11	651	TAACATTGAATTTGTTGCAAATACATATTTTATTAACAGTTGAATGCGTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114184	TAACATTGAATTTGTTGCAAATACATATTTTATTAACAGTTGAATGCGTT	114233

BX005390.11	701	ATGTATTATCTTGCGTATATTAACAAGAGTTTTTGGATTAGTGCTTTTCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114234	ATGTATTATCTTGCGTATATTAACAAGAGTTTTTGGATTAGTGCTTTTCC	114283

BX005390.11	751	CATGAAACTTTTAAGTAGAATTTCAATTTGACCTTCAAATTTGTAATATG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114284	CATGAAACTTTTAAGTAGAATTTCAATTTGACCTTCAAATTTGTAATATG	114333

BX005390.11	801	TGAATGTGGATTCCAGAACATTCTTGATCACACCTACATATTGAGTTTGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114334	TGAATGTGGATTCCAGAACATTCTTGATCACACCTACATATTGAGTTTGA	114383

BX005390.11	851	TTATTGAAATCAAAGACTGTTAAACTTTTAAACACACCCAAAAAGATTTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114384	TTATTGAAATCAAAGACTGTTAAACTTTTAAACACACCCAAAAAGATTTC	114433

BX005390.11	901	AATGTCACCGCATTAATTAGGCAATGCGGTGGGACAGTGGGTAGCACAGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114434	AATGTCACCGCATTAATTAGGCAATGCGGTGGGACAGTGGGTAGCACAGC	114483

BX005390.11	951	ACCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCAAATTTGCATGTTATCCCCGTGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114484	ACCTCACAGCAAGAAGGTCGCTGGTTCAAATTTGCATGTTATCCCCGTGT	114533

BX005390.11	1001	TCATGTGGATTTCCTCCCGGTGCTCCAGTTTTCCCCACAACTCCAAAGAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114534	TCATGTGGATTTCCTCCCGGTGCTCCAGTTTTCCCCACAACTCCAAAGAA	114583

BX005390.11	1051	ATGTGCTATAGATTAGGTAGGCTAAATTCGTAAAATGTATGTGTAAATCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114584	ATGTGCTATAGATTAGGTAGGCTAAATTCGTAAAATGTATGTGTAAATCC	114633

BX005390.11	1101	ACAGTGTGTTTGTAAATGTGAGTGTATGGGTGTTTCCCAGTGTTGGGTTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114634	ACAGTGTGTTTGTAAATGTGAGTGTATGGGTGTTTCCCAGTGTTGGGTTG	114683

BX005390.11	1151	CGGCTGGAAGATCATCCGCTGCGTAAAAAATATTATTATAAGGTGGTGGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114684	CGGCTGGAAGATCATCCGCTGCGTAAAAAATATTATTATAAGGTGGTGGT	114733

BX005390.11	1201	TCACTCCGCTGTGGCGACCCCAGATTAATAAACGGACTAAGCCAAAAAGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114734	TCACTCCGCTGTGGCGACCCCAGATTAATAAACGGACTAAGCCAAAAAGA	114783

BX005390.11	1251	AAATGAATAAATGAATGAATGAATGAACAAATTAATTATAGAGCCATTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114784	AAATGAATAAATGAATGAATGAATGAACAAATTAATTATAGAGCCATTTT	114833

BX005390.11	1301	AGAGGCATAAAAGTCAGGGGCAACTATTTGAATGTCTAGCTGAGGACAGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114834	AGAGGCATAAAAGTCAGGGGCAACTATTTGAATGTCTAGCTGAGGACAGC	114883

BX005390.11	1351	CTGCTCTCACCAATTGCATAAATAATGACCCCCTGGAGGTCTAAATCTCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114884	CTGCTCTCACCAATTGCATAAATAATGACCCCCTGGAGGTCTAAATCTCC	114933

BX005390.11	1401	ACTATTGGCAAGGCACACTTAAGACAATTAAGAAAATCTTTATAATAGCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114934	ACTATTGGCAAGGCACACTTAAGACAATTAAGAAAATCTTTATAATAGCA	114983

BX005390.11	1451	TTCTTATTAAAATGTAAATAAAATGATATAACATTTAATTTTATATAAAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	114984	TTCTTATTAAAATGTAAATAAAATGATATAACATTTAATTTTATATAAAC	115033

BX005390.11	1501	AGTAAAAATTGCAGGGTTACACAATTCCTCCATGTTTTCCCAACACAAGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	115034	AGTAAAAATTGCAGGGTTACACAATTCCTCCATGTTTTCCCAACACAAGC	115083

BX005390.11	1551	TTATTAAGTTAACTTAACAAATTTAAGTGGATTGAACATAAAACAATGAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	115084	TTATTAAGTTAACTTAACAAATTTAAGTGGATTGAACATAAAACAATGAA	115133

BX005390.11	1601	GTTGCCCCCCAAAATTTAAATAACTGTGTTGTTTCAGCTCATTTTAAAGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	115134	GTTGCCCCCCAAAATTTAAATAACTGTGTTGTTTCAGCTCATTTTAAAGA	115183

BX005390.11	1651	AGTAGTTGAACCAGCTGCAAAATGCGAGTGATGTCAGTCAAATACAAATT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	115184	AGTAGTTGAACCAGCTGCAAAATGCGAGTGATGTCAGTCAAATACAAATT	115233

BX005390.11	1701	TATTTTGGAGTAACATATATCACAGATATAAAAAAAATTACTAATATACC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	115234	TATTTTGGAGTAACATATATCACAGATATAAAAAAAATTACTAATATACC	115283

BX005390.11	1751	ACATTCAAAACACTTTTGTCAACACATGGCAAATATGAAACTTTTTTAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	115284	ACATTCAAAACACTTTTGTCAACACATGGCAAATATGAAACTTTTTTAAA	115333

BX005390.11	1801	TAGAAATATTTCTACTGTATTTTTCATTTTGAAAAGTGGCTTAAAGGCAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	115334	TAGAAATATTTCTACTGTATTTTTCATTTTGAAAAGTGGCTTAAAGGCAT	115383

BX005390.11	1851	AGTTCAAAACTACAAAATTCTGTCATCATTTACTCATCCTTTAATTGCTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	115384	AGTTCAAAACTACAAAATTCTGTCATCATTTACTCATCCTTTAATTGCTT	115433

BX005390.11	1901	CAAAGCTGTTTGAGTTTCTTACTTTTTTTATTAATATATATATATATATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	115434	CAAAGCTGTTTGAGTTTCTTACTTTTTTTATTAATATATATATATATATA	115483

BX005390.11	1951	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX897686.8	115484	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	115533

Overview

Query
BX005390.11 - 81379 bps
Hit
BX897686.8 - 115533 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100189920001200011135341155331
279.822145472446025006-1847290011
382.952245133605236564122845233721
484.61873903174132130122864232591
584.581894123387434285-122958233721
682.15872143806538278-123164233871
786.28781523342733578-123220233721
883.762003685862258989128721290771
987.352243585862458981130332306871
1083.651122143080331016-130495307021
1180.991122482728427531145766460281
1285.0412626972117479-145768460411
1374.4910836229303291-149887502231
1488.151432223080331024-150014502241
15821202404735947598-153749539981
1671.951163635862658988182733830601
1786.171292143080331016184004842201
1879.4113636729303296184005843731
1988.482403525862958980-184018843731
2081.421192623144531706-194333946281
2176.9511434929483296-11019561023021
2283.761232213080331023-11020881023211
Short-link