<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX004978.10	184244	AAGCTTGTTTTTCTGCTAAGTTCCATTAGCTGTTCTTAGGGGTCAAAAAG	184195
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160048	AAGCTTGTTTTTCTGCTAAGTTCCATTAGCTGTTCTTAGGGGTCAAAAAG	160097

C  BX004978.10	184194	GTTTAAAATGTTCTGTTTCGTTTGAGCTTTGACGTACTTTTACTGAGACA	184145
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160098	GTTTAAAATGTTCTGTTTCGTTTGAGCTTTGACGTACTTTTACTGAGACA	160147

C  BX004978.10	184144	TGAAGACTCACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCATTTAATTTTTTT	184095
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160148	TGAAGACTCACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCATTTAATTTTTTT	160197

C  BX004978.10	184094	TTCTTCTTTTATAAATATTTTCCAAATGATGTTTGACAGACCAAAAAAAT	184045
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160198	TTCTTCTTTTATAAATATTTTCCAAATGATGTTTGACAGACCAAAAAAAT	160247

C  BX004978.10	184044	TTTTCACAGTATGTCTTATAATATTTTTTTATTCTTCTGGAGAAAGTCTT	183995
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160248	TTTTCACAGTATGTCTTATAATATTTTTTTATTCTTCTGGAGAAAGTCTT	160297

C  BX004978.10	183994	ATTTGTTTTATTTCGGCTAGAATGAAAGCAGTTTTAAATTTTTTAAAAAA	183945
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160298	ATTTGTTTTATTTCGGCTAGAATGAAAGCAGTTTTAAATTTTTTAAAAAA	160347

C  BX004978.10	183944	CATTTTAAGGTCAAAATTATTAGCCCCTTTAAGCTATTTTTTTTTGAAAG	183895
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160348	CATTTTAAGGTCAAAATTATTAGCCCCTTTAAGCTATTTTTTTTTGAAAG	160397

C  BX004978.10	183894	TCTACAAAAAAAAACATGGTTGTACAATTACTTGCCTAATTACCCTAACC	183845
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160398	TCTACAAAAAAAAACATGGTTGTACAATTACTTGCCTAATTACCCTAACC	160447

C  BX004978.10	183844	TGCCTAGTTTACCTAATTAAACATATTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAA	183795
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160448	TGCCTAGTTTACCTAATTAAACATATTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAA	160497

C  BX004978.10	183794	GCTGCATAAAAGTGTTTTGAAAAATATCTAGTAAAATATTATGTAATGTC	183745
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160498	GCTGCATAAAAGTGTTTTGAAAAATATCTAGTAAAATATTATGTAATGTC	160547

C  BX004978.10	183744	ATTAAATGAGTTATTAAAACTTATGTTTAGAAATCCAATAAAATAATAAA	183695
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160548	ATTAAATGAGTTATTAAAACTTATGTTTAGAAATCCAATAAAATAATAAA	160597

C  BX004978.10	183694	AAATAAAAAACTTATCTCAGTTTAACAGAAATTGGGAAAAAAATAAACAG	183645
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160598	AAATAAAAAACTTATCTCAGTTTAACAGAAATTGGGAAAAAAATAAACAG	160647

C  BX004978.10	183644	GGGGGTTAATATTTCTGACTTCAACTGTACGTCAGGACATAGAGTAGCTC	183595
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160648	GGGGGTTAATATTTCTGACTTCAACTGTACGTCAGGACATAGAGTAGCTC	160697

C  BX004978.10	183594	CTTCCTCTTTTAAAAAGGCGCATTACTGCTGCATCTATTCATTCATTTTC	183545
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160698	CTTCCTCTTTTAAAAAGGCGCATTACTGCTGCATCTATTCATTCATTTTC	160747

C  BX004978.10	183544	TTGTTAGCTTAGTCCCTTTATTAATCCGCGGTCACCACAGCGGAATGAAT	183495
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160748	TTGTTAGCTTAGTCCCTTTATTAATCCGCGGTCACCACAGCGGAATGAAT	160797

C  BX004978.10	183494	CGCCAACTTATCCAGCAAGTTTTTACGCAGCGGATGCCCTTCCAGCCGCA	183445
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160798	CGCCAACTTATCCAGCAAGTTTTTACGCAGCGGATGCCCTTCCAGCCGCA	160847

C  BX004978.10	183444	ACCCATCTCTGGGAAACATCCACACACACATTCACACACACACTCATACA	183395
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160848	ACCCATCTCTGGGAAACATCCACACACACATTCACACACACACTCATACA	160897

C  BX004978.10	183394	CTACGGACAATTTAGCCTACCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGGAC	183345
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160898	CTACGGACAATTTAGCCTACCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGGAC	160947

C  BX004978.10	183344	TGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACGCGAAGGCAGAGAGA	183295
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160948	TGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACGCGAAGGCAGAGAGA	160997

C  BX004978.10	183294	ACATGCAAACTCCACACAGAAATGCCAACTGAGCCGAGGTTCGAACCAGC	183245
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	160998	ACATGCAAACTCCACACAGAAATGCCAACTGAGCCGAGGTTCGAACCAGC	161047

C  BX004978.10	183244	GACCCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCGCCAC	183195
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161048	GACCCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCGCCAC	161097

C  BX004978.10	183194	TGCCTTGCCTGCTGCATCTATAATAATGCTAAATGCTAAATCTGATTGAC	183145
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161098	TGCCTTGCCTGCTGCATCTATAATAATGCTAAATGCTAAATCTGATTGAC	161147

C  BX004978.10	183144	TCAAAATACAGCTTTCAGTGTAATTCAAATGTGTCTGGCATGTGGTTCTT	183095
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161148	TCAAAATACAGCTTTCAGTGTAATTCAAATGTGTCTGGCATGTGGTTCTT	161197

C  BX004978.10	183094	GTCAACTTGAGCATATGATCGGCATGCTTTATTCTGCCATTTCTCTGTGC	183045
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161198	GTCAACTTGAGCATATGATCGGCATGCTTTATTCTGCCATTTCTCTGTGC	161247

C  BX004978.10	183044	TAAAGCGGATCCTACCTGTATGACGTGGCACTTCACATGACATTTAACAT	182995
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161248	TAAAGCGGATCCTACCTGTATGACGTGGCACTTCACATGACATTTAACAT	161297

C  BX004978.10	182994	GAAAGAAGGCTTCATTCACCCCAAAGGAAAAAATATTTACTCTATCTGAA	182945
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161298	GAAAGAAGGCTTCATTCACCCCAAAGGAAAAAATATTTACTCTATCTGAA	161347

C  BX004978.10	182944	TCATTTATCTCCTGTAAAGTACTATCCACCGTCAGTGTTGCTGAAAATAG	182895
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161348	TCATTTATCTCCTGTAAAGTACTATCCACCGTCAGTGTTGCTGAAAATAG	161397

C  BX004978.10	182894	TAACTAGTTACAATTACAAGTTACTTTATTCAAAAAAGGAACTCTTACTT	182845
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161398	TAACTAGTTACAATTACAAGTTACTTTATTCAAAAAAGGAACTCTTACTT	161447

C  BX004978.10	182844	TACCGATTACTTTTACCAAATAGTAATGCATAAACGTAATTAAGCGAAAC	182795
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161448	TACCGATTACTTTTACCAAATAGTAATGCATAAACGTAATTAAGCGAAAC	161497

C  BX004978.10	182794	TGTTAAACGTAATTTCCAGTGGTTCAACTGTCGAACAACATTTTAATGCT	182745
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161498	TGTTAAACGTAATTTCCAGTGGTTCAACTGTCGAACAACATTTTAATGCT	161547

C  BX004978.10	182744	CCCGTTAATGCCCCTTATAACATCACTTCAGTGCTGCATGGAGAATACAC	182695
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161548	CCCGTTAATGCCCCTTATAACATCACTTCAGTGCTGCATGGAGAATACAC	161597

C  BX004978.10	182694	TGTTTATCAGCTTCAGTTTTAGTTAATTTGCATTCTCACAACTAAAACAC	182645
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161598	TGTTTATCAGCTTCAGTTTTAGTTAATTTGCATTCTCACAACTAAAACAC	161647

C  BX004978.10	182644	AAGACAGACTTAAAGTATTTTTTAAACACTAATTTATTTAAATTAGACCA	182595
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161648	AAGACAGACTTAAAGTATTTTTTAAACACTAATTTATTTAAATTAGACCA	161697

C  BX004978.10	182594	GCAGCACAAAAATAAAAAATATACCAAGGGGATAAACCAGCTGAATATTA	182545
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161698	GCAGCACAAAAATAAAAAATATACCAAGGGGATAAACCAGCTGAATATTA	161747

C  BX004978.10	182544	TATTCAGAAACAAAAAAGTAAAATCTAAAGTTGCTTTAGCATCACAAAAG	182495
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161748	TATTCAGAAACAAAAAAGTAAAATCTAAAGTTGCTTTAGCATCACAAAAG	161797

C  BX004978.10	182494	TTTGTATTTAACCGTTAAACATGTTCCTTTAACGCTTGAGTATGAAAACT	182445
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161798	TTTGTATTTAACCGTTAAACATGTTCCTTTAACGCTTGAGTATGAAAACT	161847

C  BX004978.10	182444	AGCAACAATATGCAAAAACACAAAACCTTTATGAGATAAACAAATGAAAG	182395
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161848	AGCAACAATATGCAAAAACACAAAACCTTTATGAGATAAACAAATGAAAG	161897

C  BX004978.10	182394	TAATCTGAGTATCATTCAGAATTAGTTTCGTAAAACTCAGCACCAAACAA	182345
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161898	TAATCTGAGTATCATTCAGAATTAGTTTCGTAAAACTCAGCACCAAACAA	161947

C  BX004978.10	182344	ATTAGGCTATAGACAACCATTATTTTATGCATTTTAAACAAAACAAAAAC	182295
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161948	ATTAGGCTATAGACAACCATTATTTTATGCATTTTAAACAAAACAAAAAC	161997

C  BX004978.10	182294	ATGACAGCTGCTCAAAAATGAATTCTATGAGCAATTTTCAAACTAACCAC	182245
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX784036.6	161998	ATGACAGCTGCTCAAAAATGAATTCTATGAGCAATTTTCAAACTAACCAC	162047

Overview

Query
BX004978.10 - 184244 bps
Hit
BX784036.6 - 162047 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019232000182245184244-11600481620471
291.697131183429183559-1649666261
382.751543587439374750138165385351
490.56255368183186183553138165385351
589.952473652248022844-138168385351
689.752183335401754349138177385081
793.692893632247122833-150313506761
892.992503315401954349150313506401
994.52299364183200183563150313506771
1087.97801342247122604-155138552701
1189.89188285183192183476-165680659561
1287.961171907453474723168377685671
1397.66851289642096547-183871839981
1486.57116201142232142432-11091001093001
1582.1682244919999224211108071110471
1681.6516851013421013471911546561551621
1782.65141378183758184135-11546571550191
1885.241783567440074755-11607341610991
1995.39313369224752284311607341611021
2094.832703335401754349-11607661610941
Short-link