<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX649290.6	126838	GAATTCACTACTCACAGTCACCATAACTTTGAGGAAGAAAAATCGCCTGA	126887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1	GAATTCACTACTCACAGTCACCATAACTTTGAGGAAGAAAAATCGCCTGA	50

BX649290.6	126888	ATATGATGTTTCGGAGGAGCTCTGCCATTGCTGCGCTGGAATTTAAATCT	126937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	51	ATATGATGTTTCGGAGGAGCTCTGCCATTGCTGCGCTGGAATTTAAATCT	100

BX649290.6	126938	GATCCAACAAACGACTCTCACGCGCATGCGTAAACGCGCTTTTTGCTGCA	126987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	101	GATCCAACAAACGACTCTCACGCGCATGCGTAAACGCGCTTTTTGCTGCA	150

BX649290.6	126988	AGGTTTGTTCGCCAAACTCCAATACTATTTCACTTCTGTTTGATAAACTG	127037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	151	AGGTTTGTTCGCCAAACTCCAATACTATTTCACTTCTGTTTGATAAACTG	200

BX649290.6	127038	GCAAAGCACAGTTTTATGTTTGGTGAATATATATTTTATTTTTTACTTCA	127087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	201	GCAAAGCACAGTTTTATGTTTGGTGAATATATATTTTATTTTTTACTTCA	250

BX649290.6	127088	GACCATCCGCTAAAATTAATAATGTGGGGTTTTTTTTCGTTTGGGGCTTA	127137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	251	GACCATCCGCTAAAATTAATAATGTGGGGTTTTTTTTCGTTTGGGGCTTA	300

BX649290.6	127138	TTATTGTGAAGTCATTTGTTGAGTCAATGTTTGTTGGTCAGTGTCCACAA	127187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	301	TTATTGTGAAGTCATTTGTTGAGTCAATGTTTGTTGGTCAGTGTCCACAA	350

BX649290.6	127188	TTATTTTATTTACAGTGTAATTTTGTTTTATATATTCTAATAATAAAACA	127237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	351	TTATTTTATTTACAGTGTAATTTTGTTTTATATATTCTAATAATAAAACA	400

BX649290.6	127238	ATTAATGCAAAAATATGATCAGATAAAAAAAAATGAAATTTGAAAATTGG	127287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	401	ATTAATGCAAAAATATGATCAGATAAAAAAAAATGAAATTTGAAAATTGG	450

BX649290.6	127288	TTAAATAAACTTAGATTGCAACAAAATTTGATTAAAATTAATTACGAAAA	127337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	451	TTAAATAAACTTAGATTGCAACAAAATTTGATTAAAATTAATTACGAAAA	500

BX649290.6	127338	TAAATAAATAAATAAAGACAATATTTTGTGTATGTTTTCGTTTTTATTAT	127387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	501	TAAATAAATAAATAAAGACAATATTTTGTGTATGTTTTCGTTTTTATTAT	550

BX649290.6	127388	TGTTTTGGGATCTAGACCCAGTTATGATAAAATAATAATAATAATTATCA	127437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	551	TGTTTTGGGATCTAGACCCAGTTATGATAAAATAATAATAATAATTATCA	600

BX649290.6	127438	TGATATCTGCTTAACCTAACTGATCAATTTTAACTGAAAGTGTTAATGTT	127487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	601	TGATATCTGCTTAACCTAACTGATCAATTTTAACTGAAAGTGTTAATGTT	650

BX649290.6	127488	TCTGTATTACACCTTTTGTTTAGATCACACAATATTTATTTGTTTATAAT	127537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	651	TCTGTATTACACCTTTTGTTTAGATCACACAATATTTATTTGTTTATAAT	700

BX649290.6	127538	GTAAAAATGACAAACTATGTAAAAGAGAAGCAACAGAGAAGAACTCCTCT	127587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	701	GTAAAAATGACAAACTATGTAAAAGAGAAGCAACAGAGAAGAACTCCTCT	750

BX649290.6	127588	ACTGCTCTAATTGACTTTCTGCTGATCAAGTATTGTTTACATTTAAATGA	127637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	751	ACTGCTCTAATTGACTTTCTGCTGATCAAGTATTGTTTACATTTAAATGA	800

BX649290.6	127638	CTCCAATATTCTGTCACCACGGCAACCTGAGTTTACACTGGAAATCAACA	127687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	801	CTCCAATATTCTGTCACCACGGCAACCTGAGTTTACACTGGAAATCAACA	850

BX649290.6	127688	CATCTCTCTGAATCTGATCACTTGAGCTCTTTCAACTCTCCAGCTTGACA	127737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	851	CATCTCTCTGAATCTGATCACTTGAGCTCTTTCAACTCTCCAGCTTGACA	900

BX649290.6	127738	AGTTTCTTCAGATTTGTCTGATTTGGAAAGTTGATATTCATGGAGCAGCG	127787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	901	AGTTTCTTCAGATTTGTCTGATTTGGAAAGTTGATATTCATGGAGCAGCG	950

BX649290.6	127788	GCGCCTCAGACGAACCAGGAGTCTTCCAGCACACCTGAAGGACTTCCTGC	127837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	951	GCGCCTCAGACGAACCAGGAGTCTTCCAGCACACCTGAAGGACTTCCTGC	1000

BX649290.6	127838	TGGAGGGTGTCCCATCTGTTCAGGATCCTGCAGCTGTGATCAGGTTGGAT	127887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1001	TGGAGGGTGTCCCATCTGTTCAGGATCCTGCAGCTGTGATCAGGTTGGAT	1050

BX649290.6	127888	CACACTTACAGCTGTGTCTCTTCCCCAGGTCTGGAGGAGCGTCACCTGAA	127937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1051	CACACTTACAGCTGTGTCTCTTCCCCAGGTCTGGAGGAGCGTCACCTGAA	1100

BX649290.6	127938	GAACGCGACTGTCCTTCCCCACATCCGTCCAGCATCCCCAGTGCCTTCAG	127987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1101	GAACGCGACTGTCCTTCCCCACATCCGTCCAGCATCCCCAGTGCCTTCAG	1150

BX649290.6	127988	TGGACGTGGGACAGCAGGAGGAGCCACTCTCTATCCACGGCTACAGCGTT	128037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1151	TGGACGTGGGACAGCAGGAGGAGCCACTCTCTATCCACGGCTACAGCGTT	1200

BX649290.6	128038	CAGGCCTACCAGGACATCTACTGCTCTGTGGTCGAGCCCATGATTAAGAG	128087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1201	CAGGCCTACCAGGACATCTACTGCTCTGTGGTCGAGCCCATGATTAAGAG	1250

BX649290.6	128088	TCGTCCCTACAGCCTTCAGCTGGGCCTGGAGATCAAGCAGCGGCTGTGGG	128137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1251	TCGTCCCTACAGCCTTCAGCTGGGCCTGGAGATCAAGCAGCGGCTGTGGG	1300

BX649290.6	128138	AGGCGCTCAGGTGTCCTGTGATGGAGGAGACGGTGCAGGCTGATGGACGA	128187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1301	AGGCGCTCAGGTGTCCTGTGATGGAGGAGACGGTGCAGGCTGATGGACGA	1350

BX649290.6	128188	ATCCTGATTACAGAACGCAGATGTGGACCCGGGCCAAACATCATCGCTCC	128237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1351	ATCCTGATTACAGAACGCAGATGTGGACCCGGGCCAAACATCATCGCTCC	1400

BX649290.6	128238	TCGATTCCATGTGGACATCAGTGGAGAGCCACTGCCTAAGAAGCCCAGCA	128287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1401	TCGATTCCATGTGGACATCAGTGGAGAGCCACTGCCTAAGAAGCCCAGCA	1450

BX649290.6	128288	GAAAGAGGGCCAGACGCTGAGTCTTCACAGTGTCCCAAACCACACTGCAG	128337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1451	GAAAGAGGGCCAGACGCTGAGTCTTCACAGTGTCCCAAACCACACTGCAG	1500

BX649290.6	128338	GCCTGCGTATGTATATATGTATATAGTGTACATAGTTGTAGAGCAAGTTC	128387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1501	GCCTGCGTATGTATATATGTATATAGTGTACATAGTTGTAGAGCAAGTTC	1550

BX649290.6	128388	ACAGTAAGTTTCCTTTTGCATGTTTTGTTTCATCAATTGGTTGTTTTTAT	128437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1551	ACAGTAAGTTTCCTTTTGCATGTTTTGTTTCATCAATTGGTTGTTTTTAT	1600

BX649290.6	128438	TGATTCTTGGTGTTGTTGACTTGAAGTTCTTGGTTTGCTCGGTGGTCTTC	128487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1601	TGATTCTTGGTGTTGTTGACTTGAAGTTCTTGGTTTGCTCGGTGGTCTTC	1650

BX649290.6	128488	AGGATGTTTCAGGTGGTTTTCTGCGCGGTTGTCGAGGTTTTCTGAGCAGG	128537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1651	AGGATGTTTCAGGTGGTTTTCTGCGCGGTTGTCGAGGTTTTCTGAGCAGG	1700

BX649290.6	128538	TGTTCTCGTGTTGCTGGTCGGTCGCTGGACTCTTCTTAGAGTTTCGATGC	128587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1701	TGTTCTCGTGTTGCTGGTCGGTCGCTGGACTCTTCTTAGAGTTTCGATGC	1750

BX649290.6	128588	GTTTGGTGATTTGCGGTGTCTGTTAGGGTAGGGTAGGTTAGGTTAGGGTC	128637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1751	GTTTGGTGATTTGCGGTGTCTGTTAGGGTAGGGTAGGTTAGGTTAGGGTC	1800

BX649290.6	128638	CCTCACGTGGTTTGCAGCTTGACGTGCTGTGAGGGCTTGTGTGCATCAGT	128687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1801	CCTCACGTGGTTTGCAGCTTGACGTGCTGTGAGGGCTTGTGTGCATCAGT	1850

BX649290.6	128688	GATGCTGAGAGCTTCGCCACTGGTACTTCACAGATACCGGCAGGGTCACC	128737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1851	GATGCTGAGAGCTTCGCCACTGGTACTTCACAGATACCGGCAGGGTCACC	1900

BX649290.6	128738	CATAGTGGACTGGTCTCAGCGGAGATGCCCGACTAAGACAAACCAGCTGA	128787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1901	CATAGTGGACTGGTCTCAGCGGAGATGCCCGACTAAGACAAACCAGCTGA	1950

BX649290.6	128788	TTCTGGACAGCAGATTTACATCAGAATCACCTGAAGATGTGGAAGTCGCA	128837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649351.10	1951	TTCTGGACAGCAGATTTACATCAGAATCACCTGAAGATGTGGAAGTCGCA	2000

Overview

Query
BX649290.6 - 128837 bps
Hit
BX649351.10 - 144569 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198020001268381288371120001
294.511667205811643611849311820931
392.694085921212271218181186051
498.3414301518121827123344158120921
584.91031921055311057221677669671
689.47781141078451079581878388961
784.5287168109371109538117544177111
893.16811173464234758-129706298221
990.91911548820788360133357335101
1085.031884493498635434-145188456611
11901362253453434758145396456151
1283.11962307577776006147663478811
1383.731383109358293891156181564751
14841413163068330998-156181564801
1597.61131678819688362-157155573211
1681.5801966585766052-176280764791
1783.061383053068330987-185216855161
1889.939513910091910105711099631101011
1983.91151318935359385211129001132161
2086.43781406134061479-11129011130401
2189.61282253453434758-11262251264451
2286.49174349350753542311262831266301
Short-link