<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX545852.5	1	TTCCCTAGAAGGGGAATGTATATCAAGTCAGCCAGAAAACATGACAGAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	76434	TTCCCTAGAAGGGGAATGTATATCAAGTCAGCCAGAAAACATGACAGAAG	76483

BX545852.5	51	TAGTAACTATGGGATCTTCTTGTAGATTAAATTGAGGGAGTCATTTAAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	76484	TAGTAACTATGGGATCTTCTTGTAGATTAAATTGAGGGAGTCATTTAAAA	76533

BX545852.5	101	AAAAAAAAGTTTCACTTGGCACATAATAGTGAAGTGAACTGATGTAAATT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	76534	AAAAAAAAGTTTCACTTGGCACATAATAGTGAAGTGAACTGATGTAAATT	76583

BX545852.5	151	GATTGTTCATATGATTTATGGTTTTAGCTACATGTTTTTATTATCCATGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	76584	GATTGTTCATATGATTTATGGTTTTAGCTACATGTTTTTATTATCCATGA	76633

BX545852.5	201	CTGACTTACACCTTTATATGACAAAATTATTAAAAACCATTCAGAAATGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	76634	CTGACTTACACCTTTATATGACAAAATTATTAAAAACCATTCAGAAATGT	76683

BX545852.5	251	GGTGCCTTTTTTTTTTGGTATCACCGTTTAATGTCATCTTCCGGTAAAAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	76684	GGTGCCTTTTTTTTTTGGTATCACCGTTTAATGTCATCTTCCGGTAAAAC	76733

BX545852.5	301	TGAAACTGTGTGGTGGACGTTGGTCATGGTAACTTTTATTTCCAGCTTGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	76734	TGAAACTGTGTGGTGGACGTTGGTCATGGTAACTTTTATTTCCAGCTTGT	76783

BX545852.5	351	GTTCCGGGAATTATTTATTTACAAATTAAGCATTGTGTAAAATGCATATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	76784	GTTCCGGGAATTATTTATTTACAAATTAAGCATTGTGTAAAATGCATATA	76833

BX545852.5	401	CTGTAAATGTGATGTAAACTTGGACGCCAAGGGCTAATTGTATGCAGTCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	76834	CTGTAAATGTGATGTAAACTTGGACGCCAAGGGCTAATTGTATGCAGTCT	76883

BX545852.5	451	TTATGGTTAAGCCAACACAGAACACAAGACACTGGTTTGAAAGAACGAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	76884	TTATGGTTAAGCCAACACAGAACACAAGACACTGGTTTGAAAGAACGAAA	76933

BX545852.5	501	GCAAGAGAGTGATGTACATCCCTTATTGGCCAGCAGCAATAAGCTGTCAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	76934	GCAAGAGAGTGATGTACATCCCTTATTGGCCAGCAGCAATAAGCTGTCAG	76983

BX545852.5	551	CCATGGCTTTTCAGGCTGATCAGACAGAATTATGCTTCAGTTCTGTATAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	76984	CCATGGCTTTTCAGGCTGATCAGACAGAATTATGCTTCAGTTCTGTATAT	77033

BX545852.5	601	CAGCCAGTCAGACAGAGTTCACTTTAAATTTTCGATGGTTAAATGTGTCG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77034	CAGCCAGTCAGACAGAGTTCACTTTAAATTTTCGATGGTTAAATGTGTCG	77083

BX545852.5	651	ATGGTTTAACCCTCGAGTAAAGCCATCTCTTTCCTCATTTCCTTGCTGCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77084	ATGGTTTAACCCTCGAGTAAAGCCATCTCTTTCCTCATTTCCTTGCTGCT	77133

BX545852.5	701	TTCTTCTGTGTTTGTGATAAGCCTGTGAGCGTATCTGCATGACACTGGCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77134	TTCTTCTGTGTTTGTGATAAGCCTGTGAGCGTATCTGCATGACACTGGCA	77183

BX545852.5	751	AAACTTGCAGTACATTTTACACGCATCCATGGCAACATGAACCTCCGCTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77184	AAACTTGCAGTACATTTTACACGCATCCATGGCAACATGAACCTCCGCTT	77233

BX545852.5	801	TCAAGGATCAACCTAACCAACACACTAATTAACAGGTACACCAACCTAGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77234	TCAAGGATCAACCTAACCAACACACTAATTAACAGGTACACCAACCTAGC	77283

BX545852.5	851	TGTTGAAGATGGAAGAAGCCTAAAAAAAAAAACTTTAAATGTGTTCTAGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77284	TGTTGAAGATGGAAGAAGCCTAAAAAAAAAAACTTTAAATGTGTTCTAGA	77333

BX545852.5	901	AAATAAACACCTAATGAAGTCAGGTGGTCAAAGTTGCCCCTCTCATTACC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77334	AAATAAACACCTAATGAAGTCAGGTGGTCAAAGTTGCCCCTCTCATTACC	77383

BX545852.5	951	GGATATAACAAAATACATTAAATTCCATCTTAATTACTATAGTGCTTTTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77384	GGATATAACAAAATACATTAAATTCCATCTTAATTACTATAGTGCTTTTA	77433

BX545852.5	1001	CCATGTAGATCAAAGCAGCTTAGCATAATGAAGTTCAGGTAAACTGAAAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77434	CCATGTAGATCAAAGCAGCTTAGCATAATGAAGTTCAGGTAAACTGAAAC	77483

BX545852.5	1051	TGCTTCAGTCCAGTTTCACAGATCGGTTTAGTTTAGTTCAGTGCAATGCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77484	TGCTTCAGTCCAGTTTCACAGATCGGTTTAGTTTAGTTCAGTGCAATGCA	77533

BX545852.5	1101	ATGCAATGTAAAAGTCACTGCTGGAAAGCGAAAATACTGAAGAGCAAATC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77534	ATGCAATGTAAAAGTCACTGCTGGAAAGCGAAAATACTGAAGAGCAAATC	77583

BX545852.5	1151	TAACAATGTGCAGCTCTACAAACCAAAAAAAACAGTGGTGACAGTAGCAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77584	TAACAATGTGCAGCTCTACAAACCAAAAAAAACAGTGGTGACAGTAGCAA	77633

BX545852.5	1201	GAAATAAACTTCACCAACTGCCAAAAGTGAAGGCAAATAAACCCTTTGGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77634	GAAATAAACTTCACCAACTGCCAAAAGTGAAGGCAAATAAACCCTTTGGA	77683

BX545852.5	1251	AGAACCAGACTCAGCAGGACGCAACCAGTTCTCCTGGTTAAACGTCTTGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77684	AGAACCAGACTCAGCAGGACGCAACCAGTTCTCCTGGTTAAACGTCTTGT	77733

BX545852.5	1301	GCAGAGCTGGAGTCTAGGCGCCAGAGGCTTGAGAACACTGGTCACCCATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77734	GCAGAGCTGGAGTCTAGGCGCCAGAGGCTTGAGAACACTGGTCACCCATT	77783

BX545852.5	1351	ATGGTGAAGTTGTAGGTTCGAGCAGGTCACTGGTGTTTAAGTAAGCCCAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77784	ATGGTGAAGTTGTAGGTTCGAGCAGGTCACTGGTGTTTAAGTAAGCCCAC	77833

BX545852.5	1401	TGGATCATTTCAGTCTGTTCCTGAGGTCTTTCAGGAATCAGTCTCACACT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77834	TGGATCATTTCAGTCTGTTCCTGAGGTCTTTCAGGAATCAGTCTCACACT	77883

BX545852.5	1451	CTCCAATCCGCCTTTGCCACCACAGCATCAGCTTAGTATACTGGATTTAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77884	CTCCAATCCGCCTTTGCCACCACAGCATCAGCTTAGTATACTGGATTTAT	77933

BX545852.5	1501	GTAACCCTTGTGATAAGTAAAAACTAAAATAAATTTAAGTGCTGTTCAGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77934	GTAACCCTTGTGATAAGTAAAAACTAAAATAAATTTAAGTGCTGTTCAGA	77983

BX545852.5	1551	TTATTTTTATTGATATAGACCTATTGATCGACCCATTTCTGTCTGCCGCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	77984	TTATTTTTATTGATATAGACCTATTGATCGACCCATTTCTGTCTGCCGCA	78033

BX545852.5	1601	CTCAAGCCAGATGACAGTGTACTCACTGCCTGATGCTGGCCCAAGTCAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	78034	CTCAAGCCAGATGACAGTGTACTCACTGCCTGATGCTGGCCCAAGTCAAT	78083

BX545852.5	1651	TGGTCATTGCCGAAGTTGAGAAGGCTTTTAGAAAATTCCTGAGTTTATGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	78084	TGGTCATTGCCGAAGTTGAGAAGGCTTTTAGAAAATTCCTGAGTTTATGA	78133

BX545852.5	1701	ACCATTTTTAAGATGAATTCTTTTTTTAAGGCTAAATTTCAGGTTTGTCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	78134	ACCATTTTTAAGATGAATTCTTTTTTTAAGGCTAAATTTCAGGTTTGTCA	78183

BX545852.5	1751	TGGATTGTTGTTGTGCTGTGTACAGAGGCAACAGAGAAGTGGAAGAGTCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	78184	TGGATTGTTGTTGTGCTGTGTACAGAGGCAACAGAGAAGTGGAAGAGTCC	78233

BX545852.5	1801	AGTGAATTTCTGACATTTCCAAATTTTGGTCACCCCTCAAGACAAATCAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	78234	AGTGAATTTCTGACATTTCCAAATTTTGGTCACCCCTCAAGACAAATCAC	78283

BX545852.5	1851	TTTTATTTTTAGAGCACTTTTGTAGTCAACTGTGTTCAAAGCTGCTTCAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	78284	TTTTATTTTTAGAGCACTTTTGTAGTCAACTGTGTTCAAAGCTGCTTCAA	78333

BX545852.5	1901	AAGAAATAAAAAAAAAATTAAGTCATATAACAATGTTTCATTTTTGTCAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	78334	AAGAAATAAAAAAAAAATTAAGTCATATAACAATGTTTCATTTTTGTCAG	78383

BX545852.5	1951	ACATATTAAATATAGTAGGCACAGTAGGTAGCAGCAAAGTAGTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663511.8	78384	ACATATTAAATATAGTAGGCACAGTAGGTAGCAGCAAAGTAGTGGAATTC	78433

Overview

Query
BX545852.5 - 47816 bps
Hit
BX663511.8 - 78433 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001957200012000176434784331
287.2149872152921615115097151821
379.09973391882219160125182255111
484.281092252140621630158531587591
589.1649831986719949-158678587601
680.16692343637436607-159734599851
782.74581553619336347-159990601571
888.483365573559836154-160163607091
995.642914116641256161845619351
1010047904512245211-161850619391
1189.968992910929207170269703671
1299.1247625532583228384-171160737111
1310057572809028146171161712171
141001421432249222634171209713511
1510057572832728383171398714541
1610053532247022522171452715041
1794.591221482592826075-173312734591
1893.921201482608426231-173468736151
1997.62200721682366625833-174037762211
2098.732242362247122706-176214764491
2199.31381432819328335176286764281
2210052522804028091176398764491
Short-link