<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR759825.7	2000	GAATTCACTATTTGCTAATGCTTAATAAATGTAGTTGTAGTTTAATAGCT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1	GAATTCACTATTTGCTAATGCTTAATAAATGTAGTTGTAGTTTAATAGCT	50

C  CR759825.7	1950	TAATAGATGTAGTTATTATAAAGTGTTACCAAATAATCTTATGTCAAAAA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	51	TAATAGATGTAGTTATTATAAAGTGTTACCAAATAATCTTATGTCAAAAA	100

C  CR759825.7	1900	GAAAAACAAGATTATTCTGCTTACCCCATTCTATTTATGTACTATATTTG	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	101	GAAAAACAAGATTATTCTGCTTACCCCATTCTATTTATGTACTATATTTG	150

C  CR759825.7	1850	GACTAGAATCAAGACAAATAAATCTAAGTAAGAAAAGCATTTTTGCCGTG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	151	GACTAGAATCAAGACAAATAAATCTAAGTAAGAAAAGCATTTTTGCCGTG	200

C  CR759825.7	1800	TGGCCTAAGCAAGTCAACAGTGGCAAGGGGGCCGAACTCTACCACTTAAA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	201	TGGCCTAAGCAAGTCAACAGTGGCAAGGGGGCCGAACTCTACCACTTAAA	250

C  CR759825.7	1750	TAGAATATAATGAGACAGAAGTCATGCTTACTATCTACAGAGTTTCAGTC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	251	TAGAATATAATGAGACAGAAGTCATGCTTACTATCTACAGAGTTTCAGTC	300

C  CR759825.7	1700	AATTGCTTCTTGCTTGTGAGCAAGAGTTTGTTCATTCAATAGTGCTTGTG	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	301	AATTGCTTCTTGCTTGTGAGCAAGAGTTTGTTCATTCAATAGTGCTTGTG	350

C  CR759825.7	1650	TGTCGTATCGAGTGCTCCTGCACAAGTGATGTAGAGCGTGACGAAGTGAG	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	351	TGTCGTATCGAGTGCTCCTGCACAAGTGATGTAGAGCGTGACGAAGTGAG	400

C  CR759825.7	1600	GGTTAAATCTCAACGCAAGTATCCATGAGAGTCATTTGGTCAATACCAGT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	401	GGTTAAATCTCAACGCAAGTATCCATGAGAGTCATTTGGTCAATACCAGT	450

C  CR759825.7	1550	GGAAATGGGTCATTTGTTTCAACTGACCACTTTTAATTGTATCACCGAAG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	451	GGAAATGGGTCATTTGTTTCAACTGACCACTTTTAATTGTATCACCGAAG	500

C  CR759825.7	1500	ACGCACCTTAATTTCAATGACATTCGCCATTGTTACCAGTTTCCACCTCA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	501	ACGCACCTTAATTTCAATGACATTCGCCATTGTTACCAGTTTCCACCTCA	550

C  CR759825.7	1450	CTGACTGAATGGAGTAGAGCGGGAAAAAAACCCTGAAGAATGGCTTTATA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	551	CTGACTGAATGGAGTAGAGCGGGAAAAAAACCCTGAAGAATGGCTTTATA	600

C  CR759825.7	1400	TCTTCCCTGTCCCAATTTCGGATTTTATTGCTTCTCTTGTAAAGCCGCTG	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	601	TCTTCCCTGTCCCAATTTCGGATTTTATTGCTTCTCTTGTAAAGCCGCTG	650

C  CR759825.7	1350	TGAGCATTATCCTGATAAGCTACCTACAGCACGATGTATATTTAATGTGA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	651	TGAGCATTATCCTGATAAGCTACCTACAGCACGATGTATATTTAATGTGA	700

C  CR759825.7	1300	ATATGAATATTTGAATGTCTCCTTTTGCTGAAGGGGCCTTTAACAATGAT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	701	ATATGAATATTTGAATGTCTCCTTTTGCTGAAGGGGCCTTTAACAATGAT	750

C  CR759825.7	1250	TTCATGTCCTTTTTACGCATGTAGATCTGAAGATTGTGAAAAATCGGGTT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	751	TTCATGTCCTTTTTACGCATGTAGATCTGAAGATTGTGAAAAATCGGGTT	800

C  CR759825.7	1200	TCAGAGACGGCGGTCGTTCATCAGATGTCCACGGAGGCGACGCATGCAGG	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	801	TCAGAGACGGCGGTCGTTCATCAGATGTCCACGGAGGCGACGCATGCAGG	850

C  CR759825.7	1150	TCGGCAGTCAAGCTGACCAATAAAATCTCCTCTAAGTGCTGCTGCCACTT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	851	TCGGCAGTCAAGCTGACCAATAAAATCTCCTCTAAGTGCTGCTGCCACTT	900

C  CR759825.7	1100	TTCTGAAAGCACAGTAAGTGTTTTTGATGGCTACCTGATGCGCTTGCAGT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	901	TTCTGAAAGCACAGTAAGTGTTTTTGATGGCTACCTGATGCGCTTGCAGT	950

C  CR759825.7	1050	GCCCAACTCTTGCTCTGTTTAAGGCCTTTGTGAGACCATCGATTTCTTTT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	951	GCCCAACTCTTGCTCTGTTTAAGGCCTTTGTGAGACCATCGATTTCTTTT	1000

C  CR759825.7	1000	TTGCTTAATGGATGTCAAGACCAAAAGCGATGTTGTTTTACACTTATCTG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1001	TTGCTTAATGGATGTCAAGACCAAAAGCGATGTTGTTTTACACTTATCTG	1050

C  CR759825.7	950	TTAAACTAATGCATTTGAAAGTCAGCGAGTGCACATCCTTTTGCTTACGG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1051	TTAAACTAATGCATTTGAAAGTCAGCGAGTGCACATCCTTTTGCTTACGG	1100

C  CR759825.7	900	AAAAAAATAAGTGTTTTCTTTCACAATAAGGACTTGGATGAGGTAGTAAA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1101	AAAAAAATAAGTGTTTTCTTTCACAATAAGGACTTGGATGAGGTAGTAAA	1150

C  CR759825.7	850	GATTAAATGTATTTTTCTGTTATTGTTTTGTTTTGTAAAATAGCTAATGT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1151	GATTAAATGTATTTTTCTGTTATTGTTTTGTTTTGTAAAATAGCTAATGT	1200

C  CR759825.7	800	AGTATTGCATTTTCTCTTTTTTAATAGAGACAATAATCCTCACTGTAGCA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1201	AGTATTGCATTTTCTCTTTTTTAATAGAGACAATAATCCTCACTGTAGCA	1250

C  CR759825.7	750	ATGTCTTCAAGTGAGGTTATTTCTGTGGTTAGAGTTTTGAACCAACATGA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1251	ATGTCTTCAAGTGAGGTTATTTCTGTGGTTAGAGTTTTGAACCAACATGA	1300

C  CR759825.7	700	GATTTGCATATTGCGCACATGCTTGACACATAATTTAAGCTTAAGTTAAT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1301	GATTTGCATATTGCGCACATGCTTGACACATAATTTAAGCTTAAGTTAAT	1350

C  CR759825.7	650	TAACTTTTTTCAATGAGAGTGCTTTTCAAGTGTTTTCTGCTCTCAGTAAT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1351	TAACTTTTTTCAATGAGAGTGCTTTTCAAGTGTTTTCTGCTCTCAGTAAT	1400

C  CR759825.7	600	TACACTTGTTAAAAGTGACATCCAGCCTACTGCCTGACTCTAAATGCATC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1401	TACACTTGTTAAAAGTGACATCCAGCCTACTGCCTGACTCTAAATGCATC	1450

C  CR759825.7	550	CACTCCAACAGAAAATATCAAACATCATTCAGTGAATTACAGTTTACCAT	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1451	CACTCCAACAGAAAATATCAAACATCATTCAGTGAATTACAGTTTACCAT	1500

C  CR759825.7	500	CACGTATATATAATTATTAATAATATATTTATATTTAAGCATTATTTTAA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1501	CACGTATATATAATTATTAATAATATATTTATATTTAAGCATTATTTTAA	1550

C  CR759825.7	450	GATTTTAAACTAATTTGTTCACTGCTTGTTTGCTATAAGGCTGTCAGATA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1551	GATTTTAAACTAATTTGTTCACTGCTTGTTTGCTATAAGGCTGTCAGATA	1600

C  CR759825.7	400	AATCACTTTCCCCAAACTCAACCAGTAGTAATAATATTTTATGCATTTAT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1601	AATCACTTTCCCCAAACTCAACCAGTAGTAATAATATTTTATGCATTTAT	1650

C  CR759825.7	350	AAACTTTAACAATTCGTCACCTTAGAATATTCTTATTAAATGATAACTTA	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1651	AAACTTTAACAATTCGTCACCTTAGAATATTCTTATTAAATGATAACTTA	1700

C  CR759825.7	300	TTTACATTACATTTTAAGACTTTTTACAAAAAAATCATAATAATAATAAT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1701	TTTACATTACATTTTAAGACTTTTTACAAAAAAATCATAATAATAATAAT	1750

C  CR759825.7	250	AAATCTAATGCACACACAAGGACCGGACTGCTCCATCGACAGCAGGAAAG	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1751	AAATCTAATGCACACACAAGGACCGGACTGCTCCATCGACAGCAGGAAAG	1800

C  CR759825.7	200	ACCAGAAAGCAACACAAAATCAGAATCGGCTAAATAATGCCGCACCACAC	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1801	ACCAGAAAGCAACACAAAATCAGAATCGGCTAAATAATGCCGCACCACAC	1850

C  CR759825.7	150	AACATTGAGAACATTGAGAAGAAACCGAATTGATGCATAAATGTGATGAT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1851	AACATTGAGAACATTGAGAAGAAACCGAATTGATGCATAAATGTGATGAT	1900

C  CR759825.7	100	TTAGAAGCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACATTTAGAAGAA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1901	TTAGAAGCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACATTTAGAAGAA	1950

C  CR759825.7	50	ACAGTTTTTTAAAAACAAACATATATATTAAATGTGATTTTTTATTTATT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  BX640473.9	1951	ACAGTTTTTTAAAAACAAACATATATATTAAATGTGATTTTTTATTTATT	2000

Overview

Query
CR759825.7 - 52769 bps
Hit
BX640473.9 - 193735 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001925200012000-1120001
288.361041873557335759-129062292501
394.248693538235450150233503011
488.531212283548235709150357505741
598.11581064396544070-157388574931
698.06501034396544067157392574941
7100469488338926157400574931
8100469488338926-157400574931
991.9215019883418538-182358825551
1083.84451021062710728190963910611
1185.68194430113851181411168621172941
1286.16121258354873574411171061173581
1377.3688458353153577211253891258431
1480.5278274116011187411255421258081
1599.2868139438514398911281591282971
1694.1645138504865062311281591282951
1799.29691414384843988-11281591282991
1883.231744901138511874-11509181514061
1987.381863172450724823-11671961675041
2087.59180289510105129811734091736981
2189.788913556525786-11775011776371
2289.77107176354873566211801751803501
2386.81131272354873575811870611873331
Short-link