<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR628362.8	2000	GAATTCCTTCTGCCCTGTCAACTCCTCCATCTCCAGGCACACCCTGATGC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1	GAATTCCTTCTGCCCTGTCAACTCCTCCATCTCCAGGCACACCCTGATGC	50

C  CR628362.8	1950	AGAACCCCTGCTGCTGTAATTAAAGGTGTCCTTGACAGTGATATAAGTCC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	51	AGAACCCCTGCTGCTGTAATTAAAGGTGTCCTTGACAGTGATATAAGTCC	100

C  CR628362.8	1900	ATTTTCACACCCATGGACCCAAGATTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTTATCA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	101	ATTTTCACACCCATGGACCCAAGATTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTTATCA	150

C  CR628362.8	1850	TTTTCTCCCTTTTTAACAAACCAACCTTCCACATCAGCAGCACAGTGAGA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	151	TTTTCTCCCTTTTTAACAAACCAACCTTCCACATCAGCAGCACAGTGAGA	200

C  CR628362.8	1800	CCGACCACAGACACACACACACACATACACACATACACACTCGCACCCAC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	201	CCGACCACAGACACACACACACACATACACACATACACACTCGCACCCAC	250

C  CR628362.8	1750	CAGGGTGTGTGATGTAAGGTGTAGCTGAGACCTCCTCTTTCTCTCTGCTC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	251	CAGGGTGTGTGATGTAAGGTGTAGCTGAGACCTCCTCTTTCTCTCTGCTC	300

C  CR628362.8	1700	TGACTTGATGGAGGTGCTAAAGTCTTGATGAGTCTGTGGGGACCTCACAC	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	301	TGACTTGATGGAGGTGCTAAAGTCTTGATGAGTCTGTGGGGACCTCACAC	350

C  CR628362.8	1650	AGAGCCGGAGAATCAAACATGCTGCGATATTTGCATACTTTTATTCGTAA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	351	AGAGCCGGAGAATCAAACATGCTGCGATATTTGCATACTTTTATTCGTAA	400

C  CR628362.8	1600	GTGTGGGTGTGAGCGAGGAAAAAGGAAAGAAAGGAAGACAAAGGGTAACA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	401	GTGTGGGTGTGAGCGAGGAAAAAGGAAAGAAAGGAAGACAAAGGGTAACA	450

C  CR628362.8	1550	TGCACAACCTATGTAGTAACCACAGCACTTTGCTTTGATTTTTGCCATTA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	451	TGCACAACCTATGTAGTAACCACAGCACTTTGCTTTGATTTTTGCCATTA	500

C  CR628362.8	1500	TATTTCGACCCCTTACTCTGAAGATGCCCATTTCCATTGTGCGATAAAAC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	501	TATTTCGACCCCTTACTCTGAAGATGCCCATTTCCATTGTGCGATAAAAC	550

C  CR628362.8	1450	CCACATTGCTATGACGACGCACAAAAGCTTCAAGCTGCTTACAGCGTTAA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	551	CCACATTGCTATGACGACGCACAAAAGCTTCAAGCTGCTTACAGCGTTAA	600

C  CR628362.8	1400	AGCAATCGCACCAAACTCATGCAAGCATTTGGCAATATTTAATGGTGTGA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	601	AGCAATCGCACCAAACTCATGCAAGCATTTGGCAATATTTAATGGTGTGA	650

C  CR628362.8	1350	CATGTCAAGCTCGAGTTTGAGCCAGGGTATTGAAGCATATTGCTAGTTAA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	651	CATGTCAAGCTCGAGTTTGAGCCAGGGTATTGAAGCATATTGCTAGTTAA	700

C  CR628362.8	1300	TTAGCTCTTCCTCAAAAACATTTGTTATATTTACATTTTTGATGGCTGAT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	701	TTAGCTCTTCCTCAAAAACATTTGTTATATTTACATTTTTGATGGCTGAT	750

C  CR628362.8	1250	TATAAATGATTAAATACATTTTATTTGTTCTTAATTGTGAAGTCTTTTTA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	751	TATAAATGATTAAATACATTTTATTTGTTCTTAATTGTGAAGTCTTTTTA	800

C  CR628362.8	1200	ATTAAATTTCATGTTTTATATGTGAACATCTAAGTAAAGCATTTGATTAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	801	ATTAAATTTCATGTTTTATATGTGAACATCTAAGTAAAGCATTTGATTAA	850

C  CR628362.8	1150	CAAGCTGATAGCCAATATTACAAGCTAAGCATTGTACAATCTTTATTTCT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	851	CAAGCTGATAGCCAATATTACAAGCTAAGCATTGTACAATCTTTATTTCT	900

C  CR628362.8	1100	ATAGCACTTTTCCAATGTAACTTGTGTCAAAGCAGCTTAATACAGAAGTT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	901	ATAGCACTTTTCCAATGTAACTTGTGTCAAAGCAGCTTAATACAGAAGTT	950

C  CR628362.8	1050	CTGGAAGATTGAAACTGTGTCAACCCAGTTTTCAGATTTGAAGTTTAGTT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	951	CTGGAAGATTGAAACTGTGTCAACCCAGTTTTCAGATTTGAAGTTTAGTT	1000

C  CR628362.8	1000	TAGTTTAGTTCAGTTCAGCGTGGTTTAATTATCACTACTGAAAGTCCAAA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1001	TAGTTTAGTTCAGTTCAGCGTGGTTTAATTATCACTACTGAAAGTCCAAA	1050

C  CR628362.8	950	CACTGAAAAGCAAATCCATCAATGAGCAGCTTCACAAGACCCAAACCAAG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1051	CACTGAAAAGCAAATCCATCAATGAGCAGCTTCACAAGACCCAAACCAAG	1100

C  CR628362.8	900	CAAGCCAGTGGCGAGGAACTTCACCAATTGACAAAAGTGAAAGAAAAAAA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1101	CAAGCCAGTGGCGAGGAACTTCACCAATTGACAAAAGTGAAAGAAAAAAA	1150

C  CR628362.8	850	AAAGAAAAAAAAAAACTAGAGAGAAGCCAGACTCAGTTGGGAAGGACCAT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1151	AAAGAAAAAAAAAAACTAGAGAGAAGCCAGACTCAGTTGGGAAGGACCAT	1200

C  CR628362.8	800	TTCTCCTCTGGCTAAACTTTGATTCATGCTTTGATTTATCACAACAACAT	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1201	TTCTCCTCTGGCTAAACTTTGATTCATGCTTTGATTTATCACAACAACAT	1250

C  CR628362.8	750	ATCAATATTACCTCTTAAGATTCAGGTGATAAGCTAATTAACAAAGAAGA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1251	ATCAATATTACCTCTTAAGATTCAGGTGATAAGCTAATTAACAAAGAAGA	1300

C  CR628362.8	700	GACTGACCCGGTTCGTACACAAACAAATCAGACCGAGCAGAGAAAAAGGT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1301	GACTGACCCGGTTCGTACACAAACAAATCAGACCGAGCAGAGAAAAAGGT	1350

C  CR628362.8	650	TTTATTTTTTGTATGATATATAAAAGCAAAACACCAGGACTTCAGTTCTA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1351	TTTATTTTTTGTATGATATATAAAAGCAAAACACCAGGACTTCAGTTCTA	1400

C  CR628362.8	600	TTTCAAGAAGGGCTGGGTGATTAATCGAAAAAGTAATCCAAATCGACATT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1401	TTTCAAGAAGGGCTGGGTGATTAATCGAAAAAGTAATCCAAATCGACATT	1450

C  CR628362.8	550	CGGAACCTATAATCAAACTAACTTTTCCGGGTCAATTTTTTCAAAAAACA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1451	CGGAACCTATAATCAAACTAACTTTTCCGGGTCAATTTTTTCAAAAAACA	1500

C  CR628362.8	500	TAAAATAAATAAATAAAATAATCGTTTATTAGCCATAATCGGGTTAAAAT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1501	TAAAATAAATAAATAAAATAATCGTTTATTAGCCATAATCGGGTTAAAAT	1550

C  CR628362.8	450	GTTCAATTAATCAATATTTTGATTTAAGGTTAAATCGCCCAGCCCTAGTT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1551	GTTCAATTAATCAATATTTTGATTTAAGGTTAAATCGCCCAGCCCTAGTT	1600

C  CR628362.8	400	CTATGCTACTTTTAGTTTGCTTTTATTATTGTTCTGGTTAAAGGCAGATT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1601	CTATGCTACTTTTAGTTTGCTTTTATTATTGTTCTGGTTAAAGGCAGATT	1650

C  CR628362.8	350	TATACTTAAATGCGAATGCATCGGTGCAGCCTTTGTGTGGTCGCATAGCC	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1651	TATACTTAAATGCGAATGCATCGGTGCAGCCTTTGTGTGGTCGCATAGCC	1700

C  CR628362.8	300	CTAATCGTGGCTGACACCGACCTCATAAAAAATGTAACTACATGTCGCAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1701	CTAATCGTGGCTGACACCGACCTCATAAAAAATGTAACTACATGTCGCAA	1750

C  CR628362.8	250	CGACAAGTAGCGCAAGCTCTTAGGTTGGTTGGCTTGGTACCAGTGACAAA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1751	CGACAAGTAGCGCAAGCTCTTAGGTTGGTTGGCTTGGTACCAGTGACAAA	1800

C  CR628362.8	200	CAAGAGTGGCCCTTATAGCTGTTAGCCCGATGGAGTGAGTGTTTACAAAG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1801	CAAGAGTGGCCCTTATAGCTGTTAGCCCGATGGAGTGAGTGTTTACAAAG	1850

C  CR628362.8	150	TGAAGAAACTCGTCACAGAAGAAACATAAAAACCTACTGCCAGCTAGCAT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1851	TGAAGAAACTCGTCACAGAAGAAACATAAAAACCTACTGCCAGCTAGCAT	1900

C  CR628362.8	100	TTTGAAAGTGCTATTACAGAGCAACACAAACAGCGTGCAGAAGTATAAAT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1901	TTTGAAAGTGCTATTACAGAGCAACACAAACAGCGTGCAGAAGTATAAAT	1950

C  CR628362.8	50	GCACGGCCATGCACAAGGCAGGTGGCGTGGGCCACGCCGATCACTCGACG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649598.17	1951	GCACGGCCATGCACAAGGCAGGTGGCGTGGGCCACGCCGATCACTCGACG	2000

Overview

Query
CR628362.8 - 200732 bps
Hit
BX649598.17 - 213741 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001961200012000-1120001
283.76154320105450105769-116623169361
384.151173276609066416-119181195081
485.42101192156729156920131472316701
586.281042044865448857143769439721
687.353576077440875014157223578311
785.053206057440275006164826654341
886.561142037372873930198630988301
990.051311987167171868-198630988301
10911412016888269082-198631988301
1193.681461866781668001198641988301
1291.08111157131334131490-198674988301
1389.1899155188531188685-199138992941
1483.43186518770507756711020381025441
1584.78103347190622190968-11025751029221
1688.433854618405118459611047511053021
1784.43135277129190129466-11141491144371
1882.361534047715077553-11395301399261
1988.9912325417560217585511486841489371
2085.1410533219062819095911486851490271
Short-link