<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX530056.17	233805	AAGAGATGGTTCTAGCATCTTAGCCAAAAGGCTTTGATTTGATTGTGCTC	233854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1	AAGAGATGGTTCTAGCATCTTAGCCAAAAGGCTTTGATTTGATTGTGCTC	50

BX530056.17	233855	TAAAGTTGTGACCTACGTGGTGCCCATCCCGCTCTCAAAGTCTCTAAGGG	233904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	51	TAAAGTTGTGACCTACGTGGTGCCCATCCCGCTCTCAAAGTCTCTAAGGG	100

BX530056.17	233905	TTTTCTTAGGCGACAAAAAATCATCATCCTGGTCTTTCAGGTCATCCAGC	233954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	101	TTTTCTTAGGCGACAAAAAATCATCATCCTGGTCTTTCAGGTCATCCAGC	150

BX530056.17	233955	TTCAAATAGCGAGCCCCATCCATCCCGAGGAGTTCATCACCTACATACGG	234004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	151	TTCAAATAGCGAGCCCCATCCATCCCGAGGAGTTCATCACCTACATACGG	200

BX530056.17	234005	CACAAAATATATGTCACACACACTGATACGAGAGACTGGCAGGAACAAAA	234054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	201	CACAAAATATATGTCACACACACTGATACGAGAGACTGGCAGGAACAAAA	250

BX530056.17	234055	ACAGGAAGGAAGAGAAGCTCATAAGTTATTTTAGCATTCGCAACCCACCA	234104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	251	ACAGGAAGGAAGAGAAGCTCATAAGTTATTTTAGCATTCGCAACCCACCA	300

BX530056.17	234105	TCATTCCCAATCGAGCACAAACATCACTTCACTCGTTCACCGAGTCCAAG	234154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	301	TCATTCCCAATCGAGCACAAACATCACTTCACTCGTTCACCGAGTCCAAG	350

BX530056.17	234155	CACATACACATACACATATATGTACATAGCCAATGGAAAACATGAAGAAA	234204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	351	CACATACACATACACATATATGTACATAGCCAATGGAAAACATGAAGAAA	400

BX530056.17	234205	TCAAGATACTGGATAAGATTGCATGGTACATTGGTTACTGAAGTGGACAT	234254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	401	TCAAGATACTGGATAAGATTGCATGGTACATTGGTTACTGAAGTGGACAT	450

BX530056.17	234255	GAAGAAGATCACACTTAATCTGCATGGGAGAGATTGCTTGGTGTTATTGT	234304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	451	GAAGAAGATCACACTTAATCTGCATGGGAGAGATTGCTTGGTGTTATTGT	500

BX530056.17	234305	AGGGCCTTAATCACAGGTGTTCAGAGACGTGTAAAACAGCCACTGTGTCA	234354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	501	AGGGCCTTAATCACAGGTGTTCAGAGACGTGTAAAACAGCCACTGTGTCA	550

BX530056.17	234355	GTTCATTTTGGAGCCCTCTGCTGAGTCAAATAATCATCATTAGTCAATTA	234404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	551	GTTCATTTTGGAGCCCTCTGCTGAGTCAAATAATCATCATTAGTCAATTA	600

BX530056.17	234405	GCAAAATTATCCACTCCCAGTGTGACTCCCATAGTGTTTGGATAAAGAGA	234454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	601	GCAAAATTATCCACTCCCAGTGTGACTCCCATAGTGTTTGGATAAAGAGA	650

BX530056.17	234455	GACTCATCTATGGGTGTTTCTTCAACTACAGGCCTTAATTATGTCCCAGC	234504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	651	GACTCATCTATGGGTGTTTCTTCAACTACAGGCCTTAATTATGTCCCAGC	700

BX530056.17	234505	AGTTGATTGGTTTCATAAAATAGATGCGTTTCAATAAAAAAGTAATTTTT	234554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	701	AGTTGATTGGTTTCATAAAATAGATGCGTTTCAATAAAAAAGTAATTTTT	750

BX530056.17	234555	ATATTGTTTTACCTATCCCTCAAAATATGAAAATCCATCACAAAAATATA	234604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	751	ATATTGTTTTACCTATCCCTCAAAATATGAAAATCCATCACAAAAATATA	800

BX530056.17	234605	TGCAAAATATTGTCTATACAAAATGTACATATATAAATACAAGGAAGCAA	234654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	801	TGCAAAATATTGTCTATACAAAATGTACATATATAAATACAAGGAAGCAA	850

BX530056.17	234655	AAAAAAAAAAGAATAAAATAAATAACTTGAAGTTTTACATTCATTTATAT	234704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	851	AAAAAAAAAAGAATAAAATAAATAACTTGAAGTTTTACATTCATTTATAT	900

BX530056.17	234705	ATAATTCTCAGCTTCCTTGGAATTTTTTGTAATAAATGTACTAATTATAG	234754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	901	ATAATTCTCAGCTTCCTTGGAATTTTTTGTAATAAATGTACTAATTATAG	950

BX530056.17	234755	TGAAAACACTATTTTAATTTTATTCTGTAAGATACTGACTCATTTCATCC	234804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	951	TGAAAACACTATTTTAATTTTATTCTGTAAGATACTGACTCATTTCATCC	1000

BX530056.17	234805	AAATTTTTTTGCATAAAATAATAAAAAGATGTCATGTTTTCAGGCAATTG	234854
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1001	AAATTTTTTTGCATAAAATAATAAAAAGATGTCATGTTTTCAGGCAATTG	1050

BX530056.17	234855	TAGTGTTTTTTAGACTACACCATACAAATGTTTTAACTTTGGAAGATAAT	234904
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1051	TAGTGTTTTTTAGACTACACCATACAAATGTTTTAACTTTGGAAGATAAT	1100

BX530056.17	234905	ATCAAAATTTGGTGGAATAACCCGGATTTCAATCACAACATCAAGACAAC	234954
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1101	ATCAAAATTTGGTGGAATAACCCGGATTTCAATCACAACATCAAGACAAC	1150

BX530056.17	234955	ACCAATTGCAATTTGTTTATGAGAAATTTTGAAGAAATGATATCAGACCT	235004
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1151	ACCAATTGCAATTTGTTTATGAGAAATTTTGAAGAAATGATATCAGACCT	1200

BX530056.17	235005	TTAAAGAATAAAAATAAGAATTTAATTATGGATTTTATGTGGAAGCAAAT	235054
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1201	TTAAAGAATAAAAATAAGAATTTAATTATGGATTTTATGTGGAAGCAAAT	1250

BX530056.17	235055	AAAACCATTTAATTTAATATAATTTGATATTATTTTTAATATTATTTTAA	235104
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1251	AAAACCATTTAATTTAATATAATTTGATATTATTTTTAATATTATTTTAA	1300

BX530056.17	235105	ATTATAGTAAAAATATGGTTTAATGTAATTTTATTTATTTATTTATTGTC	235154
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1301	ATTATAGTAAAAATATGGTTTAATGTAATTTTATTTATTTATTTATTGTC	1350

BX530056.17	235155	TTTTCGACTTAGTCCCTTTATTAATCTGGGGTCGCCACAACGGAATGAGC	235204
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1351	TTTTCGACTTAGTCCCTTTATTAATCTGGGGTCGCCACAACGGAATGAGC	1400

BX530056.17	235205	CGCCAACTTATGCAGCATATTATGTTTTACGCAACGGATGCCCTTCCAGC	235254
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1401	CGCCAACTTATGCAGCATATTATGTTTTACGCAACGGATGCCCTTCCAGC	1450

BX530056.17	235255	CAAAACCCATCACTGGGAAACATCCATAACCATTCACACACACTCATACA	235304
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1451	CAAAACCCATCACTGGGAAACATCCATAACCATTCACACACACTCATACA	1500

BX530056.17	235305	CTACGGTCAATTTGAGCATTCCCAATTCACCTGTGCAACATTTCTTTGGA	235354
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1501	CTACGGTCAATTTGAGCATTCCCAATTCACCTGTGCAACATTTCTTTGGA	1550

BX530056.17	235355	CTTGTGGGGGAAACGGGAGCACCCGGAGGAAACCCACACGAATATTGGAA	235404
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1551	CTTGTGGGGGAAACGGGAGCACCCGGAGGAAACCCACACGAATATTGGAA	1600

BX530056.17	235405	GAACATGCAAACTCCACACAGAAATGCCATCTGACCCAGCCGAGGCTCAA	235454
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1601	GAACATGCAAACTCCACACAGAAATGCCATCTGACCCAGCCGAGGCTCAA	1650

BX530056.17	235455	TCCAGCAACCTTCTTGCTGTGAGGCGAATGTGCTACCCACTGCGCCACCT	235504
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1651	TCCAGCAACCTTCTTGCTGTGAGGCGAATGTGCTACCCACTGCGCCACCT	1700

BX530056.17	235505	CGCCCCCCTAATTTTTTTGTTTAATTATATTAATTTAATTAGAATATAAT	235554
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1701	CGCCCCCCTAATTTTTTTGTTTAATTATATTAATTTAATTAGAATATAAT	1750

BX530056.17	235555	ATAATAGAAAAGAACAGAACAAAAGAGAACAGAATAAAATAGAACAGAGC	235604
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1751	ATAATAGAAAAGAACAGAACAAAAGAGAACAGAATAAAATAGAACAGAGC	1800

BX530056.17	235605	AGAACAAAACAGAATACAACAGACCAGAACAGACTAGAATAGACCAGAAA	235654
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1801	AGAACAAAACAGAATACAACAGACCAGAACAGACTAGAATAGACCAGAAA	1850

BX530056.17	235655	AGAACAGAATATAAAAAACAGAACAAAACAGAACAGAATAGAACAGAACA	235704
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1851	AGAACAGAATATAAAAAACAGAACAAAACAGAACAGAATAGAACAGAACA	1900

BX530056.17	235705	TAACAAAATAGACCAAAACAGAACAGAATAGAATAGACCAAACAGAACAG	235754
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1901	TAACAAAATAGACCAAAACAGAACAGAATAGAATAGACCAAACAGAACAG	1950

BX530056.17	235755	AACAGAACAGAATAGAGCAAAACAAAACAAAACAAAACAGAATAGAATTC	235804
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640476.7	1951	AACAGAACAGAATAGAGCAAAACAAAACAAAACAAAACAGAATAGAATTC	2000

Overview

Query
BX530056.17 - 235804 bps
Hit
BX640476.7 - 127139 bps
Total alignments
25
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191620002338052358041120001
283.5912231877590779071449748251
383.991433552160182163721452348781
484.631803651215331218971646168311
579.4412452217277217329319673102071
688.04125208207417207624-112074122821
784.79941879399394179119136193191
886.781683459572096064-126245265921
988.1199191216007216197-126245264291
1089.72163277214781215057140875411561
1187.581503047760377906-140895412081
1289.942664549569296145-140943413991
13901001707770277871-145901460701
1496.5100142182189182330-159689598311
1598.561141397312773265-159731598691
1679.891123533593136283164355647021
1779.891123534059540947164355647021
1879.891123534525945611164355647021
1981.33932644992450187164355646111
2079.891123535451654868164355647021
2179.891123535918159533164355647021
2279.61093536384464196164355647021
2384.53133279110310110588175345756221
2486.8398167166856167022175366755321
2586.889516919839819856611149031150621
Short-link