<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX640495.10	1	GAATTCAACCCCTCGACCCCTCAAGATCCACACCCATTTAACCAAACCAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	123165	GAATTCAACCCCTCGACCCCTCAAGATCCACACCCATTTAACCAAACCAT	123214

BX640495.10	51	CATGTTCACAGATGCTGAACACCAACAATAATGTTAGTTAGTGACCAATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	123215	CATGTTCACAGATGCTGAACACCAACAATAATGTTAGTTAGTGACCAATA	123264

BX640495.10	101	CTGATTAATTGTATAGGTGTCCAAAAACTGATGTGGAAATGATTGTTTAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	123265	CTGATTAATTGTATAGGTGTCCAAAAACTGATGTGGAAATGATTGTTTAT	123314

BX640495.10	151	TGTTTATTTCAACTAATATATAATCACACAGTAATAAAACATCATGTAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	123315	TGTTTATTTCAACTAATATATAATCACACAGTAATAAAACATCATGTAAT	123364

BX640495.10	201	AAAAAACACATTTGCCGATTTTCTGAAATGTCTAACAGTATTCGGGTACA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	123365	AAAAAACACATTTGCCGATTTTCTGAAATGTCTAACAGTATTCGGGTACA	123414

BX640495.10	251	GATATTAAATAATAACAATGCAGGAAAAAAAGTTCTAAATACAGTTCTAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	123415	GATATTAAATAATAACAATGCAGGAAAAAAAGTTCTAAATACAGTTCTAA	123464

BX640495.10	301	AGTCACCGGAAATTTTAAATCAAATTATTTGGCAAAATAATTCCTCTTGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	123465	AGTCACCGGAAATTTTAAATCAAATTATTTGGCAAAATAATTCCTCTTGA	123514

BX640495.10	351	TCCCAGATTGTGTATTTTCCATATCTGTCATCTGAACTTTGATGTGACCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	123515	TCCCAGATTGTGTATTTTCCATATCTGTCATCTGAACTTTGATGTGACCT	123564

BX640495.10	401	AACATTAAAGATTTCTGTTTACTTTATGTTTGCTGGAAGCTAAACATGTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	123565	AACATTAAAGATTTCTGTTTACTTTATGTTTGCTGGAAGCTAAACATGTA	123614

BX640495.10	451	ATTGCGTGTTCTTGGGGAAAAAAGAAGACAGTCCTGGTGTACCTCAGTGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	123615	ATTGCGTGTTCTTGGGGAAAAAAGAAGACAGTCCTGGTGTACCTCAGTGG	123664

BX640495.10	501	ATAAAGGGGATGATCTCTTGCCTTGCCTTAGAAAAGATAACCTATTTTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	123665	ATAAAGGGGATGATCTCTTGCCTTGCCTTAGAAAAGATAACCTATTTTTT	123714

BX640495.10	551	GAAAAATAAAAATCATATATTTTGGTCTATTTGGAAAATATTCCATGACT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	123715	GAAAAATAAAAATCATATATTTTGGTCTATTTGGAAAATATTCCATGACT	123764

BX640495.10	601	TTTTGGAGAATCTAGATGGTGACTCTTTTCTTGAGCTGACAGACATTGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	123765	TTTTGGAGAATCTAGATGGTGACTCTTTTCTTGAGCTGACAGACATTGAA	123814

BX640495.10	651	AGTATATAGATTAGATAAATATGGTATTGCTGTATTACTTGATATTAGTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	123815	AGTATATAGATTAGATAAATATGGTATTGCTGTATTACTTGATATTAGTG	123864

BX640495.10	701	TTGTTATTTATTTATATATTTTTCAAAGTGTAATAAGTTATTTTGAACCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	123865	TTGTTATTTATTTATATATTTTTCAAAGTGTAATAAGTTATTTTGAACCT	123914

BX640495.10	751	ATATTATTCTTGCCATTTTTTGTTTTTGGATTACAATTTTTTTGCTAAGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	123915	ATATTATTCTTGCCATTTTTTGTTTTTGGATTACAATTTTTTTGCTAAGC	123964

BX640495.10	801	TGAAAAATTATACCTGTAAATTTGTATGCCAATTTTTAAATAAAAATCGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	123965	TGAAAAATTATACCTGTAAATTTGTATGCCAATTTTTAAATAAAAATCGT	124014

BX640495.10	851	TGTAAAAAAATAATGCAAAAATGCTTTCCTTACTTTGCTTTGTCTCGTTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124015	TGTAAAAAAATAATGCAAAAATGCTTTCCTTACTTTGCTTTGTCTCGTTA	124064

BX640495.10	901	TTTTGTCCAAAAATACTAGAAATTCTTAGATCAAGTTGTTTTGTTTTCAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124065	TTTTGTCCAAAAATACTAGAAATTCTTAGATCAAGTTGTTTTGTTTTCAA	124114

BX640495.10	951	AAATTATGTTTTTTCTTTAAACAAGCAAAATATTTACCGCTTTGAAATGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124115	AAATTATGTTTTTTCTTTAAACAAGCAAAATATTTACCGCTTTGAAATGT	124164

BX640495.10	1001	AGATATTTTTAATAATCTTTCCTAATTATTTTTTGGCATGAATAAATTCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124165	AGATATTTTTAATAATCTTTCCTAATTATTTTTTGGCATGAATAAATTCC	124214

BX640495.10	1051	TTATAAATATAGTAATTAAATACAATTCTGTAGCTCTTGGTCAACTTAAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124215	TTATAAATATAGTAATTAAATACAATTCTGTAGCTCTTGGTCAACTTAAC	124264

BX640495.10	1101	CCATACTCAACATTGTATATCTTGCGATGTTGACTATTTCGGATGGGCAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124265	CCATACTCAACATTGTATATCTTGCGATGTTGACTATTTCGGATGGGCAC	124314

BX640495.10	1151	ATTGTGATATCGATGCTGAAACAATATATTGTGCAGCCCTACAATATGCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124315	ATTGTGATATCGATGCTGAAACAATATATTGTGCAGCCCTACAATATGCA	124364

BX640495.10	1201	TTCTATTTTTGACAAAAACAAAACTAATGCTGCTAGTCATTTCAGTTAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124365	TTCTATTTTTGACAAAAACAAAACTAATGCTGCTAGTCATTTCAGTTAAA	124414

BX640495.10	1251	AATAATCAGATATTTTTGCATAAATTTTGGTGCACTATTTATAACTAAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124415	AATAATCAGATATTTTTGCATAAATTTTGGTGCACTATTTATAACTAAAT	124464

BX640495.10	1301	TTGACATCCTCCTAGCTAATTATTTACACAAATTACACATTAAATTAGGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124465	TTGACATCCTCCTAGCTAATTATTTACACAAATTACACATTAAATTAGGG	124514

BX640495.10	1351	GTGCCCAAACTTTTTCGTATAAAGGGCCAACAACCAAATATTGTTGAGAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124515	GTGCCCAAACTTTTTCGTATAAAGGGCCAACAACCAAATATTGTTGAGAA	124564

BX640495.10	1401	CCATGAAGGTAAACATACCAAACTATTTTACATTTAAAAATAGTTTTTAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124565	CCATGAAGGTAAACATACCAAACTATTTTACATTTAAAAATAGTTTTTAA	124614

BX640495.10	1451	ATGTAAAATTTAAAAGTTGATAATTTCTTAATTTATTAGAAACATTACTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124615	ATGTAAAATTTAAAAGTTGATAATTTCTTAATTTATTAGAAACATTACTA	124664

BX640495.10	1501	ATGTAGAATAATGTTTCAAATGATAAGATATTGCAATAAAAACATAAACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124665	ATGTAGAATAATGTTTCAAATGATAAGATATTGCAATAAAAACATAAACA	124714

BX640495.10	1551	ATCACATTTATAACAGAGTGGAGTTCAATGCTATCAAACATTAGCCGCCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124715	ATCACATTTATAACAGAGTGGAGTTCAATGCTATCAAACATTAGCCGCCT	124764

BX640495.10	1601	TTGCCTTAATTTGTTCACGATCTATAGTGTGACAGTAAGTACATTTAAAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124765	TTGCCTTAATTTGTTCACGATCTATAGTGTGACAGTAAGTACATTTAAAC	124814

BX640495.10	1651	TAAATCTGATTAATTTACTTGAAACATTTAATTTCAGTTAATTTTTAACA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124815	TAAATCTGATTAATTTACTTGAAACATTTAATTTCAGTTAATTTTTAACA	124864

BX640495.10	1701	ATAAACCAAACAAACAAAAGGTTGCATTAGATTTGAAATGACAATCTTGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124865	ATAAACCAAACAAACAAAAGGTTGCATTAGATTTGAAATGACAATCTTGA	124914

BX640495.10	1751	AACCATCCCCATCCTTCTCCTCCTCTCCTCAGATGGGCCAAATCAAAGGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124915	AACCATCCCCATCCTTCTCCTCCTCTCCTCAGATGGGCCAAATCAAAGGT	124964

BX640495.10	1801	TACCATCGGCCAACAATATTTAAAATATTTTGAAACAGTAAACAAGTCAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	124965	TACCATCGGCCAACAATATTTAAAATATTTTGAAACAGTAAACAAGTCAG	125014

BX640495.10	1851	ACTAAATAATTAAAATTAATTATTGACTTCTGCTGTCTTCATTAGTTTCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	125015	ACTAAATAATTAAAATTAATTATTGACTTCTGCTGTCTTCATTAGTTTCA	125064

BX640495.10	1901	GATTTCTTTACAATTAAAATTGGCATATTTGTATATCTTTTCTGCTGGAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	125065	GATTTCTTTACAATTAAAATTGGCATATTTGTATATCTTTTCTGCTGGAG	125114

BX640495.10	1951	ACAATGTTGTCCTAAAAATCTTATTAAAATGTAATTTAAAAAAATGTAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649505.6	125115	ACAATGTTGTCCTAAAAATCTTATTAAAATGTAATTTAAAAAAATGTAAA	125164

Overview

Query
BX640495.10 - 73842 bps
Hit
BX649505.6 - 125164 bps
Total alignments
19
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100185620001200011231651251641
285.8116130256137564381706173701
398.8941901298113070-131588316771
480.16952613467934939-144031442821
510044911298013070162454625441
698.3630614071140771-162492625521
791.0151891302813116-163401634891
896.4948574240942465167221672771
984.551743504745847807169197695521
1083.741583395613656474-169221695521
1192.9842574240942465169229692851
1280.49421174263242748169388695101
1310043891298213070-170684707721
1498.3330604071340772170714707731
1586.7992145796758180-179271794881
1681.961103255706457388-179326796521
1789.861011485613856285-183200833471
1898.738777019270268-11150681151441
1998.723878701937027011150681151451
Short-link