<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 450 bps

Full alignment

CR855369.3	1	GCACGGTGAGCACCAGATTTCTTACCAATACCAAAATCATTTGAGAAGTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	99662	GCACGGTGAGCACCAGATTTCTTACCAATACCAAAATCATTTGAGAAGTT	99711

CR855369.3	51	CAAACATACCTCAAATTAAAAAAAAA-CACAACAAAACCAATCCAAAAAC	99
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
BX649221.3	99712	CAAACATACCTCAAATTAAAAAAAAAACACAACAAAACCAATCCAAAAAC	99761

CR855369.3	100	CTAGAACATCTGCTCTTCTCACAAGTGAACATTTGATTCTGGAAGCCTAA	149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	99762	CTAGAACATCTGCTCTTCTCACAAGTGAACATTTGATTCTGGAAGCCTAA	99811

CR855369.3	150	CAGTCAAAACCTTGTGACATACAGTGTCTTGTTGTTGTTAGGCTGTTTAG	199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	99812	CAGTCAAAACCTTGTGACATACAGTGTCTTGTTGTTGTTAGGCTGTTTAG	99861

CR855369.3	200	CCTGTGCAGTGAAGAGTTTGCAGATTATTGGACTATTTGGGCACTGAATG	249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	99862	CCTGTGCAGTGAAGAGTTTGCAGATTATTGGACTATTTGGGCACTGAATG	99911

CR855369.3	250	CCTGAATGGAGCAGAGCATAGATTTATCATACTGTTTTCATGCTGCTTCA	299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	99912	CCTGAATGGAGCAGAGCATAGATTTATCATACTGTTTTCATGCTGCTTCA	99961

CR855369.3	300	CTTCAAGAATAAAGAAACGAGCCTGAAACCCCTCCTTCCTCAGCCAGGGT	349
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	99962	CTTCAAGAATAAAGAAATGAGCCTGAAACCCCTCCTTCCTCAGCCAGGGT	100011

CR855369.3	350	GTTGACGGTAGTTTAGAAAAGGTGATTTTCAAGAATCTACCTATGGACTT	399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	100012	GTTGACGGTAGTTTAGAAAAGGTGATTTTCAAGAATCTACCTATGGACTT	100061

CR855369.3	400	GCATCACATGGATGATGCAAAACCTACACCTACATGAACATGAGAAGTAT	449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	100062	GCATCACATGGATGATGCAAAACCTACACCTACATGAACATGAGAAGTAT	100111

CR855369.3	450	TTGAAGATGGTATCATTTTCATTCTCAATGAATTTGTGCACACCAAAAAA	499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	100112	TTGAAGATGGTATCATTTTCATTCTCAATGAATTTGTGCACACCAAAAAA	100161

CR855369.3	500	TGAGACCTGAGTACAGAATTACATCTTAAATAGGCCATGCTCTTAATCCT	549
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
BX649221.3	100162	TGAGACCTGAGTACAGAATTACATCTTAAATAGCCCATGCTCTTAATCCT	100211

CR855369.3	550	CCAGTGATGCTGTCTTTATGCAAAAGTGCACCACTGGAGAGAGGAAAGAT	599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	100212	CCAGTGATGCTGTCTTTATGCAAAAGTGCACCACTGGAGAGAGGAAAGAT	100261

CR855369.3	600	GATTCTTGATGCTGTATGAAAATTCATACTGAGAAGTAAGTGGCCTGAGT	649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	100262	GATTCTTGATGCTGTATGAAAATTCATACTGAGAAGTAAGTGGCCTGAGT	100311

CR855369.3	650	TATTCAGACTAGAGCAATAATTTGCAGTATGTAACCTCAGTGTTTTTCAT	699
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
BX649221.3	100312	TATTCAGACTAGAGCAATAATTTGCAGTATGTAACCTCAGTGTTCTTCAT	100361

CR855369.3	700	GTTATACTAGTCACTTTAAACCACCGATAATGTGGTGCCATTTCCACAAT	749
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	100362	GTTATACTAGTCACTTTAAACCACCAATAATGTGGTGCCATTTCCACAAT	100411

CR855369.3	750	ACTACTCTTTTTCTTTATGTACAACATGCATGCCAAGATCCTTAAGGGTT	799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	100412	ACTACTCTTTTTCTTTATGTACAACATGCATGCCAAGATCCTTAAGGGTT	100461

CR855369.3	800	CAGCAGAGGCCACGTGCTGTACTATGGAAGCTGAGCTATGTTCAGCTCAT	849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	100462	CAGCAGAGGCCACGTGCTGTACTATGGAAGCTGAGCTATGTTCAGCTCAT	100511

CR855369.3	850	TTTTAAAGTAAACCTTCCTTTTTCTGTTTATTAGCAGGGCTTGTCTTTTA	899
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
BX649221.3	100512	TTTTAAAGTAAACCTTCCTTTTTCTGTTTATTAGCAGGACTTGTCTTTTA	100561

CR855369.3	900	AAGCAGGCTCTGTAGAGAGAAGGAGGGAAATTATGGACTGGAAGAAGCTT	949
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	100562	AAGCAGGCTCTGTAGAGAGA-GGAGGGAAATTATGGACTGGAAGAAGCTT	100610

CR855369.3	950	TTGCTTTGGAGAAGGATTCAGGAGATGTTCTGGTAGCTAGCAAGGCTTAT	999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	100611	TTGCTTTGGAGAAGGATTCAGGAGATGTTCTGGTAGCTAGCAAGGCTTAT	100660

CR855369.3	1000	TGAAGGGACTGGGCTCAAGGAATGAGAAAATGAGCATCTAGAATACTGTT	1049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	100661	TGAAGGGACTGGGCTCAAGGAATGAGAAAATGAGCATCTAGAATACTGTT	100710

CR855369.3	1050	CTCTGATGAAGGAAGTCTGTCAGTATAGCATGGGAGACTCAGGCCAAAGA	1099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	100711	CTCTGATGAAGGAAGTCTGTCAGTATAGCATGGGAGACTCAGGCCAAAGA	100760

CR855369.3	1100	TCAAAATGACAGGCTATAGCCAACTGCAGGAGCTGTGGGCATAGAGCAAG	1149
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
BX649221.3	100761	TCAAAATGACAGGCTATAGCCAACTGCAGGAGCTGTGGACATAGAGCAAG	100810

CR855369.3	1150	ATTGTATAGTCACAGACCTACTGAATCATAGAATTATTAGGGTTGAAAAA	1199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	100811	ATTGTATAGTCACAGACCTACTGAATCATAGAATTATTAGGGTTGAAAAA	100860

CR855369.3	1200	GCCCTTTAAGATCATCCAGTCCAACTGTTCACTTCCCACTAATATTGCCC	1249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	100861	GCCCTTTAAGATCATCCAGTCCAACTGTTCACTTCCCACTAATATTGCCC	100910

CR855369.3	1250	ACTAAACCATGTCCCTCAGTGCCACATCTACACAATTCTTGAACACCTCA	1299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	100911	ACTAAACCATGTCCCTCAGTGCCACATCTACACAATTCTTGAACACCTCA	100960

CR855369.3	1300	ATGGCTCCACCACCTACTTGGACAGTGTGTTCCAATACCTGACCACTCTT	1349
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
BX649221.3	100961	ATGGCTCCACCACCTACTTGGACAGTGTGTTCCAATACCTGACCACTCCT	101010

CR855369.3	1350	GCAGAGAGGTTTTTCTTAGTATTCAACCTGAACCTCTCCTGATGCAACTT	1399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	101011	GCAGAGAGGTTTTTCTTAGTATTCAACCTGAACCTCTCCTGATGCAACTT	101060

CR855369.3	1400	GAGGTGGATAGGGTAACAAAGGATAACAAGTACTATGCCTGTAGGAAGGA	1449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	101061	GAGGTGGATAGGGTAACAAAGGATAACAAGTACTATGCCTGTAGGAAGGA	101110

CR855369.3	1450	AAAGCTGCAAATCCAAGCAAATTGCATGGATTTTCTTCTTTGAAGCTATT	1499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	101111	AAAGCTGCAAATCCAAGCAAATTGCATGGATTTTCTTCTTTGAAGCTATT	101160

CR855369.3	1500	GGTTGGGTGTTTGAAAGAGGGAAAAATGTAGCAGGAATGGAGACAAGAGT	1549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	101161	GGTTGGGTGTTTGAAAGAGGGAAAAATGTAGCAGGAATGGAGACAAGAGT	101210

CR855369.3	1550	GTATATCGGGGGAGGGGAGAGAAGAAAGACAACAGACTTGTATTTTCTCA	1599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	101211	GTATATCGGGGGAGGGGAGAGAAGAAAGACAACAGACTTGTATTTTCTCA	101260

CR855369.3	1600	AGCTTGGATTGATTTTTGAGCAGCTTTGTATCACGATTTGTGGGTGTGGG	1649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	101261	AGCTTGGATTGATTTTTGAGCAGCTTTGTATCACGATTTGTGGGTGTGGG	101310

CR855369.3	1650	GTGAAAGGGAGGGCTACCAAGAAAGGACATTGTTGCAGTGGAATCTAGCT	1699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	101311	GTGAAAGGGAGGGCTACCAAGAAAGGACATTGTTGCAGTGGAATCTAGCT	101360

CR855369.3	1700	CAAAAGAGGAGGATTGTTTCTATGTGCCAAAAAAATGGAAACTGGACAAA	1749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	101361	CAAAAGAGGAGGATTGTTTCTATGTGCCAAAAAAATGGAAACTGGACAAA	101410

CR855369.3	1750	AAAGAAAAGAAAATGTAAATAAGGATGGACATTTATGGATGTATATATCT	1799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	101411	AAAGAAAAGAAAATGTAAATAAGGATGGACATTTATGGATGTATATATCT	101460

CR855369.3	1800	ATGAATTTATTAGCTGCCAACACTGTCAAATGACATTTGATATTTTATAT	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	101461	ATGAATTTATTAGCTGCCAACACTGTCAAATGACATTTGATATTTTATAT	101510

CR855369.3	1850	TCCTAGTTAAAAGTATCTCACTCCTACTGGAATTCTTCTGAAAGATGGTT	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	101511	TCCTAGTTAAAAGTATCTCACTCCTACTGGAATTCTTCTGAAAGATGGTT	101560

CR855369.3	1900	TACTTCAGTGCTGGTCTGATTATAATGTTTGCTTGTCTTCAGAAAACAGA	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	101561	TACTTCAGTGCTGGTCTGATTATAATGTTTGCTTGTCTTCAGAAAACAGA	101610

CR855369.3	1950	GTGTAGAGTAAAAGTAGACAAGATATTTCTTCTAGTAGAGACAGCAAGCT	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	101611	GTGTAGAGTAAAAGTAGACAAGATATTTCTTCTAGTAGAGACAGCAAGCT	101660

CR855369.3	2000	T	2000
			|
BX649221.3	101661	T	101661

Compact alignment

skip 50 bps 100% identity alignment

CR855369.3	51	CAAACATACCTCAAATTAAAAAAAAA-CACAACAAAACCAATCCAAAAAC	99
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
BX649221.3	99712	CAAACATACCTCAAATTAAAAAAAAAACACAACAAAACCAATCCAAAAAC	99761

skip 200 bps 100% identity alignment

CR855369.3	300	CTTCAAGAATAAAGAAACGAGCCTGAAACCCCTCCTTCCTCAGCCAGGGT	349
			||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	99962	CTTCAAGAATAAAGAAATGAGCCTGAAACCCCTCCTTCCTCAGCCAGGGT	100011

skip 150 bps 100% identity alignment

CR855369.3	500	TGAGACCTGAGTACAGAATTACATCTTAAATAGGCCATGCTCTTAATCCT	549
			||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
BX649221.3	100162	TGAGACCTGAGTACAGAATTACATCTTAAATAGCCCATGCTCTTAATCCT	100211

skip 100 bps 100% identity alignment

CR855369.3	650	TATTCAGACTAGAGCAATAATTTGCAGTATGTAACCTCAGTGTTTTTCAT	699
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
BX649221.3	100312	TATTCAGACTAGAGCAATAATTTGCAGTATGTAACCTCAGTGTTCTTCAT	100361

CR855369.3	700	GTTATACTAGTCACTTTAAACCACCGATAATGTGGTGCCATTTCCACAAT	749
			||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	100362	GTTATACTAGTCACTTTAAACCACCAATAATGTGGTGCCATTTCCACAAT	100411

skip 100 bps 100% identity alignment

CR855369.3	850	TTTTAAAGTAAACCTTCCTTTTTCTGTTTATTAGCAGGGCTTGTCTTTTA	899
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
BX649221.3	100512	TTTTAAAGTAAACCTTCCTTTTTCTGTTTATTAGCAGGACTTGTCTTTTA	100561

CR855369.3	900	AAGCAGGCTCTGTAGAGAGAAGGAGGGAAATTATGGACTGGAAGAAGCTT	949
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
BX649221.3	100562	AAGCAGGCTCTGTAGAGAGA-GGAGGGAAATTATGGACTGGAAGAAGCTT	100610

skip 150 bps 100% identity alignment

CR855369.3	1100	TCAAAATGACAGGCTATAGCCAACTGCAGGAGCTGTGGGCATAGAGCAAG	1149
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
BX649221.3	100761	TCAAAATGACAGGCTATAGCCAACTGCAGGAGCTGTGGACATAGAGCAAG	100810

skip 150 bps 100% identity alignment

CR855369.3	1300	ATGGCTCCACCACCTACTTGGACAGTGTGTTCCAATACCTGACCACTCTT	1349
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
BX649221.3	100961	ATGGCTCCACCACCTACTTGGACAGTGTGTTCCAATACCTGACCACTCCT	101010

skip 651 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR855369.3 - 112938 bps
Hit
BX649221.3 - 101661 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.5519342000120001996621016611
288.691442237963879860-148794490141
Short-link