<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 3086 bps / non-identical: 1050 bps

Full alignment

C  BX000476.5	3086	GTGCCTTGAAGTTTGTCCGGGATGCTAAATGTGTATTTCTGCGTGTATTG	3037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1	GTGCCTTGAAGTTTGTCCGGGATGCTAAATGTGTATTTCTGCGTGTATTG	50

C  BX000476.5	3036	AGAGGGCAGTGAGGTTTTCCTTTGGTCCTGTAAAAGGTGAATGGACCTGA	2987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	51	AGAGGGCAGTGAGGTTTTCCTTTGGTCCTGTAAAAGGTGAATGGACCTGA	100

C  BX000476.5	2986	CTGACGTCTGAGTGTGAAGGCAGCCCCGGTCCTTGGGTGAGCCCCCGGTC	2937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	101	CTGACGTCTGAGTGTGAAGGCAGCCCCGGTCCTTGGGTGAGCCCCCGGTC	150

C  BX000476.5	2936	CCTGTTCCACCGCAGCGTGCATTGCCCGGCCACGCAGGGGTAGCGTCTGT	2887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	151	CCTGTTCCACCGCAGCGTGCATTGCCCGGCCACGCAGGGGTAGCGTCTGT	200

C  BX000476.5	2886	GGTCATGAAGGACTGGTCTTGACCTGACTGACGTCTGAGTGTGAAGGCAG	2837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	201	GGTCATGAAGGACTGGTCTTGACCTGACTGACGTCTGAGTGTGAAGGCAG	250

C  BX000476.5	2836	CCCCGGTGTTTGGGTGAGCCCCTGGTGTTTGGGTGAGCCCCCAGTGTTTG	2787
			|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||   ||
  BX649323.12	251	CCCCGGTGTTTGGGTGAGCCCCCGGTGTTTGGGTGAGCCCCCGGTCCCTG	300

C  BX000476.5	2786	GGTGAGCCCCCGGTCCCTGGGTGAGCCCCCGGTCCCTGGGTGAGCCCCCG	2737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	301	GGTGAGCCCCCGGTCCCTGGGTGAGCCCCCGGTCCCTGGGTGAGCCCCCG	350

C  BX000476.5	2736	GTGTTTGGGTGAGCCCCTAGTCCCTGGGTGAGCCCCCGGTGTTTGGGTGA	2687
			|||||||||||||||||  ||   ||||||||||||| || |||||||||
  BX649323.12	351	GTGTTTGGGTGAGCCCCCGGTGTTTGGGTGAGCCCCCAGTCTTTGGGTGA	400

C  BX000476.5	2686	GCCCCCAGTCTTTGGGTGAGCCCCCTGTGTTTGGGCGAGCCCCTGGTCCC	2637
			|||||| || |||||| |||||||  ||   |||| ||||||| ||||  
  BX649323.12	401	GCCCCCTGTGTTTGGGCGAGCCCCTGGTCCCTGGGTGAGCCCC-GGTCTT	449

C  BX000476.5	2636	TGGGTGAGCCCCGGTCTTTGGGCGAGCCCCGGTCTTTGGGTGAGCCCCTG	2587
			|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	450	TGGGCGAGCCCCGGTCTTTGGGCGAGCCCCGGTCTTTGGGTGAGCCCCTG	499

C  BX000476.5	2586	GTCCCTGGGCGAGCCCCTGCTCCCTGGGTGAGCCCCGGTCTTTGGATGAG	2537
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	500	GTCCCTGGGCAAGCCCCTGCTCCCTGGGTGAGCCCCGGTCTTTGGATGAG	549

C  BX000476.5	2536	CCCTGGTCTTTGGGTGAGCCCTGGTCTTTGGGTGAGCCCCTGCTCCCTGG	2487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	550	CCCTGGTCTTTGGGTGAGCCCTGGTCTTTGGGTGAGCCCCTGCTCCCTGG	599

C  BX000476.5	2486	GTGAGCCCCCGGTCCCTGGGCGAGCCCCAGTCTTTGGGTGAGCCCCCGGT	2437
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
  BX649323.12	600	GTGAGCCCCCGGTCCCTGGGCGAGCCCCGGTCTTTGGGTGAGCCCCCGGT	649

C  BX000476.5	2436	CTTTGGGTGAG-CC----C--T-GGT------CT--T---TGGGTGAGCC	2406
			||||||||||| ||    |  | |||      ||  |   ||||||||||
  BX649323.12	650	CTTTGGGTGAGCCCTGGTCTTTGGGTGAGCCCCTGCTCCCTGGGTGAGCC	699

C  BX000476.5	2405	CCCGGTCCCTGGGCGAGCCCCGGTCTTTGGGCGAGCCCCTGCTCCTTGGG	2356
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	700	CCCGGTCCCTGGGCGAGCCCCGGTCTTTGGGCGAGCCCCTGCTCCTTGGG	749

C  BX000476.5	2355	TGAGCCCCAGTCTTTGGGTGAGCCCCGGTCTTTGGGTGAGCCCCCGGTCT	2306
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	750	TGAGCCCCAGTCTTTGGGTGAGCCCCGGTCTTTGGGTGAGCCCCCGGTCT	799

C  BX000476.5	2305	TTGGGTGAGCCCCCAGCCCCCGGTCCCTGGTCCACCACACAGTGTCACAC	2256
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	800	TTGGGTGAGCCCCCAGCCCCCGGTCCCTGGTCCACCACACAGTGTCACAC	849

C  BX000476.5	2255	TTCTCCTATGTGTTGGGTCCACATTGCCAGGCCTCGCAGGGGTTGCGTCT	2206
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	850	TTCTCCTATGTGTTGGGTCCACATTGCCAGGCCTCGCAGGGGTTGCGTCT	899

C  BX000476.5	2205	GCGCTCGTGAAGGACTGGCCTGCGGTCTCCTTTTCTTGTGATAGCTTGGT	2156
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	900	GCGCTCGTGAAGGACTGGCCTGCGGTCTCCTTTTCTTGTGATAGCTTGGT	949

C  BX000476.5	2155	CTGGTTTAGCATCGGGGGGATGCTGGCCTCGGAGAGTTGCTTGGAAAATG	2106
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	950	CTGGTTTAGCATCGGGGGGATGCTGGCCTCGGAGAGTTGCTTGGAAAATG	999

C  BX000476.5	2105	TCCTTTAGAATTCACTTTTCTGGAGCCATTTGTTTAGAATGGGTGTTATT	2056
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1000	TCCTTTAGAATTCACTTTTCTGGAGCCATTTGTTTAGAATGGGTGTTATT	1049

C  BX000476.5	2055	TTTATTTGAATGTTTGGTAGAACTCATCAGTGAAGCCATTTGGGATAGTT	2006
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1050	TTTATTTGAATGTTTGGCAGAACTCATCAGTGAAGCCATTTGGGATAGTT	1099

C  BX000476.5	2005	TTCTCTGTGGGAAGGTTTTTAATGACAGCATGAATTGTTTCAATAAACAC	1956
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1100	TTCTCTGTGGGAAGGTTTTTAATGACAGCATGAATTGTTTCAATAAACAC	1149

C  BX000476.5	1955	AGGCTGTCTGTATCATCTTTTCTCTTTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTTGC	1906
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1150	AGGCTGTCTGTATCATCTTTTCTCTTTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTTGC	1199

C  BX000476.5	1905	TCTGTCACCCAAGCTGGAGTGCAATGGCACCATCTCACCTCACTGCAACC	1856
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1200	TCTGTCACCCAAGCTGGAGTGCAATGGCACCATCTCACCTCACTGCAACC	1249

C  BX000476.5	1855	TCCGCCTCCTGGGTTCAAGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGGGTAGCT	1806
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1250	TCCGCCTCCTGGGTTCAAGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGGGTAGCT	1299

C  BX000476.5	1805	GGGATTACAGGCATGCGCCACCACACCCGGCTAATTTGTGTATTTTTAGG	1756
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1300	GGGATTACAGGCATGCGCCACCACACCCGGCTAATTTGTGTATTTTTAGG	1349

C  BX000476.5	1755	AGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCATGCTGGTCTCGAACTCTTGACCT	1706
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1350	AGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCATGCTGGTCTCGAACTCTTGACCT	1399

C  BX000476.5	1705	CGGGTGATCCACCCGCCTTGGCGTCTCAAAGTGCTGGGATGACAGGCCTG	1656
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1400	CGGGTGATCCACCCGCCTTGGCGTCTCAAAGTGCTGGGATGACAGGCCTG	1449

C  BX000476.5	1655	AGCCACCGCACCCGGCCACTGCCACCCACTTTTAGACCATCGGATCTCAC	1606
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1450	AGCCACCGCACCCGGCCACTGCCACCCACTTTTAGACCATCGGATCTCAC	1499

C  BX000476.5	1605	AAGAACTCAGGATTACGAGACCAGCAAGGGGGCTGTCCACCCTCATCACC	1556
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1500	AAGAACTCAGGATTACGAGACCGGCAAGGGGGCTGTCCACCCTCATCACC	1549

C  BX000476.5	1555	CAGTCACCCCCCAGCAGAGCCCTGCTCCAACACTCAGGATCACAGTTCCC	1506
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1550	CAGTCACCCCCCAGCAGAGCCCTGCTCCAACACTCAGGATCACAGTTCCC	1599

C  BX000476.5	1505	CGTGAGACTTGGGTGGGGGCTCCGAGCCACAGCCCACCACTGGTTCATGT	1456
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1600	CGTGAGACTTGGGTGGGGGCTCCGAGCCACAGCCCACCACTGGTTCATGT	1649

C  BX000476.5	1455	GACCCTGAAGACTCCTCCGGCTCCGCGATGTCACTCGCTCACATAGCTTG	1406
			||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
  BX649323.12	1650	GACCCTGAAGACTCCTCTGGCTCCGCGATGTCACTCGCTCACATAGCTCG	1699

C  BX000476.5	1405	GCAGCGTTTTCACATCTTTACGTGTCTGCAGATCGTCCTCTTGTCCCGTC	1356
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1700	GCAGCGTTTTCACATCTTTACGTGTCTGCAGATCGTCCTCTTGTCCCGTC	1749

C  BX000476.5	1355	ACCCGCCGAGGAACGCGTGCTGAACTTGCCGGCCGTGGTTGTGGCGTCCT	1306
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1750	ACCCGCCGAGGAACGCGTGCTGAACTTGCCGGCCGTGGTTGTGGCGTCCT	1799

C  BX000476.5	1305	CCTTTCTCCTCTCACACCTGTCGGTTGGTGTCGGCGTGCCCTGTGCGACT	1256
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1800	CCTTTCTCCTCTCACACCTGTCGGTCGGTGTCGGCGTGCCCTGTGCGACT	1849

C  BX000476.5	1255	GTAGACGCTCGGGACTTTGTCTGCCTCGCGAGTCCCCCTCAGCAGCACCA	1206
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1850	GTAGACGCTCGGGACTTTGTCTGCCTCGCGAGTCCCCCTCAGCAGCACCA	1899

C  BX000476.5	1205	TCACGTGGGCCTTGGGGCCGGCGGTGTTTCCTGCTCAGGGAGCTACTCTG	1156
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1900	TCACGTGGGCCTTGGGGCCGGCGGTGTTTCCTGCTCAGGGAGCTACTCTG	1949

C  BX000476.5	1155	AGGTCAGCAGAGCCATAATGGAATAGGGTTCAGCAGTACACAGGCAGACG	1106
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1950	AGGTCAGCAGAGCCATAATGGAATAGGGTTCAGCAGTACACAGGCAGACG	1999

C  BX000476.5	1105	ATCCACACAGAGCAAGGTGGGCAGACGATCCACACAGAGCAAGGTGTGT-	1057
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  
  BX649323.12	2000	ATCCACACAGAGCAAGGTGGGCAGACGATCCACACAGAGCAAGGTGGGCA	2049

C  BX000476.5	1056	GA-G-TCC-CACAC-GCA---TGTG-----C---------TG-----AGC	1033
			|| | ||| ||||  |||   ||||     |         ||     |||
  BX649323.12	2050	GACGATCCACACAGAGCAAGGTGTGTGAGTCCCACACGCGTGTGCTGAGC	2099

C  BX000476.5	1032	GAGGGAAGCCAGGTCTAAAAGTCCGCAGATGGCCGGGTCCCGTTGCCGTG	983
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2100	GAGGGAAGCCAGGTCTAAAAGTCCGCAGATGGCCGGGTCCCGTTGCCGTG	2149

C  BX000476.5	982	TCCTGGAAAAGGTGAACTGGAGCCACGGGGAGGAGGCCTGGGGGCCGTCG	933
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2150	TCCTGGAAAAGGTGAACTGGAGCCACGGGGAGGAGGCCTGGGGGCCGTCG	2199

C  BX000476.5	932	CCGTAGCGGACTGCGGAGGGGCCGAAGGGACTGTCAGGGCTGGCGGCCTC	883
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2200	CCGTAGCGGACTGCGGAGGGGCCGAAGGGACTGTCAGGGCTGGCGGCCTC	2249

C  BX000476.5	882	GTTCCCTGTCCTGGCCGTGCGGGTGGGCGTGCCGCCGCGTTGCCGGGCCC	833
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2250	GTTCCCTGTCCTGGCCGTGCGGGTGGGCGTGCCGCCGCGTTGCCGGGCCC	2299

C  BX000476.5	832	CACAAGGAGTCGGTCTTTCTGTGTGTCGATCACGAAAAGACTTTTAAAAG	783
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2300	CACAAGGAGTCGGTCTTTCTGTGTGTCGATCACGAAAAGACTTTTAAAAG	2349

C  BX000476.5	782	TCAGATCAGGGTATCTGATGTTTTATTCCCTTTCCCATAAGGATTTTGTG	733
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2350	TCAGATCAGGGTATCTGATGTTTTATTCCCTTTCCCATAAGGATTTTGTG	2399

C  BX000476.5	732	ACATTCAGGTAAAACTGCTTTCCTTTGTATCTTTTGCATTTTAGAGTTGA	683
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2400	ACATTCAGGTAAAACTGCTTTCCTTTGTATCTTTTGCATTTTAGAGTTGA	2449

C  BX000476.5	682	TTATCTCCATTTACTTTAGGATTATTTTAAATTATGAGCTAATTCATTTG	633
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2450	TTATCTCCATTTACTTTAGGATTATTTTAAATTATGAGCTAATTCATTTG	2499

C  BX000476.5	632	GAGGTAATTTTCGGGTTTGGTGTGGTGGGGGGACTGTGTGCCCAGCACTC	583
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2500	GAGGTAATTTTCGGGTTTGGTGTGGTGGGGGGACTGTGTGCCCAGCACTC	2549

C  BX000476.5	582	TCCCGCTCAGTTCTCATCCCCCAGACGCCGGGGGTGCAGCTGTCTCTGGT	533
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2550	TCCCGCTCAGTTCTCATCCCCCAGACGCCGGGGGTGCAGCTGTCTCTGGT	2599

C  BX000476.5	532	TGCAGTGTCATCCCTGTAGTCCCAGCACTTTGAGAGGCCAAGGCGGGAGG	483
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2600	TGCAGTGTCATCCCTGTAGTCCCAGCACTTTGAGAGGCCAAGGCGGGAGG	2649

C  BX000476.5	482	ATGGCTTGCGGCCAAGGGTTCCAGACCAGCCTCGGCAACATAGTGAGACT	433
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2650	ATGGCTTGCGGCCAAGGGTTCCAGACCAGCCTCGGCAACATAGTGAGACT	2699

C  BX000476.5	432	TCACTGTAGAAATTAAAAAAATTACCCAGGCATGATAGCGCGCACCTGTG	383
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2700	TCACTGTAGAAATTAAAAAAATTACCCAGGCATGATAGCGCGCACCTGTG	2749

C  BX000476.5	382	GTCCCAGCTACTTGGGAGGCTAAGGTGGGAGGATTGCTTGAGCCCGTGAA	333
			|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2750	GTGCCAGCTACTTGGGAGGCTAAGGTGGGAGGATTGCTTGAGCCCGTGAA	2799

C  BX000476.5	332	GTTGAGACTGCACTGAGCTGTGATCACACACTGCACTCCAGCCTGGGCAA	283
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2800	GTTGAGACTGCACTGAGCTGTGATCACACACTGCACTCCAGCCTGGGCAA	2849

C  BX000476.5	282	CAGCAAGACCGTGTCTCGAAAAACAAGTAGAATAAAAA-TGGATCACGCT	234
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
  BX649323.12	2850	CAGCAAGACCGTGTCTCGAAAAACAAGTAGAATAAAAAATGGATCACGCT	2899

C  BX000476.5	233	GTGATCACACACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGCAAGACCGTGTCTCGA	184
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2900	GTGATCACACACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGCAAGACCGTGTCTCGA	2949

C  BX000476.5	183	AAAACAAGTAGAATAAAAA-TGGATCACGCTGTGATCACACACTGCACTC	135
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2950	AAAACAAGTAGAATAAAAAATGGATCACGCTGTGATCACACACTGCACTC	2999

C  BX000476.5	134	CAGCCTGGGCAACAGCAAGACCGTGTCTCGAAAAACAAGTAGAATAAAAA	85
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	3000	CAGCCTGGGCAACAGCAAGACCGTGTCTCGAAAAACAAGTAGAATAAAAA	3049

C  BX000476.5	84	TGGATCACGCTGTGATCACACACTGCACTCCAGCCTG-------------	48
			||||||||||||||||||||||||||| |||||||||             
  BX649323.12	3050	TGGATCACGCTGTGATCACACACTGCAGTCCAGCCTGGGCAACAGCAAGA	3099

C  BX000476.5	47	--------------------------------------------------	48
			                                                  
  BX649323.12	3100	CCGTGTCTCGAAAAACAAGTAGAATAAAAATGGATCACGCTGTGATCACA	3149

C  BX000476.5	47	--------------------------------------------------	48
			                                                  
  BX649323.12	3150	CACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGCAAGACCGTGTCTCGAAAAACAAGT	3199

C  BX000476.5	47	-----------------------------------------------CAG	45
			                                               |||
  BX649323.12	3200	AGAATAAAAATGGATCACGCTGTGATCACACACTGCACTCCAGCCTGCAG	3249

C  BX000476.5	44	GTCTGGACACATGAGACGCTATATCCTGCACGGCTGGATAGATC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	3250	GTCTGGACACATGAGACGCTATATCCTGCACGGCTGGATAGATC	3293

Compact alignment

skip 250 bps 100% identity alignment

C  BX000476.5	2836	CCCCGGTGTTTGGGTGAGCCCCTGGTGTTTGGGTGAGCCCCCAGTGTTTG	2787
			|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||   ||
  BX649323.12	251	CCCCGGTGTTTGGGTGAGCCCCCGGTGTTTGGGTGAGCCCCCGGTCCCTG	300

skip 50 bps 100% identity alignment

C  BX000476.5	2736	GTGTTTGGGTGAGCCCCTAGTCCCTGGGTGAGCCCCCGGTGTTTGGGTGA	2687
			|||||||||||||||||  ||   ||||||||||||| || |||||||||
  BX649323.12	351	GTGTTTGGGTGAGCCCCCGGTGTTTGGGTGAGCCCCCAGTCTTTGGGTGA	400

C  BX000476.5	2686	GCCCCCAGTCTTTGGGTGAGCCCCCTGTGTTTGGGCGAGCCCCTGGTCCC	2637
			|||||| || |||||| |||||||  ||   |||| ||||||| ||||  
  BX649323.12	401	GCCCCCTGTGTTTGGGCGAGCCCCTGGTCCCTGGGTGAGCCCC-GGTCTT	449

C  BX000476.5	2636	TGGGTGAGCCCCGGTCTTTGGGCGAGCCCCGGTCTTTGGGTGAGCCCCTG	2587
			|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	450	TGGGCGAGCCCCGGTCTTTGGGCGAGCCCCGGTCTTTGGGTGAGCCCCTG	499

C  BX000476.5	2586	GTCCCTGGGCGAGCCCCTGCTCCCTGGGTGAGCCCCGGTCTTTGGATGAG	2537
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	500	GTCCCTGGGCAAGCCCCTGCTCCCTGGGTGAGCCCCGGTCTTTGGATGAG	549

skip 50 bps 100% identity alignment

C  BX000476.5	2486	GTGAGCCCCCGGTCCCTGGGCGAGCCCCAGTCTTTGGGTGAGCCCCCGGT	2437
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
  BX649323.12	600	GTGAGCCCCCGGTCCCTGGGCGAGCCCCGGTCTTTGGGTGAGCCCCCGGT	649

C  BX000476.5	2436	CTTTGGGTGAG-CC----C--T-GGT------CT--T---TGGGTGAGCC	2406
			||||||||||| ||    |  | |||      ||  |   ||||||||||
  BX649323.12	650	CTTTGGGTGAGCCCTGGTCTTTGGGTGAGCCCCTGCTCCCTGGGTGAGCC	699

skip 350 bps 100% identity alignment

C  BX000476.5	2055	TTTATTTGAATGTTTGGTAGAACTCATCAGTGAAGCCATTTGGGATAGTT	2006
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1050	TTTATTTGAATGTTTGGCAGAACTCATCAGTGAAGCCATTTGGGATAGTT	1099

skip 250 bps 100% identity alignment

C  BX000476.5	1755	AGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCATGCTGGTCTCGAACTCTTGACCT	1706
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1350	AGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCATGCTGGTCTCGAACTCTTGACCT	1399

skip 100 bps 100% identity alignment

C  BX000476.5	1605	AAGAACTCAGGATTACGAGACCAGCAAGGGGGCTGTCCACCCTCATCACC	1556
			|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1500	AAGAACTCAGGATTACGAGACCGGCAAGGGGGCTGTCCACCCTCATCACC	1549

skip 100 bps 100% identity alignment

C  BX000476.5	1455	GACCCTGAAGACTCCTCCGGCTCCGCGATGTCACTCGCTCACATAGCTTG	1406
			||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
  BX649323.12	1650	GACCCTGAAGACTCCTCTGGCTCCGCGATGTCACTCGCTCACATAGCTCG	1699

skip 100 bps 100% identity alignment

C  BX000476.5	1305	CCTTTCTCCTCTCACACCTGTCGGTTGGTGTCGGCGTGCCCTGTGCGACT	1256
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	1800	CCTTTCTCCTCTCACACCTGTCGGTCGGTGTCGGCGTGCCCTGTGCGACT	1849

skip 150 bps 100% identity alignment

C  BX000476.5	1105	ATCCACACAGAGCAAGGTGGGCAGACGATCCACACAGAGCAAGGTGTGT-	1057
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  
  BX649323.12	2000	ATCCACACAGAGCAAGGTGGGCAGACGATCCACACAGAGCAAGGTGGGCA	2049

C  BX000476.5	1056	GA-G-TCC-CACAC-GCA---TGTG-----C---------TG-----AGC	1033
			|| | ||| ||||  |||   ||||     |         ||     |||
  BX649323.12	2050	GACGATCCACACAGAGCAAGGTGTGTGAGTCCCACACGCGTGTGCTGAGC	2099

skip 650 bps 100% identity alignment

C  BX000476.5	382	GTCCCAGCTACTTGGGAGGCTAAGGTGGGAGGATTGCTTGAGCCCGTGAA	333
			|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2750	GTGCCAGCTACTTGGGAGGCTAAGGTGGGAGGATTGCTTGAGCCCGTGAA	2799

skip 50 bps 100% identity alignment

C  BX000476.5	282	CAGCAAGACCGTGTCTCGAAAAACAAGTAGAATAAAAA-TGGATCACGCT	234
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
  BX649323.12	2850	CAGCAAGACCGTGTCTCGAAAAACAAGTAGAATAAAAAATGGATCACGCT	2899

skip 50 bps 100% identity alignment

C  BX000476.5	183	AAAACAAGTAGAATAAAAA-TGGATCACGCTGTGATCACACACTGCACTC	135
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
  BX649323.12	2950	AAAACAAGTAGAATAAAAAATGGATCACGCTGTGATCACACACTGCACTC	2999

skip 50 bps 100% identity alignment

C  BX000476.5	84	TGGATCACGCTGTGATCACACACTGCACTCCAGCCTG-------------	48
			||||||||||||||||||||||||||| |||||||||             
  BX649323.12	3050	TGGATCACGCTGTGATCACACACTGCAGTCCAGCCTGGGCAACAGCAAGA	3099

C  BX000476.5	47	--------------------------------------------------	48
			                                                  
  BX649323.12	3100	CCGTGTCTCGAAAAACAAGTAGAATAAAAATGGATCACGCTGTGATCACA	3149

C  BX000476.5	47	--------------------------------------------------	48
			                                                  
  BX649323.12	3150	CACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGCAAGACCGTGTCTCGAAAAACAAGT	3199

C  BX000476.5	47	-----------------------------------------------CAG	45
			                                               |||
  BX649323.12	3200	AGAATAAAAATGGATCACGCTGTGATCACACACTGCACTCCAGCCTGCAG	3249

skip 44 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX000476.5 - 33340 bps
Hit
BX649323.12 - 37892 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 3086 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link