<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX323868.6	1	GAATTCTTTTCTTACTATGGAAGTCAATTGGTTCCAGCAACCAGCATTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	94613	GAATTCTTTTCTTACTATGGAAGTCAATTGGTTCCAGCAACCAGCATTCT	94662

BX323868.6	51	TCAGAAGATCTTTTGTGCGTGAGTGTGTGTGTGTTAAACAGAAAGAGTAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	94663	TCAGAAGATCTTTTGTGCGTGAGTGTGTGTGTGTTAAACAGAAAGAGTAT	94712

BX323868.6	101	AAATACAAAAATACAATAAATTTGTATTTTGATACAAAATATCGAGCCAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	94713	AAATACAAAAATACAATAAATTTGTATTTTGATACAAAATATCGAGCCAT	94762

BX323868.6	151	TTTCGTCAACCCTATCAAACACAAATTAAAAAAAATAATATTTTGTATTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	94763	TTTCGTCAACCCTATCAAACACAAATTAAAAAAAATAATATTTTGTATTT	94812

BX323868.6	201	AAATTGCATCTTTGAAATACATGTATCATAAATACTGTCCATCTATGGCG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	94813	AAATTGCATCTTTGAAATACATGTATCATAAATACTGTCCATCTATGGCG	94862

BX323868.6	251	ATCAACATGATAAAAATGAGAAATGTTGCTATTAATGCATAAAATTTGAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	94863	ATCAACATGATAAAAATGAGAAATGTTGCTATTAATGCATAAAATTTGAA	94912

BX323868.6	301	TTCTGATTCTGAATTTTTAATACCTAATAAAAATGGATAAATAAACAGAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	94913	TTCTGATTCTGAATTTTTAATACCTAATAAAAATGGATAAATAAACAGAT	94962

BX323868.6	351	AAAATAATTTTATAATTTGTCACTCTCTTTTAAACATAGGTTTTAAAAAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	94963	AAAATAATTTTATAATTTGTCACTCTCTTTTAAACATAGGTTTTAAAAAT	95012

BX323868.6	401	TGTTAGTAGTATTTAGTCATTTAAATCTGATAAAAATGAATATAATAATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95013	TGTTAGTAGTATTTAGTCATTTAAATCTGATAAAAATGAATATAATAATT	95062

BX323868.6	451	TATTTTTACATCGATTTTAATAAGGCGCTAGATTTTCCTCCGGGTGCTTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95063	TATTTTTACATCGATTTTAATAAGGCGCTAGATTTTCCTCCGGGTGCTTC	95112

BX323868.6	501	CGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATACAGGTAAATTGAATAAACTAAATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95113	CGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATACAGGTAAATTGAATAAACTAAATT	95162

BX323868.6	551	GGCCGTAGTGTATGTGTGCGCATGTGAGAGTGTATACTGTGGGTGTTTCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95163	GGCCGTAGTGTATGTGTGCGCATGTGAGAGTGTATACTGTGGGTGTTTCC	95212

BX323868.6	601	CAGTACTGGGTTGCAACTGGTAGGGCATCCGCTGCGTAAAACATATGCTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95213	CAGTACTGGGTTGCAACTGGTAGGGCATCCGCTGCGTAAAACATATGCTG	95262

BX323868.6	651	GATAAGTTGACAGTTCATTCCGCTGTGGTGACTCCTGATGAATAAATAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95263	GATAAGTTGACAGTTCATTCCGCTGTGGTGACTCCTGATGAATAAATAGA	95312

BX323868.6	701	CTAAGCTGAATAATAAAATAATAATAATAATAATAATTCCTCCCCTACTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95313	CTAAGCTGAATAATAAAATAATAATAATAATAATAATTCCTCCCCTACTC	95362

BX323868.6	751	TTTTTTTTTTTTGAAGGATATCCTGGGATTTTTAATGACCACAGAGAGTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95363	TTTTTTTTTTTTGAAGGATATCCTGGGATTTTTAATGACCACAGAGAGTC	95412

BX323868.6	801	AGGACCTCGGTTTAAAGTCTAATCCAAAAGATTGCGCTCATCGAGCAGTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95413	AGGACCTCGGTTTAAAGTCTAATCCAAAAGATTGCGCTCATCGAGCAGTA	95462

BX323868.6	851	TAGAGTCCTCATCAATATACTGGGGCATTAGGACCCACACAGAGCGCAGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95463	TAGAGTCCTCATCAATATACTGGGGCATTAGGACCCACACAGAGCGCAGG	95512

BX323868.6	901	TTGAGCTCCGCCTGCTGGCCTCACTAACACCACAAATAAAAAGATAAAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95513	TTGAGCTCCGCCTGCTGGCCTCACTAACACCACAAATAAAAAGATAAAAT	95562

BX323868.6	951	GCTTTTATACTTTGTCACTCCCTTTTAAACGTAGGTGTTAACATTTGCAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95563	GCTTTTATACTTTGTCACTCCCTTTTAAACGTAGGTGTTAACATTTGCAT	95612

BX323868.6	1001	TTAATCATTTAAATATAATAAAAATTTGTATCATAATTTATTCTATTAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95613	TTAATCATTTAAATATAATAAAAATTTGTATCATAATTTATTCTATTAAT	95662

BX323868.6	1051	AAGTACAGGTCAAAGTGTGTTTTTAAATGTTTAAATAAAAATATCTTACG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95663	AAGTACAGGTCAAAGTGTGTTTTTAAATGTTTAAATAAAAATATCTTACG	95712

BX323868.6	1101	CTGAATCATCATCCAAACACCTAAAGCGATTCAGTATACATTATATTCTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95713	CTGAATCATCATCCAAACACCTAAAGCGATTCAGTATACATTATATTCTC	95762

BX323868.6	1151	AGCTGTTCTATTCTGTTATTACAGGAAGAAAGGTGGACCAAAAATACGGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95763	AGCTGTTCTATTCTGTTATTACAGGAAGAAAGGTGGACCAAAAATACGGT	95812

BX323868.6	1201	AAACAATGCTCGGTGAGACACTGTAGATATGCTTTAACATATTCAACTGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95813	AAACAATGCTCGGTGAGACACTGTAGATATGCTTTAACATATTCAACTGT	95862

BX323868.6	1251	TACTCATCATCATTCAGCATCAGTTTTCAACCATTTTATATTTATGTTAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95863	TACTCATCATCATTCAGCATCAGTTTTCAACCATTTTATATTTATGTTAA	95912

BX323868.6	1301	GGATTTTCATCCAGGAAACAGTATTCAATTGTATTCATTACCAATAAACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95913	GGATTTTCATCCAGGAAACAGTATTCAATTGTATTCATTACCAATAAACA	95962

BX323868.6	1351	AGCATGTGGGTGTGTAAGGAACTCAATATTGTTTCATGTTGCTGCAATAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	95963	AGCATGTGGGTGTGTAAGGAACTCAATATTGTTTCATGTTGCTGCAATAA	96012

BX323868.6	1401	TCATTCTCAACCTCTCTGCCCTGGCAAGGTGCTGGTATACACAATCGTGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	96013	TCATTCTCAACCTCTCTGCCCTGGCAAGGTGCTGGTATACACAATCGTGT	96062

BX323868.6	1451	CTTTATCACAATGACTCAGTTGAATTTCCTGCCAATAAAATGCTTAAATG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	96063	CTTTATCACAATGACTCAGTTGAATTTCCTGCCAATAAAATGCTTAAATG	96112

BX323868.6	1501	TACCGCATACACTATCCTGATAATCAGTCTGATGTCAGATACCCTCATTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	96113	TACCGCATACACTATCCTGATAATCAGTCTGATGTCAGATACCCTCATTT	96162

BX323868.6	1551	ATTTCCAATTTCCTTGACAAAGCTGGCTTGTTCCACTGGGTTACTGATGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	96163	ATTTCCAATTTCCTTGACAAAGCTGGCTTGTTCCACTGGGTTACTGATGT	96212

BX323868.6	1601	AAAATAACTATGTCACTGTGAAAGTCCTTAGTCATGGTGACTAATGCAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	96213	AAAATAACTATGTCACTGTGAAAGTCCTTAGTCATGGTGACTAATGCAAA	96262

BX323868.6	1651	TTGCTTGGTACTCTTTCATATTTCATCAGACTGACAAGAGTGTGTCTTCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	96263	TTGCTTGGTACTCTTTCATATTTCATCAGACTGACAAGAGTGTGTCTTCA	96312

BX323868.6	1701	GGCTTGGATTTGAATGCCGTTTTGTGATTTGCCAAGCTTGTTGTCGCCGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	96313	GGCTTGGATTTGAATGCCGTTTTGTGATTTGCCAAGCTTGTTGTCGCCGA	96362

BX323868.6	1751	TTTTCTATCAAGATTATATTTGCGTGGCTCCGCTCTGATCATCTTTGCTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	96363	TTTTCTATCAAGATTATATTTGCGTGGCTCCGCTCTGATCATCTTTGCTT	96412

BX323868.6	1801	CAAGAGCTGTGATTGGCTGAAATCGAGCGATTGGCTGACGGGGGAGCGAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	96413	CAAGAGCTGTGATTGGCTGAAATCGAGCGATTGGCTGACGGGGGAGCGAT	96462

BX323868.6	1851	GGGGTCATTCGAGTTTGTCTCCATAGTGTAGCATCTCCATAGCAATCTCG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	96463	GGGGTCATTCGAGTTTGTCTCCATAGTGTAGCATCTCCATAGCAATCTCG	96512

BX323868.6	1901	AGGTCAGTGTCTGAGAAGGCATGCATGTGTCTTTTTAAATAGACCTCTTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	96513	AGGTCAGTGTCTGAGAAGGCATGCATGTGTCTTTTTAAATAGACCTCTTG	96562

BX323868.6	1951	TATTGTACTGTATATTCTTGCAGTCACTAAGCAATCATAATTGGTTAGTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649408.3	96563	TATTGTACTGTATATTCTTGCAGTCACTAAGCAATCATAATTGGTTAGTT	96612

Overview

Query
BX323868.6 - 163299 bps
Hit
BX649408.3 - 96612 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001931200012000194613966121
289.841191783898139158-116787169631
388.4681130109394109523118246183751
497.14313567166750-123510235441
586.572274578361184067-125016254691
689.33100150153128153277134794349431
786.57189330123121123450-134796351301
885.45107211135408135618134796350151
984.55129273122850123122-135162354331
1083.27176477154156154632-140694412071
1195.8338723181031881-155702557731
1287.581613098380284110171172714691
1390.3412517677437918172862730371
1489.0936554909249146-180249803031
1596337535123586192187922611
1692.5539942247822571-192188922811
1797.5640823177331854192188922691
1898.61387235143585-192189922601
1997.5339813177531855-192189922691
2096.134772249422570192190922661
2180.4634932539825490195096951821
2286.5431522550225553195205952561
Short-link