<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX649495.8	1	TAACTAAAAATATAATTGAGTAAAAGTAACGGAAAAAAAAAGAAATTGAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	231489	TAACTAAAAATATAATTGAGTAAAAGTAACGGAAAAAAAAAGAAATTGAA	231538

BX649495.8	51	GTGGAAAATGGCTATATGAAAAATTACTGACTTTAAAAGTACTGATTTTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	231539	GTGGAAAATGGCTATATGAAAAATTACTGACTTTAAAAGTACTGATTTTA	231588

BX649495.8	101	TAAGTATGTTTTTAATCATTTAATTATTTTAATAGTATTTTTTTATTGAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	231589	TAAGTATGTTTTTAATCATTTAATTATTTTAATAGTATTTTTTTATTGAA	231638

BX649495.8	151	GATCTAAAAAAAAATCTACCAAATTGTAATTTAAAAATAAAGTATATTAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	231639	GATCTAAAAAAAAATCTACCAAATTGTAATTTAAAAATAAAGTATATTAA	231688

BX649495.8	201	GCATTTATTATATAATTTTTTAATGAAATGTTGATTTGTCAGATTAATAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	231689	GCATTTATTATATAATTTTTTAATGAAATGTTGATTTGTCAGATTAATAA	231738

BX649495.8	251	ATCAGGAAATCAGAATTATTCCACCACATACTTATTTCTAAACTCTTCGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	231739	ATCAGGAAATCAGAATTATTCCACCACATACTTATTTCTAAACTCTTCGA	231788

BX649495.8	301	AATATTAATATAAAATAAAACACATATTTAGACATCTTTTTTTTTATTTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	231789	AATATTAATATAAAATAAAACACATATTTAGACATCTTTTTTTTTATTTT	231838

BX649495.8	351	ATGCAATAAAAAAGCTAAATAAGAATGTTTTTATTTTGAATTTGGAAGTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	231839	ATGCAATAAAAAAGCTAAATAAGAATGTTTTTATTTTGAATTTGGAAGTC	231888

BX649495.8	401	ATTTCATCAGAAGTTTACAGAACAAAACAAAACTAGTTTTTTTTTTTTTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	231889	ATTTCATCAGAAGTTTACAGAACAAAACAAAACTAGTTTTTTTTTTTTTA	231938

BX649495.8	451	CTTTTACTTGAATTTAAAACTGTCTCTTAATTTTGTTCCACAGCTATAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	231939	CTTTTACTTGAATTTAAAACTGTCTCTTAATTTTGTTCCACAGCTATAAA	231988

BX649495.8	501	ACAACCAAAAACAATGCTTTGTAAAGACATACTTCTTTTTATTTTAAAGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	231989	ACAACCAAAAACAATGCTTTGTAAAGACATACTTCTTTTTATTTTAAAGG	232038

BX649495.8	551	GATAGTTCCCACACAGTGGGAGTTTCCCTTCACACTCTCCCTTCACTCAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232039	GATAGTTCCCACACAGTGGGAGTTTCCCTTCACACTCTCCCTTCACTCAG	232088

BX649495.8	601	GCCCTGTTTACACTAATACGTTTTAGTTTTAAAATGGCATTTTAGAATGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232089	GCCCTGTTTACACTAATACGTTTTAGTTTTAAAATGGCATTTTAGAATGA	232138

BX649495.8	651	AAACGATCCTCGTTCACACTGGCGTTTCACCTGGAGTTTCTGAACAGCTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232139	AAACGATCCTCGTTCACACTGGCGTTTCACCTGGAGTTTCTGAACAGCTC	232188

BX649495.8	701	TCTGTCCACACTATACTGCTGAAAATGCACATCACGTCCCCACAAACACT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232189	TCTGTCCACACTATACTGCTGAAAATGCACATCACGTCCCCACAAACACT	232238

BX649495.8	751	CTGGCATGTGCTATGCACACGTCTGAGCTCCAGGCAGTCAGCAGGTGCTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232239	CTGGCATGTGCTATGCACACGTCTGAGCTCCAGGCAGTCAGCAGGTGCTT	232288

BX649495.8	801	TGAGGACATTAACCCAGATGAGATTGTTTGGACTGTTCATCAAGGATATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232289	TGAGGACATTAACCCAGATGAGATTGTTTGGACTGTTCATCAAGGATATA	232338

BX649495.8	851	ACGCTGGATCTAATCTTACTATATTTGTTAAGCGTGATATTTAATTCATC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232339	ACGCTGGATCTAATCTTACTATATTTGTTAAGCGTGATATTTAATTCATC	232388

BX649495.8	901	TTGTCTCTATCTAACAAAATATTCCTGACTTTGGTCTTTTGAATCGATTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232389	TTGTCTCTATCTAACAAAATATTCCTGACTTTGGTCTTTTGAATCGATTA	232438

BX649495.8	951	CTTGTTCTCAGGTAATGTGTTTTGGCTGTGCTGTACGTTAATACATTAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232439	CTTGTTCTCAGGTAATGTGTTTTGGCTGTGCTGTACGTTAATACATTAAT	232488

BX649495.8	1001	TTATGTAACCACTTACACTGATTCTGCACATTTGACTGATTGCTTGCCTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232489	TTATGTAACCACTTACACTGATTCTGCACATTTGACTGATTGCTTGCCTT	232538

BX649495.8	1051	TATTCCCTTTAATGTATAAATTTATTGTATGTTATACTTTTATAATGGCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232539	TATTCCCTTTAATGTATAAATTTATTGTATGTTATACTTTTATAATGGCC	232588

BX649495.8	1101	GTTATTGATTATTAAAACTGATATTTAGCAAAAGAGACAGGGGTATTTTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232589	GTTATTGATTATTAAAACTGATATTTAGCAAAAGAGACAGGGGTATTTTT	232638

BX649495.8	1151	CGTATTTTTAGTGAAAATGAAAGGAGGCATTTGTGTTATAGGCTCAGTTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232639	CGTATTTTTAGTGAAAATGAAAGGAGGCATTTGTGTTATAGGCTCAGTTT	232688

BX649495.8	1201	GGTTTTAAATATGCACACATTGAAGATGATGACGGTCATATATGCTATAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232689	GGTTTTAAATATGCACACATTGAAGATGATGACGGTCATATATGCTATAC	232738

BX649495.8	1251	GTAGCTACACCATGCCTCGAGATTTTTAATGTCTGTTAAGTTGCTAATAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232739	GTAGCTACACCATGCCTCGAGATTTTTAATGTCTGTTAAGTTGCTAATAT	232788

BX649495.8	1301	CAAAATAAAAATAGGCAGGTCCTTATTCCATGTTTTCATTTTATTGTTAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232789	CAAAATAAAAATAGGCAGGTCCTTATTCCATGTTTTCATTTTATTGTTAA	232838

BX649495.8	1351	GATAGTGAAACAACGTAGCCAGAGTGATGTGAATGATGTTATAAAGTACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232839	GATAGTGAAACAACGTAGCCAGAGTGATGTGAATGATGTTATAAAGTACA	232888

BX649495.8	1401	CGGTTACCTTTAAAGATTTACCAGACATGTCCTCGGGAGGTTGTTTTTCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232889	CGGTTACCTTTAAAGATTTACCAGACATGTCCTCGGGAGGTTGTTTTTCA	232938

BX649495.8	1451	TATCAAACTTATAAAGTCTGAACTTACAAGGAGATTGAGATTGCAAGACT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232939	TATCAAACTTATAAAGTCTGAACTTACAAGGAGATTGAGATTGCAAGACT	232988

BX649495.8	1501	GATCTTTGTGTACTTAATATTGAGAAAAAGCCCCAATCAGATGCCTCCGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	232989	GATCTTTGTGTACTTAATATTGAGAAAAAGCCCCAATCAGATGCCTCCGT	233038

BX649495.8	1551	TTTCAGATGTCTCCATTTTCCCCTAATCCAAACAAACATGGAGCAGCAGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	233039	TTTCAGATGTCTCCATTTTCCCCTAATCCAAACAAACATGGAGCAGCAGC	233088

BX649495.8	1601	GTTTTTTAAAATGAAACGACCTCTATATTGCTTTCAAAAAGCTCAGTTTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	233089	GTTTTTTAAAATGAAACGACCTCTATATTGCTTTCAAAAAGCTCAGTTTC	233138

BX649495.8	1651	TCGAAAAATCTGGCATAGTGTAGATCAAGGGTGGGCAAACTCGGTCCTAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	233139	TCGAAAAATCTGGCATAGTGTAGATCAAGGGTGGGCAAACTCGGTCCTAG	233188

BX649495.8	1701	AGGGCCGGTGTCCTGCATAGTTTAGCTCCAACACTAAACACACCTGAACA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	233189	AGGGCCGGTGTCCTGCATAGTTTAGCTCCAACACTAAACACACCTGAACA	233238

BX649495.8	1751	TGCTAATCAATGTCTTAGAGATCACTAGAAATTTATAAGCAGGTGTGTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	233239	TGCTAATCAATGTCTTAGAGATCACTAGAAATTTATAAGCAGGTGTGTTT	233288

BX649495.8	1801	GATTAGAGTTGAAGCTAAACTGTGCAGGACGCCGGCCCTCCAGGACAGAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	233289	GATTAGAGTTGAAGCTAAACTGTGCAGGACGCCGGCCCTCCAGGACAGAG	233338

BX649495.8	1851	TTTGCCCATCTCTGGTGTAGATGGATGGCGTAACCGCAGCAAAAATTATG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	233339	TTTGCCCATCTCTGGTGTAGATGGATGGCGTAACCGCAGCAAAAATTATG	233388

BX649495.8	1901	CGTTTTAAAACTAAAACATAATAGTTTAAACAGGGCCGTAGTCCAAACTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	233389	CGTTTTAAAACTAAAACATAATAGTTTAAACAGGGCCGTAGTCCAAACTT	233438

BX649495.8	1951	GCTTGATGGTCTAATGTTAAACACAAAAGAAGATATTTTGAAGAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX666062.6	233439	GCTTGATGGTCTAATGTTAAACACAAAAGAAGATATTTTGAAGAAAGCTT	233488

Overview

Query
BX649495.8 - 81705 bps
Hit
BX666062.6 - 233488 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191320001200012314892334881
286.7351987033070427133109332061
383.438218543774561-147080472601
481.77611803814838327-171478716801
585.2244934843548527-171504715911
6100521071212412230-175333754391
7100521081215712264175333754401
889.4750765542055495193673937481
984.057916442274390-198166983281
1078.8253173482304840211087881089571
118482184381483833111089411091401
1283.111002444288453111127761130061
1388.14641143814838261-11127981129151
1486.06106205329183312211178971181041
1589.7398146537285387311332391333841
1676.75973714227459711332431335991
1791.3573103146531475511332441333471
1897.7543897411674204-11591911592791
1980.971225734767370011618451620691
2091.031031455372853872-11680971682411
2177.0853231703427057211902481904871
2286.4159103782547835612125142126161
2388.7285134813448147712321052322371
Short-link