<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX640588.5	2000	GAATTCAGCCTATAAAAAATAGTTTGCAACCATTCTTACATTAAAAAATG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1	GAATTCAGCCTATAAAAAATAGTTTGCAACCATTCTTACATTAAAAAATG	50

C  BX640588.5	1950	TAGTAAATCCAATGAATCATTTTCTTCAGTTCATGAGTGTTGCTATTAGA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	51	TAGTAAATCCAATGAATCATTTTCTTCAGTTCATGAGTGTTGCTATTAGA	100

C  BX640588.5	1900	TGCACAGATGTTCTGCTTCAGCTGTATTTGGAGGTATTTTCAATAGTGAT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	101	TGCACAGATGTTCTGCTTCAGCTGTATTTGGAGGTATTTTCAATAGTGAT	150

C  BX640588.5	1850	ACAGAAAATAGATTAAAATGTTTAAAATGCAGTAAAGCTTCTTTATTTCA	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	151	ACAGAAAATAGATTAAAATGTTTAAAATGCAGTAAAGCTTCTTTATTTCA	200

C  BX640588.5	1800	GCGCTGCTGATGCAATATTTCTTAACTGTATTACATCTTTTAATGAAAAT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	201	GCGCTGCTGATGCAATATTTCTTAACTGTATTACATCTTTTAATGAAAAT	250

C  BX640588.5	1750	AAGACAAACAAACTTATACAAGGATAAGTTTTGCAGTTTTAACTTTGATT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	251	AAGACAAACAAACTTATACAAGGATAAGTTTTGCAGTTTTAACTTTGATT	300

C  BX640588.5	1700	TTAAGGTCATTCTAATTCCATTATAATAGTTCATTAATCAGTAATCACAT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	301	TTAAGGTCATTCTAATTCCATTATAATAGTTCATTAATCAGTAATCACAT	350

C  BX640588.5	1650	TTTTTTCTCTCAAAGTGAGTTACATACTCAATAATGGCTTCCAAAACTGT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	351	TTTTTTCTCTCAAAGTGAGTTACATACTCAATAATGGCTTCCAAAACTGT	400

C  BX640588.5	1600	AGATATGCACTTTCCAGCAAGACTTGCACCACGTGATTCTGATAGTAGTA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	401	AGATATGCACTTTCCAGCAAGACTTGCACCACGTGATTCTGATAGTAGTA	450

C  BX640588.5	1550	ATAGAGAACTTGAAGGTAAACTCATTTGCCAATATTGACATCGCAATACA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	451	ATAGAGAACTTGAAGGTAAACTCATTTGCCAATATTGACATCGCAATACA	500

C  BX640588.5	1500	ATAAATTATTAAACAATAAACATCACAAAAAGTAGTATAACAACACACCA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	501	ATAAATTATTAAACAATAAACATCACAAAAAGTAGTATAACAACACACCA	550

C  BX640588.5	1450	TTTGCCCCAACTACACATCACAACACCGTAACTAACTGAGCAAATAACAA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	551	TTTGCCCCAACTACACATCACAACACCGTAACTAACTGAGCAAATAACAA	600

C  BX640588.5	1400	CAAAAATCTACACCTATACAATACACAAATTCTGTTCTGGTTTCTAGATA	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	601	CAAAAATCTACACCTATACAATACACAAATTCTGTTCTGGTTTCTAGATA	650

C  BX640588.5	1350	TGATGCTGATGTTCTTATGTCTGTCAAACTGTAGAAATATCAGACATCTT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	651	TGATGCTGATGTTCTTATGTCTGTCAAACTGTAGAAATATCAGACATCTT	700

C  BX640588.5	1300	TCAGTCTTCAACCCCAGAGTTGCCACTCTCCCTCCAGCTAAAAAAAAGGC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	701	TCAGTCTTCAACCCCAGAGTTGCCACTCTCCCTCCAGCTAAAAAAAAGGC	750

C  BX640588.5	1250	CATACTTCAGTCACACTGACCTTTTCCTTATCCACACATCTCTCACAAAG	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	751	CATACTTCAGTCACACTGACCTTTTCCTTATCCACACATCTCTCACAAAG	800

C  BX640588.5	1200	CTTACACCATTATCTTTCCGGCTCTGGACTGGAGATGCAATTGGACTAGT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	801	CTTACACCATTATCTTTCCGGCTCTGGACTGGAGATGCAATTGGACTAGT	850

C  BX640588.5	1150	GATTTGGAGAACAGCTGCACTGCAACATGTCTGACAAAAAGTGAGCTGTT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	851	GATTTGGAGAACAGCTGCACTGCAACATGTCTGACAAAAAGTGAGCTGTT	900

C  BX640588.5	1100	TTGTTTATGTGTTTTAATATGGAAATGCATTAGCTGATGAAGGATTTGGA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	901	TTGTTTATGTGTTTTAATATGGAAATGCATTAGCTGATGAAGGATTTGGA	950

C  BX640588.5	1050	AATAGATCATGTTAATTGAATCATTTTGATTCTCATTTTGTAGTAAAATC	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	951	AATAGATCATGTTAATTGAATCATTTTGATTCTCATTTTGTAGTAAAATC	1000

C  BX640588.5	1000	CCTCTTATCAATTCATTCAGCTTGGTTTGATACTAGTCCTTTTGGCAATG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1001	CCTCTTATCAATTCATTCAGCTTGGTTTGATACTAGTCCTTTTGGCAATG	1050

C  BX640588.5	950	CATTGCGTTTTTGAAATAACTTGACTTGTTACAGAGAGATTTGTCACATT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1051	CATTGCGTTTTTGAAATAACTTGACTTGTTACAGAGAGATTTGTCACATT	1100

C  BX640588.5	900	TAACTGCAGAAAATGAAATGAGAAACAAACAAGCCTTACATGTAAAGTTT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1101	TAACTGCAGAAAATGAAATGAGAAACAAACAAGCCTTACATGTAAAGTTT	1150

C  BX640588.5	850	TTACACTGTGTGTTTTTTAAAGCTATATATTTAATATCGCACATGCTGTT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1151	TTACACTGTGTGTTTTTTAAAGCTATATATTTAATATCGCACATGCTGTT	1200

C  BX640588.5	800	TTGACTTTCACATCAGTCCTAAATTAAAAACTGATTCTTTGGTGATCACC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1201	TTGACTTTCACATCAGTCCTAAATTAAAAACTGATTCTTTGGTGATCACC	1250

C  BX640588.5	750	AGGGAGCCATTGAGGACATTTTTCAAATTCTAAAAAATATGCAATTCTTT	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1251	AGGGAGCCATTGAGGACATTTTTCAAATTCTAAAAAATATGCAATTCTTT	1300

C  BX640588.5	700	TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAACATGCAAATGGTAAAGAAT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1301	TTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAACATGCAAATGGTAAAGAAT	1350

C  BX640588.5	650	GGTCTTGACCCTGTGCGTGACCGCAAGCCAAATTTCCCCCCACTACTCAT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1351	GGTCTTGACCCTGTGCGTGACCGCAAGCCAAATTTCCCCCCACTACTCAT	1400

C  BX640588.5	600	CTGACCCCTGAACTTAGCACAGACTTGTTAGGTTCAAAGGTCTGTTTAGC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1401	CTGACCCCTGAACTTAGCACAGACTTGTTAGGTTCAAAGGTCTGTTTAGC	1450

C  BX640588.5	550	CATGTTCTTTATGGCTTAGTTTTGCAGTAACTCAAAGTTTTTTTTTCTCT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1451	CATGTTCTTTATGGCTTAGTTTTGCAGTAACTCAAAGTTTTTTTTTCTCT	1500

C  BX640588.5	500	TCAGAGGTTTGGAAGAGTTCTATTCCCATCATTCAAAGTAGGTTTGAGTA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1501	TCAGAGGTTTGGAAGAGTTCTATTCCCATCATTCAAAGTAGGTTTGAGTA	1550

C  BX640588.5	450	GAAATAGGGATTACAATTTGCACACCAGCATAGTTTGGATTAAAATAATA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1551	GAAATAGGGATTACAATTTGCACACCAGCATAGTTTGGATTAAAATAATA	1600

C  BX640588.5	400	ATTGTTGGCATTTACTGTAGTTCAGTTCAAGAAAAGCTTAGTCTTTGTAT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1601	ATTGTTGGCATTTACTGTAGTTCAGTTCAAGAAAAGCTTAGTCTTTGTAT	1650

C  BX640588.5	350	TCATGTTGATATCAAACATTCAATTCATTTCAGCTTAGTCCCTTTGTTAA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1651	TCATGTTGATATCAAACATTCAATTCATTTCAGCTTAGTCCCTTTGTTAA	1700

C  BX640588.5	300	TCTGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCACCAACTTATTTATGCACCTTCC	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1701	TCTGGGGTCGCCACAGCGGAATGAACCACCAACTTATTTATGCACCTTCC	1750

C  BX640588.5	250	AGCTGCAACCCAACACCAGGAAACACCCATACACTCTTACATTTACTACC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1751	AGCTGCAACCCAACACCAGGAAACACCCATACACTCTTACATTTACTACC	1800

C  BX640588.5	200	AATTTAGCTTATTCAATTCACATATACTGCATGTTTTAGGACTGTGGGGG	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1801	AATTTAGCTTATTCAATTCACATATACTGCATGTTTTAGGACTGTGGGGG	1850

C  BX640588.5	150	AAACCGGAGCACCAGAAGGAAACCCACGCGAGCATGAGGAGAACATGCAA	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1851	AAACCGGAGCACCAGAAGGAAACCCACGCGAGCATGAGGAGAACATGCAA	1900

C  BX640588.5	100	ACTCCACACAGAAACAATAACTGACCCAGCCGGGGCTCGAACCAGTGACC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1901	ACTCCACACAGAAACAATAACTGACCCAGCCGGGGCTCGAACCAGTGACC	1950

C  BX640588.5	50	TTTTTGCTGTAAGGTGATTGTGCTACACACTGCACAAATGTGCACAGCAT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640587.7	1951	TTTTTGCTGTAAGGTGATTGTGCTACACACTGCACAAATGTGCACAGCAT	2000

Overview

Query
BX640588.5 - 117506 bps
Hit
BX640587.7 - 192743 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001940200012000-1120001
282.3512428593039587-1272630141
389.492433689276893135-140346407161
481.88992855264552929140352406491
578.221013352147621810140355406801
688.091051692441524583141973421401
777.441114975309353589-149520500111
885.61162295276152989-11041861044211
986.31147272927689303911041891044511
1086.99270470132791374811104291109051
1190.451171773246732643-11236661238431
1290.079514128012941-11236801238201
1389.012323619276993129-11393321396951
1493.74229288927659305211452021454891
1584.25129256324643271911452071454601
1680.95112341526435298311513511516861
1785.16139328433854371211598821602181
1892.7105137927689290411763311764671
1981.9313133111619211652211789781793201
2081.971153345265352986-11789781793211
2189.45129209929289313611791201793371
2279.94113323214762179811853891857071
2382.751473343246532798-11854121857531
Short-link