<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1684 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

BX901949.9	1	AGTATATATGTATATATATGCTAATTATATATGAAACATACTGAATACAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42026	AGTATATATGTATATATATGCTAATTATATATGAAACATACTGAATACAT	42075

BX901949.9	51	TTTTAGTATATGTACCCATATACATATATACTAAAGTATACATATATGCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42076	TTTTAGTATATGTACCCATATACATATATACTAAAGTATACATATATGCT	42125

BX901949.9	101	ACAGTTTATCATGTATATATAATATATATGTTTAGTATCTATGTATACAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42126	ACAGTTTATCATGTATATATAATATATATGTTTAGTATCTATGTATACAG	42175

BX901949.9	151	AGATACTGACATTGTGTACATACACATATATACATGGATATAAAGTACCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42176	AGATACTGACATTGTGTACATACACATATATACATGGATATAAAGTACCA	42225

BX901949.9	201	TATATGTACGTATACACTCTACATTTTATAATGTATTTATACTAAAATTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42226	TATATGTACGTATACACTCTACATTTTATAATGTATTTATACTAAAATTA	42275

BX901949.9	251	ATAATGTATATGTACATATACATATAATGTATATATAAATAAGATACAGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42276	ATAATGTATATGTACATATACATATAATGTATATATAAATAAGATACAGG	42325

BX901949.9	301	TATAATGCCTATGATCTAACAATTAAAATACATTAAAATTAATTTCATAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42326	TATAATGCCTATGATCTAACAATTAAAATACATTAAAATTAATTTCATAA	42375

BX901949.9	351	CAGTTTTTAACTTACAGAAACATTGCCAGATAATACAGAGAGACTTCATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42376	CAGTTTTTAACTTACAGAAACATTGCCAGATAATACAGAGAGACTTCATA	42425

BX901949.9	401	TACCCCACAACCTGCCTGGCCTATTCTTAGCATCTTATATCTGTAGGGTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42426	TACCCCACAACCTGCCTGGCCTATTCTTAGCATCTTATATCTGTAGGGTA	42475

BX901949.9	451	CAATCGTCACAACTGATGAACCAATATTGACGCATTATTAATGTGCTGTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42476	CAATCGTCACAACTGATGAACCAATATTGACGCATTATTAATGTGCTGTT	42525

BX901949.9	501	ATGGTTAAAAGGATAGTTCAGGCTGAGATCTAGAGTGGTGGTCTCCAGCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42526	ATGGTTAAAAGGATAGTTCAGGCTGAGATCTAGAGTGGTGGTCTCCAGCA	42575

BX901949.9	551	TAGGCTACAGGCATAGAACTTCACAGAGCTAAAAGTAGAGGGTGGTACTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42576	TAGGCTACAGGCATAGAACTTCACAGAGCTAAAAGTAGAGGGTGGTACTG	42625

BX901949.9	601	GGGAGGGCGTGAGAAGCACACGGTTCCATTCGTCTATCTGTAAGGAAAGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42626	GGGAGGGCGTGAGAAGCACACGGTTCCATTCGTCTATCTGTAAGGAAAGC	42675

BX901949.9	651	TACCAGGCAACAGGCACACATGCACACACACACACACACACACATATTAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42676	TACCAGGCAACAGGCACACATGCACACACACACACACACACACATATTAT	42725

BX901949.9	701	AGATGCCTCTGTTTACATCATCAGGCTCTGCTATCAAAAGGCCACCTTCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42726	AGATGCCTCTGTTTACATCATCAGGCTCTGCTATCAAAAGGCCACCTTCT	42775

BX901949.9	751	TGATGACAGTGGGAACAGGTGCAGGTGCAGGTACAGATACAAATACAGGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42776	TGATGACAGTGGGAACAGGTGCAGGTGCAGGTACAGATACAAATACAGGT	42825

BX901949.9	801	ACAGGAGCAGGTATAGAGTACAGGTGCAGGTGCAGGCACAGGTACAAACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42826	ACAGGAGCAGGTATAGAGTACAGGTGCAGGTGCAGGCACAGGTACAAACA	42875

BX901949.9	851	CAGGTACAGGTGTAAGTTCAGGTACAGACGCAGGTATAGAGTACAGGTGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42876	CAGGTACAGGTGTAAGTTCAGGTACAGACGCAGGTATAGAGTACAGGTGC	42925

BX901949.9	901	AGGGCAGGTACAGGTGAGGGTTCAGGTCAATTGCAGGTACATGTGAGGGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42926	AGGGCAGGTACAGGTGAGGGTTCAGGTCAATTGCAGGTACATGTGAGGGT	42975

BX901949.9	951	GCAGGTGCGTCAGGCTCTGCTGCCTTCTAGATGGGAGTGGGAACAGGTAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	42976	GCAGGTGCGTCAGGCTCTGCTGCCTTCTAGATGGGAGTGGGAACAGGTAC	43025

BX901949.9	1001	AGGTGCACGTGCAGGTGAAAGTGCAGGTACTGGTACAGATTGAGGTGCAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	43026	AGGTGCACGTGCAGGTGAAAGTGCAGGTACTGGTACAGATTGAGGTGCAG	43075

BX901949.9	1051	GTGCAGATATAGGTGAGGTGCAGGTAAAGGTACAGGTGCAGGTACAGGTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	43076	GTGCAGATATAGGTGAGGTGCAGGTAAAGGTACAGGTGCAGGTACAGGTA	43125

BX901949.9	1101	CATGTTACTTTAGGCAGCAAAAGGGACTTTCTACATGTGATTAAAGATCT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	43126	CATGTTACTTTAGGCAGCAAAAGGGACTTTCTACATGTGATTAAAGATCT	43175

BX901949.9	1151	TGGGTTTGGGAGAATATTCAGGTGCAGGTACAGTTTTGGGTGCAGGTACA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	43176	TGGGTTTGGGAGAATATTCAGGTGCAGGTACAGTTTTGGGTGCAGGTACA	43225

BX901949.9	1201	GGTTCAGGGTCAAATACAGGTGCAGGTATACAGGTGCATTTGCAGGTACA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	43226	GGTTCAGGGTCAAATACAGGTGCAGGTATACAGGTGCATTTGCAGGTACA	43275

BX901949.9	1251	GGTGCAGGTTCACGTGTAGGCTCAGGCACAGATACAGGTACAGATACCAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	43276	GGTGCAGGTTCACGTGTAGGCTCAGGCACAGATACAGGTACAGATACCAG	43325

BX901949.9	1301	TGCAGACACAGGTACAGGTACAGGTACAGGTACAGGTATAGATGTAGGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	43326	TGCAGACACAGGTACAGGTACAGGTACAGGTACAGGTATAGATGTAGGTG	43375

BX901949.9	1351	CTGGTAAAGATAAAGGTGGAGGTGTCGATACAGGTATAGGCATACGTAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	43376	CTGGTAAAGATAAAGGTGGAGGTGTCGATACAGGTATAGGCATACGTAAA	43425

BX901949.9	1401	AGTACAGCCACAGGCAGGCGGAGGTGCAGATGTCACTGCAGGGACAGGGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	43426	AGTACAGCCACAGGCAGGCGGAGGTGCAGATGTCACTGCAGGGACAGGGA	43475

BX901949.9	1451	GAGGCGGAGGTGCAGATGTCACTGCAGGGACAGGGACAGGGGGAGGTACA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	43476	GAGGCGGAGGTGCAGATGTCACTGCAGGGACAGGGACAGGGGGAGGTACA	43525

BX901949.9	1501	GATGTCACTGCAGGTACAGGGACAGGTGGAGGTGCAGATGTCACTGCAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	43526	GATGTCACTGCAGGTACAGGGACAGGTGGAGGTGCAGATGTCACTGCAAG	43575

BX901949.9	1551	GACAGGGACGGGGAGGTGCAGATGTCACTGCAGGTACAGGGACAGGGGGA	1600
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
BX649635.5	43576	GACAGGGACGGGGAGGTGCAGATGTCACTGCAGGGACAGGGACAGGTGGA	43625

BX901949.9	1601	GGTGCAGATGTCACTGCAGGGACAGGGACCAGTGTGG-G-TGCAGATGTC	1648
			||||||||||||||||||||||||||||| || |||| | ||||||||||
BX649635.5	43626	GGTGCAGATGTCACTGCAGGGACAGGGAC-AG-GTGGAGGTGCAGATGTC	43673

BX901949.9	1649	ACTGCAGGGACAGGGACAGGTGTGGGTGCAGATGTC	1684
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649635.5	43674	ACTGCAGGGACAGGGACAGGTGTGGGTGCAGATGTC	43709

Compact alignment

skip 1550 bps 100% identity alignment

BX901949.9	1551	GACAGGGACGGGGAGGTGCAGATGTCACTGCAGGTACAGGGACAGGGGGA	1600
			|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
BX649635.5	43576	GACAGGGACGGGGAGGTGCAGATGTCACTGCAGGGACAGGGACAGGTGGA	43625

BX901949.9	1601	GGTGCAGATGTCACTGCAGGGACAGGGACCAGTGTGG-G-TGCAGATGTC	1648
			||||||||||||||||||||||||||||| || |||| | ||||||||||
BX649635.5	43626	GGTGCAGATGTCACTGCAGGGACAGGGAC-AG-GTGGAGGTGCAGATGTC	43673

skip 36 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX901949.9 - 38096 bps
Hit
BX649635.5 - 43709 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1684 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.88110168411684142026437091
Short-link