<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2001 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

BX784036.6	1	GAATTCCTCGGTCTGATAAATAAGACGAAATATTTAAACGACCGATAAGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	141504	GAATTCCTCGGTCTGATAAATAAGACGAAATATTTAAACGACCGATAAGT	141553

BX784036.6	51	GCACACATAAACCATCTCCGAATTTGACAATGTAAAACGTCAAAATGTCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	141554	GCACACATAAACCATCTCCGAATTTGACAATGTAAAACGTCAAAATGTCC	141603

BX784036.6	101	AGCATAAAATTCACCAGCATAGTATTTAGACCGCTTATGAATAAATGCCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	141604	AGCATAAAATTCACCAGCATAGTATTTAGACCGCTTATGAATAAATGCCT	141653

BX784036.6	151	TATCATAGGTCAAGATTAATTGCTTGAGGAGTGACGTAGCAGCCTGATCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	141654	TATCATAGGTCAAGATTAATTGCTTGAGGAGTGACGTAGCAGCCTGATCC	141703

BX784036.6	201	TGTGGGTTTTAACTCGCGCAACGCGCAGACACACATACCGCGTTTATACC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	141704	TGTGGGTTTTAACTCGCGCAACGCGCAGACACACATACCGCGTTTATACC	141753

BX784036.6	251	TCGTGCGCTCGGACCGCGTCTCGCGCTGCTGGGAGTTCACTAGCGAGACT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	141754	TCGTGCGCTCGGACCGCGTCTCGCGCTGCTGGGAGTTCACTAGCGAGACT	141803

BX784036.6	301	TCAGTACATCGTCGCTCAAGGACAGATAAAGCAAGAGAGTTGGTGTTTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	141804	TCAGTACATCGTCGCTCAAGGACAGATAAAGCAAGAGAGTTGGTGTTTTT	141853

BX784036.6	351	CTAGATTAACAGAGGAAGAATTAGGTCATCGCGTTCTGGTCGAAGTGTTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	141854	CTAGATTAACAGAGGAAGAATTAGGTCATCGCGTTCTGGTCGAAGTGTTG	141903

BX784036.6	401	GGCTCAGCATGAAGATGCGCGCGATAACAGCGATGCTTCTCCTGGTGCTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	141904	GGCTCAGCATGAAGATGCGCGCGATAACAGCGATGCTTCTCCTGGTGCTC	141953

BX784036.6	451	TCCGGGCAGTGCGGCATCCTGGCTGGGAAAGGTAAGGCAGAGCGGACAAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	141954	TCCGGGCAGTGCGGCATCCTGGCTGGGAAAGGTAAGGCAGAGCGGACAAC	142003

BX784036.6	501	TTGGAATGTCACGGCGTGGAAAGAAACGCCTGGAGCTCAGTCAGTTAGAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142004	TTGGAATGTCACGGCGTGGAAAGAAACGCCTGGAGCTCAGTCAGTTAGAT	142053

BX784036.6	551	CAGCATTGTAGATCACATGTAATCAATGACTATCAGTTTGTGGGCATCAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142054	CAGCATTGTAGATCACATGTAATCAATGACTATCAGTTTGTGGGCATCAG	142103

BX784036.6	601	AGCGTTAGTGACAGGTGGAGAGTCCCTACATCTGGTTGGCAACGCAGATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142104	AGCGTTAGTGACAGGTGGAGAGTCCCTACATCTGGTTGGCAACGCAGATG	142153

BX784036.6	651	TTCTTATGTAGTACAAGTTTGTCTTTCCCTTTCCCGTTTTCTTAATAATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142154	TTCTTATGTAGTACAAGTTTGTCTTTCCCTTTCCCGTTTTCTTAATAATG	142203

BX784036.6	701	AACCTTCATTTAACTTCAGTGCATTCTTCGGCATTTTATGAAGATGAACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142204	AACCTTCATTTAACTTCAGTGCATTCTTCGGCATTTTATGAAGATGAACA	142253

BX784036.6	751	GATGTTTGCATCAATGTATAATTCTAACCAGATTCCATATTTACGTTTTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142254	GATGTTTGCATCAATGTATAATTCTAACCAGATTCCATATTTACGTTTTC	142303

BX784036.6	801	TCGACACGAGCCGTATTACAGCTATTTTCCTTCATCAATATTTCATTGAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142304	TCGACACGAGCCGTATTACAGCTATTTTCCTTCATCAATATTTCATTGAC	142353

BX784036.6	851	CTTTAAGGCGCGTTTCTACCCATTTGATCAGTTCTGTACAATGACTGCAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142354	CTTTAAGGCGCGTTTCTACCCATTTGATCAGTTCTGTACAATGACTGCAT	142403

BX784036.6	901	AGCGCTTAAGACTTCAAGAGCATTAAGCAAGAGGTTTTCCATGGTAAAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142404	AGCGCTTAAGACTTCAAGAGCATTAAGCAAGAGGTTTTCCATGGTAAAAA	142453

BX784036.6	951	AAATATTAATGTATTTTGGGAGCACAAACATTGAGATAAGATATCTAATT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142454	AAATATTAATGTATTTTGGGAGCACAAACATTGAGATAAGATATCTAATT	142503

BX784036.6	1001	GTGTCTCTGGGGCAGTGATGAATATGGAGCAGCTCAGTTATTTGTTAGTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142504	GTGTCTCTGGGGCAGTGATGAATATGGAGCAGCTCAGTTATTTGTTAGTG	142553

BX784036.6	1051	TACAAGTGGAATGCTTTAGATGATATGTGATAAATTACAGTCAGATTGGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142554	TACAAGTGGAATGCTTTAGATGATATGTGATAAATTACAGTCAGATTGGA	142603

BX784036.6	1101	TCATGCAGGCTGGCAATGAAAGGCTGAGAGTGTCATTTCAGGTTGGCGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142604	TCATGCAGGCTGGCAATGAAAGGCTGAGAGTGTCATTTCAGGTTGGCGAT	142653

BX784036.6	1151	GAATCTTCCCTTATCGAATACGCATCTATCCATTAGGAGCTGAACTTGTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142654	GAATCTTCCCTTATCGAATACGCATCTATCCATTAGGAGCTGAACTTGTT	142703

BX784036.6	1201	TTTCTGTTTCTCTTTTTTTCCATCAGTGTGAGTTTAGAATGCAATGATTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142704	TTTCTGTTTCTCTTTTTTTCCATCAGTGTGAGTTTAGAATGCAATGATTG	142753

BX784036.6	1251	ATAACCCATCTTTTTGGACAACCAAATGCATGGAAACAATGTGTTTTTAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142754	ATAACCCATCTTTTTGGACAACCAAATGCATGGAAACAATGTGTTTTTAT	142803

BX784036.6	1301	TGCTTTATGAAAGTATTTTACTACTAGAATGTTTAATTGGTGATAATAAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142804	TGCTTTATGAAAGTATTTTACTACTAGAATGTTTAATTGGTGATAATAAG	142853

BX784036.6	1351	GAAATCAAATGTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGAAATGTTGATGTTA	1400
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
BX677663.6	142854	GAAATCAAATGTCTCTTTTTTTTTTTTTTT-AAATGAAATGTTGATGTTA	142902

BX784036.6	1401	TGAACCGGCAGGTGCCCAAGAAGACAAGATAGAGCTTTTGTTTGTTGGTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142903	TGAACCGGCAGGTGCCCAAGAAGACAAGATAGAGCTTTTGTTTGTTGGTT	142952

BX784036.6	1451	GCATTGACGTAAAGTTGGTTTTATATGCGTTCATTCATTCAGTTCCTGCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	142953	GCATTGACGTAAAGTTGGTTTTATATGCGTTCATTCATTCAGTTCCTGCT	143002

BX784036.6	1501	TGTAACATGCTCCCTATATTGATTACCATGATACTTTGAATATTAGGTCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	143003	TGTAACATGCTCCCTATATTGATTACCATGATACTTTGAATATTAGGTCT	143052

BX784036.6	1551	GAAATCACATGTAAGTAAGACTTCAAAACAACATTAGCTCTATTTAATTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	143053	GAAATCACATGTAAGTAAGACTTCAAAACAACATTAGCTCTATTTAATTG	143102

BX784036.6	1601	ACTATTAGCAATGTTATACTTTGATAGCCATTGGCTGCTTACATGATTTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	143103	ACTATTAGCAATGTTATACTTTGATAGCCATTGGCTGCTTACATGATTTC	143152

BX784036.6	1651	CTTATTTAAAATTGGCAAAGACTACTTTTCTGAAATTATAATATTAAGAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	143153	CTTATTTAAAATTGGCAAAGACTACTTTTCTGAAATTATAATATTAAGAA	143202

BX784036.6	1701	GAAAGACCAAATGTGTGAATATAAAACCAGCTTTACCTCAATTTTGGTTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	143203	GAAAGACCAAATGTGTGAATATAAAACCAGCTTTACCTCAATTTTGGTTG	143252

BX784036.6	1751	CTAAGGTCATCTGATTGTATTTAGGGTGTGTCTGTTGAAGTTATAATAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	143253	CTAAGGTCATCTGATTGTATTTAGGGTGTGTCTGTTGAAGTTATAATAAA	143302

BX784036.6	1801	ATCCAAGCAGCTGTGACATTTTGATATGGACATTTTTTTTGTAAGATTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	143303	ATCCAAGCAGCTGTGACATTTTGATATGGACATTTTTTTTGTAAGATTTT	143352

BX784036.6	1851	GTCAAAAGACAGGCGTACATCATACACCACATCTTAATAGTATTATGATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	143353	GTCAAAAGACAGGCGTACATCATACACCACATCTTAATAGTATTATGATT	143402

BX784036.6	1901	TTTAATATTTTTTTATTTATTTATTTATTTTATATTTCATTTATTTATTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	143403	TTTAATATTTTTTTATTTATTTATTTATTTTATATTTCATTTATTTATTT	143452

BX784036.6	1951	ATTTTATATATGTATTTTATAAATGACTTTTAACTTAAAATTAACTGAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX677663.6	143453	ATTTTATATATGTATTTTATAAATGACTTTTAACTTAAAATTAACTGAAA	143502

BX784036.6	2001	G	2001
			|
BX677663.6	143503	G	143503

Compact alignment

skip 1350 bps 100% identity alignment

BX784036.6	1351	GAAATCAAATGTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGAAATGTTGATGTTA	1400
			|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
BX677663.6	142854	GAAATCAAATGTCTCTTTTTTTTTTTTTTT-AAATGAAATGTTGATGTTA	142902

skip 601 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX784036.6 - 162047 bps
Hit
BX677663.6 - 143503 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2001 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95194020011200111415041435031
289.48161244160734160977-129824300701
384.651202413829438534129824300641
486.031953635031450676-166180665371
586.45198358160734161091166184665371
686.312083723816438535-166189665531
782.911212836568165963166273665531
884.54137301160800161100-192545928221
988.99149227109069109295196507967331
1089.59217318539435426011000561003721
1189.84224324209742129711000581003821
1279.82110345381913853511034141037451
1387.34178318160734161051-11034351037501
1484.06149323503555067711034361037551
1584.8222250915468615519411281431286561
1692.73122163160938161100-11288431290071
1790.85113162381723833311288441290071
1892.36113156503135046811288511290071
1981.341102975037650672-11295161297991
2088.2110178458784605511295311297081
2185.041573435836858710-11317301320701
2283.41252856568065964-11324661327421
2383.04127300503135061211324821327641
2488.83119190755717576011325031326901
Short-link