<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX005307.12	200462	AAGCTTGAAGGTAAACAAACATCTGCTTATCATATGCATTTATCAATAAT	200413
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	71521	AAGCTTGAAGGTAAACAAACATCTGCTTATCATATGCATTTATCAATAAT	71570

C  BX005307.12	200412	TATCTACACTGTTGGCATTAAGATGAACATATAAACGTTATCTGCCTAAT	200363
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	71571	TATCTACACTGTTGGCATTAAGATGAACATATAAACGTTATCTGCCTAAT	71620

C  BX005307.12	200362	TTTTAGCAGCTAAATGTGTCTGGAAACATTTTTGAAAGGCTTTTATTCTC	200313
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	71621	TTTTAGCAGCTAAATGTGTCTGGAAACATTTTTGAAAGGCTTTTATTCTC	71670

C  BX005307.12	200312	ATAAACCGCACGGACGTAAATGCGTCTGATTGTTCTGATTGGCTAAAGCA	200263
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	71671	ATAAACCGCACGGACGTAAATGCGTCTGATTGTTCTGATTGGCTAAAGCA	71720

C  BX005307.12	200262	GACGTCTCACGTCAGCACGTTCTAGACGTGCACGTGCTCTTTCCGGCAAT	200213
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	71721	GACGTCTCACGTCAGCACGTTCTAGACGTGCACGTGCTCTTTCCGGCAAT	71770

C  BX005307.12	200212	CTACCTTCTGCGTTTACACAATGCAGCATTCCGGCAAATTACCGGTAATG	200163
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	71771	CTACCTTCTGCGTTTACACAATGCAGCATTCCGGCAAATTACCGGTAATG	71820

C  BX005307.12	200162	TTACAACTTCTCTTTCCGGAAAATTGCCAAAACGAATTTACCGGTATTTT	200113
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	71821	TTACAACTTCTCTTTCCGGAAAATTGCCAAAACGAATTTACCGGTATTTT	71870

C  BX005307.12	200112	TAAAAGGCCCTGTTCACACATACACACCTTACCGGAAAATTGTCAGTATT	200063
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	71871	TAAAAGGCCCTGTTCACACATACACACCTTACCGGAAAATTGTCAGTATT	71920

C  BX005307.12	200062	TTTCCGGAAAGGTCTGTATGTGTGAAAGGGGCTTTTGTCTGCCATTTTCC	200013
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	71921	TTTCCGGAAAGGTCTGTATGTGTGAAAGGGGCTTTTGTCTGCCATTTTCC	71970

C  BX005307.12	200012	CCAGATGGGACCATCTCGTTGCAAAGAAACAAGCTCAGGGCTCCCATTGA	199963
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	71971	CCAGATGGGACCATCTCGTTGCAAAGAAACAAGCTCAGGGCTCCCATTGA	72020

C  BX005307.12	199962	TTTAGCGTTACGGACAGTTTTTGATATTATAGTATGTTATATTGTTGGAG	199913
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72021	TTTAGCGTTACGGACAGTTTTTGATATTATAGTATGTTATATTGTTGGAG	72070

C  BX005307.12	199912	CAATGTGTTAATAAAGTTATTACTTCCTAATGTTATAATAGCATTGTAAT	199863
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72071	CAATGTGTTAATAAAGTTATTACTTCCTAATGTTATAATAGCATTGTAAT	72120

C  BX005307.12	199862	GTTGAAGCAATGTGCTAATAAAGTTCCATATGAGTACACAGGGATTCACG	199813
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72121	GTTGAAGCAATGTGCTAATAAAGTTCCATATGAGTACACAGGGATTCACG	72170

C  BX005307.12	199812	TTTATTATTATTATTTGATAGTTATGCTTTATTTTAGTTTTTTATTACTA	199763
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72171	TTTATTATTATTATTTGATAGTTATGCTTTATTTTAGTTTTTTATTACTA	72220

C  BX005307.12	199762	AAATATGTGTGTTTTGCTGATTCTTTTACCCATGTTATATTTTCACAAAA	199713
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72221	AAATATGTGTGTTTTGCTGATTCTTTTACCCATGTTATATTTTCACAAAA	72270

C  BX005307.12	199712	CTTGAGGTTTTTAGGATCACTGTAACTTAGAAAATAAATAATAAACTAGG	199663
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72271	CTTGAGGTTTTTAGGATCACTGTAACTTAGAAAATAAATAATAAACTAGG	72320

C  BX005307.12	199662	AATGAAGGATGTGCATTTAAACAAACCCATTCATTCATTTTCTTTTCAGC	199613
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72321	AATGAAGGATGTGCATTTAAACAAACCCATTCATTCATTTTCTTTTCAGC	72370

C  BX005307.12	199612	TTAGTCCCTTTATTAATGTGGGGTCGCCACAGCAGACTGAACCACTAACT	199563
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72371	TTAGTCCCTTTATTAATGTGGGGTCGCCACAGCAGACTGAACCACTAACT	72420

C  BX005307.12	199562	TATCCAGCATGTTTTACGCAGCTGCTTATTTTATACATGCTTATTGACAC	199513
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72421	TATCCAGCATGTTTTACGCAGCTGCTTATTTTATACATGCTTATTGACAC	72470

C  BX005307.12	199512	ACATACACTAGGACAATTTAGCTTACCCAATTTACCTATATCATATATTT	199463
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72471	ACATACACTAGGACAATTTAGCTTACCCAATTTACCTATATCATATATTT	72520

C  BX005307.12	199462	TCGACTTGTGTGGGGAGCACCCGGAGGAAACCCACATGAACATGGGGAAA	199413
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72521	TCGACTTGTGTGGGGAGCACCCGGAGGAAACCCACATGAACATGGGGAAA	72570

C  BX005307.12	199412	ACATCCAAACGCCACACAGAAATGCCAACAGAGCCAAGGCTCGAACCAGC	199363
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72571	ACATCCAAACGCCACACAGAAATGCCAACAGAGCCAAGGCTCGAACCAGC	72620

C  BX005307.12	199362	AACCTTTTTTTTTTCTGTGAGGCGATCGTGCTACCCACTGCGCCACCGTG	199313
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72621	AACCTTTTTTTTTTCTGTGAGGCGATCGTGCTACCCACTGCGCCACCGTG	72670

C  BX005307.12	199312	ACACCCCCAAAACAAATCCATGTAGCAAATAAAATTTGATTAAAATTTTT	199263
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72671	ACACCCCCAAAACAAATCCATGTAGCAAATAAAATTTGATTAAAATTTTT	72720

C  BX005307.12	199262	TATTTTTAAAAAATTAGAGTGAGTGAGTAGAGAGTGCTTTTAGAGTGCCA	199213
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72721	TATTTTTAAAAAATTAGAGTGAGTGAGTAGAGAGTGCTTTTAGAGTGCCA	72770

C  BX005307.12	199212	AAGTATTTGTACAGCAAAATATATTTCTTTACAGAGACTCAGAGACCTCA	199163
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72771	AAGTATTTGTACAGCAAAATATATTTCTTTACAGAGACTCAGAGACCTCA	72820

C  BX005307.12	199162	ACATAGGTCATGTCCCAGTTCCACCCCCTCTATTTCCTTTTGTTCTGTCT	199113
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72821	ACATAGGTCATGTCCCAGTTCCACCCCCTCTATTTCCTTTTGTTCTGTCT	72870

C  BX005307.12	199112	ACTCTCAGCTGTCCAATAAATGCAAAGCATCATAAATCTTTCTAATATTT	199063
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72871	ACTCTCAGCTGTCCAATAAATGCAAAGCATCATAAATCTTTCTAATATTT	72920

C  BX005307.12	199062	GCTGTTTATATCTAAATAATAATAAATAAAAAACAGGATTATTTTGACTT	199013
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72921	GCTGTTTATATCTAAATAATAATAAATAAAAAACAGGATTATTTTGACTT	72970

C  BX005307.12	199012	TTCTTGTCTCACTATGCTTTAGTTATGTCAGTGCTGTAGCTTCAGTTTCT	198963
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	72971	TTCTTGTCTCACTATGCTTTAGTTATGTCAGTGCTGTAGCTTCAGTTTCT	73020

C  BX005307.12	198962	TTAAACAATGACAACGCATCAACTTTTATACAGCTTAAGCAATGCTATTT	198913
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	73021	TTAAACAATGACAACGCATCAACTTTTATACAGCTTAAGCAATGCTATTT	73070

C  BX005307.12	198912	GCATGACCCAGACATCATTGTCATATGTCCCAAAGGATCTGCAATAGAGA	198863
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	73071	GCATGACCCAGACATCATTGTCATATGTCCCAAAGGATCTGCAATAGAGA	73120

C  BX005307.12	198862	AAGAGAGAGAAAAGAAGTTATCCAGTGGATAGACATATCAATTTTCTTTC	198813
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	73121	AAGAGAGAGAAAAGAAGTTATCCAGTGGATAGACATATCAATTTTCTTTC	73170

C  BX005307.12	198812	AAGAGCTATTTCAGGGTTTTTGTATCCTGATTTTAAGGGAAATACTGCTA	198763
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	73171	AAGAGCTATTTCAGGGTTTTTGTATCCTGATTTTAAGGGAAATACTGCTA	73220

C  BX005307.12	198762	ATATTATCGTTCATTCAAACCGAGTATCAGAATGGGGAATAAAGATGATT	198713
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	73221	ATATTATCGTTCATTCAAACCGAGTATCAGAATGGGGAATAAAGATGATT	73270

C  BX005307.12	198712	TAAGTTACTTTTAATGTGGCATGGTTGTTGGTAAAATTGCTGATGTTCTG	198663
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	73271	TAAGTTACTTTTAATGTGGCATGGTTGTTGGTAAAATTGCTGATGTTCTG	73320

C  BX005307.12	198662	AAATTTTTGTGCACAACCATCTGTAGGGTTTACAGAGAATGTCAGAACGG	198613
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	73321	AAATTTTTGTGCACAACCATCTGTAGGGTTTACAGAGAATGTCAGAACGG	73370

C  BX005307.12	198612	CCAGAGTTGATAGAAGGGCAACAATAGCTATGTTTCGATCTAAAAATGCG	198563
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	73371	CCAGAGTTGATAGAAGGGCAACAATAGCTATGTTTCGATCTAAAAATGCG	73420

C  BX005307.12	198562	AATTAACTTTATGGACAAAACTGGAATATTGCATAAAAGACATGCGAATA	198513
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	73421	AATTAACTTTATGGACAAAACTGGAATATTGCATAAAAGACATGCGAATA	73470

C  BX005307.12	198512	AAAGCTGCATATCCACACTCTTGATTCACTAATGCTTAAACGGTAGGGCA	198463
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX890556.7	73471	AAAGCTGCATATCCACACTCTTGATTCACTAATGCTTAAACGGTAGGGCA	73520

Overview

Query
BX005307.12 - 200462 bps
Hit
BX890556.7 - 73520 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019432000198463200462-171521735201
283.661624461810961815411512355751
382.341564461402941407391513655711
490.071692834722247504-1529055711
581.99112269171368171636133052333121
681.251483794386844246-133059334261
785.21189364174142174505-133062334261
885.851172204402444243-148247484581
986.87211372174134174505-148247486041
1087.21126219171384171602148253484631
1185.661452752289623170-148297485681
1290.96229325174134174458158230585501
13861983654386344227158233585891
1492.18179243171394171636-158347585891
1583.99122256174141174396-161070613251
1689.02254444117498117941-163423638591
1786.93224483112692113174-163442639231
1883.363156739052591197168357690171
1984.041272589826398520-168549688051
2091.834926869890099585-171502721861
Short-link