<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR376765.12	2000	GAATTCTGCATAATAGTAATCAAGACAAAAATGAGACAGTTAATGAAAAG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1	GAATTCTGCATAATAGTAATCAAGACAAAAATGAGACAGTTAATGAAAAG	50

C  CR376765.12	1950	AATGATCAATTAACAATCACAAAATGTATTTAAAATCGATTGATGAATGA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	51	AATGATCAATTAACAATCACAAAATGTATTTAAAATCGATTGATGAATGA	100

C  CR376765.12	1900	AAAATACCTTTCTAAACCATTTAAAATGGATAAAATAACAATGAATAATA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	101	AAAATACCTTTCTAAACCATTTAAAATGGATAAAATAACAATGAATAATA	150

C  CR376765.12	1850	AAAATACATGATCTCGTCACTTGTTTGAAATTTATTAAATTAGTATATAA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	151	AAAATACATGATCTCGTCACTTGTTTGAAATTTATTAAATTAGTATATAA	200

C  CR376765.12	1800	AAATAAAAAATACAAAAAATAAAGGCTTTACTGCTTGTGTAAAATGTAAA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	201	AAATAAAAAATACAAAAAATAAAGGCTTTACTGCTTGTGTAAAATGTAAA	250

C  CR376765.12	1750	TAATTTACTGTAATGGTATCATACTGTAAAATTTAAATCTGTTAAAGGCA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	251	TAATTTACTGTAATGGTATCATACTGTAAAATTTAAATCTGTTAAAGGCA	300

C  CR376765.12	1700	ATTTTACCATAAAAAGAAGTTGCGGCTTGTTTACTGTAAAAGGAAATTGC	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	301	ATTTTACCATAAAAAGAAGTTGCGGCTTGTTTACTGTAAAAGGAAATTGC	350

C  CR376765.12	1650	GGTAGGGTCCTGCTACTGTAAAACACATTTACAGGTAAGTTACTGTAAAT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	351	GGTAGGGTCCTGCTACTGTAAAACACATTTACAGGTAAGTTACTGTAAAT	400

C  CR376765.12	1600	TGGCAGTGTCAGTAATTTGCTGCCAACATTGGCGCCAGTAAGTTATTGCA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	401	TGGCAGTGTCAGTAATTTGCTGCCAACATTGGCGCCAGTAAGTTATTGCA	450

C  CR376765.12	1550	AAAATACTATAAAATGTCTAACATTGTGGAGCACAAGTGTCAAATCCAGT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	451	AAAATACTATAAAATGTCTAACATTGTGGAGCACAAGTGTCAAATCCAGT	500

C  CR376765.12	1500	TTCTAGAGGGCCGCAGATATATCTAGTCTAGTTCCAACCCTAATCAAACT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	501	TTCTAGAGGGCCGCAGATATATCTAGTCTAGTTCCAACCCTAATCAAACT	550

C  CR376765.12	1450	AAATGAGTCATTTAGTTTTGTTTAAAACCTACAGGTAAGTGAGTTGCAGG	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	551	AAATGAGTCATTTAGTTTTGTTTAAAACCTACAGGTAAGTGAGTTGCAGG	600

C  CR376765.12	1400	CAGCAGAGCCCTTTAGGAACTGGATTTGACACCTGGGATGTAAAGTAATG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	601	CAGCAGAGCCCTTTAGGAACTGGATTTGACACCTGGGATGTAAAGTAATG	650

C  CR376765.12	1350	CAGAGATCAGACTGCATGATTTTCAAAGTAGTGGTGTCACAGCTGTTTTC	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	651	CAGAGATCAGACTGCATGATTTTCAAAGTAGTGGTGTCACAGCTGTTTTC	700

C  CR376765.12	1300	ACACTGCATGACTGTCTGGACTAGCGTTTTGTCGCTACTTTGTTTACTTC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	701	ACACTGCATGACTGTCTGGACTAGCGTTTTGTCGCTACTTTGTTTACTTC	750

C  CR376765.12	1250	AAGATGAATCAGTGACAGGGGTTTTCACATTACATGACTTTACAACCGGA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	751	AAGATGAATCAGTGACAGGGGTTTTCACATTACATGACTTTACAACCGGA	800

C  CR376765.12	1200	AGAATTGTCGACAACTTCATCCAAACTACGTCTCACAGCCAAAAACATGA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	801	AGAATTGTCGACAACTTCATCCAAACTACGTCTCACAGCCAAAAACATGA	850

C  CR376765.12	1150	AGTATATCTTTTGTTATTAATTATATAACGAAAAAGAAGGCTTTAATATG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	851	AGTATATCTTTTGTTATTAATTATATAACGAAAAAGAAGGCTTTAATATG	900

C  CR376765.12	1100	GTAGAAAATGTGCACATTTGGTCACCTGGGTTTTAAGGGATTTGCTCCTC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	901	GTAGAAAATGTGCACATTTGGTCACCTGGGTTTTAAGGGATTTGCTCCTC	950

C  CR376765.12	1050	AACTTTCTCTTTTAACTTTCTGTATGAAACGTCAAACAGAAACAGGTGCT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	951	AACTTTCTCTTTTAACTTTCTGTATGAAACGTCAAACAGAAACAGGTGCT	1000

C  CR376765.12	1000	CCTGTCGAACCTCCACTAGTTTTTCCTCCATTTCTTGGGTCCAAAAATAA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1001	CCTGTCGAACCTCCACTAGTTTTTCCTCCATTTCTTGGGTCCAAAAATAA	1050

C  CR376765.12	950	ACCAAAAATTAGTGATTTTAACTTCTCCCTCAACCTCCCGCTGGCCTGCA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1051	ACCAAAAATTAGTGATTTTAACTTCTCCCTCAACCTCCCGCTGGCCTGCA	1100

C  CR376765.12	900	GGTACACACACACACACACACACACACACACAAGTGAATGCTGCTTTCTC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1101	GGTACACACACACACACACACACACACACACAAGTGAATGCTGCTTTCTC	1150

C  CR376765.12	850	ATTGGCTGTAGGCGATCGCTAATGTTATTTTCACATTTCACACGGCATGA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1151	ATTGGCTGTAGGCGATCGCTAATGTTATTTTCACATTTCACACGGCATGA	1200

C  CR376765.12	800	TTCGAATCATCGACAGCTTCAGATATTCAGCATGCTAAATATCTCACAGG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1201	TTCGAATCATCGACAGCTTCAGATATTCAGCATGCTAAATATCTCACAGG	1250

C  CR376765.12	750	CATCGGAGACTCATCGGCGATTTGCTCAGGTCACGCCTTTGATAGTTCAT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1251	CATCGGAGACTCATCGGCGATTTGCTCAGGTCACGCCTTTGATAGTTCAT	1300

C  CR376765.12	700	ACTGTGTGATTGTCACTCACCTGCAAGAGGACTGATTTGCCTGTGATTTC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1301	ACTGTGTGATTGTCACTCACCTGCAAGAGGACTGATTTGCCTGTGATTTC	1350

C  CR376765.12	650	AGGCATTTGTTGGCGATTTCTCAAAACCTGTCAGCGAGTCAAAATCAGGG	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1351	AGGCATTTGTTGGCGATTTCTCAAAACCTGTCAGCGAGTCAAAATCAGGG	1400

C  CR376765.12	600	CTAAAATCATGCAGTCTGAACTTGGCATAATGAGTTTAGGTAAAGTGTAT	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1401	CTAAAATCATGCAGTCTGAACTTGGCATAATGAGTTTAGGTAAAGTGTAT	1450

C  CR376765.12	550	GGTGTATAGAGTGTTTCTATAGATGGTTTGCCAGCCCACTCACCTGTGTG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1451	GGTGTATAGAGTGTTTCTATAGATGGTTTGCCAGCCCACTCACCTGTGTG	1500

C  CR376765.12	500	AAGCACACTTCATAAATGCATTATTATTCTTTCATAATCCCCCAGAAAAA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1501	AAGCACACTTCATAAATGCATTATTATTCTTTCATAATCCCCCAGAAAAA	1550

C  CR376765.12	450	ACCTAAAATAAGCAAATAAACCATAATAAGCACAGAAATTGATGACTAGT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1551	ACCTAAAATAAGCAAATAAACCATAATAAGCACAGAAATTGATGACTAGT	1600

C  CR376765.12	400	CAGAATAATAAATGTTTTTAGTTGTTGTAAAAATCGGGGTTATTCCTTAA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1601	CAGAATAATAAATGTTTTTAGTTGTTGTAAAAATCGGGGTTATTCCTTAA	1650

C  CR376765.12	350	TGACTGATGTTTATATTAAAATAATTATATTTGATGCTCTAAAATAAACA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1651	TGACTGATGTTTATATTAAAATAATTATATTTGATGCTCTAAAATAAACA	1700

C  CR376765.12	300	ATTTCTGCAAAAGTCTTGTAAAATTTTAATTTAAATATATTTTATTGATT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1701	ATTTCTGCAAAAGTCTTGTAAAATTTTAATTTAAATATATTTTATTGATT	1750

C  CR376765.12	250	ATTTATTTCATTTTTAATCCCACTTCATTGTAACATGTCATGTTATATTA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1751	ATTTATTTCATTTTTAATCCCACTTCATTGTAACATGTCATGTTATATTA	1800

C  CR376765.12	200	TATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTA	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1801	TATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTA	1850

C  CR376765.12	150	TATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATCATTTGT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1851	TATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATCATTTGT	1900

C  CR376765.12	100	TATGACATTTAATATATATTATTGTTTACAATTTATTTATGTAGTTATAC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1901	TATGACATTTAATATATATTATTGTTTACAATTTATTTATGTAGTTATAC	1950

C  CR376765.12	50	AATTCTACAGGTCCAAGAAATACACTGTTTTCTTAAACTTTATCATTTTC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649460.11	1951	AATTCTACAGGTCCAAGAAATACACTGTTTTCTTAAACTTTATCATTTTC	2000

Overview

Query
CR376765.12 - 134448 bps
Hit
BX649460.11 - 79591 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001904200012000-1120001
210051102120767120868-1179218931
387.461733005944259741-1636966711
487.3182134121634121767-19955100881
587.05361624131097131720-115493161251
684.35561156434064454115772158861
792.591582155956559779-124312245271
886.43751413413734277-124352244911
993.6763792892629004-124539246171
1095.8964735945859530-124539246111
1181.571122936248162773125963262441
1283.81443263404234367126001263211
1384.421172485949359740126001262441
1485.2429884199618100458165811666501
1598.381321855998560169-166117663021
161001121511413014280-166172663221
171001101485998560132-166303664501
181001121511413014280-166324664741
1998.861241755998560159-166452666261
201001121511413014280-166476666261
2190.821311935958459776168506687011
2289.175283111648111730-168517685991
2389.69134194114771114964178694788871
Short-link