<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX640540.3	1	AAGCTTATGTATGTTAGCCTCTAAACTGAGAGAAAAAGAGGTAGATGTAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	102754	AAGCTTATGTATGTTAGCCTCTAAACTGAGAGAAAAAGAGGTAGATGTAC	102803

BX640540.3	51	TATTCATTCACAGTCACTTTCCTTCAACAGGAAGTTCTACCTCTGAGTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	102804	TATTCATTCACAGTCACTTTCCTTCAACAGGAAGTTCTACCTCTGAGTTT	102853

BX640540.3	101	TGGGGTGGCTGCTACAAAACTTACTCAGTTGTCAGTATGGGGGAAGCACT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	102854	TGGGGTGGCTGCTACAAAACTTACTCAGTTGTCAGTATGGGGGAAGCACT	102903

BX640540.3	151	AGCCTAGGGACACAAGAAGCATAAGCATACAACCATATGCAACAAGCCAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	102904	AGCCTAGGGACACAAGAAGCATAAGCATACAACCATATGCAACAAGCCAA	102953

BX640540.3	201	ACAGGACCAAAACCTGCATATTCTAGAGTTCAACCTCATGTATTTTGACA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	102954	ACAGGACCAAAACCTGCATATTCTAGAGTTCAACCTCATGTATTTTGACA	103003

BX640540.3	251	CCTAGAACTCAGGTGTATGAACAGCACCATTAGGCTTCAGGGTGAATTAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103004	CCTAGAACTCAGGTGTATGAACAGCACCATTAGGCTTCAGGGTGAATTAG	103053

BX640540.3	301	ACTTACAGGTGAACAGCATGTGGTAGGCGTGACACAGATGGGCCACAGCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103054	ACTTACAGGTGAACAGCATGTGGTAGGCGTGACACAGATGGGCCACAGCT	103103

BX640540.3	351	GCTAAGTCTGTGAGAAAGAGCACGGTTGTTTAAGGACCTTATTTAACTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103104	GCTAAGTCTGTGAGAAAGAGCACGGTTGTTTAAGGACCTTATTTAACTTA	103153

BX640540.3	401	CGTTTCAGTGCATCTCTGACATATTTCACAGCCTTCAGCAGGGCAGAAGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103154	CGTTTCAGTGCATCTCTGACATATTTCACAGCCTTCAGCAGGGCAGAAGT	103203

BX640540.3	451	ACCCCTGGTGGCACTGGCACTCAGTGTCACTGGTCACAGTACAGGTTCTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103204	ACCCCTGGTGGCACTGGCACTCAGTGTCACTGGTCACAGTACAGGTTCTC	103253

BX640540.3	501	AAAGTTATCTGATCTAAAAAACAGAAGTTAGAAAACAAAGCTGTGGCTCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103254	AAAGTTATCTGATCTAAAAAACAGAAGTTAGAAAACAAAGCTGTGGCTCT	103303

BX640540.3	551	GTACAACTGCGCAAAAGCTGTACGCTGGTCATAAACGTGATTTATTTTTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103304	GTACAACTGCGCAAAAGCTGTACGCTGGTCATAAACGTGATTTATTTTTC	103353

BX640540.3	601	CAACTTCAATATTCTCAACAACTAGAAGCGCAGATAAAAACAGAGGACCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103354	CAACTTCAATATTCTCAACAACTAGAAGCGCAGATAAAAACAGAGGACCA	103403

BX640540.3	651	GGCTTACTATAAAGAGTAAGGGGCCTAAAGTTAAAGATTTAATTGAAATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103404	GGCTTACTATAAAGAGTAAGGGGCCTAAAGTTAAAGATTTAATTGAAATT	103453

BX640540.3	701	TTTCTTGGTACCGTCTTTGCATTGTCTACATAGTAAACATTCTTCCAAGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103454	TTTCTTGGTACCGTCTTTGCATTGTCTACATAGTAAACATTCTTCCAAGC	103503

BX640540.3	751	CATTCGCATGGGCGGTGTAATCTCTTCCTTCAGTGCAAGAGGCACATTTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103504	CATTCGCATGGGCGGTGTAATCTCTTCCTTCAGTGCAAGAGGCACATTTT	103553

BX640540.3	801	CCCCTTGAATGTGGAATCCTGCAGTGTTGAGCAACGTAAGTACCTGTGGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103554	CCCCTTGAATGTGGAATCCTGCAGTGTTGAGCAACGTAAGTACCTGTGGA	103603

BX640540.3	851	AGAAGAGAACCGGTGGCCTCAGCAGCACTCTCAGAACGTTACGACACAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103604	AGAAGAGAACCGGTGGCCTCAGCAGCACTCTCAGAACGTTACGACACAAA	103653

BX640540.3	901	ACCATTTTTAGTCAAAGTCCAACCCTTCCCTGCAAGCAAACAGCCCAACA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103654	ACCATTTTTAGTCAAAGTCCAACCCTTCCCTGCAAGCAAACAGCCCAACA	103703

BX640540.3	951	CGGGAACTGAGGGGCACTGTATGGTCAGTCAGGGAGCACTCTCACAGCAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103704	CGGGAACTGAGGGGCACTGTATGGTCAGTCAGGGAGCACTCTCACAGCAA	103753

BX640540.3	1001	AGGCAGCAGCCGGCCAAGCCAGGGAACAAGTATGATTCATTACAGCAGCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103754	AGGCAGCAGCCGGCCAAGCCAGGGAACAAGTATGATTCATTACAGCAGCA	103803

BX640540.3	1051	AGGCATTGCTCACGTGACAAGTGCCATCTTGCTGGAAGGGGCACGGCAGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103804	AGGCATTGCTCACGTGACAAGTGCCATCTTGCTGGAAGGGGCACGGCAGG	103853

BX640540.3	1101	CACGGGGAGATTTGCTTGTGCAACAAAAACAATCCAGGAATCTCTTTTCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103854	CACGGGGAGATTTGCTTGTGCAACAAAAACAATCCAGGAATCTCTTTTCC	103903

BX640540.3	1151	ATCCAAGTTCTTTAAATTCACCCAATAGCTCTGTGATAGTATCGCGAGGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103904	ATCCAAGTTCTTTAAATTCACCCAATAGCTCTGTGATAGTATCGCGAGGT	103953

BX640540.3	1201	GGGGTACTTCTCTGCACAAGGCTATGTTAACTGCACGCGGATAGAAGAAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	103954	GGGGTACTTCTCTGCACAAGGCTATGTTAACTGCACGCGGATAGAAGAAG	104003

BX640540.3	1251	GGAGAACAAAGGCAAGGCGAAGTTCTACACGCAGAACTATCAGAATTCCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	104004	GGAGAACAAAGGCAAGGCGAAGTTCTACACGCAGAACTATCAGAATTCCC	104053

BX640540.3	1301	CTGGGCCAACTGTTAGAAACAAAGGAGCGAACACTTCATCCTCAGAACGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	104054	CTGGGCCAACTGTTAGAAACAAAGGAGCGAACACTTCATCCTCAGAACGG	104103

BX640540.3	1351	GCAGAAGTTTTTCTAACTGCTGCCAAGGCGCCTCACCTGGCCCTTATTGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	104104	GCAGAAGTTTTTCTAACTGCTGCCAAGGCGCCTCACCTGGCCCTTATTGC	104153

BX640540.3	1401	GCAATCTCCCGCCGCGAAATGGAGGCCAGCCTTGGCAGCGCCGGGGAGCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	104154	GCAATCTCCCGCCGCGAAATGGAGGCCAGCCTTGGCAGCGCCGGGGAGCC	104203

BX640540.3	1451	ACCGCAGCACCAGCTGGGTCTGCGCTCCTCCCCATGGAATGCGGAATAGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	104204	ACCGCAGCACCAGCTGGGTCTGCGCTCCTCCCCATGGAATGCGGAATAGC	104253

BX640540.3	1501	GACCCGACCACCTCACATAGGGGTAAACGGCCGCTGCCTTCCGGGAACCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	104254	GACCCGACCACCTCACATAGGGGTAAACGGCCGCTGCCTTCCGGGAACCT	104303

BX640540.3	1551	CACCTGCCGGGCACAGCATGCAGCAGATGTCTTCGTGTAAGTACTCTCCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	104304	CACCTGCCGGGCACAGCATGCAGCAGATGTCTTCGTGTAAGTACTCTCCT	104353

BX640540.3	1601	TCTCCGCAGACCTCTGCGCCGCTTCCGGGCACTGTCAGCAGCGTAACCTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	104354	TCTCCGCAGACCTCTGCGCCGCTTCCGGGCACTGTCAGCAGCGTAACCTA	104403

BX640540.3	1651	CAGCGGAGACCAACAGGTGTTTTCAGGTGATTCATTCTGGATAGCGATCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	104404	CAGCGGAGACCAACAGGTGTTTTCAGGTGATTCATTCTGGATAGCGATCT	104453

BX640540.3	1701	CGGGGAGACGGTTCTGTAAGGGCTGGAAAACACGCTTACGGGAAGCCACA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	104454	CGGGGAGACGGTTCTGTAAGGGCTGGAAAACACGCTTACGGGAAGCCACA	104503

BX640540.3	1751	AAGGAAACCCAGGCTAATTTCTGTTAAGTGCGCCGCTCACAGCGGTAATT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	104504	AAGGAAACCCAGGCTAATTTCTGTTAAGTGCGCCGCTCACAGCGGTAATT	104553

BX640540.3	1801	ACAGTCACAAAGGATATGTTAGGGCAGCACCACGCTTACAGCCGCAGCTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	104554	ACAGTCACAAAGGATATGTTAGGGCAGCACCACGCTTACAGCCGCAGCTG	104603

BX640540.3	1851	AAGTGCCGTAGGAAAGCTGCTCCGCCCGCCCCCCCACCTCCATTTCTCCG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	104604	AAGTGCCGTAGGAAAGCTGCTCCGCCCGCCCCCCCACCTCCATTTCTCCG	104653

BX640540.3	1901	CTAATTCACCGGCGGCGTACTTCAGAGGCCGAGTTTCGTGCCTCCTACAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	104654	CTAATTCACCGGCGGCGTACTTCAGAGGCCGAGTTTCGTGCCTCCTACAA	104703

BX640540.3	1951	GGGATTCATTTCACACTCCCTCGCCACGTTTACTGCGTTATTTTAACTCA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
BX640401.2	104704	GGGATTCATTTCACACTCCCTCGCCACGTTTACTGCGTTATTTTAACTCA	104753

Overview

Query
BX640540.3 - 161956 bps
Hit
BX640401.2 - 104753 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199620001200011027541047531
Short-link