<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX908764.11	1	TCAACATTTATTTATGTATTATTACCTAATTATACTTGTTTACGTTTATG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	161545	TCAACATTTATTTATGTATTATTACCTAATTATACTTGTTTACGTTTATG	161594

BX908764.11	51	TTTACGTTTATGTTTCCTACTTGTGTTTTAAAAGTCTGCATGTTGTATGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	161595	TTTACGTTTATGTTTCCTACTTGTGTTTTAAAAGTCTGCATGTTGTATGT	161644

BX908764.11	101	TGTTGTAAAAAAATATTGATATTGTATTACGCACATTTTGGTTTTAAAAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	161645	TGTTGTAAAAAAATATTGATATTGTATTACGCACATTTTGGTTTTAAAAC	161694

BX908764.11	151	TTTACCGAAAGCATTTGATTGACTTCAAAATGTTGACTATTACACGCAGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	161695	TTTACCGAAAGCATTTGATTGACTTCAAAATGTTGACTATTACACGCAGA	161744

BX908764.11	201	TACAAACAGAGCGATATTTACCAATGAAATCGATAGCCTCCTGGAAGTGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	161745	TACAAACAGAGCGATATTTACCAATGAAATCGATAGCCTCCTGGAAGTGT	161794

BX908764.11	251	GAGCTGATATCGGCCGTGTGACTGTCCTCCACCGGGATCCATTTGTAGTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	161795	GAGCTGATATCGGCCGTGTGACTGTCCTCCACCGGGATCCATTTGTAGTT	161844

BX908764.11	301	GTACTGTCCTCTGGCGGGCCGAGAGTCTCTGCGTGAGACGTTCAGCAGGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	161845	GTACTGTCCTCTGGCGGGCCGAGAGTCTCTGCGTGAGACGTTCAGCAGGG	161894

BX908764.11	351	CTGTGATGTGGAGGTCACTGAGATAGTCCTGTCTGCAGGCATGATAGGCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	161895	CTGTGATGTGGAGGTCACTGAGATAGTCCTGTCTGCAGGCATGATAGGCA	161944

BX908764.11	401	CTGCCCAGGTACAGGAAAGGCAAGATCTCCACCGGCCGTCCCTGAAAAAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	161945	CTGCCCAGGTACAGGAAAGGCAAGATCTCCACCGGCCGTCCCTGAAAAAT	161994

BX908764.11	451	ACAATAATATGAATAAATTTGTACATAATCATTCAGATGTTTTTGCATGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	161995	ACAATAATATGAATAAATTTGTACATAATCATTCAGATGTTTTTGCATGA	162044

BX908764.11	501	GATGCTAAATCACAAATGATGCTTATGTTTAAGAGCAGGCCTTTTCTCTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162045	GATGCTAAATCACAAATGATGCTTATGTTTAAGAGCAGGCCTTTTCTCTA	162094

BX908764.11	551	AAAATCATAAATTATATCAGGTAATTTCAACTAACACACTTTCATGACAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162095	AAAATCATAAATTATATCAGGTAATTTCAACTAACACACTTTCATGACAG	162144

BX908764.11	601	TAATGTTCATATTTGTTTTGATTCATTAAGTTAGTGTATATAGTTTAAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162145	TAATGTTCATATTTGTTTTGATTCATTAAGTTAGTGTATATAGTTTAAAA	162194

BX908764.11	651	TGATTTTTTTTATACATTGTGTTTTAAAAAGAAAAACAATAATATATCAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162195	TGATTTTTTTTATACATTGTGTTTTAAAAAGAAAAACAATAATATATCAT	162244

BX908764.11	701	ACAAAAATTAGACAGCTTATCATACTACAGGAATAAGAAAGACTACGTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162245	ACAAAAATTAGACAGCTTATCATACTACAGGAATAAGAAAGACTACGTTT	162294

BX908764.11	751	CGTGCAGGAATAACAGAGAAATCTGTGCATTAGAATAAACGTTTTATCTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162295	CGTGCAGGAATAACAGAGAAATCTGTGCATTAGAATAAACGTTTTATCTA	162344

BX908764.11	801	CTTTCTTTGGCGATGACGTAACGATAGTGTAATGATGACGTATTTATTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162345	CTTTCTTTGGCGATGACGTAACGATAGTGTAATGATGACGTATTTATTTT	162394

BX908764.11	851	TTAGCTGCGTAGGGCTTAAATGAAATAGTGTTCTCGAATGAAGATAAGAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162395	TTAGCTGCGTAGGGCTTAAATGAAATAGTGTTCTCGAATGAAGATAAGAG	162444

BX908764.11	901	TTTGGTCAAAGGTTTACGAAAACTGAAAGGCTAAAGTGCTTCACGTTTTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162445	TTTGGTCAAAGGTTTACGAAAACTGAAAGGCTAAAGTGCTTCACGTTTTC	162494

BX908764.11	951	TTTGTGAATTTCTGACTAAAAACTGGACAAAAGGTGCATTGGATTACTTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162495	TTTGTGAATTTCTGACTAAAAACTGGACAAAAGGTGCATTGGATTACTTG	162544

BX908764.11	1001	TTGGCGAAAATTAATCACACTGGATCAGTATGTCGTGTGGCGGAGAATGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162545	TTGGCGAAAATTAATCACACTGGATCAGTATGTCGTGTGGCGGAGAATGG	162594

BX908764.11	1051	GCGTTCATGCACTGGTACTGTGGTACTGCCTACGGTACTGAGCCAAGAAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162595	GCGTTCATGCACTGGTACTGTGGTACTGCCTACGGTACTGAGCCAAGAAG	162644

BX908764.11	1101	ACACACCACGCATCCATCATACTGTTCGACAGATTGCACGGGAGTCTGGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162645	ACACACCACGCATCCATCATACTGTTCGACAGATTGCACGGGAGTCTGGC	162694

BX908764.11	1151	AAATAATGATTGCGATATGTAAACATTACTTTATTTCTGTGCATGCTAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162695	AAATAATGATTGCGATATGTAAACATTACTTTATTTCTGTGCATGCTAAT	162744

BX908764.11	1201	TTAGTTTGCAAGTATTAAAATTGAAGTGTTCTGACAATATTTAGGTTGTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162745	TTAGTTTGCAAGTATTAAAATTGAAGTGTTCTGACAATATTTAGGTTGTC	162794

BX908764.11	1251	ATTGTTTAACAATGTGGTGATATAAATCAGGTGAGGTGGAAAATGTAAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162795	ATTGTTTAACAATGTGGTGATATAAATCAGGTGAGGTGGAAAATGTAAAT	162844

BX908764.11	1301	ATATATGATATAATTTAATATACTTGCCATCTAACTACTAAATATATATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162845	ATATATGATATAATTTAATATACTTGCCATCTAACTACTAAATATATATA	162894

BX908764.11	1351	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162895	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGT	162944

BX908764.11	1401	GTCACAAAAGTGCATATCAGTCTACCCTGCAGGCATAGGATGTCAACATG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162945	GTCACAAAAGTGCATATCAGTCTACCCTGCAGGCATAGGATGTCAACATG	162994

BX908764.11	1451	ACGTCAAGTTGTACTCCAACGTCGTGGGGACGTTGGATTTTGTTTGGAAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	162995	ACGTCAAGTTGTACTCCAACGTCGTGGGGACGTTGGATTTTGTTTGGAAA	163044

BX908764.11	1501	TGAAAATCATGTTGACGTCAGAACCCAACTTCAGGCAGACATCAATGTCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	163045	TGAAAATCATGTTGACGTCAGAACCCAACTTCAGGCAGACATCAATGTCA	163094

BX908764.11	1551	AATGTCAAACCTAATATCAACCAAATATCAACGTCTAATCATGTTACACC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	163095	AATGTCAAACCTAATATCAACCAAATATCAACGTCTAATCATGTTACACC	163144

BX908764.11	1601	TTGACTTTGTGTTGACATTACCACTATCATATCTATCAGACATTCGATTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	163145	TTGACTTTGTGTTGACATTACCACTATCATATCTATCAGACATTCGATTT	163194

BX908764.11	1651	CGGTCACTTTCCAAAACAAACTAAAATCAAGCAATTATCAATGTAATTTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	163195	CGGTCACTTTCCAAAACAAACTAAAATCAAGCAATTATCAATGTAATTTG	163244

BX908764.11	1701	ACGTAAATCTTTTCGTCATTTGACATCAAAATAACATCCTTAGACGCTGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	163245	ACGTAAATCTTTTCGTCATTTGACATCAAAATAACATCCTTAGACGCTGC	163294

BX908764.11	1751	CAAGACATTAAATTTTGGTCACCTAACGTCATGACCTAAATCTAACCTAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	163295	CAAGACATTAAATTTTGGTCACCTAACGTCATGACCTAAATCTAACCTAA	163344

BX908764.11	1801	TATTAACGTCTTATGATGTTGTGTGCCTGCTGGGTGATAAGCAACATTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	163345	TATTAACGTCTTATGATGTTGTGTGCCTGCTGGGTGATAAGCAACATTTG	163394

BX908764.11	1851	CGTTTGCTGATTTGTACTAATTTGGTACAATATCAATAATGCACTTTCGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	163395	CGTTTGCTGATTTGTACTAATTTGGTACAATATCAATAATGCACTTTCGT	163444

BX908764.11	1901	TAAAAATCAGCTCACACCTCAGTGACGCATACATTTAGTGGAGCTTCATG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	163445	TAAAAATCAGCTCACACCTCAGTGACGCATACATTTAGTGGAGCTTCATG	163494

BX908764.11	1951	CTTAAATGTATGGAAAAATCACACATTTTATTTTCTAATCAGATGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649552.3	163495	CTTAAATGTATGGAAAAATCACACATTTTATTTTCTAATCAGATGAATTC	163544

Overview

Query
BX908764.11 - 130230 bps
Hit
BX649552.3 - 163544 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192820001200011615451635441
282.51835235731057832-115566160791
387.11783141414114454123764240811
487.15133241105735105975123836240761
589.351532574562445880-130081303431
692.081672404979050029-130104303431
786.282976445719957842-132889335221
889.142333701413414503-142273426311
989.36311487120102120588-150780512681
1080.21199568117083117650152004525591
1188.27400677112710113386-165565662461
1287.11171308112400112707-166435667521
1396.55325371124093124463-192113924891
1493.52399553123301123853-192492930311
1584.661753641413814501199396997731
1681.93136351141531450311068281071701
1782.54138323158471616911068561071701
1883.2222657811270911328611451751457521
1988.1220370141341450311573331577101
2084.722395695726657834-11583311588991
Short-link