<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CR759820.6	1	TTGATGATAATGATTCCTCGTATGTGCGAACATATGTGGCAATAAAAGCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99116	TTGATGATAATGATTCCTCGTATGTGCGAACATATGTGGCAATAAAAGCT	99165

CR759820.6	51	CTTTCTGATTTCTGATATAGATACATATACATATAGATTCTGATATAGAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99166	CTTTCTGATTTCTGATATAGATACATATACATATAGATTCTGATATAGAT	99215

CR759820.6	101	ACATATATAGATGATCTATATCATCTATATATGTATATATATAGATATAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99216	ACATATATAGATGATCTATATCATCTATATATGTATATATATAGATATAT	99265

CR759820.6	151	ATATACACACACATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTGTGCGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99266	ATATACACACACATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTGTGCGT	99315

CR759820.6	201	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATGAACAATG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99316	GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATGAACAATG	99365

CR759820.6	251	TATATGAATATGGCTGTGTATTAGCACTGGTGAGAGGCGTGCATTCGTAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99366	TATATGAATATGGCTGTGTATTAGCACTGGTGAGAGGCGTGCATTCGTAT	99415

CR759820.6	301	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99416	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	99465

CR759820.6	351	ATATATATACACAAGAGAGCAATTTGTAATATGTAAATGTAAGATGATAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99466	ATATATATACACAAGAGAGCAATTTGTAATATGTAAATGTAAGATGATAG	99515

CR759820.6	401	TAGTGCAAAATAGGGAATGAGAGGGGGTTGGGTGAGGTGGAGTAAACAGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99516	TAGTGCAAAATAGGGAATGAGAGGGGGTTGGGTGAGGTGGAGTAAACAGT	99565

CR759820.6	451	TCTCAGATAGAACGAGATATATACAGATGTTATTTGTAAATGTAAGACAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99566	TCTCAGATAGAACGAGATATATACAGATGTTATTTGTAAATGTAAGACAA	99615

CR759820.6	501	TTTACACTTCCCGGCCACTTTTTTAGATACACCCGTCCAACTGCTCGTTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99616	TTTACACTTCCCGGCCACTTTTTTAGATACACCCGTCCAACTGCTCGTTA	99665

CR759820.6	551	TTGCAAATTTCTTATCAGCCAGTCACATGGCAGCAGCACAGCTCATTTAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99666	TTGCAAATTTCTTATCAGCCAGTCACATGGCAGCAGCACAGCTCATTTAC	99715

CR759820.6	601	ACATGTAGACGTGGTCAAGACGATCTGGAGCAGTTTAAATTAGGCATCAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99716	ACATGTAGACGTGGTCAAGACGATCTGGAGCAGTTTAAATTAGGCATCAG	99765

CR759820.6	651	AATGGGGAAGAAAGGTGATTTAAGTGACTTTGAACGGGTCAAGTCTGTTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99766	AATGGGGAAGAAAGGTGATTTAAGTGACTTTGAACGGGTCAAGTCTGTTC	99815

CR759820.6	701	GTCCCAGACGGGCTGGTCTGAGTATTTCAGAAACTGCTGATCTACTGGGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99816	GTCCCAGACGGGCTGGTCTGAGTATTTCAGAAACTGCTGATCTACTGGGA	99865

CR759820.6	751	TTTTCACGTTAATCCATCTCTAGGGTTTACAGAGAATGGTGCGAAAAAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99866	TTTTCACGTTAATCCATCTCTAGGGTTTACAGAGAATGGTGCGAAAAAAA	99915

CR759820.6	801	GAAAATATGCAGTTTTGTGGGTGCAAATGCCTTGTTGATGCCAGAGGTCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99916	GAAAATATGCAGTTTTGTGGGTGCAAATGCCTTGTTGATGCCAGAGGTCA	99965

CR759820.6	851	AAGGAGAATGGCCAGACTGGTTCCAGCCGATAGAAAGGCAACATTAACTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	99966	AAGGAGAATGGCCAGACTGGTTCCAGCCGATAGAAAGGCAACATTAACTA	100015

CR759820.6	901	AAATAACTACTCATTACAACCAAGGTATTAAAAAGAGCATCTCTGAATGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100016	AAATAACTACTCATTACAACCAAGGTATTAAAAAGAGCATCTCTGAATGC	100065

CR759820.6	951	CCAGCATGTCAAACCTTGAGGCGGATGGGCTACAGCAGCAGAAGACTATA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100066	CCAGCATGTCAAACCTTGAGGCGGATGGGCTACAGCAGCAGAAGACTATA	100115

CR759820.6	1001	ATGGGTGCCACTCCCGTCAGCTAAAAACAGGAAACTGAGGCTACAATTTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100116	ATGGGTGCCACTCCCGTCAGCTAAAAACAGGAAACTGAGGCTACAATTTA	100165

CR759820.6	1051	CACAGGCTCACCAAAATTGCACAATAGAAGATTGATAAAATGTTGCCTGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100166	CACAGGCTCACCAAAATTGCACAATAGAAGATTGATAAAATGTTGCCTGG	100215

CR759820.6	1101	TCTGATAAGTTTCGATTTCTGCTTCGACATTCAGATGGTAGAGTAAGAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100216	TCTGATAAGTTTCGATTTCTGCTTCGACATTCAGATGGTAGAGTAAGAAT	100265

CR759820.6	1151	TTGAAATCAACAACATAAAAGCATGGATAAATTTCTAGCAATTATGTGAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100266	TTGAAATCAACAACATAAAAGCATGGATAAATTTCTAGCAATTATGTGAT	100315

CR759820.6	1201	GCTATCATGTCAGTATGGACCAAAATTTGTATATTGCTGTAGCGCAAAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100316	GCTATCATGTCAGTATGGACCAAAATTTGTATATTGCTGTAGCGCAAAAT	100365

CR759820.6	1251	AGGGGATGAGAGGGTGTAGGAAAGGTGGAGTTACCAGTTCTGAGTTCTAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100366	AGGGGATGAGAGGGTGTAGGAAAGGTGGAGTTACCAGTTCTGAGTTCTAA	100415

CR759820.6	1301	CTCTCAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	1350
			||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100416	CTCTCA------------ATATATATATATATATATATATATATATATAT	100453

CR759820.6	1351	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100454	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	100503

CR759820.6	1401	ATATATATATTCTATGCTCTAATTGTTAATTTTTTTAATCTTAAATATGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100504	ATATATATATTCTATGCTCTAATTGTTAATTTTTTTAATCTTAAATATGT	100553

CR759820.6	1451	TTTCTTGTGGGCAGCACAGTGGCAAAGTGGGTAGCACGATCGCCTCACAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100554	TTTCTTGTGGGCAGCACAGTGGCAAAGTGGGTAGCACGATCGCCTCACAG	100603

CR759820.6	1501	CAAAAAGGTTGCTGGTTCGAGCTCTGGGTGGGTCAGTTGGCATATTCTCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100604	CAAAAAGGTTGCTGGTTCGAGCTCTGGGTGGGTCAGTTGGCATATTCTCC	100653

CR759820.6	1551	CCATGTTGGCATGGGATTTCTCCAGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAAGTCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100654	CCATGTTGGCATGGGATTTCTCCAGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAAGTCC	100703

CR759820.6	1601	AAAGACATGCGGTAAAGGTGAATTGGGTAAGCTAAATTGTCCGTAATGTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100704	AAAGACATGCGGTAAAGGTGAATTGGGTAAGCTAAATTGTCCGTAATGTA	100753

CR759820.6	1651	TGTGTGTGGATGTTTCCCTGTGATGGGTTGCCACTGGAAGGGCATCCGTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100754	TGTGTGTGGATGTTTCCCTGTGATGGGTTGCCACTGGAAGGGCATCCGTT	100803

CR759820.6	1701	GCGTAAAACATATGTGGATAGATTGCCCGTTCGTTCCACTGTTGTGACCC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100804	GCGTAAAACATATGTGGATAGATTGCCCGTTCGTTCCACTGTTGTGACCC	100853

CR759820.6	1751	CAGATTAATTAAGGGGCTAAGCTGAAAGAAAATAAATGAAGAATATTTTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100854	CAGATTAATTAAGGGGCTAAGCTGAAAGAAAATAAATGAAGAATATTTTC	100903

CR759820.6	1801	TTATTTGGAATAAAAAATCTCTTTATTTGTGTACATTTCTTCAGAAACAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100904	TTATTTGGAATAAAAAATCTCTTTATTTGTGTACATTTCTTCAGAAACAA	100953

CR759820.6	1851	AACTTAAGTAATCTAGCCTCTTTCTTGTTGAAATGTTTATATTGGCAAAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100954	AACTTAAGTAATCTAGCCTCTTTCTTGTTGAAATGTTTATATTGGCAAAC	101003

CR759820.6	1901	CATGCCACAAATTCGAGAAAATCTTTTTTCCCAGTGTTATTTTTAAAATC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	101004	CATGCCACAAATTCGAGAAAATCTTTTTTCCCAGTGTTATTTTTAAAATC	101053

CR759820.6	1951	AAAACGGTTTAAGCCTGTTTTATTTGCAGTAGAGAAATGATCCTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	101054	AAAACGGTTTAAGCCTGTTTTATTTGCAGTAGAGAAATGATCCTGAATTC	101103

Compact alignment

skip 1300 bps 100% identity alignment

CR759820.6	1301	CTCTCAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT	1350
			||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640546.13	100416	CTCTCA------------ATATATATATATATATATATATATATATATAT	100453

skip 650 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR759820.6 - 42510 bps
Hit
BX640546.13 - 101103 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link