<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX649462.9	1	GAATTCATGATCCTCCTGCCTCAGCCTGCTGAGTACAGGATTACTTTTGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	28175	GAATTCATGATCCTCCTGCCTCAGCCTGCTGAGTACAGGATTACTTTTGT	28224

BX649462.9	51	GTCATAAGTAAATAGATAGGCTCAAAAATTTTAAATACAAATTTACCCCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	28225	GTCATAAGTAAATAGATAGGCTCAAAAATTTTAAATACAAATTTACCCCT	28274

BX649462.9	101	CTCCCCTGGTTTTTCTCTTCTCTTCCCTGGCCTTCTCTGCTACCATCTCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	28275	CTCCCCTGGTTTTTCTCTTCTCTTCCCTGGCCTTCTCTGCTACCATCTCT	28324

BX649462.9	151	TCCATTCCATTCCTCCCTCCCTCCTCCCCCGCCTAGCCCAGGCTGCCCTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	28325	TCCATTCCATTCCTCCCTCCCTCCTCCCCCGCCTAGCCCAGGCTGCCCTG	28374

BX649462.9	201	GAATTCACAAATCCTCCTGCTCCAGCCTCCCCAGCGACAGAATTACAGCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	28375	GAATTCACAAATCCTCCTGCTCCAGCCTCCCCAGCGACAGAATTACAGCT	28424

BX649462.9	251	GTGTACCAACATGCTTGCCTTAGTCTATAAAACTTTTAAATGCACGAAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	28425	GTGTACCAACATGCTTGCCTTAGTCTATAAAACTTTTAAATGCACGAAAG	28474

BX649462.9	301	GTTCGTGAGATTTGCTTTAAGATACTCTGACTTTTTGAAAGTAGTAGCAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	28475	GTTCGTGAGATTTGCTTTAAGATACTCTGACTTTTTGAAAGTAGTAGCAG	28524

BX649462.9	351	CCCTATTTTGCCAAGGTGTCTATCCCCACAGAAAACCTCATGAAAACCTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	28525	CCCTATTTTGCCAAGGTGTCTATCCCCACAGAAAACCTCATGAAAACCTA	28574

BX649462.9	401	CTAAATTTCTCTAAAGTCAGCTTCTCCTGCAATACCCTCTGACTTCCTGC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	28575	CTAAATTTCTCTAAAGTCAGCTTCTCCTGCAATACCCTCTGACTTCCTGC	28624

BX649462.9	451	AAAGGTGTTAGACAAGCACACATCAGCCCTACAAATGATCCTGAGCTTAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	28625	AAAGGTGTTAGACAAGCACACATCAGCCCTACAAATGATCCTGAGCTTAG	28674

BX649462.9	501	AGGTGCTCATTACATTCAGTAAGACCGTGAGGGCTCGGACAGGCGTGTCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	28675	AGGTGCTCATTACATTCAGTAAGACCGTGAGGGCTCGGACAGGCGTGTCC	28724

BX649462.9	551	TCTCAGCAGCTTGGATAAGATGGAGTTAAGAGATCACTCTTACACAGGAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	28725	TCTCAGCAGCTTGGATAAGATGGAGTTAAGAGATCACTCTTACACAGGAA	28774

BX649462.9	601	GGGGGCATCCAGTCAGTCAGTTAGTTCTGTGGCCTTAATTTCTCATTTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	28775	GGGGGCATCCAGTCAGTCAGTTAGTTCTGTGGCCTTAATTTCTCATTTTT	28824

BX649462.9	651	AAGGGTTTGTTTATTTTTATTTTATTTGTATGAGCGTCTTCCCAGCATGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	28825	AAGGGTTTGTTTATTTTTATTTTATTTGTATGAGCGTCTTCCCAGCATGT	28874

BX649462.9	701	ATGTCTGTGTACCACTTGCATGTCTGGTACCCAAGGAGGCCAGGAGAGGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	28875	ATGTCTGTGTACCACTTGCATGTCTGGTACCCAAGGAGGCCAGGAGAGGG	28924

BX649462.9	751	CACGATATGCTCTGTAACTAGAGTTACAGATGACTATGAGCCAATATATG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	28925	CACGATATGCTCTGTAACTAGAGTTACAGATGACTATGAGCCAATATATG	28974

BX649462.9	801	TGGGTCCTGGGAATCAAACTCGGATCCTCTGGAAGAACAACCAGTGCTCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	28975	TGGGTCCTGGGAATCAAACTCGGATCCTCTGGAAGAACAACCAGTGCTCT	29024

BX649462.9	851	TAACTGCTGAGTCATCACTCTAGCTTTGATCTTCATTTATTTATTCATGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29025	TAACTGCTGAGTCATCACTCTAGCTTTGATCTTCATTTATTTATTCATGT	29074

BX649462.9	901	ATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGCATGCATGTATGTATAGACAAGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29075	ATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGCATGCATGTATGTATAGACAAGG	29124

BX649462.9	951	TCTCATCACTACATAGCCCTGGTCATCCTGGAACTCACTGTGTGACCAGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29125	TCTCATCACTACATAGCCCTGGTCATCCTGGAACTCACTGTGTGACCAGG	29174

BX649462.9	1001	TTGGCCTTGAACTCACAGAGTTCTGCCTGCCTCTTCTGGGATTAAAGATG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29175	TTGGCCTTGAACTCACAGAGTTCTGCCTGCCTCTTCTGGGATTAAAGATG	29224

BX649462.9	1051	TGTATCACCATGCCTGGCACATCTCCTTATTTTTTTTAACACCAATTTAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29225	TGTATCACCATGCCTGGCACATCTCCTTATTTTTTTTAACACCAATTTAA	29274

BX649462.9	1101	AAGTTAAGAGTTTTAACTTGGAGCTTGATCCCGGTCACTAATTCTTATTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29275	AAGTTAAGAGTTTTAACTTGGAGCTTGATCCCGGTCACTAATTCTTATTT	29324

BX649462.9	1151	ACAGTCTTATTTAAGGTTACTATTGCTGTGAAGAGACACCATGACCACAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29325	ACAGTCTTATTTAAGGTTACTATTGCTGTGAAGAGACACCATGACCACAG	29374

BX649462.9	1201	CAACTCTTATAAAGGAAAACATTTCGGTTAGTTTACAGTTTCAGAGGTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29375	CAACTCTTATAAAGGAAAACATTTCGGTTAGTTTACAGTTTCAGAGGTTT	29424

BX649462.9	1251	AGTCCATTATCATCATGGCAGGGAACATGGCCATAAGCACACATGGTGCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29425	AGTCCATTATCATCATGGCAGGGAACATGGCCATAAGCACACATGGTGCT	29474

BX649462.9	1301	GGAGAAGCAGCTGAGAGCTATACATCCTGATCCTCAAATGAGAGAGAGAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29475	GGAGAAGCAGCTGAGAGCTATACATCCTGATCCTCAAATGAGAGAGAGAC	29524

BX649462.9	1351	AGGGAGGGAGACAAAGACAGAGACCGAGAGAAAGAGAGAGACTGGACTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29525	AGGGAGGGAGACAAAGACAGAGACCGAGAGAAAGAGAGAGACTGGACTGT	29574

BX649462.9	1401	CCTCAAACTTAAAATTTCCTGCCTCAGTCTCCCAAGTGCTAGGGTTATAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29575	CCTCAAACTTAAAATTTCCTGCCTCAGTCTCCCAAGTGCTAGGGTTATAG	29624

BX649462.9	1451	ATGTTTCCCTCCACAGCTTGCTTTAATTTAATAAAGAAATGTTTGGCTGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29625	ATGTTTCCCTCCACAGCTTGCTTTAATTTAATAAAGAAATGTTTGGCTGA	29674

BX649462.9	1501	CAGATCTTGGAGAAAGACAAGGATTGCCAAAGGCCACCAGAACACAAGAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29675	CAGATCTTGGAGAAAGACAAGGATTGCCAAAGGCCACCAGAACACAAGAG	29724

BX649462.9	1551	AGAAATGAAAGAGGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29725	AGAAATGAAAGAGGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCCC	29774

BX649462.9	1601	CCTCTCTCACACACACACACACTCTCTCTGAATGAGACAACCCCTTTCAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29775	CCTCTCTCACACACACACACACTCTCTCTGAATGAGACAACCCCTTTCAG	29824

BX649462.9	1651	CCTGGATCTTGGACTTCTATTCTCCAGTTGGTGAGACAAAAAAATTCAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29825	CCTGGATCTTGGACTTCTATTCTCCAGTTGGTGAGACAAAAAAATTCAAA	29874

BX649462.9	1701	AATTTAAAATATCTGTATTAAAGGGCTAGAGAGGTGGCTCAGTGGTTAAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29875	AATTTAAAATATCTGTATTAAAGGGCTAGAGAGGTGGCTCAGTGGTTAAG	29924

BX649462.9	1751	AGTATGTGCTGCTCTTGAAGAGGACCTGAGTTCACTTCTCAGCACCCACT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29925	AGTATGTGCTGCTCTTGAAGAGGACCTGAGTTCACTTCTCAGCACCCACT	29974

BX649462.9	1801	ACAGGCAGTTAACTGCCTATAACACCAATTTCAGGACATTCATAGTTTCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	29975	ACAGGCAGTTAACTGCCTATAACACCAATTTCAGGACATTCATAGTTTCA	30024

BX649462.9	1851	TGGCAGGGAAGGCACGGTAGTGGGGGGTGTTTTGGTCCATGGTGGTGGGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	30025	TGGCAGGGAAGGCACGGTAGTGGGGGGTGTTTTGGTCCATGGTGGTGGGA	30074

BX649462.9	1901	GCATACCCTAGCTGGTCACATCACAGTGACTGACCAGGATGCTGAGAGAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	30075	GCATACCCTAGCTGGTCACATCACAGTGACTGACCAGGATGCTGAGAGAA	30124

BX649462.9	1951	CAAGACCAGAAGTAGAACCAGTTGCAACCTTCACCTTTGCCCCCAGGACA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX813307.3	30125	CAAGACCAGAAGTAGAACCAGTTGCAACCTTCACCTTTGCCCCCAGGACA	30174

Overview

Query
BX649462.9 - 157941 bps
Hit
BX813307.3 - 30174 bps
Total alignments
27
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001989200012000128175301741
292.211161541065510808-1162917821
390.621081578458784743-1163017891
491.72120167140400140566-1163017981
591.61931311304601305901163117611
688.19811271677916905-1163917651
791.47951296695467082-1163917671
891.24991407837278511-1163917751
988.4199165541455781164018031
1093.281041348822788360-1165417871
1185.71651211393851395051165717751
1287.7910417166916670861301331841
1393.819211388248883601305331651
1490.768511954145532-1306131791
1586.99721255770757831113874139961
1688.3475121157209157329-113877139961
1797.5637415639356433-113953139931
1887.06103170157156157325115258154271
1982.9377165147361147525115259154221
2091.0399145146699146843-115496156401
2191.21100147146877147023-115496156431
2290.34961459796898112115496156401
2390.0789139140405140543115498156381
2493.521041388822388360115499156371
2589.44911415899759137-115502156431
2691.11951358458984723115506156401
2784.67661255633756461120127202501
Short-link