<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 1978 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

  BX571946.9	1	AAGCTTTGATATTGCAATGTAAATATATTTGCAATATTCACATTCAAGGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	2000	AAGCTTTGATATTGCAATGTAAATATATTTGCAATATTCACATTCAAGGA	1951

  BX571946.9	51	TTAGATTATTTATTTAAAATTAAAAGATAAAGATGTCATTAAATGTTATT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1950	TTAGATTATTTATTTAAAATTAAAAGATAAAGATGTCATTAAATGTTATT	1901

  BX571946.9	101	TTTTAAAATTATTTGTACAATGACGACTATGCTATTTTATGTTTGATTCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1900	TTTTAAAATTATTTGTACAATGACGACTATGCTATTTTATGTTTGATTCT	1851

  BX571946.9	151	TCAATTTCTGTGCTTGAATACTGTTACACTTTGCAGAAAACCATATATTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1850	TCAATTTCTGTGCTTGAATACTGTTACACTTTGCAGAAAACCATATATTG	1801

  BX571946.9	201	TTCTATCATATTAATATATGCTTGTAATTTTGTTATATTTATTATATACC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1800	TTCTATCATATTAATATATGCTTGTAATTTTGTTATATTTATTATATACC	1751

  BX571946.9	251	AGTGCACTGCAATAAAAAAAAGACTTAATCTTTCCAGTTAAAGTCTAAAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1750	AGTGCACTGCAATAAAAAAAAGACTTAATCTTTCCAGTTAAAGTCTAAAT	1701

  BX571946.9	301	TAACAGAATCTTTCCAAAGAGAGCTATTCAAATCATCTGGTAAAATTCAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1700	TAACAGAATCTTTCCAAAGAGAGCTATTCAAATCATCTGGTAAAATTCAT	1651

  BX571946.9	351	CATATTCACATGGCAATATATATCACAGGAAAACAAAACATTGCAGTGGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1650	CATATTCACATGGCAATATATATCACAGGAAAACAAAACATTGCAGTGGC	1601

  BX571946.9	401	AGATCTTTATGATATTGTGCAGCCCTATTAGATAATAAGTATTTTAAGTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1600	AGATCTTTATGATATTGTGCAGCCCTATTAGATAATAAGTATTTTAAGTA	1551

  BX571946.9	451	GTTTAATTTTACAGCATATTAGTGTTGTTCTAAAAAGTATTTAAAGGTGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1550	GTTTAATTTTACAGCATATTAGTGTTGTTCTAAAAAGTATTTAAAGGTGA	1501

  BX571946.9	501	TAAATCAATCATTAAGGCTCTTAAAAGGTATTAAAAAGTCTTAATCCCGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1500	TAAATCAATCATTAAGGCTCTTAAAAGGTATTAAAAAGTCTTAATCCCGT	1451

  BX571946.9	551	TTTTACAAAGTCTTAAATTTTGTTCAAGCTTTGTTCAAATTGTTTAACTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1450	TTTTACAAAGTCTTAAATTTTGTTCAAGCTTTGTTCAAATTGTTTAACTC	1401

  BX571946.9	601	CAAAAAAGCAGAATTATATTTATTTTCCTTGATTGGTTCGGGCCAAGCTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1400	CAAAAAAGCAGAATTATATTTATTTTCCTTGATTGGTTCGGGCCAAGCTC	1351

  BX571946.9	651	CTCTGTCCGGGTGATGTCAAGTAATTTGCGACAAACGCAGAAAGGTGATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1350	CTCTGTCCGGGTGATGTCAAGTAATTTGCGACAAACGCAGAAAGGTGATG	1301

  BX571946.9	701	TGATGCTCTCCACATGTGGTGAAACCATAGAGCAAAACACACGGTAAAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1300	TGATGCTCTCCACATGTGGTGAAACCATAGAGCAAAACACACGGTAAAGA	1251

  BX571946.9	751	TGGATAATGCAAGTTTGCATACTTCTGGTTGAAGGAAGTTTAAACAGTGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1250	TGGATAATGCAAGTTTGCATACTTCTGGTTGAAGGAAGTTTAAACAGTGG	1201

  BX571946.9	801	TTGAAACCTGTCGCTGAAGACAACCACGTAATTTATTCTTTTAAGCTTTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1200	TTGAAACCTGTCGCTGAAGACAACCACGTAATTTATTCTTTTAAGCTTTG	1151

  BX571946.9	851	TTACTTCCAAGCTTATCCAAGTTCTGTTGCAGGGTTGTGCTCCATTAATT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1150	TTACTTCCAAGCTTATCCAAGTTCTGTTGCAGGGTTGTGCTCCATTAATT	1101

  BX571946.9	901	TATTTAACTACAACTGTTTACTAACTACTGTTTATGAAGTTAAAGGTTTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1100	TATTTAACTACAACTGTTTACTAACTACTGTTTATGAAGTTAAAGGTTTG	1051

  BX571946.9	951	ATACTGATTACAACTTTACGTGGCTATGAGGTATTAAAATATTCTGAGAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1050	ATACTGATTACAACTTTACGTGGCTATGAGGTATTAAAATATTCTGAGAA	1001

  BX571946.9	1001	GGTCTTTAAAAAATATTTAAAAGGTATTGAAATTTCCTTTAGGATTCCTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	1000	GGTCTTTAAAAAATATTTAAAAGGTATTGAAATTTCCTTTAGGATTCCTG	951

  BX571946.9	1051	CATATACCTTGCTATTACAGTGTATTTCTTATTCGTGAGAAGTATTTATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	950	CATATACCTTGCTATTACAGTGTATTTCTTATTCGTGAGAAGTATTTATT	901

  BX571946.9	1101	GTGAATAATAGTCACAATAAATAACTATAAATATTCTGCAGTCATGCAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	900	GTGAATAATAGTCACAATAAATAACTATAAATATTCTGCAGTCATGCAAA	851

  BX571946.9	1151	AACTCACTGTACTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	850	AACTCACTGTACTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATA	801

  BX571946.9	1201	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA------	1244
			||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||      
C  BX640455.19	800	TATATATATATATATATATGTATGTATGTATATATATATATATATATATA	751

  BX571946.9	1245	----------------TATTTTTTTTATTTTTTTTTTATATATAACAAAA	1278
			                ||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	750	TATATATATATATATATATTTTTTTTATTTTTTTTTTATATATAACAAAA	701

  BX571946.9	1279	ATGTACTCGCATAACTGTGTGTTTATAATTGTGTATTTTTCGGTTTGTTG	1328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	700	ATGTACTCGCATAACTGTGTGTTTATAATTGTGTATTTTTCGGTTTGTTG	651

  BX571946.9	1329	TAGGTGTTGTGTGCACAGTTGTGTGCGGGTGTGAACGAGCTAAACGCCGC	1378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	650	TAGGTGTTGTGTGCACAGTTGTGTGCGGGTGTGAACGAGCTAAACGCCGC	601

  BX571946.9	1379	CGGTGAAACACCTATGCACATCGCGTGTCGTCTCGGGAGAGTGGAGGTGG	1428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	600	CGGTGAAACACCTATGCACATCGCGTGTCGTCTCGGGAGAGTGGAGGTGG	551

  BX571946.9	1429	TCAAGGGTCTGCTGGGAGGCGGAGCCCGATGTGACATCATGGGAAATAAT	1478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	550	TCAAGGGTCTGCTGGGAGGCGGAGCCCGATGTGACATCATGGGAAATAAT	501

  BX571946.9	1479	GGTTTTCCAATCCACGCCGCCATGAAGTTCAGTGAGAAGAGGTACGGAAT	1528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	500	GGTTTTCCAATCCACGCCGCCATGAAGTTCAGTGAGAAGAGGTACGGAAT	451

  BX571946.9	1529	GAGACTCTTTACTGTTTCAATGGTTAAAACACTGCATTTTATTTGCAGAT	1578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	450	GAGACTCTTTACTGTTTCAATGGTTAAAACACTGCATTTTATTTGCAGAT	401

  BX571946.9	1579	TGAAATCCAAATCCAAAATAATGGGGGGCTTTTATGGTGCTGATTTTGAA	1628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	400	TGAAATCCAAATCCAAAATAATGGGGGGCTTTTATGGTGCTGATTTTGAA	351

  BX571946.9	1629	ATAGATTGACAAAATTTTCCGCATTCGATTTGGGTGCGAGTTACTGCGGG	1678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	350	ATAGATTGACAAAATTTTCCGCATTCGATTTGGGTGCGAGTTACTGCGGG	301

  BX571946.9	1679	CAATACATGGCTTGTGGGTTGCGATGCTGGCTCTAATGCCAATACGTTGT	1728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	300	CAATACATGGCTTGTGGGTTGCGATGCTGGCTCTAATGCCAATACGTTGT	251

  BX571946.9	1729	ACTGTCTATAGTAAACATGCATCCTTACCTGATGGGGGAGGGACACATTG	1778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	250	ACTGTCTATAGTAAACATGCATCCTTACCTGATGGGGGAGGGACACATTG	201

  BX571946.9	1779	GCAAACTGGTAGTTTTTGCATCTTGTGGGCGCACAAAAGGGTTCTTGGAG	1828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	200	GCAAACTGGTAGTTTTTGCATCTTGTGGGCGCACAAAAGGGTTCTTGGAG	151

  BX571946.9	1829	CTTAGTATGGTTACAGTTGAACTGCTGAAGCCACATGGAATGTTTTGACA	1878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	150	CTTAGTATGGTTACAGTTGAACTGCTGAAGCCACATGGAATGTTTTGACA	101

  BX571946.9	1879	ATATTTATAGTTCCTTTTCTGGACATCTCTGGACCCTGGAGGGTCAGATA	1928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	100	ATATTTATAGTTCCTTTTCTGGACATCTCTGGACCCTGGAGGGTCAGATA	51

  BX571946.9	1929	GCTCTTGGATTTCATCTATCATGAAATTGAAACGAGAGTAAATAATAACA	1978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	50	GCTCTTGGATTTCATCTATCATGAAATTGAAACGAGAGTAAATAATAACA	1

Compact alignment

skip 1200 bps 100% identity alignment

  BX571946.9	1201	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA------	1244
			||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||      
C  BX640455.19	800	TATATATATATATATATATGTATGTATGTATATATATATATATATATATA	751

  BX571946.9	1245	----------------TATTTTTTTTATTTTTTTTTTATATATAACAAAA	1278
			                ||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  BX640455.19	750	TATATATATATATATATATTTTTTTTATTTTTTTTTTATATATAACAAAA	701

skip 700 bps 100% identity alignment

Overview

Query
BX571946.9 - 179796 bps
Hit
BX640455.19 - 75725 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 1978 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link