<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX539324.15	1	AAGCTTAAAAAGTAACATCATTCAGCCTGTTTACATAGATCAGTGCATAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256049	AAGCTTAAAAAGTAACATCATTCAGCCTGTTTACATAGATCAGTGCATAA	256098

BX539324.15	51	TTTGACAGTCACAGTGATATTATAATATTGATTTGATTTCAATATATCAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256099	TTTGACAGTCACAGTGATATTATAATATTGATTTGATTTCAATATATCAC	256148

BX539324.15	101	ACAGTCCAAGTCAGTAGGTAGAAGGGGCTCACAAATGAGGTTCTTTTAAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256149	ACAGTCCAAGTCAGTAGGTAGAAGGGGCTCACAAATGAGGTTCTTTTAAG	256198

BX539324.15	151	GGCCCTGGAGTGTCTTCTCTCCTACAATGGGAACTGTCACCTCTGCTTGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256199	GGCCCTGGAGTGTCTTCTCTCCTACAATGGGAACTGTCACCTCTGCTTGG	256248

BX539324.15	201	CACTTCAATTACCAGGAACTCACGACCCACAAGCACGAATCATGTACAGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256249	CACTTCAATTACCAGGAACTCACGACCCACAAGCACGAATCATGTACAGG	256298

BX539324.15	251	AACCAGGATTCTGAATGTTAGCGCTATGATAAGATGTTATCTAAGAGTGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256299	AACCAGGATTCTGAATGTTAGCGCTATGATAAGATGTTATCTAAGAGTGA	256348

BX539324.15	301	CATTTGCACCTGCAGAGTCTCGTACTTCTTTAATTGGGGAACGACGGAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256349	CATTTGCACCTGCAGAGTCTCGTACTTCTTTAATTGGGGAACGACGGAAG	256398

BX539324.15	351	TTCTTTGTTTTTGCAGGTTCATTAAAGAAGCCTTTTGGTTTTATCTAATC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256399	TTCTTTGTTTTTGCAGGTTCATTAAAGAAGCCTTTTGGTTTTATCTAATC	256448

BX539324.15	401	GAGAGCAATGTGTGATGCTGGAGGATCCACAGCAAAGTAAACTTGCTGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256449	GAGAGCAATGTGTGATGCTGGAGGATCCACAGCAAAGTAAACTTGCTGAA	256498

BX539324.15	451	GGTACATGCATTATTCAGAAGTACAGTGGCCCTAAAAAGTGTCTGGATGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256499	GGTACATGCATTATTCAGAAGTACAGTGGCCCTAAAAAGTGTCTGGATGC	256548

BX539324.15	501	TTAAGCTGCACTTAAAAATGCATGAATGTCATTGCATTATGTAAGGAAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256549	TTAAGCTGCACTTAAAAATGCATGAATGTCATTGCATTATGTAAGGAAAT	256598

BX539324.15	551	ACCAAACCACAAGAAAAAAAGAAGAACATTTTACAAGTAAAACATCTGTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256599	ACCAAACCACAAGAAAAAAAGAAGAACATTTTACAAGTAAAACATCTGTT	256648

BX539324.15	601	AAATTTCATATGACAAGACAACTGTGGAAATGCCTCAAAGTAAAAAATAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256649	AAATTTCATATGACAAGACAACTGTGGAAATGCCTCAAAGTAAAAAATAA	256698

BX539324.15	651	ATAAGATAATTAGGAAAGTTTAAAATAAGATATTAGAGCAGGCTTGACTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256699	ATAAGATAATTAGGAAAGTTTAAAATAAGATATTAGAGCAGGCTTGACTA	256748

BX539324.15	701	CAGATTTTCCTAGTCAACTAGTCATTCATTTAAACCACACATTGCATAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256749	CAGATTTTCCTAGTCAACTAGTCATTCATTTAAACCACACATTGCATAAT	256798

BX539324.15	751	TTCTTATTTATGAAAGTAATTTTATTGCTTAAACATATTGGAGAGGATGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256799	TTCTTATTTATGAAAGTAATTTTATTGCTTAAACATATTGGAGAGGATGA	256848

BX539324.15	801	TTTGAGTTTCAGAGCTGATAAAAATTATATTTGCAACACAGTTCTACATT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256849	TTTGAGTTTCAGAGCTGATAAAAATTATATTTGCAACACAGTTCTACATT	256898

BX539324.15	851	ATGGAAAAGCACTAAATCATAATAATAAGCATTTAAAATGTAAATGACTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256899	ATGGAAAAGCACTAAATCATAATAATAAGCATTTAAAATGTAAATGACTG	256948

BX539324.15	901	TAAGCACTTAAGGGCAAAAATAAAATGTGCCAAAGAGACACCAGCAAAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256949	TAAGCACTTAAGGGCAAAAATAAAATGTGCCAAAGAGACACCAGCAAAAA	256998

BX539324.15	951	TTATGATTATGAATGTGTTGGGGGGAAAACAGCAATGAGGATGCCTGAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	256999	TTATGATTATGAATGTGTTGGGGGGAAAACAGCAATGAGGATGCCTGAAA	257048

BX539324.15	1001	ATTTTATTAATACATTTCTGAATAATTTATTAATACTTGCAAAGTGAAGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257049	ATTTTATTAATACATTTCTGAATAATTTATTAATACTTGCAAAGTGAAGC	257098

BX539324.15	1051	TATGGAGCCATGTAGAGGCTACGTTAAAAACATGTTTTTTTGTTAGTTTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257099	TATGGAGCCATGTAGAGGCTACGTTAAAAACATGTTTTTTTGTTAGTTTT	257148

BX539324.15	1101	TTTCTTTTCGAAATAGTAATTCATAAAATATATATGACTTAAAATAAAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257149	TTTCTTTTCGAAATAGTAATTCATAAAATATATATGACTTAAAATAAAAT	257198

BX539324.15	1151	CAATAAATGAATCAGGGGTAAATCTACTGGTGTGGCATGTAGTCTGCATC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257199	CAATAAATGAATCAGGGGTAAATCTACTGGTGTGGCATGTAGTCTGCATC	257248

BX539324.15	1201	TTTGCAATGACATAAGCATACCATGACAAGAAGCCTTGTCTATTAAAGTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257249	TTTGCAATGACATAAGCATACCATGACAAGAAGCCTTGTCTATTAAAGTT	257298

BX539324.15	1251	TACTCTAAACAAACAACTCTTATGAACTGCTTTAAGTGAATTATGCAGTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257299	TACTCTAAACAAACAACTCTTATGAACTGCTTTAAGTGAATTATGCAGTT	257348

BX539324.15	1301	GCCTACACTCAAGTTCAAGTATAGTCATTATAAGCAATATGAATTTGGTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257349	GCCTACACTCAAGTTCAAGTATAGTCATTATAAGCAATATGAATTTGGTA	257398

BX539324.15	1351	AGTAATTTTGTCTTTATTCATTTGGAAATTTGTGGTTAGCAATTCCTTAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257399	AGTAATTTTGTCTTTATTCATTTGGAAATTTGTGGTTAGCAATTCCTTAT	257448

BX539324.15	1401	CCTATTTTGTTAAAGGCAATATTCTAACTTATTTCATGCATTTTAGATTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257449	CCTATTTTGTTAAAGGCAATATTCTAACTTATTTCATGCATTTTAGATTT	257498

BX539324.15	1451	TATTTTTTTTTTTATTTCAAAGTAATATTTGCCTCTTATTCCAAAAGTCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257499	TATTTTTTTTTTTATTTCAAAGTAATATTTGCCTCTTATTCCAAAAGTCA	257548

BX539324.15	1501	AAAATCCAAAAAGAAATGTGTGGACAGTTTATGTCAGTGAAAAGATCACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257549	AAAATCCAAAAAGAAATGTGTGGACAGTTTATGTCAGTGAAAAGATCACA	257598

BX539324.15	1551	TTGGGCTCTATTTTACTGATAGGTGCAAAGTCTAAAGCGCATGGTGCAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257599	TTGGGCTCTATTTTACTGATAGGTGCAAAGTCTAAAGCGCATGGTGCAAA	257648

BX539324.15	1601	AGCATTAAGGGCGTGTTTGAATCCACTTTTGTTATTTTAAGGATGGATAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257649	AGCATTAAGGGCGTGTTTGAATCCACTTTTGTTATTTTAAGGATGGATAA	257698

BX539324.15	1651	AATATGCTTCTTCAACCAGGCGCATGGTCTAACAAGGTTGTACTAATTCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257699	AATATGCTTCTTCAACCAGGCGCATGGTCTAACAAGGTTGTACTAATTCT	257748

BX539324.15	1701	CTTAGTGAGTTATAGGTGTGTTTGAGCCAAACATGCATTAAACTAATCAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257749	CTTAGTGAGTTATAGGTGTGTTTGAGCCAAACATGCATTAAACTAATCAG	257798

BX539324.15	1751	AGTCTCGTCTCTCATTTCCTTTAAGAGTCAGATGAGTCATGCCATGGCTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257799	AGTCTCGTCTCTCATTTCCTTTAAGAGTCAGATGAGTCATGCCATGGCTC	257848

BX539324.15	1801	ATTTGCTATCTACATGGCGGACTTTGTAAGTGGACAAACTGAACGCTTCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257849	ATTTGCTATCTACATGGCGGACTTTGTAAGTGGACAAACTGAACGCTTCA	257898

BX539324.15	1851	CTAGCGAGAAAACAGTTAAACAGACCATCTGCAGCGGAACGATAAAGAAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257899	CTAGCGAGAAAACAGTTAAACAGACCATCTGCAGCGGAACGATAAAGAAC	257948

BX539324.15	1901	GAGCCTCCTCCATTTGGCCTCTTTACTTTTACTTTCAACTTTACTCCTTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257949	GAGCCTCCTCCATTTGGCCTCTTTACTTTTACTTTCAACTTTACTCCTTT	257998

BX539324.15	1951	ACTTTCATGGATAAGGAAACGTTGTACTCGCTCCACTAAAGACATCCATT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640477.6	257999	ACTTTCATGGATAAGGAAACGTTGTACTCGCTCCACTAAAGACATCCATT	258048

Overview

Query
BX539324.15 - 178074 bps
Hit
BX640477.6 - 258048 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100192520001200012560492580481
284.6916333517238817272211634951
381.5412030165096809-12045011
485.59183338126379126716-1319135301
586.11193363172360172722141196415551
688.9375912185097452191-151081523171
785.911643043366233965154700550041
885.76151289172373172661154717550041
985.3412022865826809-154773549971
1087.5168292172393172684-155236555231
1185.71111259285932885111041221043871
1282.81323185151151828-11104161107231
1381.491794825097451455-11108121113081
1484.3411125514708814734211243711246191
1584.16128259337153397311406931409511
1684.55113246126249126494-11609101611681
1795.213521624122486124109-12054222070271
1896.2919262212119742121953-12076302098421
1987.6121036817235817272512107372110991
2084.96154322336733399412107462110641
2181.031443526766268013-12201592205061
2281.3615240623672772-12458512462631
Short-link