<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 450 bps

Full alignment

BX649221.3	1	AATCACTAAAACTTGAACACGGAATCAAACCTGGCCACAGTTTGTGTTTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	119743	AATCACTAAAACTTGAACACGGAATCAAACCTGGCCACAGTTTGTGTTTA	119792

BX649221.3	51	AATTATGGCTCTAGTGAAAAACACCATTTTTTTTTTTTAAAGTAAATCAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||
BX649222.6	119793	AATTATGGCTCTAGTGAAAAACACCATTTTTTTTTT--CAAGTAAATCAA	119840

BX649221.3	101	TGTTTGTTCTGTAAGAGATACTTAAAAGCTAGAGGTGTGCGTGAATTTCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	119841	TGTTTGTTCTGTAAGAGATACTTAAAAGCTAGAGGTGTGCGTGAATTTCT	119890

BX649221.3	151	AGTTTTCCATTCTTTTACTTTTCTTCATTTTAGCTCCTGCGCTTTTCTAA	200
			|||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	119891	AGTTTTCCATCCTTTTACATTTCTTCATTTTAGCTCCTGCGCTTTTCTAA	119940

BX649221.3	201	TCAAGTGTGGAAAGTGGGTAAGGAGGAAAAATGGATATTCACAGAAAATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	119941	TCAAGTGTGGAAAGTGGGTAAGGAGGAAAAATGGATATTCACAGAAAATT	119990

BX649221.3	251	TGGTTATTTTCTACATTTTTTTTCTACCTGTGGAACAAAAATATTTTCTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	119991	TGGTTATTTTCTACATTTTTTTTCTACCTGTGGAACAAAAATATTTTCTT	120040

BX649221.3	301	CACCAGTCTTTCTAATTTCCCTCTTTGAAATACACTTCCTGGCTGCTATC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120041	CACCAGTCTTTCTAATTTCCCTCTTTGAAATACACTTCCTGGCTGCTATC	120090

BX649221.3	351	AGTGAGGCCTCAAACTAGGGGGGGAAGAAAATGGTTGTATGTTAGTGTGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120091	AGTGAGGCCTCAAACTAGGGGGGGAAGAAAATGGTTGTATGTTAGTGTGT	120140

BX649221.3	401	CTGAAGCTACTGGATTTCAAGTGTTGCTGTTACCGAACAGTTTGTGTGCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120141	CTGAAGCTACTGGATTTCAAGTGTTGCTGTTACCGAACAGTTTGTGTGCA	120190

BX649221.3	451	ACAGGTGACCAGAGCTTGGCCGTTACATCCAAAAAATGCCAGCTACAATT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120191	ACAGGTGACCAGAGCTTGGCCGTTACATCCAAAAAATGCCAGCTACAATT	120240

BX649221.3	501	CATTACATTTCCTTTTATCTGTACCAAGCAAAGCTATTTCTGGCTAAGCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120241	CATTACATTTCCTTTTATCTGTACCAAGCAAAGCTATTTCTGGCTAAGCT	120290

BX649221.3	551	AGGCTGATAGGAGCCAGGTTCTTCTTTCTGTGCTGCTCTGCATTTTGGTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120291	AGGCTGATAGGAGCCAGGTTCTTCTTTCTGTGCTGCTCTGCATTTTGGTA	120340

BX649221.3	601	AGAGGTAATATATGGTATGCCTTCTTTTTCCTTTTCTCTGAAAGGACTAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
BX649222.6	120341	AGAGGTAATATATGGTATGCCTTCTTTTTTCTTTTCTCTGAAAGGACTAG	120390

BX649221.3	651	CATTGTAACAACAGTAGTGTAAAGGCGTAAGAGAAACAAGGTCTGCTGGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120391	CATTGTAACAACAGTAGTGTAAAGGCGTAAGAGAAACAAGGTCTGCTGGA	120440

BX649221.3	701	GGACACCTTAGCTCTTCTCTCTCTATCATTTAGAGCTGGAAATAGGCAGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120441	GGACACCTTAGCTCTTCTCTCTCTATCATTTAGAGCTGGAAATAGGCAGG	120490

BX649221.3	751	TGAGCCCTCAGACATACAGCCTCCTCATGAGGTCCTCCAGTAAATCCAAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120491	TGAGCCCTCAGACATACAGCCTCCTCATGAGGTCCTCCAGTAAATCCAAC	120540

BX649221.3	801	ATTAGTTGTGTAGTGAACTTATCTGCTACTCCACATAGGATACCGAGGAT	850
			||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120541	ATTAGTTGTGTAGTGAACTTATCCGCTGCTCCACATAGGATACCGAGGAT	120590

BX649221.3	851	ATGAAGTAGCTTTGCTGAAAATGAGTGAAAAGGGCTACTGAATTAAAATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120591	ATGAAGTAGCTTTGCTGAAAATGAGTGAAAAGGGCTACTGAATTAAAATA	120640

BX649221.3	901	ATAATAATAATAGTAATATTAAAATACCACCCCCTCCCCCCCCC-ACCAA	949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |
BX649222.6	120641	ATAATAATAATAGTAATATTAAAATACCACCCCCTCCCCCCCCCCCCCCA	120690

BX649221.3	950	AAAAAAACCAAACAAACCCAAACCCAAACCCACAAACCAACGAGATGCTT	999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120691	AAAAAAACCAAACAAACCCAAACCCAAACCCACAAACCAACGAGATGCTT	120740

BX649221.3	1000	GTTAGAATAAAAATAATCAGTTTGGGGTGAGTAGCCACTCTGCGAATAGT	1049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120741	GTTAGAATAAAAATAATCAGTTTGGGGTGAGTAGCCACTCTGCGAATAGT	120790

BX649221.3	1050	GTTAATATAAAATGTTATTTGTAACACAAAAGTACAAACTATACGGCTTT	1099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120791	GTTAATATAAAATGTTATTTGTAACACAAAAGTACAAACTATACGGCTTT	120840

BX649221.3	1100	GGCTGCTTCTTTATAGTCTGCAACAGTTCCTTTCTATTCATGCTAATGCG	1149
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
BX649222.6	120841	GGCTGCTTCTTTATAGTCTGCAACAGTTCCTTTCTACTCATGCTAATGTG	120890

BX649221.3	1150	TTCTGTGTAGCACCAGTTCTGTGCATCTCTCTGACCTGCACGTGTGCTCG	1199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120891	TTCTGTGTAGCACCAGTTCTGTGCATCTCTCTGACCTGCACGTGTGCTCG	120940

BX649221.3	1200	AGTTTAAGTAAGTGTGTAGTTCTTTTGAATTCATTGAGATATAAAATTAA	1249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120941	AGTTTAAGTAAGTGTGTAGTTCTTTTGAATTCATTGAGATATAAAATTAA	120990

BX649221.3	1250	GCATATGCTGGGCTGGAGAGGAGCCAGAGCATATTTCACTTTGAAGGAGA	1299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120991	GCATATGCTGGGCTGGAGAGGAGCCAGAGCATATTTCACTTTGAAGGAGA	121040

BX649221.3	1300	GACTCCTATGCGAATTCTTTCTACAGAGCCATACGAACTGTGAATAACAG	1349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	121041	GACTCCTATGCGAATTCTTTCTACAGAGCCATACGAACTGTGAATAACAG	121090

BX649221.3	1350	GTTCATGAAATAAACAGAAAGGAGATGGGTTGTTGTTTTTTAAATCATTT	1399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
BX649222.6	121091	GTTCATGAAATAAACAGAAAGGAGATGGGTTGTTGTTTTTTAAATCAATT	121140

BX649221.3	1400	TTAGGCTGATGTTAGGATGTTGAAACTTTCCTTCTGCTGCCAAATTCTTT	1449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	121141	TTAGGCTGATGTTAGGATGTTGAAACTTTCCTTCTGCTGCCAAATTCTTT	121190

BX649221.3	1450	GGATTTAAGGTCTAGTTCATGAGAATACTTTGTGGTGGAGGAGAACTTCG	1499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	121191	GGATTTAAGGTCTAGTTCATGAGAATACTTTGTGGTGGAGGAGAACTTCG	121240

BX649221.3	1500	TGTTCAAATAAGTATAAACTAAACGTGCAAGCCCAGCTTAATTTACTTTT	1549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	121241	TGTTCAAATAAGTATAAACTAAACGTGCAAGCCCAGCTTAATTTACTTTT	121290

BX649221.3	1550	ATAAATTCCTGGTGGTTATCATCAACAACTAAGTTCACAAGCTAAAGGTG	1599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	121291	ATAAATTCCTGGTGGTTATCATCAACAACTAAGTTCACAAGCTAAAGGTG	121340

BX649221.3	1600	ACTGAATTATGAAGAGACTTGTGCAGGGGTGAAGGTGTGGGAATACACCA	1649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	121341	ACTGAATTATGAAGAGACTTGTGCAGGGGTGAAGGTGTGGGAATACACCA	121390

BX649221.3	1650	GTGCTCTGAGACAATGCCATAATGTGCAAAGCTATACCACTGACACCTGA	1699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	121391	GTGCTCTGAGACAATGCCATAATGTGCAAAGCTATACCACTGACACCTGA	121440

BX649221.3	1700	GGCTTTTTGTAGTCAGTGGAAAAACTCTACTGCCTTCATTTGGGTTTGGC	1749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	121441	GGCTTTTTGTAGTCAGTGGAAAAACTCTACTGCCTTCATTTGGGTTTGGC	121490

BX649221.3	1750	TGAAGCCTCCAGAGAGAAGAGAGATAATATCAATTAAAGGTTTTCTAAAT	1799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	121491	TGAAGCCTCCAGAGAGAAGAGAGATAATATCAATTAAAGGTTTTCTAAAT	121540

BX649221.3	1800	GCACCTAAGGGAGCTAGGTGCACCAATCCTATTGAAATTCAATAGGATTT	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	121541	GCACCTAAGGGAGCTAGGTGCACCAATCCTATTGAAATTCAATAGGATTT	121590

BX649221.3	1850	AGTTGTTTGGAGCCTTTGGAAAATCACAATCTAAAATTGCAGGCCTGCTG	1899
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
BX649222.6	121591	AGTTGTTTGGAGCCTTTGGAAAATCACAACCTAAAATTGCAGGCCTGCTG	121640

BX649221.3	1900	TATTCTTTAGTGGGCCCAGTGCTGTTGTGTGCTCTTGGCAATGGTTAAAG	1949
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
BX649222.6	121641	TATTCTTTAGTGGTCCCAGTGCTGTTGTGTGCTCTTGGCAATGATTAAAG	121690

BX649221.3	1950	GTGAATAGAAAAGCACATTCAATGTTTCTAACTTTGTCTTTTAGTAAGCT	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	121691	GTGAATAGAAAAGCACATTCAATGTTTCTAACTTTGTCTTTTAGTAAGCT	121740

BX649221.3	2000	T	2000
			|
BX649222.6	121741	T	121741

Compact alignment

skip 50 bps 100% identity alignment

BX649221.3	51	AATTATGGCTCTAGTGAAAAACACCATTTTTTTTTTTTAAAGTAAATCAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||
BX649222.6	119793	AATTATGGCTCTAGTGAAAAACACCATTTTTTTTTT--CAAGTAAATCAA	119840

skip 50 bps 100% identity alignment

BX649221.3	151	AGTTTTCCATTCTTTTACTTTTCTTCATTTTAGCTCCTGCGCTTTTCTAA	200
			|||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
BX649222.6	119891	AGTTTTCCATCCTTTTACATTTCTTCATTTTAGCTCCTGCGCTTTTCTAA	119940

skip 400 bps 100% identity alignment

BX649221.3	601	AGAGGTAATATATGGTATGCCTTCTTTTTCCTTTTCTCTGAAAGGACTAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
BX649222.6	120341	AGAGGTAATATATGGTATGCCTTCTTTTTTCTTTTCTCTGAAAGGACTAG	120390

skip 150 bps 100% identity alignment

BX649221.3	801	ATTAGTTGTGTAGTGAACTTATCTGCTACTCCACATAGGATACCGAGGAT	850
			||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
BX649222.6	120541	ATTAGTTGTGTAGTGAACTTATCCGCTGCTCCACATAGGATACCGAGGAT	120590

skip 50 bps 100% identity alignment

BX649221.3	901	ATAATAATAATAGTAATATTAAAATACCACCCCCTCCCCCCCCC-ACCAA	949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |
BX649222.6	120641	ATAATAATAATAGTAATATTAAAATACCACCCCCTCCCCCCCCCCCCCCA	120690

skip 150 bps 100% identity alignment

BX649221.3	1100	GGCTGCTTCTTTATAGTCTGCAACAGTTCCTTTCTATTCATGCTAATGCG	1149
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
BX649222.6	120841	GGCTGCTTCTTTATAGTCTGCAACAGTTCCTTTCTACTCATGCTAATGTG	120890

skip 200 bps 100% identity alignment

BX649221.3	1350	GTTCATGAAATAAACAGAAAGGAGATGGGTTGTTGTTTTTTAAATCATTT	1399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
BX649222.6	121091	GTTCATGAAATAAACAGAAAGGAGATGGGTTGTTGTTTTTTAAATCAATT	121140

skip 450 bps 100% identity alignment

BX649221.3	1850	AGTTGTTTGGAGCCTTTGGAAAATCACAATCTAAAATTGCAGGCCTGCTG	1899
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
BX649222.6	121591	AGTTGTTTGGAGCCTTTGGAAAATCACAACCTAAAATTGCAGGCCTGCTG	121640

BX649221.3	1900	TATTCTTTAGTGGGCCCAGTGCTGTTGTGTGCTCTTGGCAATGGTTAAAG	1949
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
BX649222.6	121641	TATTCTTTAGTGGTCCCAGTGCTGTTGTGTGCTCTTGGCAATGATTAAAG	121690

skip 51 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX649221.3 - 101661 bps
Hit
BX649222.6 - 121741 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.15190820001200011197431217411
286.09671154880348917125304254181
394.06811014623946339-175097751971
Short-link