<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX005142.4	1	GAATTCCATATATCCATTGTTTTCCTTTGCAAATGGTTATTGTCAACAAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	123993	GAATTCCATATATCCATTGTTTTCCTTTGCAAATGGTTATTGTCAACAAT	124042

BX005142.4	51	TCTTTCAGGTCTAACTTTCTCATTACTTTTCATTTTTGTGAAGCAGGATT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124043	TCTTTCAGGTCTAACTTTCTCATTACTTTTCATTTTTGTGAAGCAGGATT	124092

BX005142.4	101	AGTAAAGTTTAACATTTTTTTAATTAATACAAAAAATGGCACAGAGTGAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124093	AGTAAAGTTTAACATTTTTTTAATTAATACAAAAAATGGCACAGAGTGAT	124142

BX005142.4	151	CATCCTCTTCATGGTCCACTTCCTTAAATAAAAGTTGGAAAACCTGGTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124143	CATCCTCTTCATGGTCCACTTCCTTAAATAAAAGTTGGAAAACCTGGTTT	124192

BX005142.4	201	ATCATCTCAGGAACAGAGAAATAGAACAGCACAAAACAAGGGAAAAACAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124193	ATCATCTCAGGAACAGAGAAATAGAACAGCACAAAACAAGGGAAAAACAA	124242

BX005142.4	251	TATGCTTGTTCCACCACACCTTTGGGCATTAGACTGTTTAATGCAAATAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124243	TATGCTTGTTCCACCACACCTTTGGGCATTAGACTGTTTAATGCAAATAA	124292

BX005142.4	301	TGTGGATGCTCAGGGGCTTTCAGTAAACAGCATCTGTGCTTTATAGATTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124293	TGTGGATGCTCAGGGGCTTTCAGTAAACAGCATCTGTGCTTTATAGATTT	124342

BX005142.4	351	TTAGTAATTTTAGCTTTTTAACCATTTTGATTTTTGATTTTGCATTCAGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124343	TTAGTAATTTTAGCTTTTTAACCATTTTGATTTTTGATTTTGCATTCAGG	124392

BX005142.4	401	TTGTGTATGAATGGCTTGATGTAGACGTAACATTTTTATTTTGTACTGAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124393	TTGTGTATGAATGGCTTGATGTAGACGTAACATTTTTATTTTGTACTGAC	124442

BX005142.4	451	ATCTGGATGTAATTTTTGTAATAATGTATTATTCATATTGATATGCAGTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124443	ATCTGGATGTAATTTTTGTAATAATGTATTATTCATATTGATATGCAGTA	124492

BX005142.4	501	AGTAAATAAACTATCCCACATAGCAAATGTTTTCTGGGCCAGCTCCGGGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124493	AGTAAATAAACTATCCCACATAGCAAATGTTTTCTGGGCCAGCTCCGGGC	124542

BX005142.4	551	CACACACTTTTCTTTCGGCCCAAGTACCACAAAGAATGACGGTCCTGAAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124543	CACACACTTTTCTTTCGGCCCAAGTACCACAAAGAATGACGGTCCTGAAG	124592

BX005142.4	601	TGGCCCATAACTGGATTAAAGACACATGGGCCATAACCGGTCTGAATCAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124593	TGGCCCATAACTGGATTAAAGACACATGGGCCATAACCGGTCTGAATCAC	124642

BX005142.4	651	AGCCAATTTATTACCCATGACTAGACCCACATGGAATCTGTGCTCAGAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124643	AGCCAATTTATTACCCATGACTAGACCCACATGGAATCTGTGCTCAGAAA	124692

BX005142.4	701	TCAGCAGATTTTAAGCTATCATTAATTCTGTTTATTTACTTAAGTAAATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124693	TCAGCAGATTTTAAGCTATCATTAATTCTGTTTATTTACTTAAGTAAATG	124742

BX005142.4	751	TGTGTAAATCTAGATTTATTCAGTTTTTTTTTAATTAAAGTAATATTATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124743	TGTGTAAATCTAGATTTATTCAGTTTTTTTTTAATTAAAGTAATATTATT	124792

BX005142.4	801	GTCTAATATGAAAATGTTAATCAAATTTTTGTACAATGCAGTTTGTACAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124793	GTCTAATATGAAAATGTTAATCAAATTTTTGTACAATGCAGTTTGTACAG	124842

BX005142.4	851	TAATATTTTCTGTATTTTAGTAGAGATATTATATGAGAGACTTGCTTTGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124843	TAATATTTTCTGTATTTTAGTAGAGATATTATATGAGAGACTTGCTTTGT	124892

BX005142.4	901	TTACTAAATGAAGTGAATCTAAATGGATTTGCATTTTAAACATTAAATAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124893	TTACTAAATGAAGTGAATCTAAATGGATTTGCATTTTAAACATTAAATAA	124942

BX005142.4	951	AAGTCAAAAAGGTAGTACTTTTTATTTCATATACTGTATTAGGTTTTAGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124943	AAGTCAAAAAGGTAGTACTTTTTATTTCATATACTGTATTAGGTTTTAGT	124992

BX005142.4	1001	TATGACACTCCCAAAATAATTCCGCAGAAATACGCAGATTTTTACTAAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	124993	TATGACACTCCCAAAATAATTCCGCAGAAATACGCAGATTTTTACTAAAA	125042

BX005142.4	1051	TTCTCTGCAATAATAGCAAAAAACATCTGCAGATTCCATCTGGCCCTACC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125043	TTCTCTGCAATAATAGCAAAAAACATCTGCAGATTCCATCTGGCCCTACC	125092

BX005142.4	1101	ATTAACTGGCCCTGAACTGCACCAAAACAGGTTTATTATTGGTACCGATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125093	ATTAACTGGCCCTGAACTGCACCAAAACAGGTTTATTATTGGTACCGATT	125142

BX005142.4	1151	CTCAGCTAAAAGTAACCATATCAACACCACCATTTAACCAGAAACCCCAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125143	CTCAGCTAAAAGTAACCATATCAACACCACCATTTAACCAGAAACCCCAA	125192

BX005142.4	1201	AAGGTGTTAGGTGTACGCATTTTATCTATTTTGTTGTAGGTTTATATATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125193	AAGGTGTTAGGTGTACGCATTTTATCTATTTTGTTGTAGGTTTATATATG	125242

BX005142.4	1251	TAATGTATGGTGTGTGCCTGCATATGTAAGGACTATTGTGTGTGTGATCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125243	TAATGTATGGTGTGTGCCTGCATATGTAAGGACTATTGTGTGTGTGATCA	125292

BX005142.4	1301	TGTGAATATATACTTACATTTTGTGTACATGAATGTTTTTATTTCATGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125293	TGTGAATATATACTTACATTTTGTGTACATGAATGTTTTTATTTCATGTG	125342

BX005142.4	1351	ATAAGTTTTTGTGGTCTATTTTAATGCTTTTGTTGTTGTTTGTGTGGCAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125343	ATAAGTTTTTGTGGTCTATTTTAATGCTTTTGTTGTTGTTTGTGTGGCAC	125392

BX005142.4	1401	TTTGAGTTGCATGTATGTTGGAAAAGTGCTATACAAATAAAGTTTATTAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125393	TTTGAGTTGCATGTATGTTGGAAAAGTGCTATACAAATAAAGTTTATTAT	125442

BX005142.4	1451	TATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAAAAACT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125443	TATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAAAAACT	125492

BX005142.4	1501	GACCCATAACCCAACCTAATTGTACCTAAACAATGTGAACAATCACTACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125493	GACCCATAACCCAACCTAATTGTACCTAAACAATGTGAACAATCACTACA	125542

BX005142.4	1551	CTAATCTGGGCCACACACCTCCCATCCACAACTGGCCCAAATGTAGTTTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125543	CTAATCTGGGCCACACACCTCCCATCCACAACTGGCCCAAATGTAGTTTG	125592

BX005142.4	1601	CCGTCATGCATGCAGTGCCATCATTGCCATGCATGGCCCACATTCGGCTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125593	CCGTCATGCATGCAGTGCCATCATTGCCATGCATGGCCCACATTCGGCTG	125642

BX005142.4	1651	ATATTATGAATGCCAGTGCCGACAACACGCCAGCGGTGCCATAATGAGGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125643	ATATTATGAATGCCAGTGCCGACAACACGCCAGCGGTGCCATAATGAGGC	125692

BX005142.4	1701	CACATTTGGGCCAAGTCTTTTTGCTATGTGGGATCTTCATAAACAGTGAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125693	CACATTTGGGCCAAGTCTTTTTGCTATGTGGGATCTTCATAAACAGTGAC	125742

BX005142.4	1751	CAAAATATATATTTTTATTATTGTATTGACCACAATTTTCTTTTGCTTTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125743	CAAAATATATATTTTTATTATTGTATTGACCACAATTTTCTTTTGCTTTC	125792

BX005142.4	1801	AGTCGCTGCTGCTGATCATGTAGACGCAGACTGTTTCGTCTGCATCTTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125793	AGTCGCTGCTGCTGATCATGTAGACGCAGACTGTTTCGTCTGCATCTTTT	125842

BX005142.4	1851	TAAGTCATGGGGAAGATGGCCATGTTTATGCCAGAGATAAGAAGATCAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125843	TAAGTCATGGGGAAGATGGCCATGTTTATGCCAGAGATAAGAAGATCAAA	125892

BX005142.4	1901	ATACCGGAAATCACTGATTTGTTCAAGGGGGATAAATGTCGTAGTCTTGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125893	ATACCGGAAATCACTGATTTGTTCAAGGGGGATAAATGTCGTAGTCTTGT	125942

BX005142.4	1951	GGGAAAACCCAAGATCTTCATCTGGCAGGTAATTGTGCAAAATGTCCTTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX649211.10	125943	GGGAAAACCCAAGATCTTCATCTGGCAGGTAATTGTGCAAAATGTCCTTT	125992

Overview

Query
BX005142.4 - 170200 bps
Hit
BX649211.10 - 125992 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192320001200011239931259921
281.491664241409414517131021314471
386.072134626992870389-154107545871
487.52258489120654121142154107545871
586.291693448638286725154231545731
688.672954801453115010-155974564761
782.561354086998570392-162388627941
883.95147386120739121124162465628441
982.231283758638186755162502628781
1085.861252788638586662-173123734051
1189.02232401120662121062-173123735231
1282.18132336100673101008-175807761261
1383.681815026992570426189839903651
1481.18187499328433334111046501051431
1587.462093666558365948-11145141148881
1683.64128318587555907211145631148801
1792.371712488353860011202111204591
1883.34147348169691731611223021226551
1985.24317692188671955811229071235971
2087.04133249196301987811237351239811
2196.15182208204412064811257721259791
2290.86141197127981299411257841259801
Short-link