<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX072569.6	2000	TGCCATTTTGTGCGTTGTTACCCATCTGTAAAATAAAATCGACACTTCTC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1	TGCCATTTTGTGCGTTGTTACCCATCTGTAAAATAAAATCGACACTTCTC	50

C  BX072569.6	1950	CTTTAATTCGAAGCAAACTAGCGAGGGAATCCCCGGAGCAGCCTAGCCTA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	51	CTTTAATTCGAAGCAAACTAGCGAGGGAATCCCCGGAGCAGCCTAGCCTA	100

C  BX072569.6	1900	CTCTGCCCGGATGCTAACGGCAACACAGGACGGTTTCCATGAGCTCTGGA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	101	CTCTGCCCGGATGCTAACGGCAACACAGGACGGTTTCCATGAGCTCTGGA	150

C  BX072569.6	1850	GAGTTTCTAAAACATATCTGGTGAGTAAATGAACATGCTTACTTGTAAAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	151	GAGTTTCTAAAACATATCTGGTGAGTAAATGAACATGCTTACTTGTAAAA	200

C  BX072569.6	1800	GGCTTCCTGACTGAAACATGATTGTTTGTTATTCGTGTACGTTAATTTGG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	201	GGCTTCCTGACTGAAACATGATTGTTTGTTATTCGTGTACGTTAATTTGG	250

C  BX072569.6	1750	TTATTTTAAACACCGCGGCCCTTTTAAACTGGTTGATTCGTGGCCGTCCA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	251	TTATTTTAAACACCGCGGCCCTTTTAAACTGGTTGATTCGTGGCCGTCCA	300

C  BX072569.6	1700	TATAACGTTAGTCCATAGACTCGTGTTATAACGTAACAGTTACGCTTGAA	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	301	TATAACGTTAGTCCATAGACTCGTGTTATAACGTAACAGTTACGCTTGAA	350

C  BX072569.6	1650	TTATATTAAGTGTTGACAACCATTAAAGTCGGAATGTTAACATTAATGTC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	351	TTATATTAAGTGTTGACAACCATTAAAGTCGGAATGTTAACATTAATGTC	400

C  BX072569.6	1600	TTTAAATGACCGCGTTTGCACTTTATCAGACATTTGACGTTACAGAAGTC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	401	TTTAAATGACCGCGTTTGCACTTTATCAGACATTTGACGTTACAGAAGTC	450

C  BX072569.6	1550	TCACGGAAGTTGCGGGACTAACGTTAACGTTATCCCGCAAATGCACAGAG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	451	TCACGGAAGTTGCGGGACTAACGTTAACGTTATCCCGCAAATGCACAGAG	500

C  BX072569.6	1500	ACTCCCAGATGCCCAAGTAGATGCCCGCAAATGAATGATAATCTCCCGGA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	501	ACTCCCAGATGCCCAAGTAGATGCCCGCAAATGAATGATAATCTCCCGGA	550

C  BX072569.6	1450	AATCGCGCGTCTCCCGCCCGGTCATTAAACACTTTGCACACCCCTCTCCA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	551	AATCGCGCGTCTCCCGCCCGGTCATTAAACACTTTGCACACCCCTCTCCA	600

C  BX072569.6	1400	CCGCATCCCTCTCAGCTCTTCAGGTACGTCACGCGCAAGTCACCCCCACC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	601	CCGCATCCCTCTCAGCTCTTCAGGTACGTCACGCGCAAGTCACCCCCACC	650

C  BX072569.6	1350	GCTCTTTAGGTACGTCGCGCGCAACTCATCTCATTGATCTTCAGGTACTC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	651	GCTCTTTAGGTACGTCGCGCGCAACTCATCTCATTGATCTTCAGGTACTC	700

C  BX072569.6	1300	ATCTCTCCCGTTACCTCCCGCAAATCAACTCTGTATCCCCCGAAAATGAC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	701	ATCTCTCCCGTTACCTCCCGCAAATCAACTCTGTATCCCCCGAAAATGAC	750

C  BX072569.6	1250	TTTTCCCAACTCGGGATGTCTGACGTTAGTAAGTTAGGCTATTTCTGTAG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	751	TTTTCCCAACTCGGGATGTCTGACGTTAGTAAGTTAGGCTATTTCTGTAG	800

C  BX072569.6	1200	TCAGGAACATCTTAGTCAAGCTTTTTCTCCCGCATGATATTGTGCTTAAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	801	TCAGGAACATCTTAGTCAAGCTTTTTCTCCCGCATGATATTGTGCTTAAA	850

C  BX072569.6	1150	ACTATACACTGTAAAAAAAAAAAGTTGAGTAAACTTAAAATAATTAGGCA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	851	ACTATACACTGTAAAAAAAAAAAGTTGAGTAAACTTAAAATAATTAGGCA	900

C  BX072569.6	1100	ACCTATCACACATAGCTTTTTGAGTTAACTCAACAAACAGGGTTTGAAGA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	901	ACCTATCACACATAGCTTTTTGAGTTAACTCAACAAACAGGGTTTGAAGA	950

C  BX072569.6	1050	CCAGTGAACTCAAAATATTTTGTTGAATTCTTTAGTTCTCTGAACAAAAA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	951	CCAGTGAACTCAAAATATTTTGTTGAATTCTTTAGTTCTCTGAACAAAAA	1000

C  BX072569.6	1000	GTATCATGTTCACCCAACAAGATATTTTTGTTTGCTGAACAAAAAATATC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1001	GTATCATGTTCACCCAACAAGATATTTTTGTTTGCTGAACAAAAAATATC	1050

C  BX072569.6	950	ATGTTCAACCAACAGGATATTTTTGTTTGCTGAACAAAAAATATCATGTT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1051	ATGTTCAACCAACAGGATATTTTTGTTTGCTGAACAAAAAATATCATGTT	1100

C  BX072569.6	900	CAACCAACAGGATATTTTTGTTTGCTGAACAAAAAATATCATGTTCAACC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1101	CAACCAACAGGATATTTTTGTTTGCTGAACAAAAAATATCATGTTCAACC	1150

C  BX072569.6	850	AACAGGATATTTTTGTTTGCTGAACAAAAAATATCATGTTCAACCAACAG	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1151	AACAGGATATTTTTGTTTGCTGAACAAAAAATATCATGTTCAACCAACAG	1200

C  BX072569.6	800	GATATTTTTGTTTGCTGAACAAAAAATGTCATGTTCAACCAACAGGATAT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1201	GATATTTTTGTTTGCTGAACAAAAAATGTCATGTTCAACCAACAGGATAT	1250

C  BX072569.6	750	TTTTGTTTGCTGAACAAAAAATATCATGTTCAACCAACAGGATATTTTTG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1251	TTTTGTTTGCTGAACAAAAAATATCATGTTCAACCAACAGGATATTTTTG	1300

C  BX072569.6	700	TTTGCTGAACAAAAAATGTCATGTTCAACCAACAGGATATTTTTGTTTGC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1301	TTTGCTGAACAAAAAATGTCATGTTCAACCAACAGGATATTTTTGTTTGC	1350

C  BX072569.6	650	TGAACAAAAAATGTCATGTTCACCCAACAAGATATTTTTGTTTGCTGAAC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1351	TGAACAAAAAATGTCATGTTCACCCAACAAGATATTTTTGTTTGCTGAAC	1400

C  BX072569.6	600	AAAAAATATCATGTTCAACCAACAGGATATTTTTGTTTGCTGAACAAAAA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1401	AAAAAATATCATGTTCAACCAACAGGATATTTTTGTTTGCTGAACAAAAA	1450

C  BX072569.6	550	ATGTCATGTTCACCCAACAAGATATTTTTGTTTGCTGAACAAATATATGA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1451	ATGTCATGTTCACCCAACAAGATATTTTTGTTTGCTGAACAAATATATGA	1500

C  BX072569.6	500	CAAAATGGTCCATTATGCATTCACTAATAATTTTTATAATTTAAATTAGA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1501	CAAAATGGTCCATTATGCATTCACTAATAATTTTTATAATTTAAATTAGA	1550

C  BX072569.6	450	TACACAAGAAAAGTAAATTAACCTTTTATTTTTTTTAAACTGTTCAAAAC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1551	TACACAAGAAAAGTAAATTAACCTTTTATTTTTTTTAAACTGTTCAAAAC	1600

C  BX072569.6	400	ACAATATAAAACATTTTAGTACAAAAATCAACATTTAACAACTTGTACTG	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1601	ACAATATAAAACATTTTAGTACAAAAATCAACATTTAACAACTTGTACTG	1650

C  BX072569.6	350	AATGTTTTTACATGTGTGAAAAGTTTGTACACTACAACATTGCCTAAACA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1651	AATGTTTTTACATGTGTGAAAAGTTTGTACACTACAACATTGCCTAAACA	1700

C  BX072569.6	300	TAAAATGACAGGCGAGCTTTCTTCATGCTTTACTAAGTTAGTAAAACCAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1701	TAAAATGACAGGCGAGCTTTCTTCATGCTTTACTAAGTTAGTAAAACCAA	1750

C  BX072569.6	250	GCTAATGTGTCCAACACTTAAACCAGATGAGTACAAAAATATCTAATCTA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1751	GCTAATGTGTCCAACACTTAAACCAGATGAGTACAAAAATATCTAATCTA	1800

C  BX072569.6	200	AATAAATGTTAAACCCCACTTTATTCAAAGTATATAAAGTGTAAAGCACT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1801	AATAAATGTTAAACCCCACTTTATTCAAAGTATATAAAGTGTAAAGCACT	1850

C  BX072569.6	150	TTGTCAACAAAGTACACAATTCCAAAAACAGACATGAATAAAAGAATAAC	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1851	TTGTCAACAAAGTACACAATTCCAAAAACAGACATGAATAAAAGAATAAC	1900

C  BX072569.6	100	TCAGAAGGATGTCCTCCTCTTAACTTGAAGTTTTGTCAAGTCTTTCCCAG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1901	TCAGAAGGATGTCCTCCTCTTAACTTGAAGTTTTGTCAAGTCTTTCCCAG	1950

C  BX072569.6	50	TTTTTCTGGCCAACGGGGCATCAGAAACTTTTGAACAGTCACTAGAATTC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX664624.5	1951	TTTTTCTGGCCAACGGGGCATCAGAAACTTTTGAACAGTCACTAGAATTC	2000

Overview

Query
BX072569.6 - 144729 bps
Hit
BX664624.5 - 54818 bps
Total alignments
24
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001936200012000-1120001
296.3267324508831-199013131
397.56319369508876-199013581
498.07364414508921-199014031
596.95388459508966-199014481
696.953884595531011-1103514931
798.073644145981011-1108014931
897.563193696431011-1112514931
996.32683246881011-1117014931
1086.113576612730727967-121869225451
1185.3235774169667706-130356310841
1282.872626432548626128-130445310861
1385.4253494141786142279-130560310521
1484.522455022801628517-130564310671
1585.062475007594576444-130566310671
1685.812504763977440249-130567310451
1784.14458107166117681-145725468021
1883.312956582801628673-145761464191
1983.643618212530826128-145796466201
2089.8366549100579101127-145880464281
2186.67284506141786142291-145902464041
2282.61423106855336600-146824479041
2381.073219342434125274-147267482221
2482.393057432716927911-147454482141
Short-link