<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2001 bps / non-identical: 400 bps

Full alignment

BX901885.7	1	CTGTCACTCAGGCCTGCTGTTGACTCCTCATATCTCACTGGACTGTGACT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	84883	CTGTCACTCAGGCCTGCTGTTGACTCCTCATATCTCACTGGACTGTGACT	84932

BX901885.7	51	CTCCTGCCTCCCTCTCATAAGGACAATTATTATTATTATTATTTGAGATG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	84933	CTCCTGCCTCCCTCTCATAAGGACAATTATTATTATTATTATTTGAGATG	84982

BX901885.7	101	GAGTCTCGCTCTGTCATTCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCAGCTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	84983	GAGTCTCGCTCTGTCATTCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTCAGCTC	85032

BX901885.7	151	GCTACAACCTCCACCTCCCGGGTTCAGGCAATTCTCATGCCTCAGCCTCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85033	GCTACAACCTCCACCTCCCGGGTTCAGGCAATTCTCATGCCTCAGCCTCT	85082

BX901885.7	201	CGAGTAGCTGGGATGACAGGCACCTGCCACCACACCTGGCTAACTTTTGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85083	CGAGTAGCTGGGATGACAGGCACCTGCCACCACACCTGGCTAACTTTTGT	85132

BX901885.7	251	ATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACCTGACCACAGGTGATC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85133	ATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGACCTGACCACAGGTGATC	85182

BX901885.7	301	CACCTGCCTCAACCTCTCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAACCACCAC	350
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
BX649553.6	85183	CACCTGCCTCAACCTCTCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAACCACCGC	85232

BX901885.7	351	ACCTGTTCCTTATAAGGACAATTGTAATTACATGTCAGGCCCACGGGGAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85233	ACCTGTTCCTTATAAGGACAATTGTAATTACATGTCAGGCCCACGGGGAC	85282

BX901885.7	401	ACTCCAGAATCATCTCTCCATGGCAATATCCCTGGAATAAAAGTCCTCCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85283	ACTCCAGAATCATCTCTCCATGGCAATATCCCTGGAATAAAAGTCCTCCT	85332

BX901885.7	451	TCCATAGAGAGCATTCTGTAATGTGTCCACAGCATGCTTATCCAGGTAAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85333	TCCATAGAGAGCATTCTGTAATGTGTCCACAGCATGCTTATCCAGGTAAG	85382

BX901885.7	501	AACATGCTGGGGGCCATTATTCTGTCTCCCACGTGGAATTAGGACGTGGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
BX649553.6	85383	AACATGCTGGGGGCCATTATTCTGTCTCCCACGTGGAATTAGGACGTCGA	85432

BX901885.7	551	CATCTTTGGGACCATTATTCTGTCTCCCACATGGAATTAGGACGTGGACA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85433	CATCTTTGGGACCATTATTCTGTCTCCCACATGGAATTAGGACGTGGACA	85482

BX901885.7	601	TATTTGGGGACATTATTCTGTCTATCACATGGGATTAGGACGTGGACATC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85483	TATTTGGGGACATTATTCTGTCTATCACATGGGATTAGGACGTGGACATC	85532

BX901885.7	651	TTTGGGGCCATTATTCTGTCTCCCACATGGGATTAGGACATGGCCATATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85533	TTTGGGGCCATTATTCTGTCTCCCACATGGGATTAGGACATGGCCATATT	85582

BX901885.7	701	TACGGGACATTATTTTGCCTCCCACGATCAGTGAGTAATTCAATCGCCAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85583	TACGGGACATTATTTTGCCTCCCACGATCAGTGAGTAATTCAATCGCCAC	85632

BX901885.7	751	AGATACCGAAACATCAACTGAGATGGTGGCTGACAGGTGGTCTAGGGCCT	800
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85633	AGATACCGAAACGTCAACTGAGATGGTGGCTGACAGGTGGTCTAGGGCCT	85682

BX901885.7	801	ACAGGGGACTTCAGGACTTGGAGCCGAGAGAGAGCCGAGCTTGGGATGGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85683	ACAGGGGACTTCAGGACTTGGAGCCGAGAGAGAGCCGAGCTTGGGATGGA	85732

BX901885.7	851	TCTGACGGTGAGGTGCCAGCTGTTTCCTCCCTCGTGGGTGTTCCACGTCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85733	TCTGACGGTGAGGTGCCAGCTGTTTCCTCCCTCGTGGGTGTTCCACGTCC	85782

BX901885.7	901	CTCCTGCAAACCCCAGCCGGCCCCTTGCTTCAGAGTTTCAGGGGAGATTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85783	CTCCTGCAAACCCCAGCCGGCCCCTTGCTTCAGAGTTTCAGGGGAGATTT	85832

BX901885.7	951	GACGATGGAGCAGAGGCAGCCTTCCGGAACCTTCTACCCCTGACCTTTTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85833	GACGATGGAGCAGAGGCAGCCTTCCGGAACCTTCTACCCCTGACCTTTTG	85882

BX901885.7	1001	ATTCACAAGTCAAAGCTTGGGGAAGAGATGGAGCCAGGCTCTTGGTGGGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85883	ATTCACAAGTCAAAGCTTGGGGAAGAGATGGAGCCAGGCTCTTGGTGGGG	85932

BX901885.7	1051	AGAAGCGTCTAAAACACAGCAAGGAAGAAAAAGCGTGGAATCCTCTGGGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
BX649553.6	85933	AGAAGCGTCTAAAACACAGCAAGGAAGAAAAAGCGCGGAATCCTCTGGGC	85982

BX901885.7	1101	CTGCAAGAAGTGAGAGGAGGAGACTCCCACAGGGCGCCCCAGGAAGCAGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85983	CTGCAAGAAGTGAGAGGAGGAGACTCCCACAGGGCGCCCCAGGAAGCAGG	86032

BX901885.7	1151	TCCACCTCCCCAAGGGAGCACCACATTCCTGGGTATGAACCTGTGGGTTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	86033	TCCACCTCCCCAAGGGAGCACCACATTCCTGGGTATGAACCTGTGGGTTT	86082

BX901885.7	1201	CAGAGACCTCAGGCCCTATTTACCTCAGAAGCAGAGGCCTCCGGTGTCAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	86083	CAGAGACCTCAGGCCCTATTTACCTCAGAAGCAGAGGCCTCCGGTGTCAA	86132

BX901885.7	1251	AGAGACAGCAGAGGCCGGGCGTGGTAGCCATGCCTATAATCCCAGCGCTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	86133	AGAGACAGCAGAGGCCGGGCGTGGTAGCCATGCCTATAATCCCAGCGCTT	86182

BX901885.7	1301	TGCCAGGCCAAGGCAGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCAAAACCAGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	86183	TGCCAGGCCAAGGCAGGTGGATCACTTGAGGTCAGGAGTTCAAAACCAGC	86232

BX901885.7	1351	CTGGCCAACGTGGTGAAACTCGTCTCTACTACAAATACAAAAAAAAAAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
BX649553.6	86233	CTGGCCAACGTGGTGAAACTCGTCTCTACTACAAATACAAAAATAAAAAT	86282

BX901885.7	1401	AAAAAAAGCTGGGTGTGGTGGCACACGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	86283	AAAAAAAGCTGGGTGTGGTGGCACACGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGGA	86332

BX901885.7	1451	GGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	86333	GGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAG	86382

BX901885.7	1501	CCAAGATCACGCCACTGCACTCCAATCTGGGTGACAGAGAGGAGCTGTGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	86383	CCAAGATCACGCCACTGCACTCCAATCTGGGTGACAGAGAGGAGCTGTGG	86432

BX901885.7	1551	TCAGGCACAGTGGCTCATGCCTGGAATCCCAGCACTTTGCAAGGCCAAGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	86433	TCAGGCACAGTGGCTCATGCCTGGAATCCCAGCACTTTGCAAGGCCAAGG	86482

BX901885.7	1601	CAGGCAGATCATTTGAGGTCAGAGTTCAAAACCAGCCTGGCCAACATGGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	86483	CAGGCAGATCATTTGAGGTCAGAGTTCAAAACCAGCCTGGCCAACATGGC	86532

BX901885.7	1651	AAAATCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAAGCCAGGTGTGGTGGC	1700
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	86533	AAAATCTCGTCTCTACTAAAAATAC-AAAAAAAAAGCCAGGTGTGGTGGC	86581

BX901885.7	1701	AGGCACCTATAATCCCAGCTACTTGGGAGGTTGATGCAGGAGAATCGCTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	86582	AGGCACCTATAATCCCAGCTACTTGGGAGGTTGATGCAGGAGAATCGCTT	86631

BX901885.7	1751	GAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACGCCATTGCACTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	86632	GAACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCACGCCATTGCACTC	86681

BX901885.7	1801	CAATCTGGGTGACAGAGAGGAGCTGTGGCCAGGCACAGTGGCTCATGCCT	1850
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
BX649553.6	86682	CAATCTGGGTGACAGAGAGGAGCTGTGGTCAGGCACAGTGGCTCATGCCT	86731

BX901885.7	1851	GTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGATCACCTGAGGTCAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	86732	GTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGTGGGCAGATCACCTGAGGTCAG	86781

BX901885.7	1901	GAGTCCGAGACCAGCCTGGCTAACATGGTGAAACTCCATCTCTGCTAAAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	86782	GAGTCCGAGACCAGCCTGGCTAACATGGTGAAACTCCATCTCTGCTAAAG	86831

BX901885.7	1951	ATACAAAATCTTAGCCGGGTGTGGTGGCACCTGTAATTGCAGTTGCTGTA	2000
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	86832	ATACAAAATCTTAGCCAGGTGTGGTGGCACCTGTAATTGCAGTTGCTGTA	86881

BX901885.7	2001	C	2001
			|
BX649553.6	86882	C	86882

Compact alignment

skip 300 bps 100% identity alignment

BX901885.7	301	CACCTGCCTCAACCTCTCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAACCACCAC	350
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
BX649553.6	85183	CACCTGCCTCAACCTCTCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAACCACCGC	85232

skip 150 bps 100% identity alignment

BX901885.7	501	AACATGCTGGGGGCCATTATTCTGTCTCCCACGTGGAATTAGGACGTGGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
BX649553.6	85383	AACATGCTGGGGGCCATTATTCTGTCTCCCACGTGGAATTAGGACGTCGA	85432

skip 200 bps 100% identity alignment

BX901885.7	751	AGATACCGAAACATCAACTGAGATGGTGGCTGACAGGTGGTCTAGGGCCT	800
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	85633	AGATACCGAAACGTCAACTGAGATGGTGGCTGACAGGTGGTCTAGGGCCT	85682

skip 250 bps 100% identity alignment

BX901885.7	1051	AGAAGCGTCTAAAACACAGCAAGGAAGAAAAAGCGTGGAATCCTCTGGGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
BX649553.6	85933	AGAAGCGTCTAAAACACAGCAAGGAAGAAAAAGCGCGGAATCCTCTGGGC	85982

skip 250 bps 100% identity alignment

BX901885.7	1351	CTGGCCAACGTGGTGAAACTCGTCTCTACTACAAATACAAAAAAAAAAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
BX649553.6	86233	CTGGCCAACGTGGTGAAACTCGTCTCTACTACAAATACAAAAATAAAAAT	86282

skip 250 bps 100% identity alignment

BX901885.7	1651	AAAATCTCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAAAGCCAGGTGTGGTGGC	1700
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	86533	AAAATCTCGTCTCTACTAAAAATAC-AAAAAAAAAGCCAGGTGTGGTGGC	86581

skip 100 bps 100% identity alignment

BX901885.7	1801	CAATCTGGGTGACAGAGAGGAGCTGTGGCCAGGCACAGTGGCTCATGCCT	1850
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
BX649553.6	86682	CAATCTGGGTGACAGAGAGGAGCTGTGGTCAGGCACAGTGGCTCATGCCT	86731

skip 100 bps 100% identity alignment

BX901885.7	1951	ATACAAAATCTTAGCCGGGTGTGGTGGCACCTGTAATTGCAGTTGCTGTA	2000
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649553.6	86832	ATACAAAATCTTAGCCAGGTGTGGTGGCACCTGTAATTGCAGTTGCTGTA	86881

skip 1 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX901885.7 - 34516 bps
Hit
BX649553.6 - 86882 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2001 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link