<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL935037.9	1	GAATTCCCGGATGTTGGAAATAACACCACCAAGTGTTGAAAAGATAACTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	87730	GAATTCCCGGATGTTGGAAATAACACCACCAAGTGTTGAAAAGATAACTC	87779

AL935037.9	51	CTTGATTTCGCACTGAATAAAAACAATTCTAACTCTTATTATATTCATTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	87780	CTTGATTTCGCACTGAATAAAAACAATTCTAACTCTTATTATATTCATTT	87829

AL935037.9	101	ATCAAAATCTAACTCTTTAACGTCAACACTTTACTCTCAAATGCTTCAAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	87830	ATCAAAATCTAACTCTTTAACGTCAACACTTTACTCTCAAATGCTTCAAC	87879

AL935037.9	151	ACCGAGAATTTAACTCTGGTGAATTTGCTGTGTATCTGTTTAATTGAGTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	87880	ACCGAGAATTTAACTCTGGTGAATTTGCTGTGTATCTGTTTAATTGAGTA	87929

AL935037.9	201	GCTACAAAAAATTAAATGTTTCAAATAAATGTTGCAAATGAATCAGACTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	87930	GCTACAAAAAATTAAATGTTTCAAATAAATGTTGCAAATGAATCAGACTT	87979

AL935037.9	251	AAAGTGTAAATACTGTCAGTTGACAGGCAGAGGACAATGCACAAGACATC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	87980	AAAGTGTAAATACTGTCAGTTGACAGGCAGAGGACAATGCACAAGACATC	88029

AL935037.9	301	AGTGAGCAAATCAAGGCAAAAACAGAAGCAGCTCGACTAGTGTATTCAGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88030	AGTGAGCAAATCAAGGCAAAAACAGAAGCAGCTCGACTAGTGTATTCAGC	88079

AL935037.9	351	ATTGAACTCCATTTTTATTAATAGGATTGTCAATGTTTTTATTATAATAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88080	ATTGAACTCCATTTTTATTAATAGGATTGTCAATGTTTTTATTATAATAG	88129

AL935037.9	401	GTTCATTATAAAACGTGAAAGTCATACTGCATCATTAATTAATGTTTTAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88130	GTTCATTATAAAACGTGAAAGTCATACTGCATCATTAATTAATGTTTTAA	88179

AL935037.9	451	AGCAATGTTTTCTAGGTAATTAAAAAATATTAACAAATAAATTACCCATG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88180	AGCAATGTTTTCTAGGTAATTAAAAAATATTAACAAATAAATTACCCATG	88229

AL935037.9	501	GCAAATTTAATGTAATACAGTTTGGCAAATTTAACTTCGGCCCATAGCCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88230	GCAAATTTAATGTAATACAGTTTGGCAAATTTAACTTCGGCCCATAGCCC	88279

AL935037.9	551	TTAAATCAAGTTTGGTTTTTGACCCTTTATAAAAAAAGTTTGGGCACCCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88280	TTAAATCAAGTTTGGTTTTTGACCCTTTATAAAAAAAGTTTGGGCACCCC	88329

AL935037.9	601	TGTTCTAGATTTACAGTGAAAAATCATATTTGGAATTCTTGCATTTCCTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88330	TGTTCTAGATTTACAGTGAAAAATCATATTTGGAATTCTTGCATTTCCTT	88379

AL935037.9	651	TGGTAAAAGTTTCATTTAACCTAAAAAAAGATTCATAGAAAAGATTCTAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88380	TGGTAAAAGTTTCATTTAACCTAAAAAAAGATTCATAGAAAAGATTCTAA	88429

AL935037.9	701	TGTAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGATATGGTTCACACAAAGAATGGGCTTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88430	TGTAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGATATGGTTCACACAAAGAATGGGCTTA	88479

AL935037.9	751	ATTACTCAACTTGTTTCAAATTCCAAGCAAGGTTGAGTTTTTGGTTAAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88480	ATTACTCAACTTGTTTCAAATTCCAAGCAAGGTTGAGTTTTTGGTTAAAA	88529

AL935037.9	801	CACAAAAGAAGATATTTAGAACAATGTCGGAAACTGGTAATCATTGACAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88530	CACAAAAGAAGATATTTAGAACAATGTCGGAAACTGGTAATCATTGACAT	88579

AL935037.9	851	CCATAGTAGGAAATACAAATGGAAATCTAGTCAATGGTTACTGATTTCCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88580	CCATAGTAGGAAATACAAATGGAAATCTAGTCAATGGTTACTGATTTCCA	88629

AL935037.9	901	ACATTCTGCCAAAACTTGTTTGGAACAAGCCAAGTTTGAGTAAACAATGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88630	ACATTCTGCCAAAACTTGTTTGGAACAAGCCAAGTTTGAGTAAACAATGC	88679

AL935037.9	951	AAACTTTACTGCATTTGCATTTATTTATATGCATTTAATTATTGGCATGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88680	AAACTTTACTGCATTTGCATTTATTTATATGCATTTAATTATTGGCATGG	88729

AL935037.9	1001	AAACACACAAAAAGTGCTGGATAGACTTACCAATCTCTGTAAAAATAAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88730	AAACACACAAAAAGTGCTGGATAGACTTACCAATCTCTGTAAAAATAAAG	88779

AL935037.9	1051	TATTTTTTCCACTATGTAATTAAGCTTTAAATCTCAGGTAAAAATTGTCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88780	TATTTTTTCCACTATGTAATTAAGCTTTAAATCTCAGGTAAAAATTGTCA	88829

AL935037.9	1101	CTTTGACTCCCACCCTCGCAATAGTGGATTTACGCTCATGACATTTAAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88830	CTTTGACTCCCACCCTCGCAATAGTGGATTTACGCTCATGACATTTAAAT	88879

AL935037.9	1151	GTTTTCACTTCCTGCTTCATTTACTGTATGTATGCTTTAACCAGAAAAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88880	GTTTTCACTTCCTGCTTCATTTACTGTATGTATGCTTTAACCAGAAAAAA	88929

AL935037.9	1201	AAAACCCATATTGTATTTCAGCTAGTGTTCATAACAGCATTCCTTTTTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88930	AAAACCCATATTGTATTTCAGCTAGTGTTCATAACAGCATTCCTTTTTTT	88979

AL935037.9	1251	AATTTTGTGGAACTTGATGTAGTAATACAAAGCTTAAATAAAAGACTATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	88980	AATTTTGTGGAACTTGATGTAGTAATACAAAGCTTAAATAAAAGACTATG	89029

AL935037.9	1301	TAGATATGTTTTATTATGTATAAAGAGATCCATTAAAAATGTAGATAAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	89030	TAGATATGTTTTATTATGTATAAAGAGATCCATTAAAAATGTAGATAAAT	89079

AL935037.9	1351	ACTGTATATATACTATTTAAAAGAACAGTAACATAAAACTAAATTGAAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	89080	ACTGTATATATACTATTTAAAAGAACAGTAACATAAAACTAAATTGAAAT	89129

AL935037.9	1401	AAAAATGTAAAAAAAAAATACAAACACATTCTGTGTGATTTAGGAGCTCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	89130	AAAAATGTAAAAAAAAAATACAAACACATTCTGTGTGATTTAGGAGCTCC	89179

AL935037.9	1451	ACAAAGTCAAATACTGGTATTGCTACACATGTGGGGACATTTGGTACCCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	89180	ACAAAGTCAAATACTGGTATTGCTACACATGTGGGGACATTTGGTACCCA	89229

AL935037.9	1501	CAATGTAAAGAATTCAAGGCGCACACACACACTGTAGCAGTATTTCACAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	89230	CAATGTAAAGAATTCAAGGCGCACACACACACTGTAGCAGTATTTCACAA	89279

AL935037.9	1551	ATTTTGAAATACAACTGTGTTCAGAACACGGTTGTATGATTTTTCTGGTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	89280	ATTTTGAAATACAACTGTGTTCAGAACACGGTTGTATGATTTTTCTGGTT	89329

AL935037.9	1601	ATGATAGTATAGTCTGCAGTTGTACATTGAATGCAGCATATGAATTAACT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	89330	ATGATAGTATAGTCTGCAGTTGTACATTGAATGCAGCATATGAATTAACT	89379

AL935037.9	1651	ATTAATAGAACAAAAAAATCACTATCAGATCTGAGTAGGTTTTTTTTTCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	89380	ATTAATAGAACAAAAAAATCACTATCAGATCTGAGTAGGTTTTTTTTTCT	89429

AL935037.9	1701	AGTCAGCATCAGGGGAATGTTTAAATGTCCTTGTTGTTCAATGGCTGTCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	89430	AGTCAGCATCAGGGGAATGTTTAAATGTCCTTGTTGTTCAATGGCTGTCA	89479

AL935037.9	1751	GAATGTGCTGCTGTGTTTCATTATGTAACAGCAAAGTTACAGCACAGGGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	89480	GAATGTGCTGCTGTGTTTCATTATGTAACAGCAAAGTTACAGCACAGGGA	89529

AL935037.9	1801	AGTCATAAGAAAGTGAGTTGCACTTCTCTACATTGTAACTCAGTTATTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	89530	AGTCATAAGAAAGTGAGTTGCACTTCTCTACATTGTAACTCAGTTATTTG	89579

AL935037.9	1851	AAAGTTGAGTAGGGCAGATTATTTCCTAGTATCTGACAGATTCTGTGTAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	89580	AAAGTTGAGTAGGGCAGATTATTTCCTAGTATCTGACAGATTCTGTGTAG	89629

AL935037.9	1901	TTGCAGTCATATAACTATTTCTAAAACACTCATGTTTATTTAAGGAGCCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	89630	TTGCAGTCATATAACTATTTCTAAAACACTCATGTTTATTTAAGGAGCCA	89679

AL935037.9	1951	CATGACAAGTCCATTATTAAAATTGGATTTTACTGTATAATGCAAAATGT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649321.4	89680	CATGACAAGTCCATTATTAAAATTGGATTTTACTGTATAATGCAAAATGT	89729

Overview

Query
AL935037.9 - 141034 bps
Hit
BX649321.4 - 89729 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001890200012000187730897291
279.69106340138272138611112039123581
383.2267141127910128050-112042121841
481.19127325138285138609-119813201311
594.9462797923179309-119830199081
685.2379149127684127832-122572227201
783.23162354138273138626128109284481
881.141384774474345219-140143406141
982.841544487372174168-140146405821
1089.282373647772378086155128555001
1193.29112146133629133774155129552771
1287.16211365138277138641155133554981
1377.75853397897879316158363586991
1492.522703567773178086158383587431
1593.33116149133636133784158383585321
1688.24213343138293138635158396587351
1784.498017391119283-158538587111
1893.33103135133820133954158604587381
1979.911514329545795888178931793531
2079.77873375345853794187966883161
Short-link