<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 3133 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

  BX088651.9	1	GAATTCACTGAATGTTTATAGACAAAAGAAAATACATAATAAAACTAATC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	3133	GAATTCACTGAATGTTTATAGACAAAAGAAAATACATAATAAAACTAATC	3084

  BX088651.9	51	TTCATTTTAAAAGGGTAAAACATGACTACACAGAAATTTAAATAGAAATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	3083	TTCATTTTAAAAGGGTAAAACATGACTACACAGAAATTTAAATAGAAATA	3034

  BX088651.9	101	GTGTATATACATATAAAATACAAGCTATGTTAGGACCAAATCTCTTTGTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	3033	GTGTATATACATATAAAATACAAGCTATGTTAGGACCAAATCTCTTTGTC	2984

  BX088651.9	151	TATGGAGTTATACTTCCATCAAATTACATAGCAATGCTGAATTAGGCAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2983	TATGGAGTTATACTTCCATCAAATTACATAGCAATGCTGAATTAGGCAAA	2934

  BX088651.9	201	ACCAATATTTAGTGGTAAATCCATTCCTGGTAGTATAAGTCACCTAAAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2933	ACCAATATTTAGTGGTAAATCCATTCCTGGTAGTATAAGTCACCTAAAAA	2884

  BX088651.9	251	AGACTTCCAGAAATATGTACTTTAATTATTAGTTTTTCTCCTATTTTAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2883	AGACTTCCAGAAATATGTACTTTAATTATTAGTTTTTCTCCTATTTTAAA	2834

  BX088651.9	301	ATTTATTATGCAAATTTTAGAAAATAAAATTTGCTCCAGTTACACCCACT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2833	ATTTATTATGCAAATTTTAGAAAATAAAATTTGCTCCAGTTACACCCACT	2784

  BX088651.9	351	TAGAATTCCAGAATCTTAAAACTGTAAGGGGCCTCCATCCCTCTTACTCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2783	TAGAATTCCAGAATCTTAAAACTGTAAGGGGCCTCCATCCCTCTTACTCA	2734

  BX088651.9	401	TTTGTAGTCTAGGAAATCGAGATTTTGATACACCTAAGGTCAAGCAGCTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2733	TTTGTAGTCTAGGAAATCGAGATTTTGATACACCTAAGGTCAAGCAGCTG	2684

  BX088651.9	451	AGTAGATATACAACTGTCACAAGAGTCTAGATCAGTTGGCACATGCTTTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2683	AGTAGATATACAACTGTCACAAGAGTCTAGATCAGTTGGCACATGCTTTC	2634

  BX088651.9	501	TATACTAGATTATTAGTATTATTAGCTAATGGTCTTCTGCATTTTTTTGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2633	TATACTAGATTATTAGTATTATTAGCTAATGGTCTTCTGCATTTTTTTGT	2584

  BX088651.9	551	TTTTTTATTTCTATTGAGATATAGCCTTTACATTTGTACACAAATGTGAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2583	TTTTTTATTTCTATTGAGATATAGCCTTTACATTTGTACACAAATGTGAC	2534

  BX088651.9	601	TATGTCTTGGCAATGCACTTCATACACAATGACTAATCTATACTGTGATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2533	TATGTCTTGGCAATGCACTTCATACACAATGACTAATCTATACTGTGATG	2484

  BX088651.9	651	ATTTGACTCAAAAGGAGAAAAGAAATTATGTAGTTTTCAATTCTGATTCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2483	ATTTGACTCAAAAGGAGAAAAGAAATTATGTAGTTTTCAATTCTGATTCC	2434

  BX088651.9	701	TATTCACCTTTTGTTTATGAATGGAAAGCTTTGTGCAAAATATACATATA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2433	TATTCACCTTTTGTTTATGAATGGAAAGCTTTGTGCAAAATATACATATA	2384

  BX088651.9	751	AGCAGAGTAAGCCTTTTAAAAATGTTCTTTGAAAGATAAAATTAAATACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2383	AGCAGAGTAAGCCTTTTAAAAATGTTCTTTGAAAGATAAAATTAAATACA	2334

  BX088651.9	801	TGAGTTTCTAACAATTAGAAAGGAAAAAATTAAAATATGAAATGATAACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2333	TGAGTTTCTAACAATTAGAAAGGAAAAAATTAAAATATGAAATGATAACA	2284

  BX088651.9	851	AAAGTAAACAAAAGATACTTTCAAAGCAGTGAACAAAACATTTTGACATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2283	AAAGTAAACAAAAGATACTTTCAAAGCAGTGAACAAAACATTTTGACATA	2234

  BX088651.9	901	AGCCATAATATAAATTATAATATAAAAATATAAAAACCATAGTATAAATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2233	AGCCATAATATAAATTATAATATAAAAATATAAAAACCATAGTATAAATT	2184

  BX088651.9	951	GTCAATCTTTGAGTTGGCTATGAATTCAATTTAATGACAGAAGAGAAGGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2183	GTCAATCTTTGAGTTGGCTATGAATTCAATTTAATGACAGAAGAGAAGGG	2134

  BX088651.9	1001	ATGCTGGAGGTAAATTCTTAGAGTTTCTATCTCATAGAGTTTGCTCTTCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2133	ATGCTGGAGGTAAATTCTTAGAGTTTCTATCTCATAGAGTTTGCTCTTCT	2084

  BX088651.9	1051	GATTCTCTAGACTGCCAAAGAACATAAAGATGTACAAGGGGACCTAGCTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2083	GATTCTCTAGACTGCCAAAGAACATAAAGATGTACAAGGGGACCTAGCTG	2034

  BX088651.9	1101	TAGTAAAAGCATTGCTATAACAACAAAAACTCTAAAACAGTGCCCCTCAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	2033	TAGTAAAAGCATTGCTATAACAACAAAAACTCTAAAACAGTGCCCCTCAC	1984

  BX088651.9	1151	GATTTTCTACTGAAATTTCTCTAACAGTAGAGGTATAAAACAAGAAGTTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1983	GATTTTCTACTGAAATTTCTCTAACAGTAGAGGTATAAAACAAGAAGTTA	1934

  BX088651.9	1201	GAGAATAATGCAGAAGGGGCCCACCACAGAAATCACATTTCTTTTCTGTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1933	GAGAATAATGCAGAAGGGGCCCACCACAGAAATCACATTTCTTTTCTGTT	1884

  BX088651.9	1251	AAGACTCATGTGATTTTTGCATCTTACTCCATAATGTATTAGTGGTTGCG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1883	AAGACTCATGTGATTTTTGCATCTTACTCCATAATGTATTAGTGGTTGCG	1834

  BX088651.9	1301	TTAATATGACAATGTCTGCAATTAAACACCAGTAAGCAAAATCGATACAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1833	TTAATATGACAATGTCTGCAATTAAACACCAGTAAGCAAAATCGATACAT	1784

  BX088651.9	1351	CAGAATGACTTGCAGGGCTTATCATGCAGTTTCATTTACATCCCTATCCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1783	CAGAATGACTTGCAGGGCTTATCATGCAGTTTCATTTACATCCCTATCCC	1734

  BX088651.9	1401	ACTGCCATTTACTTGAGCGTGAATGACACACGAGAGATTCTTTGCCTTCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1733	ACTGCCATTTACTTGAGCGTGAATGACACACGAGAGATTCTTTGCCTTCC	1684

  BX088651.9	1451	ATGATCCAACTTTACACATAAATAACACAAGGCTAAAGAAAACCAGAACT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1683	ATGATCCAACTTTACACATAAATAACACAAGGCTAAAGAAAACCAGAACT	1634

  BX088651.9	1501	CAAATTCACCATGCATAGGAGTGATAACAAAAATATTTAACAGTCAGTAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1633	CAAATTCACCATGCATAGGAGTGATAACAAAAATATTTAACAGTCAGTAT	1584

  BX088651.9	1551	GGGTGATTACTGGCCAATCAGAATACGTCACTGATATATCAAAATGGATG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1583	GGGTGATTACTGGCCAATCAGAATACGTCACTGATATATCAAAATGGATG	1534

  BX088651.9	1601	CAGGCCACTGTGACTAACTTGTGGGTATCATTTCTATGATCACCCTAAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1533	CAGGCCACTGTGACTAACTTGTGGGTATCATTTCTATGATCACCCTAAAA	1484

  BX088651.9	1651	CAGAGTTGGGAAAATATCAATTAACTGGTCTCTCTGGTTTGAATTCTCAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1483	CAGAGTTGGGAAAATATCAATTAACTGGTCTCTCTGGTTTGAATTCTCAA	1434

  BX088651.9	1701	TATGTATCTTAATATGAAATAGCTCATTAAAACTTCATGTGTAACTATTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1433	TATGTATCTTAATATGAAATAGCTCATTAAAACTTCATGTGTAACTATTT	1384

  BX088651.9	1751	CAGCATTGTTGTCAGCTACTCTTTATTCCACTTCTGTACAGTATTTATTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1383	CAGCATTGTTGTCAGCTACTCTTTATTCCACTTCTGTACAGTATTTATTC	1334

  BX088651.9	1801	AACCAAGCTGCTGCTTTCAATGAAGGTCACTTGTTCCTTCAGGGACACAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1333	AACCAAGCTGCTGCTTTCAATGAAGGTCACTTGTTCCTTCAGGGACACAT	1284

  BX088651.9	1851	GTACTCCCACCTATCCTTTAATTTTGAATGGTTTGTCAAGAAAATTTACT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1283	GTACTCCCACCTATCCTTTAATTTTGAATGGTTTGTCAAGAAAATTTACT	1234

  BX088651.9	1901	TTCTCTTGAGTTGAAAAGACTTGACAGGAAGCAAGAAATAATACAGTCCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1233	TTCTCTTGAGTTGAAAAGACTTGACAGGAAGCAAGAAATAATACAGTCCT	1184

  BX088651.9	1951	AGCCTCTTTCCAGTAACATCTGATTTCTCCATTCTCAAACTACACTTCTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1183	AGCCTCTTTCCAGTAACATCTGATTTCTCCATTCTCAAACTACACTTCTC	1134

  BX088651.9	2001	AGGGAACCAGATATTTACTCTCGTCTGGGAAGATGCCTCTTATGTTTTCC	2050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1133	AGGGAACCAGATATTTACTCTCGTCTGGGAAGATGCCTCTTATGTTTTCC	1084

  BX088651.9	2051	TTTTACTTCCTGGTTATCATGTGGTTGCATTTTCCAAGTTCTTATCATTG	2100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1083	TTTTACTTCCTGGTTATCATGTGGTTGCATTTTCCAAGTTCTTATCATTG	1034

  BX088651.9	2101	AATTTATGAGAGCCTATCCAAATTTATTTTCTTTTATTTTCTAATAATTG	2150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	1033	AATTTATGAGAGCCTATCCAAATTTATTTTCTTTTATTTTCTAATAATTG	984

  BX088651.9	2151	AAATGTGAGATGAAAATAACATTTCACTTATGAAAAACGCTTCTCTTGAT	2200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	983	AAATGTGAGATGAAAATAACATTTCACTTATGAAAAACGCTTCTCTTGAT	934

  BX088651.9	2201	GAATCCTTCCATGTGTTAGTTATCTATTGCTCTGTAACAAAGGTGTTAGT	2250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	933	GAATCCTTCCATGTGTTAGTTATCTATTGCTCTGTAACAAAGGTGTTAGT	884

  BX088651.9	2251	TATCTATTGCTGTGTAACAAATTAAAACTTAATGGCTTGAAACAAATATT	2300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	883	TATCTATTGCTGTGTAACAAATTAAAACTTAATGGCTTGAAACAAATATT	834

  BX088651.9	2301	TGTTTTCTCATAGTTTATGTGGCTCAGGAGCCTGGACGTGGTTCAGCACA	2350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	833	TGTTTTCTCATAGTTTATGTGGCTCAGGAGCCTGGACGTGGTTCAGCACA	784

  BX088651.9	2351	GTGTTTTTGGTCAGAATTCCTCATGAGGCTGCAATCAAGGTGTAGACCAG	2400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	783	GTGTTTTTGGTCAGAATTCCTCATGAGGCTGCAATCAAGGTGTAGACCAG	734

  BX088651.9	2401	GGCTGTAGTCATCTATCTCAATATTCAACTCAGAAAGGGATCCACCTTAG	2450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	733	GGCTGTAGTCATCTATCTCAATATTCAACTCAGAAAGGGATCCACCTTAG	684

  BX088651.9	2451	ATCCTCACTGGCTCTTATCAGGACCTATCACTTCCTTACCACATGGACCT	2500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	683	ATCCTCACTGGCTCTTATCAGGACCTATCACTTCCTTACCACATGGACCT	634

  BX088651.9	2501	CTCCATAGCATTGCTTACAACATTACAGTCTGTTTCCCACGGAGCAAGAA	2550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	633	CTCCATAGCATTGCTTACAACATTACAGTCTGTTTCCCACGGAGCAAGAA	584

  BX088651.9	2551	ATCAGAGAGTGTGAGATAAAGTACCCAAAATGGAAGCCACAGGTTTGTTT	2600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	583	ATCAGAGAGTGTGAGATAAAGTACCCAAAATGGAAGCCACAGGTTTGTTT	534

  BX088651.9	2601	GTTTGTTTTAATATATATAACCTAGTTTCAAAAGTGATGTTACCTCTGCC	2650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	533	GTTTGTTTTAATATATATAACCTAGTTTCAAAAGTGATGTTACCTCTGCC	484

  BX088651.9	2651	TACACTCATGAGGAGGGTATTATACAAGGGCATACATACCAGAAAGCAGG	2700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	483	TACACTCATGAGGAGGGTATTATACAAGGGCATACATACCAGAAAGCAGG	434

  BX088651.9	2701	GATCACTGGAAGTCATTTTACAGGCTGCCTAATCCAAGTCATGAACTAGA	2750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	433	GATCACTGGAAGTCATTTTACAGGCTGCCTAATCCAAGTCATGAACTAGA	384

  BX088651.9	2751	TGTTTTTAATGTCACTGCCATAAACTGGGATTCTACAGGGTCTAATGAGA	2800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	383	TGTTTTTAATGTCACTGCCATAAACTGGGATTCTACAGGGTCTAATGAGA	334

  BX088651.9	2801	GTAATTAATTCATGGCTTTCAGTGGGGATCCATTCAGCAGAGAAAGAGAT	2850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	333	GTAATTAATTCATGGCTTTCAGTGGGGATCCATTCAGCAGAGAAAGAGAT	284

  BX088651.9	2851	GAAATATGTATATTCTCTGTGGAAACACTCTTGATTCTTCCTTGAGGGAT	2900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	283	GAAATATGTATATTCTCTGTGGAAACACTCTTGATTCTTCCTTGAGGGAT	234

  BX088651.9	2901	ACTGCGTGGTCCATTCCTACACAGGATAATTAAGAAAAGGTTTGAACCAA	2950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	233	ACTGCGTGGTCCATTCCTACACAGGATAATTAAGAAAAGGTTTGAACCAA	184

  BX088651.9	2951	TCTGGACTTCCTATTAGCCTGAGATGTGGCTACTTAGAACTCCCAATGTA	3000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	183	TCTGGACTTCCTATTAGCCTGAGATGTGGCTACTTAGAACTCCCAATGTA	134

  BX088651.9	3001	GCTGGAAAACTAACAATATCCCTTTGCCTCCACATGAAGCAAATTACCCT	3050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	133	GCTGGAAAACTAACAATATCCCTTTGCCTCCACATGAAGCAAATTACCCT	84

  BX088651.9	3051	GCCATCAGACTCAACATGAAGATAATCCTCCCTTCAGCTGCTCTACCTCA	3100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	83	GCCATCAGACTCAACATGAAGATAATCCTCCCTTCAGCTGCTCTACCTCA	34

  BX088651.9	3101	AGAGAAAAAGATCATAGATGCCAGCTGGAATTC	3133
			|||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX664718.7	33	AGAGAAAAAGATCATAGATGCCAGCTGGAATTC	1

Overview

Query
BX088651.9 - 202891 bps
Hit
BX664718.7 - 167646 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 3133 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link