<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR936319.5	2000	GAATTCATCTTTTTTCTTGAAAAGGTTTTTTAGTTTAAAGAGTCTAGTTA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1	GAATTCATCTTTTTTCTTGAAAAGGTTTTTTAGTTTAAAGAGTCTAGTTA	50

C  CR936319.5	1950	AAGTTTATACTTACCTTTAATTTAATTTAGTTAAATTTAATTAAATTTTT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	51	AAGTTTATACTTACCTTTAATTTAATTTAGTTAAATTTAATTAAATTTTT	100

C  CR936319.5	1900	TATTTTAATTTAGTTTAATTTAATTTAATTTAGCAAATGCAATTTTATAT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	101	TATTTTAATTTAGTTTAATTTAATTTAATTTAGCAAATGCAATTTTATAT	150

C  CR936319.5	1850	TCTTATTTTAATTTAATTTAAGCTAATCTTATTATTTTATTTTATTCTAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	151	TCTTATTTTAATTTAATTTAAGCTAATCTTATTATTTTATTTTATTCTAA	200

C  CR936319.5	1800	TTAATTTATTTAACTTCAATTTAATCTTTTTTAAGTTTTTAATTTTAATT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	201	TTAATTTATTTAACTTCAATTTAATCTTTTTTAAGTTTTTAATTTTAATT	250

C  CR936319.5	1750	TATTTAACTTTTTAATTTAATTTAATTTAATATAGGCCAATCTTATTATT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	251	TATTTAACTTTTTAATTTAATTTAATTTAATATAGGCCAATCTTATTATT	300

C  CR936319.5	1700	TTATTTTAATTATTTTATTTTATTCTAATTTAAATTGTTTAGGTTAAATT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	301	TTATTTTAATTATTTTATTTTATTCTAATTTAAATTGTTTAGGTTAAATT	350

C  CR936319.5	1650	AAATAAATTTAGTTTAATTTTATTTTATATTTTCTTTTTTTATTTTATTT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	351	AAATAAATTTAGTTTAATTTTATTTTATATTTTCTTTTTTTATTTTATTT	400

C  CR936319.5	1600	AAACTTATTTTTTATTTAGATTTCTATTTTTTATTTTGTCTTAATTATTT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	401	AAACTTATTTTTTATTTAGATTTCTATTTTTTATTTTGTCTTAATTATTT	450

C  CR936319.5	1550	TATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTAATCGAACAGAACAGATCCAATTG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	451	TATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTAATCGAACAGAACAGATCCAATTG	500

C  CR936319.5	1500	GCCTTTCACAATTCGTCACAATGTTTACTATATCACCATTAAAATGACCA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	501	GCCTTTCACAATTCGTCACAATGTTTACTATATCACCATTAAAATGACCA	550

C  CR936319.5	1450	ATCAGCGTCCGGGACTAGTTCTGACGAATTGAAAAAGACCCTGAATCACA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	551	ATCAGCGTCCGGGACTAGTTCTGACGAATTGAAAAAGACCCTGAATCACA	600

C  CR936319.5	1400	AACAAGACCAAATTAGTTTTTTCTGTATGTTTAGGCCTGGAGAGTGTCGA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	601	AACAAGACCAAATTAGTTTTTTCTGTATGTTTAGGCCTGGAGAGTGTCGA	650

C  CR936319.5	1350	TCATTATCCCATCCTGGTGGCAGTTACAGGGATATTGGTGCGCATTTTGG	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	651	TCATTATCCCATCCTGGTGGCAGTTACAGGGATATTGGTGCGCATTTTGG	700

C  CR936319.5	1300	TCGACTCCAACAAACAAGGGTGAGTTTTCTGGCTTTTCATGTTCTTTCTG	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	701	TCGACTCCAACAAACAAGGGTGAGTTTTCTGGCTTTTCATGTTCTTTCTG	750

C  CR936319.5	1250	CATTTATAAATGATAAAGATTAAAAAATGCATATCACATACAATCACGCT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	751	CATTTATAAATGATAAAGATTAAAAAATGCATATCACATACAATCACGCT	800

C  CR936319.5	1200	GCTCAGATTCACCTAAAATCAAGCATCAGTTTAATGCAAATTCAGTCTGG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	801	GCTCAGATTCACCTAAAATCAAGCATCAGTTTAATGCAAATTCAGTCTGG	850

C  CR936319.5	1150	CTTTTGTTTTCTGGTTCACGGGGTGTTTTCGTCTCAAAAGAGCACATTTT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	851	CTTTTGTTTTCTGGTTCACGGGGTGTTTTCGTCTCAAAAGAGCACATTTT	900

C  CR936319.5	1100	TTCTAAGGAAACGGGTACATTGCAGAGGTCTGTGTTTTGGCATGGCAAAT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	901	TTCTAAGGAAACGGGTACATTGCAGAGGTCTGTGTTTTGGCATGGCAAAT	950

C  CR936319.5	1050	CGACATTTAATTGTGGGCTCTGACGCCTGAGGAAAGTCTGACACCCAGTT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	951	CGACATTTAATTGTGGGCTCTGACGCCTGAGGAAAGTCTGACACCCAGTT	1000

C  CR936319.5	1000	GTGCATCTGTGGGTCACAGCGGCAGCATTCAGGACACAACCTGTCCTGTG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1001	GTGCATCTGTGGGTCACAGCGGCAGCATTCAGGACACAACCTGTCCTGTG	1050

C  CR936319.5	950	GGAAGGTGAAAACTAATAAACGTCTCCCGCTGAAGCCGATGACACTTCTG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1051	GGAAGGTGAAAACTAATAAACGTCTCCCGCTGAAGCCGATGACACTTCTG	1100

C  CR936319.5	900	ACAGCGGCAAAAAAACGGGGTCTCCAATTCATCACAGGCTTAAAGTGATT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1101	ACAGCGGCAAAAAAACGGGGTCTCCAATTCATCACAGGCTTAAAGTGATT	1150

C  CR936319.5	850	CTGAAATGTTGTTTCTGCTGTAGGCTGAAGCTTTGGGATATTTCTGGTCT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1151	CTGAAATGTTGTTTCTGCTGTAGGCTGAAGCTTTGGGATATTTCTGGTCT	1200

C  CR936319.5	800	TTCTGTTGTTTTGTTTTTTGCAAAATGGTGCTGCGGCTAGTGGCTATAAT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1201	TTCTGTTGTTTTGTTTTTTGCAAAATGGTGCTGCGGCTAGTGGCTATAAT	1250

C  CR936319.5	750	TACAGCGAGAATTGGATTGTGTCAAGAGTTTTGGGTCCGAGAGAGAGAGT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1251	TACAGCGAGAATTGGATTGTGTCAAGAGTTTTGGGTCCGAGAGAGAGAGT	1300

C  CR936319.5	700	TATTATTGTATTTATGAAAGCTGAGTTCATACTTTCATGCGGTAAAGAGG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1301	TATTATTGTATTTATGAAAGCTGAGTTCATACTTTCATGCGGTAAAGAGG	1350

C  CR936319.5	650	CATTCATTTTATCTAAAGTGACAGTAAAAGCTTTTGTAGTGTTGCATAAG	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1351	CATTCATTTTATCTAAAGTGACAGTAAAAGCTTTTGTAGTGTTGCATAAG	1400

C  CR936319.5	600	GTTTCGGTTTTAGATTGTTGGAGCAAGCTTCATGTTAGCTTGAGAAAGTC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1401	GTTTCGGTTTTAGATTGTTGGAGCAAGCTTCATGTTAGCTTGAGAAAGTC	1450

C  CR936319.5	550	TTGTCTAAATGTTTGTAAGGTAAACCCTAGGATAAAAAGAAAAGAAAGAG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1451	TTGTCTAAATGTTTGTAAGGTAAACCCTAGGATAAAAAGAAAAGAAAGAG	1500

C  CR936319.5	500	AAACAAAATAGAATTTAAAGATTTGTCTAGCATATTAAACATTGCTAGCA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1501	AAACAAAATAGAATTTAAAGATTTGTCTAGCATATTAAACATTGCTAGCA	1550

C  CR936319.5	450	TGATTTCAACCAATTGCTAGCATGAATTGAGAAGTTTCTAGTATGTTTCT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1551	TGATTTCAACCAATTGCTAGCATGAATTGAGAAGTTTCTAGTATGTTTCT	1600

C  CR936319.5	400	ACTATTTTTGTACATGGTAATGTTTTTAGCATGATGCTAACAAAGATTTT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1601	ACTATTTTTGTACATGGTAATGTTTTTAGCATGATGCTAACAAAGATTTT	1650

C  CR936319.5	350	AGATAAATCTTTTAAAGCTGAGTTTACACTTTTATGCAGTAAGGATACAT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1651	AGATAAATCTTTTAAAGCTGAGTTTACACTTTTATGCAGTAAGGATACAT	1700

C  CR936319.5	300	TAAATTGATCTAAGTGACAGTAAAAGCTTTTATAGTGTCATATAAGATTT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1701	TAAATTGATCTAAGTGACAGTAAAAGCTTTTATAGTGTCATATAAGATTT	1750

C  CR936319.5	250	CGGTTTTAGATTGTTGATGCTAACTTTATTAGCCTGAGAAAGTCTTGTCT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1751	CGGTTTTAGATTGTTGATGCTAACTTTATTAGCCTGAGAAAGTCTTGTCT	1800

C  CR936319.5	200	GAATGTTTGTAAGGTAAACCTTAGTATAAAAAGGAAAGGAAGAAAAAGAA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1801	GAATGTTTGTAAGGTAAACCTTAGTATAAAAAGGAAAGGAAGAAAAAGAA	1850

C  CR936319.5	150	TGAAACTTTTAACATTTTCTAGGCTATTAAAAACATTGCTAGTGTGAATT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1851	TGAAACTTTTAACATTTTCTAGGCTATTAAAAACATTGCTAGTGTGAATT	1900

C  CR936319.5	100	AACCCAAATTCAAGCATCAGTTAAGAAGTTGAGTATGTTTCAAGCATACT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1901	AACCCAAATTCAAGCATCAGTTAAGAAGTTGAGTATGTTTCAAGCATACT	1950

C  CR936319.5	50	TTTGTAAATGGTAATATTTTTAGCATGTTGCTAACAGGTTTTAGCTCAGA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX897656.9	1951	TTTGTAAATGGTAATATTTTTAGCATGTTGCTAACAGGTTTTAGCTCAGA	2000

Overview

Query
CR936319.5 - 4419 bps
Hit
BX897656.9 - 141840 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001869200012000-1120001
288.041262072079228511326531328611
Short-link