<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX663532.4	2000	GAATTCCATGTGCTGTTTTGTAGCTAATAAATGCAGCACATTTACAGCAT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1	GAATTCCATGTGCTGTTTTGTAGCTAATAAATGCAGCACATTTACAGCAT	50

C  BX663532.4	1950	ACTTGTGGCACCCATCCACCCACACTCACAGACGCTCTTTACTTTAAGCT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	51	ACTTGTGGCACCCATCCACCCACACTCACAGACGCTCTTTACTTTAAGCT	100

C  BX663532.4	1900	GCTATACATTCATTTTAGCATAATCCTCTGTCCACTCTCCATATGTTGCA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	101	GCTATACATTCATTTTAGCATAATCCTCTGTCCACTCTCCATATGTTGCA	150

C  BX663532.4	1850	TCACAGCAATAAACCTCATCTTGATCATTATGGACCCTTTTTAAGCTTCA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	151	TCACAGCAATAAACCTCATCTTGATCATTATGGACCCTTTTTAAGCTTCA	200

C  BX663532.4	1800	TTCAGCACCTCTATCTACATAGCGCATGATCTAATTAGCATTTAAAATAA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	201	TTCAGCACCTCTATCTACATAGCGCATGATCTAATTAGCATTTAAAATAA	250

C  BX663532.4	1750	CCTCTAAGCCCGACAGCTACATTTTTCCCACCTGCTTCCTGATCGGATTC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	251	CCTCTAAGCCCGACAGCTACATTTTTCCCACCTGCTTCCTGATCGGATTC	300

C  BX663532.4	1700	AACCTTGTATGGAGATAAAGACTAGACAGAGCGCACCGCGGACACAAATC	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	301	AACCTTGTATGGAGATAAAGACTAGACAGAGCGCACCGCGGACACAAATC	350

C  BX663532.4	1650	AATTTCCAATCCTCCTACGTAGAAAACACTTTATAGATTAGCCCACAGGC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	351	AATTTCCAATCCTCCTACGTAGAAAACACTTTATAGATTAGCCCACAGGC	400

C  BX663532.4	1600	ACAGGTCTTTCTTAGACTGACCCGCGCTCATTACAAAGCTAACTATTGGA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	401	ACAGGTCTTTCTTAGACTGACCCGCGCTCATTACAAAGCTAACTATTGGA	450

C  BX663532.4	1550	TTTTGCCTCATTAAGACAGGGCCACATGCCAGCGGGCCCCTACCTGAGGT	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	451	TTTTGCCTCATTAAGACAGGGCCACATGCCAGCGGGCCCCTACCTGAGGT	500

C  BX663532.4	1500	CAGCAGCTTCTTATCTCTCCTTAGACATGGTTAAAAGAAGCCAAGATAAC	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	501	CAGCAGCTTCTTATCTCTCCTTAGACATGGTTAAAAGAAGCCAAGATAAC	550

C  BX663532.4	1450	AATGGCAGACCCGCTCACTGTGCTTCAATGTGGGAGGCTTCCGCAGGGCT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	551	AATGGCAGACCCGCTCACTGTGCTTCAATGTGGGAGGCTTCCGCAGGGCT	600

C  BX663532.4	1400	ACTGTAACTGGGTATTTTTAGTCATATGCTGCTGAGAAGCTAAATGACCC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	601	ACTGTAACTGGGTATTTTTAGTCATATGCTGCTGAGAAGCTAAATGACCC	650

C  BX663532.4	1350	TTGTGGAATGATCCAGAATGAGGTATTCTGCTCACGTCCACACGCTCAGT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	651	TTGTGGAATGATCCAGAATGAGGTATTCTGCTCACGTCCACACGCTCAGT	700

C  BX663532.4	1300	TCTCAAAGTGAATAAATGGATGACGGTCTCTAAAGATCTGCAGTCTTCTA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	701	TCTCAAAGTGAATAAATGGATGACGGTCTCTAAAGATCTGCAGTCTTCTA	750

C  BX663532.4	1250	AGGTGCCTACAGGAGCTCCATCGCTCACAGTTCTCATTTCGGTTTGGCCC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	751	AGGTGCCTACAGGAGCTCCATCGCTCACAGTTCTCATTTCGGTTTGGCCC	800

C  BX663532.4	1200	CTCTAGACTGATTGCATTACGACAGAGTTCTCATCCATCGCAATAAGAGG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	801	CTCTAGACTGATTGCATTACGACAGAGTTCTCATCCATCGCAATAAGAGG	850

C  BX663532.4	1150	GAATAATGAATGCCAGATTCCATAGCGCGGGTGTTATGACATGTCCGCAA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	851	GAATAATGAATGCCAGATTCCATAGCGCGGGTGTTATGACATGTCCGCAA	900

C  BX663532.4	1100	GGGTTGTGTTTTTGGGGGGGAGGTTTGCTGTAGGTTTTGTTCTTGTTGAA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	901	GGGTTGTGTTTTTGGGGGGGAGGTTTGCTGTAGGTTTTGTTCTTGTTGAA	950

C  BX663532.4	1050	AAAGAAAGTAAATACTGAAAGAGGCATTCATCTAACACTGTTTTTTTTTC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	951	AAAGAAAGTAAATACTGAAAGAGGCATTCATCTAACACTGTTTTTTTTTC	1000

C  BX663532.4	1000	TTGGTTTGGTAAGTGACAAACTGGCCAAACTGCACTCTAACATACAGTAC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1001	TTGGTTTGGTAAGTGACAAACTGGCCAAACTGCACTCTAACATACAGTAC	1050

C  BX663532.4	950	CTTGTCTACATACAATGCTGGGCAGTTTGTAAGTGTCAGTTGAGTTATTT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1051	CTTGTCTACATACAATGCTGGGCAGTTTGTAAGTGTCAGTTGAGTTATTT	1100

C  BX663532.4	900	TTTGCCATATGTTCCACATATTGGCTCTAATTATTTCTAGTCACATTGGT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1101	TTTGCCATATGTTCCACATATTGGCTCTAATTATTTCTAGTCACATTGGT	1150

C  BX663532.4	850	GGCAGCTTTCAGCATTTTTGAATTGGTGTTAGGGCTGTTGGTGAAAAAGA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1151	GGCAGCTTTCAGCATTTTTGAATTGGTGTTAGGGCTGTTGGTGAAAAAGA	1200

C  BX663532.4	800	TCACTCTGATTGGTTGTTCATTTTAGGAATCAGGAATAAACCACTGCATC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1201	TCACTCTGATTGGTTGTTCATTTTAGGAATCAGGAATAAACCACTGCATC	1250

C  BX663532.4	750	TGATATCACATACCTCCATTGTGCTGTAAGTATATGAAAAACAATACATG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1251	TGATATCACATACCTCCATTGTGCTGTAAGTATATGAAAAACAATACATG	1300

C  BX663532.4	700	AGCCGAGTAGTAATTTATATTAGTAGTATTAAACAATCGTACTTGTCAAA	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1301	AGCCGAGTAGTAATTTATATTAGTAGTATTAAACAATCGTACTTGTCAAA	1350

C  BX663532.4	650	AATAAGAGCATTCAGTGGCCACTTTTTTATACTTTGAGGCCACAGGAGAG	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1351	AATAAGAGCATTCAGTGGCCACTTTTTTATACTTTGAGGCCACAGGAGAG	1400

C  BX663532.4	600	GATTTATGAATAAAATCACAGCTGATTCATGAAAACATCACAACTGATGC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1401	GATTTATGAATAAAATCACAGCTGATTCATGAAAACATCACAACTGATGC	1450

C  BX663532.4	550	TAGATGATACACTCAGTGGCCACTTTATTAGGTACAGCTGTTCAACTGTT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1451	TAGATGATACACTCAGTGGCCACTTTATTAGGTACAGCTGTTCAACTGTT	1500

C  BX663532.4	500	CATTAACGTGAATTTTAATTAGCCAGTGACATGGCAGCAACTCAATGTGT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1501	CATTAACGTGAATTTTAATTAGCCAGTGACATGGCAGCAACTCAATGTGT	1550

C  BX663532.4	450	TTAGGCATATAGACATGGTCAAGACGAACTACTGCAGTTCAAACTGAGCA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1551	TTAGGCATATAGACATGGTCAAGACGAACTACTGCAGTTCAAACTGAGCA	1600

C  BX663532.4	400	TCAGAATGGGGGGGAACGGTGATTTAAGTGACTGAATGTGGCATGGTTGT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1601	TCAGAATGGGGGGGAACGGTGATTTAAGTGACTGAATGTGGCATGGTTGT	1650

C  BX663532.4	350	TGGTGCCAGACAGGCTGGTCAAAGTATTTCAGAAACTGCTGATCTACTAG	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1651	TGGTGCCAGACAGGCTGGTCAAAGTATTTCAGAAACTGCTGATCTACTAG	1700

C  BX663532.4	300	AATTTTCACACATCTCTAGGGTTTACAGAGAATGGTCCAAAAAAGAGAAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1701	AATTTTCACACATCTCTAGGGTTTACAGAGAATGGTCCAAAAAAGAGAAA	1750

C  BX663532.4	250	ATATCTAGTAAGCGGCAGTTCTGTGCCTTGTTGCTGCCAGAGGTCAGAGG	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1751	ATATCTAGTAAGCGGCAGTTCTGTGCCTTGTTGCTGCCAGAGGTCAGAGG	1800

C  BX663532.4	200	TGAATGGCCCGACTGGTTGGAGCTGATAGAAAGGCAACAGTAACTCAAAT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1801	TGAATGGCCCGACTGGTTGGAGCTGATAGAAAGGCAACAGTAACTCAAAT	1850

C  BX663532.4	150	AACCTTCGTTGCAACCGAGGTATGCAGAAGAGCATCTCTGAATGCACAAC	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1851	AACCTTCGTTGCAACCGAGGTATGCAGAAGAGCATCTCTGAATGCACAAC	1900

C  BX663532.4	100	ACGTCAAACTTTGAGGCAGATGGACTACAGCTGCATAAGACCACACCGGG	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1901	ACGTCAAACTTTGAGGCAGATGGACTACAGCTGCATAAGACCACACCGGG	1950

C  BX663532.4	50	TGCCACTCCTGTCAGCTAAGAACAGGAAACTGAGGGTACAATTTACACAG	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649420.2	1951	TGCCACTCCTGTCAGCTAAGAACAGGAAACTGAGGGTACAATTTACACAG	2000

Overview

Query
BX663532.4 - 71992 bps
Hit
BX649420.2 - 166858 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001984200012000-1120001
291.1319227653977542521494152221
396435054791548401522552741
492.0694013985858059977-127151285111
595.7982955845558549-128515286091
69643505479154840-137513375621
785.0712424457075950137528377681
880.931102911044210732-141044413211
989.0822440263716772-156226566281
1091.861402102632726536-156417566251
1192.6544684489544962156514565811
1294.39631075375653862175591756971
1394.5545555478654840-177717777711
1489.311872902229322582177798780871
1583.391383092225622564-190057903511
1683.271152735397754249190082903441
1792.8643565478654841190337903921
1885.05501032735283711023351024411
1991.431001403207334611028151029541
2087.621692881288-11166581169561
2191.74271388346533504011505401509271
2277.72582065397754182-11626491628591
Short-link