<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX248516.6	1	GGCCAGTTGGTGAAGCAGTCACAACACACACATTTTTCCATTAAGTTTGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	2341	GGCCAGTTGGTGAAGCAGTCACAACACACACATTTTTCCATTAAGTTTGC	2390

BX248516.6	51	TGTCTTATATGAGCATCGCTCATGGTGTCCCAAAACAATCACAATAGTTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	2391	TGTCTTATATGAGCATCGCTCATGGTGTCCCAAAACAATCACAATAGTTA	2440

BX248516.6	101	ACTTCAGTAACTGATTACAGGTCACTGTAACAAGTATAATAATGAAAACG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	2441	ACTTCAGTAACTGATTACAGGTCACTGTAACAAGTATAATAATGAAAACG	2490

BX248516.6	151	CTTGAAACATTTTGAGAATTCCACAGCGTGACATGGAGACATGATGTCTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	2491	CTTGAAACATTTTGAGAATTCCACAGCGTGACATGGAGACATGATGTCTG	2540

BX248516.6	201	CCTGCTGTTGGGAAAATAGCACCAATAGACCTGTTTGATGTGCTTGACAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	2541	CCTGCTGTTGGGAAAATAGCACCAATAGACCTGTTTGATGTGCTTGACAC	2590

BX248516.6	251	AGGGTTGCCACAAGCCTCCAATCTCTAAATAAAAAACAGCATCTGCAAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	2591	AGGGTTGCCACAAGCCTCCAATCTCTAAATAAAAAACAGCATCTGCAAAG	2640

BX248516.6	301	AGCAATAAAGGGAAGCACAATAAAAGGTACATCTGCAAAGGGGAATCAGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	2641	AGCAATAAAGGGAAGCACAATAAAAGGTACATCTGCAAAGGGGAATCAGC	2690

BX248516.6	351	ACTTAAGCAAGGTCAGGATGAGCTTTCAAGTCAGGTGGACCTAGACATGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	2691	ACTTAAGCAAGGTCAGGATGAGCTTTCAAGTCAGGTGGACCTAGACATGA	2740

BX248516.6	401	ACCCTCCAGGCCCTACCAACAACCAGCTATGGACCTTCGAGCACATCCAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	2741	ACCCTCCAGGCCCTACCAACAACCAGCTATGGACCTTCGAGCACATCCAG	2790

BX248516.6	451	CCTAGAGCTGCCCCCAACAGACACTTCCCCAGTGAATGCTGAATGAAACC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	2791	CCTAGAGCTGCCCCCAACAGACACTTCCCCAGTGAATGCTGAATGAAACC	2840

BX248516.6	501	ATCTGAGCCAGTTTCCTCAGGTGCAAACCAGTGAGGTAATTCCTACCTTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	2841	ATCTGAGCCAGTTTCCTCAGGTGCAAACCAGTGAGGTAATTCCTACCTTG	2890

BX248516.6	551	CAGAGTGAAGTGAGAAAAGACAGTGTTAAGAAATGCCGGGTGCGGTGGCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	2891	CAGAGTGAAGTGAGAAAAGACAGTGTTAAGAAATGCCGGGTGCGGTGGCT	2940

BX248516.6	601	CACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGACGGGCGGATCATGAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	2941	CACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGACGGGCGGATCATGAG	2990

BX248516.6	651	GTCAGGAGATCGAGACCACCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCCAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	2991	GTCAGGAGATCGAGACCACCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCCAC	3040

BX248516.6	701	TAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCGTAGTGGCGAGCACCTGTAGTCCCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3041	TAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCGTAGTGGCGAGCACCTGTAGTCCCA	3090

BX248516.6	751	GCTCCTCGGGAGGGTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCAGAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3091	GCTCCTCGGGAGGGTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCAGAG	3140

BX248516.6	801	CTTGCAGTGAGCCCAGATTGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3141	CTTGCAGTGAGCCCAGATTGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAG	3190

BX248516.6	851	CGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACACAAGACCTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3191	CGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACACAAGACCTG	3240

BX248516.6	901	TGGTAGCCTTTCCTTTCTGTCTGGCAGCAGCCACTGGGTAAACCAAGATG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3241	TGGTAGCCTTTCCTTTCTGTCTGGCAGCAGCCACTGGGTAAACCAAGATG	3290

BX248516.6	951	GTGCATACAAGTACATCCAGAAGCTATGGAAGAAGCAGTCTGATGTCATG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3291	GTGCATACAAGTACATCCAGAAGCTATGGAAGAAGCAGTCTGATGTCATG	3340

BX248516.6	1001	AGCTTTCTTCTGAGGGTCCGCTGCTGGCAGTACCACCAGCTCTCTGCTCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3341	AGCTTTCTTCTGAGGGTCCGCTGCTGGCAGTACCACCAGCTCTCTGCTCT	3390

BX248516.6	1051	CCACAGGGATCCCCGCCCCACCCAGCCCAATAAAGCACGCTACTGGGCTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3391	CCACAGGGATCCCCGCCCCACCCAGCCCAATAAAGCACGCTACTGGGCTA	3440

BX248516.6	1101	CAGCCAAGCAAGGTTATGTTACATATAAGCGCCACGGTGGCTGAAAATCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3441	CAGCCAAGCAAGGTTATGTTACATATAAGCGCCACGGTGGCTGAAAATCT	3490

BX248516.6	1151	AGTTCCTAAGAAGGCAACTTAACAGCAAGCCTGTCTATCATGGTGTTAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3491	AGTTCCTAAGAAGGCAACTTAACAGCAAGCCTGTCTATCATGGTGTTAAC	3540

BX248516.6	1201	CAGCTAGTTTGCTTAAAGCCTTCAGTCTGTTACAGAAGAGCAAGCTGGAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3541	CAGCTAGTTTGCTTAAAGCCTTCAGTCTGTTACAGAAGAGCAAGCTGGAT	3590

BX248516.6	1251	GCCACTGTGGGGCTCTGAGTCCTGAATTCTCACTGGGCTGGTTAAAGATT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3591	GCCACTGTGGGGCTCTGAGTCCTGAATTCTCACTGGGCTGGTTAAAGATT	3640

BX248516.6	1301	CCACATACAAAGTTTTTGAGGCTATCCTAGTTGATCCATTCCATAACACT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3641	CCACATACAAAGTTTTTGAGGCTATCCTAGTTGATCCATTCCATAACACT	3690

BX248516.6	1351	ATCAGAAGGAAACCTGACACCCAGTGGTCCACAACAAGCATAGGGAGATG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3691	ATCAGAAGGAAACCTGACACCCAGTGGTCCACAACAAGCATAGGGAGATG	3740

BX248516.6	1401	CGTAGGCTATCTGCAGGCCAAGAGAGCCACGGCCTTGGAAAGGGCTGTAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3741	CGTAGGCTATCTGCAGGCCAAGAGAGCCACGGCCTTGGAAAGGGCTGTAA	3790

BX248516.6	1451	GTTCTACCACACTATTGGTGGTTCTCGCCATGCAGCTTGGAGAAGGTGCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3791	GTTCTACCACACTATTGGTGGTTCTCGCCATGCAGCTTGGAGAAGGTGCA	3840

BX248516.6	1501	ATACTCTCCAGCTCCACAGCTACCGCTAATGTTTGTAAAATTCATACCTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3841	ATACTCTCCAGCTCCACAGCTACCGCTAATGTTTGTAAAATTCATACCTA	3890

BX248516.6	1551	ATAAACACTAGATCAAAAAAAAAAAATCACAGACCTGTGGTAGGCTGGGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3891	ATAAACACTAGATCAAAAAAAAAAAATCACAGACCTGTGGTAGGCTGGGC	3940

BX248516.6	1601	ACCAGTGCTCTAAAGCAAGTTCTGCCTAAACTGGCAGGGACATTTTTCAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3941	ACCAGTGCTCTAAAGCAAGTTCTGCCTAAACTGGCAGGGACATTTTTCAC	3990

BX248516.6	1651	ATCAGGAACAGGAGTTGTTCCTGGACTCTGTCTGGGGCCAGGCTGGGAGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	3991	ATCAGGAACAGGAGTTGTTCCTGGACTCTGTCTGGGGCCAGGCTGGGAGA	4040

BX248516.6	1701	GACGTGGGGCAGAGTGGGGCAGGGGCAGGGGCAGGGCTGGGGGCTGGGGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	4041	GACGTGGGGCAGAGTGGGGCAGGGGCAGGGGCAGGGCTGGGGGCTGGGGC	4090

BX248516.6	1751	CTGGGCAGGGCCAGGCACTCAAGTGAGGCCAAGTCCTGGAGCGAACCAGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	4091	CTGGGCAGGGCCAGGCACTCAAGTGAGGCCAAGTCCTGGAGCGAACCAGT	4140

BX248516.6	1801	TCCTGGTGGCCGTTGGACAGCTCACACAGCTCCCTGCCAGGTCACCCGCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	4141	TCCTGGTGGCCGTTGGACAGCTCACACAGCTCCCTGCCAGGTCACCCGCC	4190

BX248516.6	1851	ATGGTCCTCCCTCTGCCCTGGCTCTCTCGGTACCATTTCCTTCGCCTCCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	4191	ATGGTCCTCCCTCTGCCCTGGCTCTCTCGGTACCATTTCCTTCGCCTCCT	4240

BX248516.6	1901	TCTGCCCTCCTGGTCCTTGGCACCCCAGGGCTCCCATGGGTGCTGCTCCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	4241	TCTGCCCTCCTGGTCCTTGGCACCCCAGGGCTCCCATGGGTGCTGCTCCC	4290

BX248516.6	1951	AAAACCCCAAAGCAAGCATGGAAGAGCAGACCAGCTCCAGAGGAAATGGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682535.3	4291	AAAACCCCAAAGCAAGCATGGAAGAGCAGACCAGCTCCAGAGGAAATGGG	4340

Overview

Query
BX248516.6 - 42438 bps
Hit
BX682535.3 - 4340 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link