<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX664602.11	1	TTTCTTACGTCTTTAGAAAAGCAAGACTCTCATAAATAAAAAAATAATTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	162331	TTTCTTACGTCTTTAGAAAAGCAAGACTCTCATAAATAAAAAAATAATTT	162380

BX664602.11	51	AAACCATTTTAAAGACACAAACACTATGGACTTAACGTCCTCCTATAATC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	162381	AAACCATTTTAAAGACACAAACACTATGGACTTAACGTCCTCCTATAATC	162430

BX664602.11	101	TGTAAACAAGCAGAGATTATAACAAACCAAATAAACCCACCTTTCAAGCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	162431	TGTAAACAAGCAGAGATTATAACAAACCAAATAAACCCACCTTTCAAGCT	162480

BX664602.11	151	TGCTGTCTGTTCACAGGTCCATAACATTTTAACAGCCTGGCTGATTTGAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	162481	TGCTGTCTGTTCACAGGTCCATAACATTTTAACAGCCTGGCTGATTTGAC	162530

BX664602.11	201	TGCAAGGATCAAAGCAATCCAATCCATAAAACTTTAGTCCACAACATGTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	162531	TGCAAGGATCAAAGCAATCCAATCCATAAAACTTTAGTCCACAACATGTT	162580

BX664602.11	251	TACATGTTTATAAACATACATGGATACACTGCTGTCATCCAAACTTGTTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	162581	TACATGTTTATAAACATACATGGATACACTGCTGTCATCCAAACTTGTTG	162630

BX664602.11	301	CTGGAGTGCTTTCAGTAAAGTAGTATCTTTCAGACAAAAACACTTGTATT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	162631	CTGGAGTGCTTTCAGTAAAGTAGTATCTTTCAGACAAAAACACTTGTATT	162680

BX664602.11	351	ATGGTCTAACAAAATGGCTGCCGACCTTTTGATTGACACTTCATTGAGCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	162681	ATGGTCTAACAAAATGGCTGCCGACCTTTTGATTGACACTTCATTGAGCC	162730

BX664602.11	401	AATAGCTGAAAAGAGAAGTGTCACCATCCAAGCTGTCAGAACATGAGATG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	162731	AATAGCTGAAAAGAGAAGTGTCACCATCCAAGCTGTCAGAACATGAGATG	162780

BX664602.11	451	GTCCCGCCCTCTCTTACTATAGCTATGAACAGACTTGGTTGCAAAGACTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	162781	GTCCCGCCCTCTCTTACTATAGCTATGAACAGACTTGGTTGCAAAGACTT	162830

BX664602.11	501	TGTGAATGAATTGGGCCAATTATGCTTCTGATTTCATTCATGTTAAGATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	162831	TGTGAATGAATTGGGCCAATTATGCTTCTGATTTCATTCATGTTAAGATT	162880

BX664602.11	551	CCAAATGTAATGTTATTTAATCAATCAGATTAAAGTAAAGCCCATAGTAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	162881	CCAAATGTAATGTTATTTAATCAATCAGATTAAAGTAAAGCCCATAGTAA	162930

BX664602.11	601	ACATTTAATTGACGCAGTTTAATAAGTATTGTTCAAGTGCAAATTAAATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	162931	ACATTTAATTGACGCAGTTTAATAAGTATTGTTCAAGTGCAAATTAAATG	162980

BX664602.11	651	ACAACATCATTTTAGAAGTTAGATAAATAAATAAATTAAACAAATAACTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	162981	ACAACATCATTTTAGAAGTTAGATAAATAAATAAATTAAACAAATAACTA	163030

BX664602.11	701	ACATAAATAAATAAACATGCATATAAATAAACAAACCCTGCCACTTCCAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163031	ACATAAATAAATAAACATGCATATAAATAAACAAACCCTGCCACTTCCAA	163080

BX664602.11	751	TAGCTATTTAACTTCTAAAATAAAATTACCCACCTAATGACAATAAGCAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163081	TAGCTATTTAACTTCTAAAATAAAATTACCCACCTAATGACAATAAGCAT	163130

BX664602.11	801	CACATAGATCATAGAAGTCCGATGGTAATATGTCACAGGAATTTAAACTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163131	CACATAGATCATAGAAGTCCGATGGTAATATGTCACAGGAATTTAAACTT	163180

BX664602.11	851	ATCACTTCACCTACTCCACTTTAAAGAGGTATTTCTAAGATCACCAGCCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163181	ATCACTTCACCTACTCCACTTTAAAGAGGTATTTCTAAGATCACCAGCCA	163230

BX664602.11	901	AGCCATGCTCAATATCCTTGGCCCTCCACTATCCTGGGGGGGAATAAACG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163231	AGCCATGCTCAATATCCTTGGCCCTCCACTATCCTGGGGGGGAATAAACG	163280

BX664602.11	951	TCTACCAAAACATTTAAAACACTATCTGTCTGTCGATTCCTCACCTCGCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163281	TCTACCAAAACATTTAAAACACTATCTGTCTGTCGATTCCTCACCTCGCT	163330

BX664602.11	1001	AGAGAACTGCGTTCTCACCACTAATTTTTCTGATTTTCTCATTTCAGGTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163331	AGAGAACTGCGTTCTCACCACTAATTTTTCTGATTTTCTCATTTCAGGTC	163380

BX664602.11	1051	TAACCTATGGATTCCACCCGGGCACCTCAGCTCTCCCTTCCTATCCTAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163381	TAACCTATGGATTCCACCCGGGCACCTCAGCTCTCCCTTCCTATCCTAAT	163430

BX664602.11	1101	ATTCAGTCAGCTTTTGCTGATTGAACCAGAAATTGTGGATCATCTTATTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163431	ATTCAGTCAGCTTTTGCTGATTGAACCAGAAATTGTGGATCATCTTATTT	163480

BX664602.11	1151	AAAAAGAGATCGATAACCACTTTGTTTGACCATTCTCTGCCCCACCACTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163481	AAAAAGAGATCGATAACCACTTTGTTTGACCATTCTCTGCCCCACCACTC	163530

BX664602.11	1201	AAGGTTTCACGCATTTATCCCATAAGCAGTGCAACTTGCAAATTCTCCAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163531	AAGGTTTCACGCATTTATCCCATAAGCAGTGCAACTTGCAAATTCTCCAT	163580

BX664602.11	1251	CACTGGCTTCTTTCTAACAATCGCAGAATCCCCCACCTTATCCAACTTTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163581	CACTGGCTTCTTTCTAACAATCGCAGAATCCCCCACCTTATCCAACTTTA	163630

BX664602.11	1301	GATGATATTCTAATCACCCCCCCACATTGCCTCCAGCCAAACACCTAGAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163631	GATGATATTCTAATCACCCCCCCACATTGCCTCCAGCCAAACACCTAGAG	163680

BX664602.11	1351	ATCACCAAAAGGTTTTCGCCAATCTAGGTATTCTGCTCGCAGAAGGCTGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163681	ATCACCAAAAGGTTTTCGCCAATCTAGGTATTCTGCTCGCAGAAGGCTGG	163730

BX664602.11	1401	ACCCAATACATTTATCGAATTTCTAGGCATCAACTTCGATTTGCTCAAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163731	ACCCAATACATTTATCGAATTTCTAGGCATCAACTTCGATTTGCTCAAAT	163780

BX664602.11	1451	TCCAAGCTTCTCTTCCTAAAGAGAAAATCGGCTGAATAATTTCTCTTTCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163781	TCCAAGCTTCTCTTCCTAAAGAGAAAATCGGCTGAATAATTTCTCTTTCT	163830

BX664602.11	1501	CTTGTATTATAAGAAAGAGACTTGAATTAAACACATACTGTTATCTATCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163831	CTTGTATTATAAGAAAGAGACTTGAATTAAACACATACTGTTATCTATCC	163880

BX664602.11	1551	TCGGCCACCTAAAATTCACAGTGCAAATTTACCTCAAACTTGCCTACTCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163881	TCGGCCACCTAAAATTCACAGTGCAAATTTACCTCAAACTTGCCTACTCC	163930

BX664602.11	1601	AGCTCCCTACCACAAGTCACGATTTAAAAGGCACAATTTCTCTCTCAAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163931	AGCTCCCTACCACAAGTCACGATTTAAAAGGCACAATTTCTCTCTCAAAA	163980

BX664602.11	1651	CCCACCCACAATGAACTCCGCATATGGATTGCTTCCTTAAGCTATGGAAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	163981	CCCACCCACAATGAACTCCGCATATGGATTGCTTCCTTAAGCTATGGAAC	164030

BX664602.11	1701	GGCTGTTCCTTCTTCTGCAGAGATTGTTCGCAACCCCATTAGATATTTGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	164031	GGCTGTTCCTTCTTCTGCAGAGATTGTTCGCAACCCCATTAGATATTTGT	164080

BX664602.11	1751	CTATTTACTGGTGCTACCCCATCAGTTGGGTTCCAAGGGTACTCAGAGGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	164081	CTATTTACTGGTGCTACCCCATCAGTTGGGTTCCAAGGGTACTCAGAGGC	164130

BX664602.11	1801	CACTGGTTGCCACCACATGGCCCCCTCAATCTATTTCCACTCTAGAAACC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	164131	CACTGGTTGCCACCACATGGCCCCCTCAATCTATTTCCACTCTAGAAACC	164180

BX664602.11	1851	ATTGTTCATCAGCTTTCTTCAAACTGTACCCAATAGTCGCTGCCGCCATA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	164181	ATTGTTCATCAGCTTTCTTCAAACTGTACCCAATAGTCGCTGCCGCCATA	164230

BX664602.11	1901	CTATGGGGAGACGAATGGTCCACCTCTAGGATTCTCATTTATTGTGTTGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	164231	CTATGGGGAGACGAATGGTCCACCTCTAGGATTCTCATTTATTGTGTTGA	164280

BX664602.11	1951	GGAAGAAACAATATAATGCATAGACAAAGGCGTTCCTACTCTCTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX663498.9	164281	GGAAGAAACAATATAATGCATAGACAAAGGCGTTCCTACTCTCTAAGCTT	164330

Overview

Query
BX664602.11 - 171498 bps
Hit
BX663498.9 - 164330 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194220001200011623311643301
2911412006061460813136902371011
384.93145343164393164735140047403911
483.96148372166274166645140055404221
585.721312745016950442-154237545161
684.78194454164323164776154296547551
783.73151375166275166649154375547551
880.6112133877038040-155991563151
982.231463661680717172-163863642391
1083.641703804792448303163863642411
1182.86156356102101102456-165425657801
1291.31119182903749055511161361163191
1388.38228366168081717311233661237351
1487.682163664792448289-11233781237341
1588.0812319310231410250611274801276721
1682.4911734712780712815311411461414991
1786.531433043881839121-11411911415021
1889.61512739028390555-11412341415021
1982.416139910210910250711467051471131
2087.391322291681117039-11497731499941
2186.55129234480654829811497731499951
2298.731461575598575411619301620861
Short-link