<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX088556.11	1	GGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	17937	GGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCAG	17986

BX088556.11	51	GGCGTGGTGGCGGACGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	17987	GGCGTGGTGGCGGACGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAG	18036

BX088556.11	101	GGGAATCGCTTGAACTCAGGAGGCAGAGGTTTCAGTGAGCCGAGATCGGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18037	GGGAATCGCTTGAACTCAGGAGGCAGAGGTTTCAGTGAGCCGAGATCGGG	18086

BX088556.11	151	TCATTGCACTCCAGCCTGGGCGACAAGAGTGAGACTTCGTCTAAAAAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18087	TCATTGCACTCCAGCCTGGGCGACAAGAGTGAGACTTCGTCTAAAAAAAA	18136

BX088556.11	201	AAAAAAAGTGCCCTCTTCCATGCAAGCTCCAGTTTTAGGCGAGCGAGCCG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18137	AAAAAAAGTGCCCTCTTCCATGCAAGCTCCAGTTTTAGGCGAGCGAGCCG	18186

BX088556.11	251	GGCTCTCCTAAATAGAAGGTTCCAACCAATCTCACCAGGCCAAAGGGGAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18187	GGCTCTCCTAAATAGAAGGTTCCAACCAATCTCACCAGGCCAAAGGGGAT	18236

BX088556.11	301	TTTCACGTACAGACTTTGAATTTAGTAGGCCCTGAGCGTTCATCTTCATC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18237	TTTCACGTACAGACTTTGAATTTAGTAGGCCCTGAGCGTTCATCTTCATC	18286

BX088556.11	351	CGTCCTTCTCAGCCGGAGCACCTTGAGCTGGCGCGTGTTCAGGTGCCTCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18287	CGTCCTTCTCAGCCGGAGCACCTTGAGCTGGCGCGTGTTCAGGTGCCTCT	18336

BX088556.11	401	GAGTCTGTACTCCAAATTATGTTGGGCGCACCTTCAGCCTATGAGGGAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18337	GAGTCTGTACTCCAAATTATGTTGGGCGCACCTTCAGCCTATGAGGGAAA	18386

BX088556.11	451	TGCCCGGTACTGGGCTTTGGTTCTTGTTCTATTTTAACACTGTTTAGAAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18387	TGCCCGGTACTGGGCTTTGGTTCTTGTTCTATTTTAACACTGTTTAGAAC	18436

BX088556.11	501	AGTAATTAGGTTTTTAAATATCCTTCCTGTCCCAGAGCCTTCCTATGCAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18437	AGTAATTAGGTTTTTAAATATCCTTCCTGTCCCAGAGCCTTCCTATGCAA	18486

BX088556.11	551	CAGAAAGATTCGTTTATTCCAGAAAGGACTCTTCAGATTGAAACCACCTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18487	CAGAAAGATTCGTTTATTCCAGAAAGGACTCTTCAGATTGAAACCACCTC	18536

BX088556.11	601	CCAAACTAAAAACAAACAAACAAACAAATTCCCCAAAGGAAGGGTCGCTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18537	CCAAACTAAAAACAAACAAACAAACAAATTCCCCAAAGGAAGGGTCGCTT	18586

BX088556.11	651	GGATTCCAGATCACCATTTTGAAATGTTACCTGTGTGACTACCAAGGAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18587	GGATTCCAGATCACCATTTTGAAATGTTACCTGTGTGACTACCAAGGAGT	18636

BX088556.11	701	CACTTAAAGTTTAAAATAGTGGTGGTGGGGAGGAGGGATTTTAAGTAGGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18637	CACTTAAAGTTTAAAATAGTGGTGGTGGGGAGGAGGGATTTTAAGTAGGG	18686

BX088556.11	751	GCTCGCTAAAGTTTTACAACTCTATTCATTCTGGCATTTTAAGAATCTCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18687	GCTCGCTAAAGTTTTACAACTCTATTCATTCTGGCATTTTAAGAATCTCT	18736

BX088556.11	801	CTCTAATGAAAAAAGCTCCATGCTCAAGCTCATGCTCCTACTTTCAAGCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18737	CTCTAATGAAAAAAGCTCCATGCTCAAGCTCATGCTCCTACTTTCAAGCA	18786

BX088556.11	851	TTTGTTTCCTTTATTTTCTGGAAAGTGACATGGTCCATAGTTCCAGCATG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18787	TTTGTTTCCTTTATTTTCTGGAAAGTGACATGGTCCATAGTTCCAGCATG	18836

BX088556.11	901	ATTCCGAAAATCTCATGATGTGTGTCTCTTTCTTCTAACCTGGATCTTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18837	ATTCCGAAAATCTCATGATGTGTGTCTCTTTCTTCTAACCTGGATCTTTT	18886

BX088556.11	951	ACATTTTCCCCACACTCCTCACTTAGGGGAGTCCTCCTGATCTCTTCTTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18887	ACATTTTCCCCACACTCCTCACTTAGGGGAGTCCTCCTGATCTCTTCTTC	18936

BX088556.11	1001	CTCTAAAATTATAGTCCTGCCATCTTGCAATTCAGCATGACACATCATGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18937	CTCTAAAATTATAGTCCTGCCATCTTGCAATTCAGCATGACACATCATGA	18986

BX088556.11	1051	AATTAGACCCTTAATGTCTGTCTTTATATTCAATATCCAATATCTCCAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	18987	AATTAGACCCTTAATGTCTGTCTTTATATTCAATATCCAATATCTCCAAA	19036

BX088556.11	1101	GTGTTATTTGGGATAAATGGTATGGTGTTTATATGATTACCATATTAAAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19037	GTGTTATTTGGGATAAATGGTATGGTGTTTATATGATTACCATATTAAAG	19086

BX088556.11	1151	TGAAGTGGAAGCTTTTTCATCCTACTCTATAAAGTCAAAAACAGTTATCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19087	TGAAGTGGAAGCTTTTTCATCCTACTCTATAAAGTCAAAAACAGTTATCC	19136

BX088556.11	1201	TAGGTGCCCTACTCCCTGTTCCTCAAACCATTAACAATGGAGCACACAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19137	TAGGTGCCCTACTCCCTGTTCCTCAAACCATTAACAATGGAGCACACAGG	19186

BX088556.11	1251	AGTCCCCAGGTGCCTCTCTATGGAAAGGACCCTAACCTATGTGAAATTGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19187	AGTCCCCAGGTGCCTCTCTATGGAAAGGACCCTAACCTATGTGAAATTGC	19236

BX088556.11	1301	AAACAAGTGTCCATGGACAGCAATGAGCAGCCTTCCTGAGGTCTTGGAGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19237	AAACAAGTGTCCATGGACAGCAATGAGCAGCCTTCCTGAGGTCTTGGAGA	19286

BX088556.11	1351	GATGAGTGTGGAAGGAAACCCCAGGAAGAACTATGTGGTGAGGCCACATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19287	GATGAGTGTGGAAGGAAACCCCAGGAAGAACTATGTGGTGAGGCCACATT	19336

BX088556.11	1401	TCTTAGATAGGGGTCTGAGCCCCTTCTCCAGAAAAAGCGTCTCTTTACTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19337	TCTTAGATAGGGGTCTGAGCCCCTTCTCCAGAAAAAGCGTCTCTTTACTT	19386

BX088556.11	1451	TCTGCCCCACCCAACAACCACAGGCCCAACCCCATTCAGCCACAAGACAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19387	TCTGCCCCACCCAACAACCACAGGCCCAACCCCATTCAGCCACAAGACAG	19436

BX088556.11	1501	AGGTATTTATAACCGTTTTTCTTTATTCTACTTAGTGGGGCACCCAGAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19437	AGGTATTTATAACCGTTTTTCTTTATTCTACTTAGTGGGGCACCCAGAAA	19486

BX088556.11	1551	CTTCCCTGGGGGAAATGCTTGTTCAAATAGAGAACACGCAGAAGATGCAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19487	CTTCCCTGGGGGAAATGCTTGTTCAAATAGAGAACACGCAGAAGATGCAC	19536

BX088556.11	1601	TTCACCGGCCTCCTCTGGCTGCTGAGCCCGTACTCTCTCTTTGGCTCAGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19537	TTCACCGGCCTCCTCTGGCTGCTGAGCCCGTACTCTCTCTTTGGCTCAGG	19586

BX088556.11	1651	CTAGGCCTCTTCTTCTCCTTGGACTTAACGTGGCTTAGGTCCCTGAGTCG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19587	CTAGGCCTCTTCTTCTCCTTGGACTTAACGTGGCTTAGGTCCCTGAGTCG	19636

BX088556.11	1701	GCCAAGACCTCCCAGAGGAGACCTGCCCAGCTGCCACCACCACCATTATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19637	GCCAAGACCTCCCAGAGGAGACCTGCCCAGCTGCCACCACCACCATTATT	19686

BX088556.11	1751	GATTGGCTTCCCGGTACTGGTGCAGCAGGTCACTGACATCTGTACTTTCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19687	GATTGGCTTCCCGGTACTGGTGCAGCAGGTCACTGACATCTGTACTTTCT	19736

BX088556.11	1801	ACTTTCACCCAACCATCTTCCTTCATGTGGTACACTGTGGACAAATGAGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19737	ACTTTCACCCAACCATCTTCCTTCATGTGGTACACTGTGGACAAATGAGA	19786

BX088556.11	1851	AAAGAACATGGAGTCACCTTTCACCTCAGCAAGTTCCTGTCACTGATGTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19787	AAAGAACATGGAGTCACCTTTCACCTCAGCAAGTTCCTGTCACTGATGTT	19836

BX088556.11	1901	ATGTTGAAGGCAGCAACAAGACACATGCGCAAGCTTAAAACCATATGACT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19837	ATGTTGAAGGCAGCAACAAGACACATGCGCAAGCTTAAAACCATATGACT	19886

BX088556.11	1951	GGGCCTTTAATGCCCTTCTTCTGACTCTGAAAATTTCCTCCCTACTACTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX682530.4	19887	GGGCCTTTAATGCCCTTCTTCTGACTCTGAAAATTTCCTCCCTACTACTC	19936

Overview

Query
BX088556.11 - 114576 bps
Hit
BX682530.4 - 19936 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link