<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX119919.5	55442	GAATTCTGTCATTTGCCACAACATGGATGAACCTGGGGGATGTTAACGTG	55393
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	77565	GAATTCTGTCATTTGCCACAACATGGATGAACCTGGGGGATGTTAACGTG	77614

C  BX119919.5	55392	AAATACACCAGACACAGAGAGACAAATACCGCATGATGTCACTGACATGT	55343
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	77615	AAATACACCAGACACAGAGAGACAAATACCGCATGATGTCACTGACATGT	77664

C  BX119919.5	55342	AGAATCTAAAATAGTCAAATTCACAGAAGCAGACAGTAGAATGATGGTTT	55293
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	77665	AGAATCTAAAATAGTCAAATTCACAGAAGCAGACAGTAGAATGATGGTTT	77714

C  BX119919.5	55292	TCAGAAGATGAGGAGAGAGGGACGTAGGGAGATGCTGTTCCACAAGTATA	55243
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	77715	TCAGAAGATGAGGAGAGAGGGACGTAGGGAGATGCTGTTCCACAAGTATA	77764

C  BX119919.5	55242	AGGTTTTGGTATATAACATGAATCAGTTCTGCAGTCTGGGTACAACTGTG	55193
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	77765	AGGTTTTGGTATATAACATGAATCAGTTCTGCAGTCTGGGTACAACTGTG	77814

C  BX119919.5	55192	CACACCACAGCAGTTGTGCCTAGAGTTAACAAGACCGTATTATACATGTA	55143
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	77815	CACACCACAGCAGTTGTGCCTAGAGTTAACAAGACCGTATTATACATGTA	77864

C  BX119919.5	55142	ACACTTTGTCAAGAGGGTGGCTCTCATGGTAAGCGTTTGACCGTGATAAA	55093
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	77865	ACACTTTGTCAAGAGGGTGGCTCTCATGGTAAGCGTTTGACCGTGATAAA	77914

C  BX119919.5	55092	ATAAAAATTTCAACACGTATGTTTATTGCAATACTATTTATAACAGCAAA	55043
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	77915	ATAAAAATTTCAACACGTATGTTTATTGCAATACTATTTATAACAGCAAA	77964

C  BX119919.5	55042	GACTTGGAACCAACCCAAATGTCCATCAATGATAAGACTGGATAAAGAAA	54993
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	77965	GACTTGGAACCAACCCAAATGTCCATCAATGATAAGACTGGATAAAGAAA	78014

C  BX119919.5	54992	ATGTGGTATGTAGACACTATGGAATACTATGCAGCCATAAAAAAGGATGA	54943
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78015	ATGTGGTATGTAGACACTATGGAATACTATGCAGCCATAAAAAAGGATGA	78064

C  BX119919.5	54942	GTTCATCTCCTCTGCAGGGACATGGATGAAGCTGGAAACTGTTATTCTCA	54893
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78065	GTTCATCTCCTCTGCAGGGACATGGATGAAGCTGGAAACTGTTATTCTCA	78114

C  BX119919.5	54892	GCAAACTAACAGAGGAACAGAAAACCAAACACTGCCTGTTTTCACTCATA	54843
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78115	GCAAACTAACAGAGGAACAGAAAACCAAACACTGCCTGTTTTCACTCATA	78164

C  BX119919.5	54842	AGTGGGAGTTGAACAATGAGAACACATGGACACAGGGAAGGGAACATCAC	54793
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78165	AGTGGGAGTTGAACAATGAGAACACATGGACACAGGGAAGGGAACATCAC	78214

C  BX119919.5	54792	ACACCGGGGCCTGTCAGGGAGCTGGGGGCAAGGGGAGGGAGGGCATCAGG	54743
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78215	ACACCGGGGCCTGTCAGGGAGCTGGGGGCAAGGGGAGGGAGGGCATCAGG	78264

C  BX119919.5	54742	GCAAATACTTAATGCATGCAGGGCTTAAAACGTAGAAGATTGGTTGATAG	54693
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78265	GCAAATACTTAATGCATGCAGGGCTTAAAACGTAGAAGATTGGTTGATAG	78314

C  BX119919.5	54692	GCGCAGCAAACCACCATGGCACACGCACACCTATGTAACGAACCTGCACG	54643
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78315	GCGCAGCAAACCACCATGGCACACGCACACCTATGTAACGAACCTGCACG	78364

C  BX119919.5	54642	TTCTGCACATGTATCCCAGAACTTAGAGTAAAATTAAAAAGAAAGAAAGT	54593
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78365	TTCTGCACATGTATCCCAGAACTTAGAGTAAAATTAAAAAGAAAGAAAGT	78414

C  BX119919.5	54592	CAAAGACAGTTTTGTAAATGTTCGGCTACATCGTAACATTCAAAATGAGA	54543
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78415	CAAAGACAGTTTTGTAAATGTTCGGCTACATCGTAACATTCAAAATGAGA	78464

C  BX119919.5	54542	CTGGCCAACTTTCCCTATCTGCTTTGATGAGTCCATCAGAATACTTGTAA	54493
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78465	CTGGCCAACTTTCCCTATCTGCTTTGATGAGTCCATCAGAATACTTGTAA	78514

C  BX119919.5	54492	TATGTGGACTAAGTCTTTAAATAAAAACACCTGCTTATAAATATGCCTGA	54443
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78515	TATGTGGACTAAGTCTTTAAATAAAAACACCTGCTTATAAATATGCCTGA	78564

C  BX119919.5	54442	ATAACATGAGCTCTGGCACTTGTCAGCCTCAGACAGGTCATGACTCAGTA	54393
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78565	ATAACATGAGCTCTGGCACTTGTCAGCCTCAGACAGGTCATGACTCAGTA	78614

C  BX119919.5	54392	AAGGATGGAACACTTCCTTGCTGACACAGACTTGGAGATTGAGAAAGCAA	54343
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78615	AAGGATGGAACACTTCCTTGCTGACACAGACTTGGAGATTGAGAAAGCAA	78664

C  BX119919.5	54342	CACAGGCCACCCAATGGGAGAAAGAGGACATGGTACAGTGAAAGGCCAGT	54293
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78665	CACAGGCCACCCAATGGGAGAAAGAGGACATGGTACAGTGAAAGGCCAGT	78714

C  BX119919.5	54292	GTGCTGGACATGGGGAGGGCCATGCTATGCACTCTGGTGTCTGGATTAAC	54243
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78715	GTGCTGGACATGGGGAGGGCCATGCTATGCACTCTGGTGTCTGGATTAAC	78764

C  BX119919.5	54242	CACTGGGACCAGCCCTGACTTCCTGCATGGCTGAAGAGGAGGCTGATGAT	54193
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78765	CACTGGGACCAGCCCTGACTTCCTGCATGGCTGAAGAGGAGGCTGATGAT	78814

C  BX119919.5	54192	GCATTGGGAGTTGGCATCCTGGCTCTCAGTGCTGGAACCCTGGACCACCT	54143
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78815	GCATTGGGAGTTGGCATCCTGGCTCTCAGTGCTGGAACCCTGGACCACCT	78864

C  BX119919.5	54142	GGGTGAGACTACCAGACTGAGAGCCCTCCCTGCCCTTACTCTGTCGCCCA	54093
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78865	GGGTGAGACTACCAGACTGAGAGCCCTCCCTGCCCTTACTCTGTCGCCCA	78914

C  BX119919.5	54092	GGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCCCAACTCACTGCAACCTCCACCTCCTC	54043
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78915	GGCTGGAGTGCAGTGGCGCAATCCCAACTCACTGCAACCTCCACCTCCTC	78964

C  BX119919.5	54042	GATTCAAGCGATTCTCCAGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGAATTACAGA	53993
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	78965	GATTCAAGCGATTCTCCAGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGAATTACAGA	79014

C  BX119919.5	53992	TGCCCAACACTACACCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGT	53943
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	79015	TGCCCAACACTACACCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGT	79064

C  BX119919.5	53942	TCCACCATAACAGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCA	53893
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	79065	TCCACCATAACAGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAGGTGATCCA	79114

C  BX119919.5	53892	CCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGGTTACAGGCGTGAGTCACCGTGC	53843
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	79115	CCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGGTTACAGGCGTGAGTCACCGTGC	79164

C  BX119919.5	53842	CCAGCCTGGAACATTTGTTGTTTCAATAAACAGCTGTGCATTTTTGCCCC	53793
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	79165	CCAGCCTGGAACATTTGTTGTTTCAATAAACAGCTGTGCATTTTTGCCCC	79214

C  BX119919.5	53792	CTAAAAGCACCATTGGACAACCACAATCCCAGGCCTGATGCTGGCAGTCA	53743
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	79215	CTAAAAGCACCATTGGACAACCACAATCCCAGGCCTGATGCTGGCAGTCA	79264

C  BX119919.5	53742	TAGGGGATCAGATGTCCTCCCGTATTCTCTATCCACAAAACAGGAAGCTT	53693
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	79265	TAGGGGATCAGATGTCCTCCCGTATTCTCTATCCACAAAACAGGAAGCTT	79314

C  BX119919.5	53692	AGCTGATGACTCCTGGAGGCACACTCAACCCTAAACTATGATATAATCCT	53643
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	79315	AGCTGATGACTCCTGGAGGCACACTCAACCCTAAACTATGATATAATCCT	79364

C  BX119919.5	53642	GCAGGAAAATAAATGGTATCCCAAGATGTTCAGTATGAAAATGCATGTGG	53593
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	79365	GCAGGAAAATAAATGGTATCCCAAGATGTTCAGTATGAAAATGCATGTGG	79414

C  BX119919.5	53592	CTTTGTGGGTATTTTGCAAAGAAGCGAATGGGATAGTATCTGTTTTCTTC	53543
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	79415	CTTTGTGGGTATTTTGCAAAGAAGCGAATGGGATAGTATCTGTTTTCTTC	79464

C  BX119919.5	53542	ACTACAATCTCAGGGAATGACTCATGGAAACATCAGTGATCCGCAAGCAG	53493
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	79465	ACTACAATCTCAGGGAATGACTCATGGAAACATCAGTGATCCGCAAGCAG	79514

C  BX119919.5	53492	ATTATGGTTAAACTAAAACTCCTACGAGGCTGTCTCCAAAAACTTGAGCT	53443
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649443.16	79515	ATTATGGTTAAACTAAAACTCCTACGAGGCTGTCTCCAAAAACTTGAGCT	79564

Overview

Query
BX119919.5 - 55442 bps
Hit
BX649443.16 - 79564 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100020005344355442-177565795641
Short-link